# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.339 0.092 0.023 0.011 0.005 0.014 0.052 0.006 0.001 0.004 0.454 2 P 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.983 3 K 0.016 0.009 0.001 0.008 0.005 0.008 0.086 0.001 0.001 0.001 0.866 4 A 0.233 0.087 0.002 0.010 0.006 0.012 0.088 0.001 0.001 0.004 0.556 5 K 0.096 0.454 0.001 0.023 0.017 0.025 0.060 0.006 0.001 0.002 0.317 6 A 0.229 0.367 0.003 0.007 0.008 0.019 0.045 0.003 0.001 0.004 0.314 7 K 0.219 0.438 0.003 0.014 0.020 0.019 0.029 0.024 0.001 0.002 0.231 8 T 0.327 0.324 0.017 0.015 0.017 0.022 0.035 0.031 0.001 0.006 0.207 9 K 0.047 0.074 0.038 0.018 0.020 0.018 0.040 0.013 0.001 0.003 0.730 10 N 0.078 0.028 0.008 0.038 0.031 0.044 0.204 0.016 0.001 0.012 0.540 11 T 0.334 0.024 0.040 0.066 0.021 0.025 0.085 0.005 0.001 0.018 0.382 12 E 0.073 0.033 0.011 0.150 0.073 0.077 0.260 0.004 0.001 0.009 0.310 13 I 0.072 0.015 0.008 0.123 0.086 0.126 0.125 0.003 0.001 0.008 0.433 14 I 0.056 0.019 0.004 0.343 0.107 0.211 0.078 0.003 0.001 0.006 0.172 15 S 0.030 0.008 0.003 0.098 0.122 0.124 0.179 0.002 0.001 0.003 0.430 16 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.976 17 H 0.008 0.001 0.001 0.054 0.035 0.086 0.457 0.001 0.001 0.010 0.348 18 H 0.559 0.003 0.001 0.023 0.010 0.019 0.114 0.001 0.001 0.047 0.222 19 Y 0.317 0.052 0.003 0.081 0.076 0.064 0.095 0.004 0.001 0.009 0.299 20 V 0.133 0.030 0.015 0.105 0.062 0.119 0.135 0.002 0.001 0.012 0.387 21 Y 0.047 0.015 0.006 0.137 0.157 0.227 0.087 0.002 0.001 0.003 0.319 22 P 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.966 23 N 0.012 0.002 0.001 0.032 0.063 0.161 0.213 0.001 0.001 0.007 0.510 24 T 0.285 0.011 0.003 0.027 0.015 0.038 0.125 0.001 0.001 0.037 0.458 25 T 0.119 0.050 0.002 0.057 0.072 0.055 0.188 0.002 0.001 0.008 0.446 26 T 0.089 0.037 0.004 0.045 0.036 0.067 0.201 0.001 0.001 0.013 0.506 27 L 0.088 0.108 0.005 0.083 0.137 0.198 0.137 0.002 0.001 0.006 0.236 28 K 0.022 0.101 0.003 0.031 0.053 0.124 0.106 0.002 0.001 0.003 0.557 29 N 0.056 0.135 0.002 0.031 0.118 0.173 0.086 0.005 0.001 0.007 0.386 30 K 0.323 0.133 0.006 0.011 0.016 0.028 0.088 0.009 0.001 0.016 0.369 31 Y 0.178 0.113 0.021 0.029 0.057 0.065 0.159 0.020 0.001 0.013 0.344 32 G 0.178 0.043 0.026 0.033 0.035 0.041 0.189 0.016 0.001 0.017 0.424 33 I 0.124 0.039 0.155 0.030 0.013 0.028 0.088 0.002 0.001 0.007 0.513 34 K 0.010 0.015 0.005 0.057 0.019 0.034 0.110 0.002 0.001 0.002 0.746 35 N 0.077 0.008 0.002 0.014 0.008 0.011 0.249 0.002 0.001 0.007 0.623 36 L 0.047 0.027 0.007 0.020 0.003 0.006 0.071 0.001 0.001 0.005 0.815 37 N 0.012 0.051 0.001 0.017 0.006 0.011 0.448 0.001 0.001 0.007 0.447 38 A 0.066 0.105 0.001 0.005 0.002 0.004 0.418 0.002 0.001 0.014 0.383 39 F 0.049 0.810 0.001 0.003 0.002 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.110 40 L 0.022 0.930 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.003 0.001 0.002 0.023 41 E 0.019 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.023 42 K 0.039 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.030 43 C 0.089 0.862 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.022 44 S 0.095 0.712 0.032 0.004 0.002 0.004 0.009 0.045 0.001 0.001 0.097 45 H 0.086 0.541 0.045 0.013 0.003 0.005 0.040 0.055 0.001 0.001 0.210 46 D 0.142 0.313 0.012 0.001 0.001 0.001 0.039 0.006 0.001 0.001 0.484 47 T 0.051 0.441 0.007 0.003 0.001 0.001 0.100 0.010 0.001 0.002 0.384 48 A 0.035 0.593 0.005 0.004 0.002 0.004 0.117 0.009 0.001 0.010 0.221 49 K 0.032 0.739 0.002 0.003 0.004 0.010 0.103 0.015 0.001 0.007 0.085 50 A 0.040 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.031 51 M 0.027 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 52 I 0.018 0.937 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.026 53 N 0.046 0.796 0.007 0.003 0.005 0.007 0.012 0.037 0.001 0.001 0.087 54 L 0.153 0.652 0.027 0.006 0.003 0.005 0.012 0.019 0.001 0.001 0.122 55 R 0.083 0.571 0.025 0.018 0.011 0.017 0.058 0.014 0.001 0.002 0.201 56 E 0.129 0.284 0.025 0.015 0.009 0.021 0.050 0.018 0.001 0.005 0.443 57 E 0.238 0.343 0.018 0.015 0.006 0.021 0.028 0.014 0.001 0.003 0.315 58 S 0.187 0.157 0.006 0.013 0.011 0.010 0.023 0.032 0.001 0.002 0.560 59 L 0.275 0.129 0.015 0.012 0.009 0.010 0.051 0.010 0.001 0.003 0.486 60 P 0.007 0.010 0.005 0.004 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.958 61 E 0.055 0.031 0.004 0.021 0.015 0.032 0.353 0.003 0.001 0.008 0.479 62 Y 0.421 0.050 0.004 0.015 0.008 0.014 0.120 0.004 0.001 0.012 0.352 63 F 0.174 0.295 0.011 0.084 0.039 0.050 0.063 0.005 0.001 0.005 0.275 64 D 0.052 0.129 0.005 0.035 0.030 0.036 0.126 0.003 0.001 0.003 0.582 65 T 0.066 0.133 0.005 0.048 0.024 0.042 0.047 0.004 0.001 0.005 0.626 66 A 0.076 0.221 0.008 0.071 0.056 0.097 0.144 0.007 0.001 0.011 0.309 67 Y 0.090 0.216 0.010 0.062 0.089 0.114 0.166 0.009 0.001 0.012 0.232 68 L 0.057 0.427 0.009 0.096 0.074 0.151 0.029 0.004 0.001 0.003 0.149 69 C 0.021 0.382 0.004 0.107 0.098 0.183 0.033 0.005 0.001 0.002 0.163 70 H 0.041 0.369 0.005 0.057 0.070 0.107 0.035 0.007 0.001 0.002 0.307 71 I 0.045 0.456 0.008 0.072 0.088 0.128 0.024 0.009 0.001 0.002 0.168 72 H 0.032 0.420 0.006 0.067 0.079 0.192 0.036 0.009 0.001 0.003 0.155 73 Q 0.048 0.310 0.006 0.033 0.070 0.113 0.043 0.014 0.001 0.003 0.360 74 Q 0.190 0.272 0.015 0.021 0.036 0.061 0.054 0.016 0.001 0.007 0.329 75 L 0.122 0.203 0.038 0.025 0.038 0.055 0.060 0.012 0.001 0.005 0.440