# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.284 0.374 0.007 0.044 0.021 0.018 0.001 0.148 0.004 0.001 2 P 0.357 0.007 0.549 0.010 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 3 K 0.625 0.073 0.170 0.068 0.013 0.021 0.008 0.007 0.011 0.003 0.001 4 A 0.631 0.060 0.166 0.048 0.035 0.016 0.009 0.009 0.008 0.017 0.001 5 K 0.682 0.072 0.095 0.091 0.017 0.016 0.010 0.003 0.009 0.003 0.001 6 A 0.640 0.064 0.133 0.072 0.031 0.017 0.018 0.009 0.008 0.008 0.002 7 K 0.572 0.086 0.118 0.145 0.022 0.020 0.017 0.005 0.011 0.003 0.001 8 T 0.256 0.201 0.201 0.221 0.035 0.034 0.013 0.003 0.032 0.002 0.001 9 K 0.265 0.184 0.253 0.130 0.038 0.035 0.054 0.006 0.026 0.008 0.001 10 N 0.109 0.065 0.193 0.176 0.031 0.177 0.156 0.015 0.070 0.007 0.001 11 T 0.424 0.207 0.151 0.121 0.037 0.025 0.011 0.004 0.018 0.001 0.001 12 E 0.384 0.247 0.221 0.053 0.029 0.032 0.010 0.003 0.020 0.002 0.001 13 I 0.284 0.303 0.236 0.079 0.020 0.049 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 14 I 0.260 0.295 0.223 0.109 0.023 0.034 0.012 0.001 0.041 0.002 0.001 15 S 0.081 0.241 0.416 0.001 0.068 0.016 0.018 0.001 0.150 0.007 0.001 16 P 0.264 0.002 0.517 0.017 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 17 H 0.189 0.198 0.184 0.196 0.074 0.042 0.058 0.029 0.025 0.003 0.001 18 H 0.175 0.339 0.156 0.123 0.084 0.037 0.049 0.008 0.024 0.004 0.001 19 Y 0.067 0.540 0.167 0.057 0.083 0.037 0.014 0.002 0.031 0.001 0.001 20 V 0.062 0.528 0.280 0.040 0.022 0.042 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 21 Y 0.011 0.325 0.311 0.001 0.020 0.033 0.004 0.001 0.292 0.001 0.001 22 P 0.312 0.001 0.614 0.016 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 23 N 0.075 0.017 0.053 0.312 0.016 0.086 0.247 0.152 0.039 0.003 0.001 24 T 0.076 0.213 0.509 0.071 0.039 0.043 0.018 0.005 0.024 0.002 0.001 25 T 0.591 0.108 0.149 0.073 0.027 0.019 0.016 0.004 0.010 0.002 0.001 26 T 0.518 0.182 0.174 0.056 0.024 0.023 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 27 L 0.581 0.125 0.119 0.101 0.012 0.035 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 28 K 0.483 0.162 0.206 0.055 0.022 0.036 0.010 0.002 0.019 0.006 0.001 29 N 0.444 0.060 0.182 0.108 0.037 0.083 0.045 0.009 0.025 0.005 0.001 30 K 0.716 0.035 0.046 0.156 0.005 0.018 0.013 0.003 0.006 0.001 0.001 31 Y 0.400 0.053 0.068 0.411 0.019 0.007 0.027 0.005 0.010 0.001 0.001 32 G 0.169 0.010 0.035 0.036 0.061 0.005 0.088 0.360 0.003 0.234 0.001 33 I 0.455 0.203 0.151 0.105 0.023 0.037 0.005 0.002 0.014 0.003 0.001 34 K 0.422 0.188 0.146 0.133 0.056 0.026 0.009 0.004 0.009 0.006 0.001 35 N 0.041 0.041 0.175 0.027 0.031 0.356 0.011 0.001 0.311 0.004 0.002 36 L 0.970 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.952 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.966 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.964 0.005 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.958 0.005 0.010 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 K 0.803 0.008 0.011 0.168 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 C 0.394 0.071 0.164 0.226 0.019 0.032 0.038 0.009 0.043 0.003 0.001 44 S 0.506 0.038 0.154 0.206 0.012 0.042 0.021 0.009 0.009 0.004 0.001 45 H 0.237 0.105 0.237 0.192 0.065 0.051 0.042 0.015 0.041 0.017 0.001 46 D 0.637 0.019 0.109 0.119 0.014 0.038 0.035 0.017 0.007 0.004 0.001 47 T 0.573 0.129 0.090 0.142 0.032 0.016 0.004 0.003 0.011 0.002 0.001 48 A 0.814 0.032 0.046 0.064 0.008 0.011 0.011 0.007 0.006 0.002 0.001 49 K 0.768 0.077 0.076 0.040 0.008 0.011 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 50 A 0.764 0.074 0.066 0.047 0.019 0.011 0.010 0.003 0.004 0.001 0.001 51 M 0.667 0.153 0.072 0.076 0.008 0.012 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 52 I 0.401 0.403 0.070 0.039 0.023 0.015 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 53 N 0.255 0.071 0.157 0.067 0.012 0.181 0.166 0.004 0.081 0.002 0.003 54 L 0.448 0.131 0.111 0.246 0.019 0.022 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 55 R 0.239 0.198 0.273 0.106 0.066 0.040 0.035 0.012 0.019 0.010 0.001 56 E 0.283 0.184 0.235 0.131 0.038 0.046 0.044 0.009 0.023 0.006 0.001 57 E 0.246 0.242 0.299 0.061 0.066 0.028 0.017 0.004 0.028 0.008 0.001 58 S 0.194 0.098 0.506 0.065 0.036 0.044 0.012 0.004 0.025 0.008 0.008 59 L 0.102 0.074 0.671 0.008 0.010 0.042 0.014 0.001 0.069 0.003 0.006 60 P 0.355 0.004 0.562 0.013 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 61 E 0.822 0.013 0.045 0.071 0.008 0.006 0.011 0.017 0.002 0.003 0.001 62 Y 0.621 0.057 0.053 0.212 0.013 0.012 0.010 0.006 0.010 0.004 0.001 63 F 0.388 0.145 0.195 0.124 0.048 0.034 0.023 0.010 0.025 0.008 0.001 64 D 0.617 0.046 0.074 0.096 0.013 0.070 0.053 0.005 0.022 0.002 0.001 65 T 0.752 0.073 0.032 0.101 0.020 0.010 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 66 A 0.843 0.048 0.040 0.042 0.015 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 67 Y 0.722 0.081 0.046 0.051 0.022 0.029 0.016 0.004 0.027 0.002 0.001 68 L 0.894 0.026 0.032 0.024 0.002 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 69 C 0.906 0.026 0.023 0.028 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 70 H 0.916 0.022 0.011 0.028 0.006 0.006 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 71 I 0.923 0.021 0.017 0.029 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 H 0.890 0.021 0.015 0.052 0.004 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.894 0.018 0.026 0.045 0.005 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.670 0.023 0.038 0.239 0.004 0.010 0.007 0.002 0.008 0.001 0.001 75 L 0.505 0.050 0.233 0.124 0.006 0.039 0.019 0.004 0.019 0.002 0.001