# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.728 0.180 0.064 0.021 0.005 0.001 0.001 2 P 0.775 0.131 0.052 0.028 0.011 0.003 0.001 3 K 0.700 0.210 0.065 0.019 0.004 0.001 0.001 4 A 0.621 0.197 0.103 0.058 0.018 0.003 0.001 5 K 0.669 0.220 0.079 0.024 0.006 0.001 0.001 6 A 0.794 0.150 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 7 K 0.598 0.233 0.116 0.043 0.009 0.001 0.001 8 T 0.719 0.177 0.065 0.029 0.008 0.002 0.001 9 K 0.590 0.236 0.111 0.048 0.013 0.002 0.001 10 N 0.596 0.227 0.102 0.052 0.018 0.004 0.001 11 T 0.446 0.242 0.154 0.104 0.042 0.010 0.001 12 E 0.506 0.263 0.127 0.066 0.026 0.009 0.002 13 I 0.324 0.228 0.185 0.153 0.079 0.027 0.003 14 I 0.205 0.174 0.181 0.199 0.147 0.081 0.013 15 S 0.307 0.232 0.182 0.147 0.083 0.039 0.010 16 P 0.334 0.293 0.179 0.113 0.050 0.024 0.007 17 H 0.097 0.113 0.146 0.229 0.229 0.156 0.032 18 H 0.133 0.161 0.184 0.210 0.167 0.118 0.027 19 Y 0.101 0.118 0.141 0.188 0.194 0.189 0.068 20 V 0.095 0.112 0.135 0.200 0.212 0.192 0.053 21 Y 0.128 0.149 0.166 0.224 0.190 0.115 0.027 22 P 0.323 0.300 0.188 0.122 0.047 0.016 0.004 23 N 0.346 0.287 0.175 0.122 0.050 0.017 0.003 24 T 0.339 0.270 0.184 0.124 0.056 0.022 0.003 25 T 0.335 0.263 0.174 0.125 0.066 0.031 0.006 26 T 0.135 0.220 0.230 0.215 0.126 0.062 0.011 27 L 0.069 0.085 0.106 0.205 0.264 0.225 0.046 28 K 0.131 0.231 0.220 0.205 0.125 0.070 0.019 29 N 0.216 0.225 0.191 0.174 0.106 0.070 0.019 30 K 0.287 0.226 0.182 0.151 0.088 0.054 0.012 31 Y 0.355 0.212 0.159 0.133 0.081 0.047 0.014 32 G 0.347 0.224 0.147 0.123 0.091 0.060 0.009 33 I 0.363 0.235 0.164 0.119 0.071 0.041 0.007 34 K 0.461 0.268 0.143 0.077 0.033 0.014 0.003 35 N 0.350 0.294 0.188 0.102 0.046 0.018 0.002 36 L 0.257 0.168 0.189 0.212 0.127 0.044 0.003 37 N 0.551 0.304 0.105 0.032 0.007 0.001 0.001 38 A 0.384 0.365 0.168 0.065 0.015 0.003 0.001 39 F 0.174 0.108 0.117 0.241 0.249 0.106 0.006 40 L 0.195 0.244 0.240 0.206 0.095 0.019 0.001 41 E 0.399 0.352 0.153 0.068 0.020 0.007 0.001 42 K 0.206 0.257 0.241 0.182 0.080 0.031 0.004 43 C 0.108 0.103 0.162 0.246 0.229 0.134 0.017 44 S 0.312 0.318 0.188 0.104 0.049 0.024 0.004 45 H 0.261 0.201 0.181 0.179 0.114 0.056 0.008 46 D 0.434 0.292 0.148 0.078 0.032 0.013 0.003 47 T 0.333 0.264 0.191 0.131 0.059 0.020 0.003 48 A 0.322 0.181 0.152 0.168 0.115 0.055 0.007 49 K 0.331 0.287 0.201 0.119 0.046 0.014 0.002 50 A 0.327 0.240 0.179 0.134 0.076 0.038 0.006 51 M 0.207 0.166 0.153 0.172 0.156 0.121 0.025 52 I 0.217 0.162 0.155 0.185 0.158 0.101 0.023 53 N 0.270 0.245 0.183 0.150 0.089 0.051 0.012 54 L 0.154 0.129 0.147 0.214 0.199 0.134 0.023 55 R 0.181 0.178 0.192 0.208 0.148 0.080 0.013 56 E 0.391 0.323 0.165 0.082 0.028 0.009 0.002 57 E 0.519 0.267 0.121 0.062 0.021 0.007 0.002 58 S 0.401 0.263 0.162 0.108 0.045 0.018 0.003 59 L 0.252 0.216 0.195 0.173 0.107 0.051 0.006 60 P 0.411 0.254 0.157 0.107 0.051 0.018 0.003 61 E 0.520 0.299 0.117 0.045 0.014 0.004 0.001 62 Y 0.159 0.201 0.246 0.230 0.124 0.038 0.003 63 F 0.112 0.110 0.138 0.211 0.253 0.155 0.020 64 D 0.250 0.318 0.219 0.133 0.055 0.021 0.005 65 T 0.165 0.223 0.229 0.213 0.116 0.047 0.007 66 A 0.074 0.092 0.114 0.204 0.255 0.212 0.049 67 Y 0.024 0.041 0.095 0.200 0.264 0.280 0.098 68 L 0.018 0.028 0.039 0.064 0.138 0.407 0.306 69 C 0.076 0.113 0.150 0.230 0.216 0.164 0.051 70 H 0.056 0.149 0.203 0.211 0.179 0.147 0.054 71 I 0.037 0.026 0.031 0.093 0.227 0.429 0.156 72 H 0.093 0.138 0.182 0.226 0.196 0.151 0.014 73 Q 0.232 0.268 0.214 0.171 0.083 0.029 0.003 74 Q 0.281 0.251 0.215 0.157 0.072 0.023 0.002 75 L 0.294 0.174 0.161 0.169 0.123 0.072 0.006