# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.303 0.145 0.005 0.006 0.038 0.020 0.069 0.039 0.002 0.052 0.322 2 P 0.091 0.235 0.002 0.009 0.013 0.024 0.072 0.013 0.001 0.035 0.506 3 K 0.156 0.186 0.018 0.026 0.013 0.040 0.058 0.005 0.004 0.055 0.440 4 A 0.079 0.068 0.006 0.040 0.067 0.079 0.081 0.009 0.002 0.086 0.484 5 K 0.063 0.040 0.002 0.037 0.067 0.097 0.086 0.005 0.001 0.077 0.524 6 A 0.035 0.014 0.003 0.072 0.049 0.044 0.098 0.003 0.001 0.033 0.650 7 K 0.034 0.006 0.001 0.079 0.074 0.091 0.127 0.004 0.001 0.066 0.518 8 T 0.046 0.030 0.002 0.051 0.054 0.067 0.124 0.004 0.001 0.053 0.569 9 K 0.047 0.029 0.003 0.061 0.046 0.064 0.142 0.015 0.001 0.039 0.552 10 N 0.088 0.082 0.005 0.072 0.043 0.075 0.121 0.027 0.002 0.064 0.422 11 T 0.126 0.080 0.002 0.085 0.036 0.087 0.105 0.010 0.001 0.085 0.384 12 E 0.060 0.018 0.003 0.115 0.062 0.099 0.104 0.002 0.001 0.073 0.464 13 I 0.009 0.021 0.004 0.109 0.073 0.107 0.144 0.001 0.002 0.031 0.499 14 I 0.036 0.030 0.007 0.064 0.050 0.063 0.109 0.004 0.004 0.038 0.593 15 S 0.370 0.129 0.004 0.025 0.036 0.035 0.073 0.023 0.003 0.097 0.206 16 P 0.216 0.087 0.008 0.023 0.009 0.026 0.107 0.011 0.003 0.083 0.427 17 H 0.058 0.112 0.004 0.029 0.029 0.114 0.107 0.012 0.001 0.049 0.484 18 H 0.045 0.017 0.001 0.048 0.127 0.248 0.083 0.003 0.001 0.073 0.355 19 Y 0.008 0.003 0.002 0.061 0.137 0.202 0.102 0.001 0.001 0.057 0.427 20 V 0.004 0.001 0.004 0.116 0.099 0.164 0.079 0.001 0.002 0.038 0.493 21 Y 0.332 0.003 0.002 0.030 0.084 0.105 0.069 0.006 0.002 0.105 0.260 22 P 0.145 0.002 0.003 0.026 0.006 0.014 0.115 0.002 0.002 0.075 0.610 23 N 0.007 0.002 0.001 0.010 0.014 0.033 0.115 0.005 0.001 0.026 0.787 24 T 0.016 0.003 0.001 0.028 0.085 0.104 0.147 0.005 0.001 0.042 0.571 25 T 0.005 0.004 0.001 0.097 0.199 0.292 0.068 0.002 0.001 0.047 0.286 26 T 0.004 0.004 0.001 0.137 0.198 0.349 0.030 0.001 0.001 0.075 0.202 27 L 0.006 0.004 0.002 0.158 0.309 0.246 0.037 0.001 0.001 0.034 0.201 28 K 0.010 0.010 0.003 0.226 0.225 0.253 0.052 0.002 0.002 0.032 0.186 29 N 0.133 0.024 0.002 0.109 0.104 0.149 0.071 0.010 0.002 0.072 0.323 30 K 0.155 0.019 0.002 0.083 0.059 0.090 0.096 0.011 0.002 0.102 0.382 31 Y 0.036 0.031 0.002 0.070 0.039 0.111 0.141 0.005 0.001 0.044 0.520 32 G 0.054 0.045 0.003 0.070 0.058 0.098 0.122 0.003 0.001 0.065 0.482 33 I 0.047 0.034 0.003 0.049 0.069 0.052 0.122 0.002 0.001 0.156 0.466 34 K 0.007 0.163 0.001 0.036 0.028 0.033 0.122 0.004 0.001 0.078 0.528 35 N 0.022 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.005 0.020 36 L 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.016 37 N 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.019 38 A 0.022 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.049 0.029 39 F 0.045 0.656 0.046 0.002 0.001 0.001 0.017 0.026 0.020 0.129 0.057 40 L 0.229 0.227 0.016 0.004 0.002 0.003 0.042 0.015 0.006 0.313 0.143 41 E 0.040 0.253 0.011 0.010 0.002 0.004 0.068 0.006 0.006 0.124 0.477 42 K 0.125 0.184 0.009 0.007 0.001 0.002 0.087 0.006 0.002 0.083 0.494 43 C 0.047 0.055 0.006 0.014 0.003 0.005 0.068 0.008 0.002 0.461 0.332 44 S 0.023 0.480 0.002 0.002 0.001 0.002 0.051 0.004 0.001 0.034 0.400 45 H 0.067 0.756 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.010 0.141 46 D 0.031 0.761 0.004 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.002 0.043 0.130 47 T 0.084 0.748 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.002 0.031 0.101 48 A 0.100 0.728 0.012 0.006 0.001 0.001 0.014 0.017 0.003 0.038 0.079 49 K 0.132 0.242 0.009 0.015 0.006 0.009 0.091 0.009 0.004 0.201 0.282 50 A 0.054 0.234 0.005 0.048 0.010 0.020 0.128 0.005 0.001 0.106 0.390 51 M 0.046 0.123 0.011 0.071 0.015 0.021 0.151 0.011 0.003 0.117 0.432 52 I 0.077 0.042 0.008 0.100 0.031 0.047 0.172 0.011 0.003 0.127 0.383 53 N 0.065 0.035 0.004 0.113 0.020 0.059 0.121 0.006 0.003 0.118 0.456 54 L 0.096 0.014 0.004 0.055 0.013 0.037 0.123 0.006 0.002 0.112 0.538 55 R 0.058 0.015 0.002 0.095 0.022 0.058 0.141 0.005 0.002 0.083 0.519 56 E 0.068 0.009 0.002 0.035 0.012 0.022 0.108 0.001 0.001 0.041 0.701 57 E 0.012 0.005 0.001 0.030 0.029 0.046 0.162 0.004 0.001 0.043 0.669 58 S 0.115 0.040 0.002 0.016 0.009 0.010 0.118 0.006 0.002 0.044 0.638 59 L 0.267 0.115 0.003 0.010 0.010 0.012 0.107 0.037 0.001 0.068 0.368 60 P 0.194 0.086 0.002 0.007 0.003 0.007 0.100 0.007 0.001 0.038 0.556 61 E 0.057 0.038 0.003 0.021 0.015 0.032 0.110 0.004 0.001 0.161 0.559 62 Y 0.033 0.286 0.002 0.013 0.017 0.026 0.088 0.006 0.001 0.106 0.422 63 F 0.071 0.571 0.006 0.010 0.011 0.015 0.046 0.008 0.002 0.042 0.219 64 D 0.025 0.693 0.003 0.012 0.015 0.024 0.032 0.006 0.001 0.040 0.148 65 T 0.050 0.551 0.002 0.009 0.016 0.033 0.044 0.005 0.001 0.086 0.203 66 A 0.033 0.628 0.008 0.025 0.023 0.031 0.035 0.007 0.002 0.087 0.120 67 Y 0.050 0.503 0.007 0.030 0.030 0.045 0.056 0.008 0.002 0.113 0.158 68 L 0.043 0.411 0.007 0.038 0.049 0.066 0.055 0.007 0.002 0.133 0.188 69 C 0.062 0.378 0.009 0.060 0.044 0.057 0.067 0.010 0.003 0.101 0.209 70 H 0.087 0.203 0.023 0.068 0.048 0.075 0.097 0.013 0.008 0.098 0.279 71 I 0.092 0.198 0.012 0.062 0.051 0.085 0.099 0.018 0.007 0.071 0.307 72 H 0.195 0.090 0.012 0.032 0.030 0.054 0.099 0.012 0.008 0.068 0.401 73 Q 0.141 0.050 0.006 0.047 0.045 0.080 0.114 0.008 0.003 0.056 0.451 74 Q 0.044 0.032 0.004 0.033 0.030 0.076 0.133 0.004 0.002 0.041 0.600 75 L 0.059 0.032 0.008 0.047 0.046 0.066 0.129 0.007 0.003 0.048 0.556