# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.350 0.137 0.053 0.104 0.075 0.064 0.069 0.052 0.048 0.031 0.017 2 P 0.379 0.278 0.062 0.085 0.054 0.042 0.041 0.024 0.020 0.011 0.005 3 K 0.342 0.211 0.099 0.160 0.087 0.050 0.029 0.011 0.007 0.003 0.001 4 A 0.192 0.103 0.042 0.073 0.065 0.073 0.119 0.099 0.116 0.070 0.048 5 K 0.076 0.127 0.228 0.311 0.140 0.061 0.035 0.012 0.007 0.003 0.001 6 A 0.258 0.176 0.173 0.152 0.082 0.060 0.049 0.022 0.017 0.008 0.003 7 K 0.159 0.125 0.188 0.173 0.117 0.099 0.076 0.030 0.019 0.010 0.005 8 T 0.165 0.175 0.136 0.145 0.085 0.073 0.089 0.049 0.043 0.028 0.013 9 K 0.297 0.202 0.138 0.145 0.087 0.057 0.041 0.015 0.010 0.005 0.002 10 N 0.273 0.191 0.094 0.126 0.081 0.062 0.068 0.037 0.034 0.022 0.012 11 T 0.209 0.123 0.059 0.124 0.108 0.095 0.105 0.065 0.058 0.036 0.019 12 E 0.363 0.191 0.095 0.144 0.086 0.051 0.035 0.015 0.011 0.006 0.003 13 I 0.110 0.108 0.076 0.136 0.128 0.130 0.133 0.074 0.058 0.032 0.015 14 I 0.120 0.080 0.057 0.105 0.090 0.096 0.128 0.095 0.103 0.076 0.050 15 S 0.139 0.136 0.068 0.116 0.105 0.099 0.120 0.081 0.069 0.042 0.023 16 P 0.222 0.159 0.094 0.157 0.108 0.083 0.080 0.039 0.032 0.017 0.008 17 H 0.048 0.037 0.017 0.059 0.075 0.103 0.177 0.146 0.149 0.117 0.071 18 H 0.091 0.079 0.046 0.147 0.122 0.111 0.137 0.092 0.089 0.056 0.029 19 Y 0.039 0.054 0.037 0.092 0.099 0.113 0.167 0.135 0.133 0.086 0.046 20 V 0.035 0.045 0.039 0.083 0.077 0.086 0.142 0.141 0.168 0.122 0.063 21 Y 0.021 0.036 0.018 0.083 0.112 0.142 0.215 0.158 0.125 0.064 0.027 22 P 0.412 0.211 0.085 0.134 0.067 0.037 0.026 0.013 0.008 0.004 0.002 23 N 0.235 0.118 0.050 0.132 0.133 0.120 0.110 0.050 0.031 0.015 0.006 24 T 0.091 0.092 0.041 0.095 0.074 0.081 0.128 0.112 0.131 0.097 0.058 25 T 0.152 0.147 0.084 0.192 0.143 0.120 0.089 0.035 0.022 0.011 0.004 26 T 0.069 0.098 0.102 0.192 0.155 0.128 0.122 0.062 0.040 0.021 0.010 27 L 0.032 0.022 0.032 0.043 0.031 0.039 0.114 0.134 0.201 0.195 0.156 28 K 0.028 0.092 0.095 0.282 0.205 0.126 0.087 0.037 0.028 0.015 0.007 29 N 0.018 0.048 0.064 0.086 0.095 0.107 0.164 0.128 0.135 0.094 0.061 30 K 0.093 0.109 0.168 0.211 0.146 0.104 0.095 0.035 0.022 0.011 0.006 31 Y 0.042 0.046 0.028 0.073 0.089 0.123 0.224 0.147 0.123 0.074 0.030 32 G 0.114 0.139 0.094 0.169 0.107 0.092 0.097 0.054 0.059 0.044 0.031 33 I 0.068 0.077 0.077 0.149 0.141 0.132 0.158 0.083 0.062 0.035 0.018 34 K 0.348 0.201 0.169 0.149 0.065 0.033 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 35 N 0.034 0.162 0.081 0.149 0.126 0.131 0.155 0.073 0.050 0.025 0.013 36 L 0.017 0.015 0.020 0.047 0.074 0.116 0.207 0.156 0.161 0.111 0.074 37 N 0.367 0.176 0.235 0.140 0.051 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.013 0.057 0.189 0.321 0.205 0.124 0.066 0.016 0.006 0.002 0.001 39 F 0.007 0.007 0.020 0.016 0.013 0.022 0.087 0.121 0.230 0.249 0.227 40 L 0.005 0.018 0.067 0.132 0.182 0.219 0.227 0.083 0.043 0.017 0.006 41 E 0.029 0.063 0.671 0.134 0.054 0.026 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 42 K 0.018 0.038 0.070 0.136 0.170 0.207 0.230 0.075 0.035 0.015 0.006 43 C 0.014 0.014 0.019 0.020 0.019 0.036 0.143 0.172 0.248 0.203 0.113 44 S 0.055 0.145 0.172 0.227 0.165 0.111 0.069 0.024 0.017 0.009 0.004 45 H 0.067 0.103 0.189 0.129 0.110 0.120 0.137 0.065 0.047 0.023 0.009 46 D 0.290 0.155 0.124 0.160 0.094 0.065 0.060 0.025 0.016 0.008 0.003 47 T 0.096 0.168 0.129 0.163 0.120 0.107 0.112 0.049 0.032 0.016 0.008 48 A 0.097 0.062 0.126 0.122 0.100 0.109 0.148 0.086 0.075 0.048 0.027 49 K 0.079 0.087 0.229 0.257 0.166 0.099 0.056 0.015 0.008 0.003 0.001 50 A 0.022 0.057 0.228 0.183 0.138 0.135 0.132 0.052 0.033 0.015 0.006 51 M 0.012 0.024 0.081 0.105 0.094 0.100 0.168 0.119 0.131 0.099 0.068 52 I 0.011 0.021 0.086 0.053 0.057 0.095 0.211 0.150 0.153 0.109 0.054 53 N 0.012 0.052 0.238 0.249 0.183 0.112 0.082 0.032 0.023 0.012 0.005 54 L 0.008 0.020 0.041 0.035 0.041 0.063 0.152 0.145 0.195 0.170 0.131 55 R 0.034 0.064 0.068 0.130 0.126 0.126 0.186 0.108 0.090 0.047 0.022 56 E 0.143 0.137 0.111 0.160 0.143 0.123 0.105 0.039 0.023 0.011 0.004 57 E 0.282 0.176 0.137 0.182 0.096 0.056 0.040 0.015 0.010 0.005 0.003 58 S 0.402 0.196 0.072 0.110 0.068 0.051 0.047 0.021 0.017 0.010 0.007 59 L 0.086 0.096 0.027 0.077 0.089 0.120 0.178 0.118 0.102 0.068 0.040 60 P 0.273 0.142 0.048 0.110 0.101 0.099 0.098 0.050 0.042 0.023 0.014 61 E 0.548 0.169 0.074 0.100 0.051 0.028 0.016 0.006 0.004 0.002 0.002 62 Y 0.071 0.090 0.068 0.171 0.144 0.148 0.156 0.069 0.048 0.023 0.011 63 F 0.037 0.038 0.032 0.051 0.039 0.054 0.125 0.133 0.197 0.169 0.126 64 D 0.052 0.124 0.138 0.208 0.159 0.129 0.109 0.040 0.025 0.012 0.004 65 T 0.043 0.059 0.098 0.115 0.125 0.147 0.188 0.097 0.071 0.040 0.018 66 A 0.102 0.044 0.070 0.085 0.070 0.091 0.182 0.121 0.112 0.077 0.046 67 Y 0.014 0.034 0.079 0.102 0.072 0.094 0.219 0.133 0.126 0.084 0.044 68 L 0.009 0.022 0.102 0.058 0.039 0.046 0.107 0.110 0.178 0.183 0.145 69 C 0.012 0.034 0.183 0.154 0.116 0.111 0.149 0.085 0.079 0.052 0.025 70 H 0.015 0.040 0.159 0.128 0.119 0.132 0.186 0.099 0.070 0.038 0.015 71 I 0.009 0.027 0.088 0.066 0.040 0.045 0.129 0.124 0.181 0.173 0.118 72 H 0.017 0.044 0.114 0.116 0.089 0.101 0.185 0.118 0.107 0.070 0.038 73 Q 0.056 0.085 0.226 0.205 0.154 0.107 0.084 0.038 0.026 0.013 0.006 74 Q 0.086 0.119 0.153 0.169 0.141 0.128 0.119 0.044 0.025 0.011 0.004 75 L 0.098 0.069 0.068 0.089 0.065 0.078 0.129 0.104 0.129 0.106 0.066