# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.220 0.409 0.007 0.030 0.022 0.018 0.001 0.207 0.004 0.001 2 P 0.491 0.004 0.417 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 3 K 0.735 0.042 0.133 0.050 0.009 0.009 0.006 0.006 0.006 0.003 0.001 4 A 0.698 0.048 0.145 0.059 0.018 0.011 0.006 0.005 0.004 0.005 0.001 5 K 0.803 0.035 0.065 0.062 0.009 0.008 0.008 0.002 0.006 0.002 0.001 6 A 0.698 0.051 0.109 0.078 0.022 0.014 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 7 K 0.585 0.083 0.099 0.161 0.015 0.022 0.018 0.003 0.012 0.001 0.001 8 T 0.267 0.218 0.192 0.221 0.031 0.025 0.010 0.003 0.031 0.001 0.001 9 K 0.286 0.192 0.246 0.126 0.045 0.027 0.040 0.006 0.022 0.009 0.001 10 N 0.084 0.068 0.168 0.194 0.040 0.171 0.195 0.017 0.055 0.007 0.001 11 T 0.323 0.251 0.187 0.148 0.046 0.019 0.007 0.003 0.015 0.001 0.001 12 E 0.232 0.365 0.252 0.051 0.043 0.030 0.006 0.003 0.017 0.002 0.001 13 I 0.154 0.450 0.272 0.047 0.017 0.039 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 14 I 0.111 0.418 0.265 0.051 0.037 0.038 0.011 0.001 0.067 0.002 0.001 15 S 0.052 0.174 0.599 0.001 0.053 0.010 0.008 0.001 0.088 0.010 0.002 16 P 0.225 0.003 0.506 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.232 17 H 0.162 0.186 0.186 0.175 0.092 0.032 0.093 0.043 0.026 0.004 0.001 18 H 0.131 0.307 0.177 0.122 0.078 0.057 0.074 0.009 0.042 0.004 0.001 19 Y 0.060 0.571 0.179 0.042 0.092 0.025 0.009 0.003 0.019 0.002 0.001 20 V 0.061 0.427 0.370 0.036 0.016 0.065 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 21 Y 0.008 0.267 0.344 0.001 0.016 0.037 0.003 0.001 0.324 0.001 0.001 22 P 0.590 0.002 0.346 0.014 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 23 N 0.131 0.024 0.054 0.477 0.020 0.066 0.127 0.063 0.035 0.002 0.001 24 T 0.158 0.207 0.397 0.128 0.029 0.048 0.010 0.003 0.019 0.001 0.001 25 T 0.567 0.084 0.141 0.114 0.025 0.020 0.030 0.006 0.010 0.003 0.001 26 T 0.556 0.167 0.134 0.078 0.026 0.019 0.003 0.002 0.013 0.002 0.001 27 L 0.498 0.158 0.121 0.147 0.017 0.030 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 28 K 0.567 0.110 0.201 0.052 0.019 0.023 0.008 0.002 0.012 0.005 0.001 29 N 0.488 0.047 0.171 0.136 0.020 0.063 0.044 0.009 0.018 0.003 0.001 30 K 0.706 0.047 0.073 0.118 0.007 0.019 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 31 Y 0.378 0.063 0.079 0.396 0.022 0.006 0.038 0.005 0.011 0.001 0.001 32 G 0.151 0.011 0.043 0.040 0.057 0.006 0.091 0.347 0.003 0.251 0.001 33 I 0.529 0.188 0.111 0.098 0.030 0.025 0.004 0.001 0.010 0.004 0.001 34 K 0.482 0.119 0.155 0.116 0.065 0.031 0.011 0.004 0.010 0.006 0.001 35 N 0.056 0.030 0.114 0.034 0.024 0.365 0.012 0.001 0.362 0.002 0.002 36 L 0.975 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 N 0.982 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.958 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 F 0.953 0.002 0.005 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.970 0.003 0.006 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.948 0.005 0.012 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 K 0.802 0.009 0.017 0.158 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 43 C 0.405 0.085 0.191 0.166 0.020 0.021 0.054 0.007 0.049 0.002 0.001 44 S 0.480 0.040 0.232 0.153 0.015 0.036 0.016 0.010 0.004 0.014 0.002 45 H 0.220 0.141 0.272 0.127 0.067 0.069 0.026 0.009 0.059 0.011 0.001 46 D 0.634 0.014 0.073 0.176 0.012 0.044 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 47 T 0.650 0.088 0.055 0.141 0.038 0.009 0.005 0.003 0.009 0.002 0.001 48 A 0.756 0.044 0.042 0.118 0.010 0.011 0.008 0.004 0.005 0.001 0.001 49 K 0.723 0.090 0.090 0.041 0.016 0.014 0.013 0.002 0.009 0.001 0.001 50 A 0.645 0.144 0.091 0.058 0.029 0.014 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 51 M 0.570 0.203 0.113 0.056 0.012 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 52 I 0.393 0.428 0.076 0.030 0.018 0.019 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 53 N 0.273 0.064 0.092 0.086 0.008 0.225 0.130 0.001 0.119 0.001 0.002 54 L 0.444 0.116 0.105 0.268 0.021 0.022 0.007 0.003 0.013 0.001 0.002 55 R 0.284 0.200 0.275 0.085 0.054 0.039 0.029 0.008 0.019 0.006 0.001 56 E 0.320 0.133 0.242 0.158 0.029 0.046 0.037 0.011 0.017 0.005 0.001 57 E 0.218 0.234 0.329 0.046 0.071 0.026 0.022 0.004 0.043 0.007 0.001 58 S 0.268 0.054 0.519 0.060 0.015 0.039 0.010 0.004 0.014 0.006 0.012 59 L 0.096 0.089 0.637 0.010 0.015 0.040 0.012 0.001 0.090 0.005 0.005 60 P 0.493 0.005 0.422 0.016 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.041 61 E 0.774 0.022 0.063 0.088 0.012 0.008 0.014 0.014 0.003 0.003 0.001 62 Y 0.547 0.075 0.050 0.265 0.022 0.012 0.011 0.006 0.009 0.003 0.001 63 F 0.320 0.161 0.242 0.099 0.059 0.047 0.030 0.006 0.031 0.006 0.001 64 D 0.663 0.036 0.062 0.117 0.010 0.068 0.022 0.002 0.015 0.002 0.001 65 T 0.678 0.098 0.032 0.139 0.029 0.010 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 66 A 0.706 0.087 0.068 0.080 0.029 0.007 0.007 0.006 0.005 0.005 0.001 67 Y 0.623 0.135 0.059 0.055 0.033 0.031 0.021 0.005 0.036 0.002 0.001 68 L 0.708 0.090 0.095 0.050 0.008 0.033 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 69 C 0.824 0.049 0.040 0.052 0.013 0.010 0.005 0.003 0.004 0.002 0.001 70 H 0.794 0.078 0.034 0.038 0.024 0.011 0.011 0.003 0.007 0.001 0.001 71 I 0.814 0.075 0.040 0.050 0.005 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 72 H 0.715 0.070 0.045 0.112 0.011 0.019 0.010 0.002 0.015 0.001 0.001 73 Q 0.793 0.046 0.059 0.049 0.014 0.011 0.015 0.004 0.007 0.002 0.001 74 Q 0.700 0.044 0.057 0.155 0.006 0.016 0.010 0.001 0.010 0.001 0.001 75 L 0.447 0.085 0.225 0.163 0.009 0.039 0.010 0.002 0.019 0.001 0.001