# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.002 0.959 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.002 0.002 2 P 0.001 0.006 0.908 0.001 0.006 0.038 0.001 0.001 0.001 0.015 0.017 0.002 0.007 3 K 0.001 0.014 0.615 0.004 0.044 0.147 0.001 0.001 0.001 0.082 0.066 0.011 0.013 4 A 0.002 0.011 0.388 0.002 0.098 0.259 0.001 0.001 0.002 0.107 0.083 0.014 0.035 5 K 0.003 0.010 0.332 0.006 0.094 0.309 0.001 0.001 0.004 0.101 0.086 0.021 0.033 6 A 0.005 0.011 0.380 0.003 0.053 0.301 0.001 0.001 0.005 0.077 0.097 0.026 0.041 7 K 0.006 0.011 0.403 0.004 0.038 0.264 0.002 0.001 0.006 0.096 0.107 0.022 0.040 8 T 0.006 0.029 0.431 0.008 0.036 0.197 0.002 0.001 0.013 0.109 0.088 0.031 0.049 9 K 0.007 0.021 0.290 0.013 0.034 0.182 0.002 0.001 0.010 0.183 0.154 0.054 0.050 10 N 0.007 0.013 0.408 0.015 0.028 0.073 0.002 0.001 0.013 0.148 0.185 0.031 0.076 11 T 0.018 0.011 0.437 0.009 0.041 0.056 0.004 0.001 0.028 0.173 0.074 0.052 0.096 12 E 0.044 0.023 0.338 0.006 0.024 0.047 0.013 0.004 0.080 0.082 0.035 0.150 0.155 13 I 0.055 0.049 0.269 0.008 0.020 0.028 0.020 0.010 0.087 0.042 0.021 0.094 0.298 14 I 0.047 0.083 0.307 0.042 0.010 0.026 0.020 0.009 0.063 0.070 0.020 0.074 0.229 15 S 0.004 0.011 0.543 0.032 0.007 0.011 0.001 0.001 0.020 0.150 0.023 0.156 0.042 16 P 0.002 0.006 0.115 0.009 0.084 0.039 0.001 0.001 0.004 0.123 0.571 0.002 0.044 17 H 0.008 0.011 0.131 0.009 0.088 0.035 0.002 0.002 0.010 0.170 0.457 0.063 0.014 18 H 0.014 0.017 0.282 0.014 0.077 0.022 0.004 0.004 0.032 0.268 0.156 0.018 0.091 19 Y 0.042 0.041 0.330 0.008 0.023 0.013 0.013 0.019 0.079 0.175 0.094 0.089 0.075 20 V 0.058 0.169 0.280 0.008 0.009 0.010 0.025 0.019 0.054 0.096 0.027 0.053 0.191 21 Y 0.002 0.020 0.770 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.015 0.102 0.010 0.045 0.021 22 P 0.001 0.003 0.025 0.005 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 0.066 0.869 0.001 0.003 23 N 0.001 0.001 0.026 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.058 0.894 0.003 0.001 24 T 0.005 0.019 0.618 0.004 0.022 0.019 0.002 0.001 0.010 0.164 0.062 0.008 0.064 25 T 0.034 0.027 0.386 0.007 0.025 0.087 0.016 0.010 0.051 0.131 0.058 0.124 0.045 26 T 0.097 0.036 0.144 0.011 0.025 0.134 0.063 0.054 0.079 0.048 0.024 0.033 0.251 27 L 0.123 0.023 0.151 0.032 0.039 0.218 0.062 0.041 0.056 0.020 0.030 0.123 0.082 28 K 0.116 0.023 0.116 0.019 0.036 0.264 0.052 0.027 0.061 0.034 0.043 0.086 0.123 29 N 0.083 0.011 0.225 0.021 0.045 0.231 0.013 0.011 0.028 0.072 0.081 0.050 0.129 30 K 0.023 0.010 0.150 0.007 0.052 0.359 0.005 0.004 0.011 0.103 0.209 0.034 0.033 31 Y 0.008 0.010 0.130 0.007 0.054 0.181 0.002 0.001 0.006 0.143 0.424 0.013 0.022 32 G 0.009 0.015 0.297 0.007 0.042 0.120 0.002 0.001 0.007 0.188 0.259 0.027 0.027 33 I 0.009 0.031 0.442 0.002 0.042 0.132 0.002 0.001 0.010 0.119 0.134 0.016 0.060 34 K 0.008 0.056 0.292 0.001 0.021 0.133 0.003 0.001 0.012 0.275 0.099 0.070 0.029 35 N 0.001 0.025 0.591 0.001 0.009 0.113 0.001 0.001 0.006 0.168 0.031 0.006 0.049 36 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.031 0.910 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.001 0.001 37 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 0.940 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.028 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 39 F 0.001 0.001 0.010 0.001 0.017 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.002 40 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 41 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.894 0.001 0.001 0.001 0.008 0.048 0.002 0.002 42 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.022 0.879 0.001 0.001 0.001 0.018 0.061 0.001 0.002 43 C 0.001 0.006 0.105 0.001 0.026 0.701 0.001 0.001 0.004 0.055 0.096 0.002 0.003 44 S 0.001 0.009 0.168 0.001 0.024 0.489 0.001 0.001 0.003 0.095 0.203 0.002 0.005 45 H 0.001 0.004 0.290 0.001 0.020 0.317 0.001 0.001 0.003 0.189 0.168 0.003 0.004 46 D 0.001 0.004 0.159 0.001 0.037 0.480 0.001 0.001 0.001 0.142 0.171 0.002 0.002 47 T 0.001 0.006 0.102 0.001 0.031 0.653 0.001 0.001 0.001 0.071 0.127 0.002 0.006 48 A 0.002 0.003 0.044 0.001 0.034 0.823 0.001 0.001 0.002 0.028 0.055 0.003 0.004 49 K 0.004 0.002 0.044 0.002 0.026 0.846 0.001 0.001 0.002 0.022 0.037 0.005 0.007 50 A 0.013 0.003 0.051 0.002 0.021 0.805 0.005 0.001 0.011 0.023 0.035 0.012 0.018 51 M 0.026 0.005 0.054 0.002 0.019 0.778 0.010 0.005 0.017 0.014 0.029 0.011 0.030 52 I 0.031 0.005 0.051 0.005 0.011 0.740 0.014 0.008 0.018 0.026 0.031 0.036 0.023 53 N 0.020 0.006 0.089 0.003 0.015 0.684 0.007 0.004 0.011 0.032 0.057 0.035 0.036 54 L 0.007 0.004 0.107 0.001 0.026 0.691 0.002 0.001 0.007 0.032 0.089 0.008 0.023 55 R 0.006 0.007 0.159 0.001 0.041 0.562 0.001 0.001 0.004 0.065 0.126 0.011 0.015 56 E 0.003 0.007 0.145 0.002 0.128 0.426 0.001 0.001 0.004 0.077 0.185 0.004 0.017 57 E 0.001 0.007 0.181 0.002 0.128 0.267 0.001 0.001 0.002 0.155 0.238 0.009 0.008 58 S 0.001 0.009 0.257 0.001 0.100 0.202 0.001 0.001 0.002 0.145 0.274 0.002 0.009 59 L 0.001 0.015 0.556 0.001 0.026 0.087 0.001 0.001 0.002 0.235 0.069 0.005 0.004 60 P 0.001 0.007 0.385 0.001 0.124 0.199 0.001 0.001 0.001 0.089 0.189 0.001 0.006 61 E 0.001 0.005 0.105 0.001 0.136 0.342 0.001 0.001 0.002 0.130 0.271 0.004 0.002 62 Y 0.001 0.013 0.078 0.001 0.171 0.438 0.001 0.001 0.003 0.064 0.220 0.002 0.008 63 F 0.003 0.020 0.212 0.003 0.047 0.484 0.001 0.001 0.010 0.116 0.076 0.013 0.015 64 D 0.003 0.006 0.188 0.003 0.047 0.543 0.001 0.001 0.003 0.078 0.107 0.008 0.014 65 T 0.007 0.002 0.039 0.001 0.040 0.797 0.002 0.004 0.009 0.025 0.057 0.003 0.013 66 A 0.007 0.003 0.019 0.001 0.016 0.885 0.002 0.003 0.005 0.013 0.032 0.012 0.004 67 Y 0.004 0.002 0.010 0.001 0.011 0.930 0.001 0.001 0.003 0.007 0.025 0.002 0.005 68 L 0.004 0.001 0.011 0.001 0.006 0.946 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.003 0.005 69 C 0.002 0.001 0.008 0.001 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.002 0.002 70 H 0.004 0.001 0.008 0.001 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.002 0.005 71 I 0.004 0.001 0.010 0.001 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.003 0.003 72 H 0.004 0.002 0.016 0.001 0.012 0.907 0.001 0.001 0.001 0.013 0.034 0.002 0.007 73 Q 0.004 0.001 0.019 0.001 0.019 0.838 0.001 0.001 0.001 0.016 0.088 0.009 0.004 74 Q 0.002 0.002 0.097 0.001 0.020 0.699 0.001 0.001 0.001 0.020 0.148 0.001 0.009 75 L 0.001 0.004 0.790 0.001 0.010 0.091 0.001 0.001 0.001 0.073 0.024 0.002 0.003