# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.004 0.002 0.007 0.100 0.879 2 P 0.012 0.007 0.013 0.037 0.178 0.753 3 K 0.020 0.014 0.067 0.114 0.283 0.501 4 A 0.047 0.022 0.147 0.142 0.348 0.293 5 K 0.065 0.015 0.124 0.138 0.383 0.274 6 A 0.121 0.013 0.082 0.111 0.311 0.363 7 K 0.140 0.015 0.036 0.161 0.252 0.396 8 T 0.188 0.022 0.023 0.155 0.320 0.293 9 K 0.209 0.018 0.012 0.112 0.283 0.365 10 N 0.189 0.010 0.014 0.132 0.275 0.381 11 T 0.478 0.013 0.019 0.070 0.207 0.212 12 E 0.707 0.009 0.015 0.063 0.077 0.129 13 I 0.731 0.017 0.013 0.049 0.067 0.122 14 I 0.526 0.039 0.006 0.039 0.118 0.272 15 S 0.257 0.020 0.009 0.011 0.367 0.335 16 P 0.088 0.009 0.132 0.026 0.552 0.192 17 H 0.065 0.014 0.280 0.025 0.513 0.103 18 H 0.127 0.016 0.192 0.019 0.533 0.113 19 Y 0.200 0.028 0.042 0.014 0.310 0.406 20 V 0.280 0.148 0.012 0.015 0.183 0.362 21 Y 0.198 0.072 0.010 0.016 0.485 0.219 22 P 0.072 0.016 0.021 0.036 0.701 0.155 23 N 0.024 0.012 0.030 0.068 0.718 0.147 24 T 0.043 0.029 0.033 0.207 0.539 0.148 25 T 0.042 0.016 0.050 0.506 0.227 0.160 26 T 0.041 0.017 0.047 0.681 0.127 0.087 27 L 0.043 0.019 0.067 0.673 0.118 0.081 28 K 0.061 0.016 0.066 0.605 0.126 0.126 29 N 0.043 0.008 0.061 0.545 0.152 0.191 30 K 0.013 0.004 0.050 0.732 0.132 0.069 31 Y 0.017 0.004 0.057 0.514 0.268 0.140 32 G 0.026 0.004 0.039 0.110 0.441 0.381 33 I 0.120 0.032 0.054 0.189 0.324 0.280 34 K 0.158 0.040 0.024 0.212 0.207 0.359 35 N 0.066 0.017 0.010 0.152 0.130 0.626 36 L 0.001 0.001 0.050 0.919 0.015 0.014 37 N 0.003 0.001 0.085 0.879 0.023 0.011 38 A 0.004 0.001 0.097 0.850 0.040 0.008 39 F 0.006 0.003 0.050 0.873 0.045 0.023 40 L 0.007 0.002 0.031 0.911 0.031 0.018 41 E 0.009 0.001 0.040 0.883 0.039 0.028 42 K 0.009 0.002 0.029 0.843 0.048 0.069 43 C 0.015 0.008 0.024 0.711 0.073 0.168 44 S 0.014 0.007 0.015 0.644 0.111 0.208 45 H 0.006 0.002 0.013 0.770 0.075 0.134 46 D 0.006 0.002 0.012 0.826 0.067 0.087 47 T 0.004 0.001 0.013 0.899 0.044 0.039 48 A 0.008 0.002 0.014 0.914 0.033 0.029 49 K 0.016 0.001 0.017 0.911 0.034 0.021 50 A 0.033 0.001 0.016 0.888 0.035 0.027 51 M 0.050 0.002 0.009 0.893 0.021 0.024 52 I 0.079 0.004 0.007 0.837 0.023 0.049 53 N 0.055 0.003 0.010 0.815 0.037 0.080 54 L 0.072 0.007 0.023 0.715 0.059 0.123 55 R 0.081 0.006 0.056 0.566 0.104 0.188 56 E 0.119 0.015 0.118 0.313 0.151 0.284 57 E 0.085 0.015 0.047 0.224 0.178 0.451 58 S 0.038 0.013 0.018 0.131 0.142 0.658 59 L 0.006 0.008 0.004 0.020 0.152 0.810 60 P 0.005 0.007 0.129 0.181 0.398 0.280 61 E 0.006 0.003 0.244 0.238 0.380 0.130 62 Y 0.015 0.009 0.291 0.235 0.353 0.097 63 F 0.026 0.024 0.064 0.295 0.285 0.305 64 D 0.038 0.015 0.038 0.318 0.146 0.445 65 T 0.012 0.002 0.024 0.871 0.038 0.053 66 A 0.016 0.001 0.014 0.935 0.017 0.017 67 Y 0.012 0.001 0.009 0.964 0.007 0.006 68 L 0.017 0.001 0.012 0.949 0.011 0.009 69 C 0.016 0.001 0.016 0.939 0.018 0.010 70 H 0.018 0.002 0.019 0.928 0.022 0.011 71 I 0.009 0.002 0.021 0.920 0.029 0.019 72 H 0.005 0.001 0.020 0.915 0.026 0.032 73 Q 0.003 0.001 0.017 0.893 0.026 0.059 74 Q 0.004 0.003 0.015 0.716 0.046 0.215 75 L 0.004 0.004 0.008 0.130 0.093 0.762