# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.168 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.055 0.069 0.598 2 P 0.091 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.041 0.449 3 K 0.145 0.366 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.038 0.380 4 A 0.089 0.062 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.328 0.080 0.396 5 K 0.045 0.150 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.173 0.094 0.488 6 A 0.102 0.044 0.012 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.147 0.106 0.531 7 K 0.067 0.019 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.105 0.115 0.614 8 T 0.076 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.077 0.112 0.660 9 K 0.045 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.029 0.120 0.735 10 N 0.021 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.052 0.101 0.661 11 T 0.023 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.080 0.110 0.614 12 E 0.017 0.012 0.002 0.001 0.007 0.020 0.005 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.299 0.105 0.084 0.426 13 I 0.005 0.007 0.002 0.002 0.025 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.004 0.251 0.044 0.117 0.512 14 I 0.029 0.005 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.359 0.042 0.100 0.447 15 S 0.240 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.177 0.113 0.101 0.342 16 P 0.076 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.067 0.146 0.622 17 H 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.082 0.128 0.485 18 H 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.334 0.085 0.104 0.424 19 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.037 0.034 0.032 0.014 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.334 0.090 0.106 0.326 20 V 0.003 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.007 0.007 0.004 0.002 0.350 0.054 0.093 0.459 21 Y 0.238 0.011 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.224 0.190 0.063 0.249 22 P 0.055 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.038 0.141 0.700 23 N 0.022 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.037 0.095 0.740 24 T 0.056 0.169 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.065 0.117 0.513 25 T 0.047 0.153 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.250 0.069 0.256 26 T 0.036 0.154 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.111 0.148 0.087 0.357 27 L 0.078 0.199 0.017 0.009 0.017 0.029 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.025 0.001 0.002 0.193 0.091 0.066 0.252 28 K 0.051 0.083 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.019 0.001 0.096 0.170 0.069 0.462 29 N 0.429 0.064 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.051 0.058 0.358 30 K 0.076 0.046 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.038 0.103 0.688 31 Y 0.018 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.085 0.122 0.690 32 G 0.047 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.051 0.111 0.652 33 I 0.064 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.062 0.118 0.626 34 K 0.010 0.207 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.031 0.105 0.590 35 N 0.027 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.045 36 L 0.016 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.004 0.036 37 N 0.011 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.007 0.064 38 A 0.011 0.890 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.008 0.060 39 F 0.039 0.810 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.012 0.062 40 L 0.067 0.310 0.069 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.324 0.041 0.181 41 E 0.057 0.420 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.152 0.056 0.295 42 K 0.060 0.336 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.052 0.071 0.456 43 C 0.061 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.540 0.089 0.257 44 S 0.009 0.310 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.154 0.086 0.420 45 H 0.041 0.635 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.030 0.244 46 D 0.019 0.674 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.054 0.032 0.201 47 T 0.027 0.818 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.014 0.103 48 A 0.029 0.841 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.010 0.082 49 K 0.020 0.485 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.251 0.036 0.182 50 A 0.027 0.612 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.107 0.036 0.142 51 M 0.061 0.521 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.049 0.037 0.259 52 I 0.025 0.375 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.125 0.059 0.062 0.329 53 N 0.062 0.262 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.098 0.067 0.378 54 L 0.090 0.101 0.027 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.134 0.088 0.471 55 R 0.100 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.114 0.071 0.585 56 E 0.169 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.039 0.073 0.685 57 E 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.015 0.101 0.841 58 S 0.018 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.117 0.813 59 L 0.218 0.092 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.082 0.073 0.519 60 P 0.271 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.059 0.057 0.497 61 E 0.082 0.034 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.141 0.094 0.622 62 Y 0.010 0.214 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.093 0.118 0.535 63 F 0.088 0.584 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.033 0.052 0.224 64 D 0.063 0.653 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.043 0.033 0.177 65 T 0.022 0.771 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.025 0.134 66 A 0.013 0.712 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.091 0.029 0.096 67 Y 0.010 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.028 0.014 0.068 68 L 0.017 0.794 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.074 0.014 0.064 69 C 0.019 0.687 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.088 0.027 0.129 70 H 0.071 0.550 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.107 0.039 0.171 71 I 0.089 0.450 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.121 0.031 0.239 72 H 0.257 0.069 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.097 0.051 0.493 73 Q 0.042 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.022 0.072 0.816 74 Q 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.082 0.865 75 L 0.022 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.045 0.126 0.770