# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.020 0.046 0.928 2 P 0.018 0.005 0.011 0.099 0.108 0.759 3 K 0.034 0.009 0.068 0.221 0.206 0.463 4 A 0.073 0.011 0.175 0.221 0.266 0.254 5 K 0.089 0.006 0.157 0.249 0.278 0.221 6 A 0.154 0.009 0.121 0.270 0.217 0.229 7 K 0.158 0.012 0.054 0.300 0.209 0.267 8 T 0.204 0.016 0.052 0.194 0.342 0.192 9 K 0.211 0.018 0.035 0.144 0.366 0.226 10 N 0.158 0.011 0.037 0.121 0.388 0.285 11 T 0.307 0.016 0.028 0.068 0.318 0.263 12 E 0.530 0.018 0.018 0.039 0.134 0.262 13 I 0.534 0.027 0.020 0.031 0.142 0.245 14 I 0.384 0.047 0.014 0.023 0.180 0.353 15 S 0.232 0.013 0.017 0.008 0.416 0.314 16 P 0.098 0.005 0.165 0.014 0.530 0.188 17 H 0.109 0.011 0.274 0.020 0.459 0.127 18 H 0.320 0.017 0.214 0.015 0.350 0.084 19 Y 0.539 0.033 0.043 0.019 0.158 0.208 20 V 0.619 0.099 0.010 0.014 0.080 0.177 21 Y 0.418 0.048 0.006 0.014 0.416 0.097 22 P 0.098 0.010 0.012 0.021 0.720 0.140 23 N 0.032 0.008 0.019 0.025 0.794 0.122 24 T 0.088 0.029 0.026 0.051 0.697 0.108 25 T 0.135 0.026 0.058 0.158 0.362 0.262 26 T 0.241 0.066 0.079 0.196 0.244 0.175 27 L 0.235 0.028 0.147 0.177 0.251 0.161 28 K 0.266 0.027 0.096 0.173 0.215 0.222 29 N 0.155 0.016 0.058 0.137 0.259 0.376 30 K 0.070 0.009 0.045 0.517 0.219 0.140 31 Y 0.112 0.008 0.041 0.359 0.285 0.196 32 G 0.132 0.010 0.046 0.165 0.376 0.271 33 I 0.244 0.024 0.052 0.281 0.166 0.234 34 K 0.156 0.036 0.052 0.263 0.154 0.339 35 N 0.086 0.017 0.025 0.231 0.150 0.490 36 L 0.002 0.001 0.051 0.891 0.027 0.028 37 N 0.003 0.001 0.079 0.876 0.029 0.012 38 A 0.003 0.001 0.084 0.845 0.058 0.010 39 F 0.003 0.001 0.052 0.887 0.039 0.018 40 L 0.004 0.001 0.031 0.925 0.027 0.012 41 E 0.005 0.001 0.044 0.903 0.030 0.018 42 K 0.006 0.001 0.032 0.868 0.038 0.055 43 C 0.022 0.010 0.028 0.716 0.091 0.132 44 S 0.017 0.007 0.012 0.593 0.118 0.254 45 H 0.011 0.003 0.011 0.691 0.102 0.183 46 D 0.006 0.002 0.011 0.843 0.080 0.059 47 T 0.006 0.001 0.023 0.792 0.117 0.061 48 A 0.014 0.003 0.048 0.792 0.099 0.045 49 K 0.032 0.002 0.071 0.687 0.146 0.061 50 A 0.053 0.003 0.049 0.701 0.099 0.095 51 M 0.125 0.005 0.024 0.682 0.057 0.107 52 I 0.175 0.011 0.018 0.575 0.057 0.164 53 N 0.163 0.010 0.021 0.459 0.083 0.265 54 L 0.168 0.013 0.027 0.308 0.112 0.371 55 R 0.128 0.008 0.038 0.196 0.194 0.435 56 E 0.162 0.015 0.077 0.118 0.193 0.435 57 E 0.089 0.026 0.037 0.093 0.209 0.546 58 S 0.049 0.024 0.039 0.102 0.202 0.584 59 L 0.006 0.008 0.006 0.015 0.189 0.776 60 P 0.006 0.005 0.161 0.065 0.444 0.321 61 E 0.005 0.001 0.284 0.081 0.440 0.189 62 Y 0.010 0.010 0.317 0.174 0.356 0.133 63 F 0.021 0.015 0.058 0.263 0.348 0.295 64 D 0.029 0.010 0.037 0.365 0.162 0.398 65 T 0.010 0.003 0.027 0.870 0.038 0.051 66 A 0.012 0.001 0.015 0.933 0.022 0.017 67 Y 0.009 0.001 0.009 0.966 0.009 0.006 68 L 0.010 0.001 0.004 0.973 0.007 0.005 69 C 0.011 0.001 0.008 0.959 0.016 0.006 70 H 0.012 0.001 0.009 0.955 0.019 0.005 71 I 0.008 0.001 0.009 0.942 0.027 0.013 72 H 0.003 0.001 0.009 0.954 0.016 0.016 73 Q 0.003 0.001 0.012 0.915 0.023 0.046 74 Q 0.003 0.002 0.008 0.694 0.034 0.259 75 L 0.001 0.001 0.001 0.035 0.026 0.937