# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 P 0.023 0.015 0.007 0.073 0.006 0.016 0.860 3 K 0.046 0.019 0.029 0.178 0.097 0.056 0.576 4 A 0.040 0.010 0.071 0.236 0.051 0.063 0.528 5 K 0.043 0.007 0.075 0.363 0.070 0.067 0.375 6 A 0.049 0.007 0.078 0.343 0.118 0.099 0.306 7 K 0.042 0.011 0.065 0.244 0.152 0.162 0.324 8 T 0.049 0.017 0.042 0.108 0.183 0.110 0.491 9 K 0.079 0.012 0.035 0.044 0.217 0.215 0.397 10 N 0.093 0.018 0.042 0.032 0.175 0.278 0.362 11 T 0.180 0.016 0.053 0.043 0.145 0.078 0.486 12 E 0.368 0.027 0.044 0.036 0.099 0.040 0.386 13 I 0.533 0.037 0.019 0.020 0.056 0.023 0.311 14 I 0.375 0.036 0.009 0.019 0.098 0.019 0.444 15 S 0.156 0.012 0.003 0.004 0.135 0.010 0.679 16 P 0.075 0.010 0.036 0.017 0.133 0.275 0.453 17 H 0.107 0.020 0.076 0.026 0.209 0.309 0.254 18 H 0.231 0.015 0.070 0.028 0.246 0.111 0.298 19 Y 0.342 0.039 0.021 0.019 0.116 0.059 0.404 20 V 0.373 0.274 0.005 0.015 0.074 0.028 0.230 21 Y 0.146 0.035 0.002 0.004 0.077 0.011 0.725 22 P 0.011 0.002 0.012 0.014 0.074 0.830 0.057 23 N 0.016 0.007 0.015 0.020 0.113 0.763 0.067 24 T 0.078 0.030 0.067 0.167 0.161 0.111 0.386 25 T 0.170 0.026 0.045 0.197 0.157 0.115 0.290 26 T 0.366 0.046 0.051 0.196 0.086 0.061 0.193 27 L 0.441 0.031 0.055 0.206 0.052 0.035 0.181 28 K 0.328 0.018 0.070 0.252 0.080 0.079 0.172 29 N 0.238 0.012 0.057 0.216 0.091 0.161 0.224 30 K 0.109 0.014 0.060 0.290 0.137 0.185 0.205 31 Y 0.073 0.020 0.046 0.186 0.151 0.367 0.157 32 G 0.067 0.009 0.036 0.102 0.189 0.301 0.295 33 I 0.089 0.023 0.046 0.114 0.144 0.091 0.493 34 K 0.120 0.068 0.035 0.186 0.208 0.083 0.301 35 N 0.088 0.040 0.025 0.142 0.112 0.043 0.549 36 L 0.003 0.001 0.046 0.907 0.003 0.021 0.019 37 N 0.001 0.001 0.039 0.935 0.003 0.016 0.005 38 A 0.001 0.001 0.027 0.953 0.003 0.012 0.005 39 F 0.001 0.001 0.010 0.972 0.001 0.012 0.003 40 L 0.002 0.001 0.012 0.965 0.003 0.015 0.003 41 E 0.002 0.001 0.019 0.927 0.004 0.043 0.005 42 K 0.002 0.001 0.021 0.866 0.007 0.093 0.010 43 C 0.005 0.006 0.026 0.654 0.041 0.183 0.084 44 S 0.006 0.006 0.027 0.473 0.054 0.268 0.167 45 H 0.006 0.003 0.026 0.417 0.160 0.173 0.214 46 D 0.006 0.003 0.020 0.529 0.141 0.142 0.159 47 T 0.009 0.005 0.020 0.631 0.091 0.094 0.149 48 A 0.015 0.005 0.026 0.794 0.034 0.051 0.075 49 K 0.041 0.004 0.041 0.770 0.040 0.040 0.064 50 A 0.091 0.004 0.040 0.747 0.033 0.035 0.051 51 M 0.164 0.010 0.037 0.663 0.028 0.051 0.047 52 I 0.186 0.014 0.022 0.589 0.027 0.099 0.063 53 N 0.189 0.012 0.018 0.443 0.028 0.159 0.151 54 L 0.075 0.011 0.063 0.339 0.043 0.179 0.290 55 R 0.046 0.011 0.079 0.227 0.097 0.229 0.312 56 E 0.031 0.009 0.139 0.195 0.156 0.201 0.268 57 E 0.020 0.007 0.045 0.080 0.411 0.064 0.373 58 S 0.018 0.015 0.059 0.088 0.147 0.134 0.540 59 L 0.014 0.015 0.044 0.088 0.152 0.045 0.642 60 P 0.006 0.006 0.323 0.257 0.033 0.120 0.255 61 E 0.004 0.001 0.346 0.298 0.044 0.263 0.042 62 Y 0.006 0.004 0.289 0.396 0.050 0.191 0.065 63 F 0.031 0.019 0.047 0.248 0.214 0.047 0.395 64 D 0.031 0.007 0.027 0.276 0.143 0.155 0.361 65 T 0.072 0.004 0.033 0.691 0.044 0.120 0.036 66 A 0.067 0.006 0.016 0.853 0.009 0.016 0.033 67 Y 0.087 0.002 0.018 0.845 0.006 0.015 0.026 68 L 0.062 0.001 0.018 0.868 0.008 0.012 0.030 69 C 0.040 0.001 0.013 0.909 0.006 0.010 0.022 70 H 0.026 0.001 0.018 0.911 0.006 0.021 0.018 71 I 0.024 0.002 0.021 0.886 0.006 0.041 0.020 72 H 0.030 0.002 0.048 0.846 0.012 0.045 0.017 73 Q 0.026 0.003 0.047 0.741 0.033 0.121 0.029 74 Q 0.013 0.003 0.029 0.583 0.012 0.260 0.099 75 L 0.004 0.002 0.003 0.055 0.015 0.009 0.912