# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.270 0.143 0.056 0.109 0.073 0.069 0.079 0.072 0.062 0.045 0.022 2 P 0.451 0.165 0.047 0.067 0.051 0.047 0.055 0.041 0.037 0.028 0.013 3 K 0.277 0.185 0.105 0.179 0.113 0.061 0.042 0.020 0.011 0.005 0.002 4 A 0.220 0.068 0.037 0.046 0.045 0.056 0.107 0.118 0.130 0.110 0.063 5 K 0.080 0.106 0.233 0.295 0.157 0.064 0.037 0.014 0.008 0.003 0.001 6 A 0.303 0.140 0.204 0.123 0.066 0.050 0.049 0.029 0.019 0.011 0.005 7 K 0.102 0.109 0.220 0.191 0.128 0.101 0.081 0.035 0.020 0.009 0.004 8 T 0.188 0.120 0.159 0.112 0.081 0.076 0.106 0.062 0.050 0.031 0.016 9 K 0.178 0.196 0.237 0.181 0.099 0.051 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 10 N 0.226 0.183 0.136 0.129 0.090 0.066 0.067 0.037 0.033 0.022 0.012 11 T 0.188 0.101 0.062 0.120 0.114 0.098 0.115 0.072 0.065 0.042 0.024 12 E 0.285 0.202 0.120 0.153 0.095 0.058 0.044 0.020 0.013 0.007 0.003 13 I 0.085 0.093 0.075 0.141 0.125 0.125 0.133 0.086 0.069 0.042 0.024 14 I 0.108 0.080 0.057 0.103 0.111 0.117 0.133 0.098 0.089 0.062 0.042 15 S 0.200 0.138 0.063 0.125 0.107 0.085 0.110 0.068 0.053 0.033 0.019 16 P 0.285 0.184 0.080 0.164 0.105 0.070 0.052 0.026 0.018 0.010 0.006 17 H 0.024 0.028 0.016 0.053 0.075 0.102 0.185 0.164 0.150 0.121 0.084 18 H 0.071 0.096 0.059 0.195 0.165 0.131 0.119 0.068 0.047 0.030 0.019 19 Y 0.026 0.026 0.026 0.058 0.078 0.100 0.187 0.162 0.161 0.114 0.062 20 V 0.030 0.045 0.040 0.114 0.095 0.093 0.155 0.145 0.141 0.090 0.052 21 Y 0.014 0.026 0.017 0.060 0.086 0.114 0.189 0.171 0.161 0.101 0.061 22 P 0.326 0.228 0.108 0.166 0.080 0.041 0.027 0.012 0.007 0.004 0.002 23 N 0.279 0.132 0.055 0.162 0.120 0.096 0.086 0.037 0.021 0.010 0.004 24 T 0.080 0.069 0.026 0.070 0.069 0.079 0.141 0.131 0.147 0.113 0.075 25 T 0.108 0.168 0.097 0.239 0.147 0.106 0.073 0.030 0.017 0.009 0.005 26 T 0.059 0.075 0.085 0.143 0.140 0.145 0.159 0.090 0.056 0.032 0.015 27 L 0.036 0.020 0.032 0.052 0.053 0.072 0.167 0.169 0.173 0.142 0.084 28 K 0.017 0.057 0.064 0.214 0.204 0.133 0.125 0.076 0.057 0.035 0.018 29 N 0.010 0.029 0.043 0.072 0.080 0.079 0.126 0.138 0.175 0.139 0.108 30 K 0.148 0.133 0.160 0.202 0.148 0.094 0.068 0.025 0.014 0.006 0.003 31 Y 0.031 0.045 0.035 0.088 0.110 0.124 0.239 0.138 0.099 0.065 0.024 32 G 0.117 0.176 0.107 0.180 0.110 0.081 0.085 0.050 0.043 0.031 0.020 33 I 0.052 0.075 0.091 0.156 0.143 0.129 0.159 0.079 0.065 0.034 0.017 34 K 0.422 0.201 0.184 0.113 0.042 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 35 N 0.037 0.130 0.066 0.149 0.121 0.139 0.175 0.088 0.053 0.028 0.013 36 L 0.014 0.012 0.016 0.032 0.057 0.104 0.210 0.163 0.170 0.128 0.095 37 N 0.251 0.168 0.271 0.198 0.069 0.027 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 38 A 0.019 0.055 0.198 0.290 0.202 0.130 0.075 0.020 0.008 0.003 0.001 39 F 0.006 0.006 0.023 0.017 0.017 0.029 0.100 0.148 0.221 0.237 0.196 40 L 0.006 0.011 0.063 0.116 0.170 0.198 0.256 0.100 0.053 0.021 0.008 41 E 0.016 0.042 0.653 0.156 0.072 0.034 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 42 K 0.017 0.041 0.068 0.132 0.174 0.223 0.224 0.072 0.030 0.014 0.005 43 C 0.022 0.015 0.020 0.020 0.023 0.035 0.120 0.169 0.232 0.217 0.126 44 S 0.077 0.170 0.134 0.184 0.148 0.113 0.090 0.037 0.024 0.014 0.008 45 H 0.068 0.104 0.179 0.162 0.130 0.114 0.118 0.057 0.040 0.020 0.008 46 D 0.338 0.155 0.127 0.121 0.083 0.061 0.057 0.026 0.017 0.010 0.006 47 T 0.077 0.119 0.156 0.178 0.122 0.102 0.121 0.053 0.037 0.022 0.014 48 A 0.099 0.038 0.098 0.075 0.072 0.094 0.170 0.126 0.113 0.074 0.041 49 K 0.058 0.060 0.233 0.272 0.163 0.105 0.066 0.023 0.012 0.005 0.002 50 A 0.021 0.045 0.273 0.142 0.115 0.126 0.134 0.068 0.042 0.023 0.011 51 M 0.012 0.019 0.079 0.084 0.079 0.093 0.158 0.131 0.141 0.122 0.083 52 I 0.011 0.017 0.077 0.047 0.055 0.084 0.199 0.154 0.163 0.125 0.067 53 N 0.012 0.050 0.222 0.213 0.182 0.112 0.092 0.047 0.036 0.022 0.012 54 L 0.008 0.015 0.031 0.025 0.033 0.046 0.126 0.135 0.204 0.198 0.178 55 R 0.033 0.049 0.062 0.115 0.140 0.143 0.196 0.110 0.084 0.044 0.024 56 E 0.133 0.123 0.127 0.169 0.150 0.113 0.109 0.039 0.022 0.010 0.004 57 E 0.230 0.159 0.141 0.172 0.107 0.070 0.061 0.027 0.017 0.010 0.006 58 S 0.508 0.194 0.069 0.095 0.051 0.031 0.026 0.011 0.008 0.005 0.003 59 L 0.036 0.055 0.018 0.062 0.080 0.122 0.204 0.148 0.120 0.091 0.065 60 P 0.171 0.147 0.054 0.126 0.130 0.112 0.111 0.062 0.046 0.025 0.016 61 E 0.635 0.140 0.057 0.087 0.041 0.020 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 62 Y 0.077 0.096 0.060 0.186 0.162 0.144 0.150 0.062 0.037 0.018 0.008 63 F 0.026 0.017 0.017 0.038 0.046 0.077 0.151 0.155 0.189 0.158 0.125 64 D 0.038 0.100 0.126 0.233 0.176 0.138 0.113 0.041 0.022 0.010 0.004 65 T 0.025 0.042 0.078 0.133 0.132 0.152 0.182 0.110 0.080 0.046 0.021 66 A 0.080 0.040 0.066 0.088 0.088 0.110 0.189 0.126 0.107 0.068 0.039 67 Y 0.008 0.015 0.043 0.074 0.074 0.096 0.230 0.166 0.144 0.099 0.051 68 L 0.005 0.012 0.071 0.038 0.028 0.035 0.096 0.131 0.201 0.220 0.164 69 C 0.009 0.020 0.101 0.123 0.117 0.129 0.170 0.121 0.103 0.072 0.036 70 H 0.013 0.032 0.125 0.106 0.114 0.126 0.198 0.125 0.091 0.050 0.020 71 I 0.007 0.017 0.056 0.050 0.039 0.044 0.127 0.151 0.208 0.190 0.111 72 H 0.012 0.022 0.057 0.089 0.097 0.118 0.220 0.145 0.124 0.077 0.039 73 Q 0.047 0.064 0.182 0.174 0.145 0.122 0.129 0.065 0.043 0.021 0.009 74 Q 0.051 0.086 0.106 0.169 0.168 0.146 0.142 0.067 0.041 0.018 0.007 75 L 0.051 0.041 0.032 0.064 0.063 0.072 0.134 0.139 0.175 0.146 0.084