# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.444 0.288 0.016 0.120 0.005 0.010 0.062 0.011 0.007 0.009 2 P 0.018 0.551 0.131 0.004 0.103 0.003 0.008 0.129 0.036 0.011 0.006 3 K 0.031 0.080 0.039 0.005 0.046 0.009 0.028 0.498 0.179 0.070 0.015 4 A 0.015 0.061 0.024 0.005 0.038 0.005 0.011 0.658 0.146 0.032 0.007 5 K 0.011 0.045 0.020 0.009 0.025 0.013 0.030 0.636 0.155 0.050 0.006 6 A 0.014 0.039 0.014 0.005 0.030 0.006 0.036 0.674 0.133 0.041 0.007 7 K 0.037 0.036 0.012 0.005 0.051 0.019 0.065 0.415 0.161 0.164 0.036 8 T 0.082 0.264 0.102 0.012 0.249 0.006 0.016 0.094 0.043 0.093 0.038 9 K 0.026 0.067 0.053 0.032 0.047 0.078 0.181 0.317 0.099 0.076 0.022 10 N 0.216 0.116 0.043 0.009 0.273 0.004 0.013 0.049 0.038 0.128 0.111 11 T 0.112 0.123 0.018 0.003 0.244 0.004 0.009 0.154 0.186 0.103 0.043 12 E 0.134 0.117 0.024 0.005 0.308 0.010 0.042 0.174 0.094 0.061 0.031 13 I 0.241 0.105 0.017 0.006 0.377 0.007 0.027 0.100 0.041 0.038 0.040 14 I 0.140 0.144 0.062 0.038 0.250 0.028 0.033 0.064 0.045 0.123 0.073 15 S 0.080 0.263 0.229 0.038 0.197 0.016 0.032 0.084 0.024 0.015 0.022 16 P 0.078 0.115 0.049 0.016 0.106 0.029 0.055 0.162 0.164 0.165 0.062 17 H 0.097 0.227 0.093 0.031 0.234 0.017 0.022 0.055 0.070 0.107 0.047 18 H 0.124 0.042 0.013 0.019 0.135 0.057 0.101 0.169 0.148 0.120 0.073 19 Y 0.128 0.242 0.067 0.009 0.415 0.006 0.014 0.040 0.022 0.030 0.027 20 V 0.204 0.140 0.028 0.011 0.331 0.012 0.023 0.046 0.032 0.081 0.093 21 Y 0.094 0.258 0.243 0.018 0.317 0.005 0.005 0.025 0.009 0.007 0.020 22 P 0.022 0.112 0.056 0.017 0.046 0.058 0.115 0.370 0.134 0.054 0.017 23 N 0.075 0.101 0.055 0.022 0.118 0.018 0.064 0.078 0.056 0.326 0.086 24 T 0.101 0.305 0.112 0.011 0.228 0.006 0.009 0.070 0.035 0.084 0.038 25 T 0.032 0.034 0.011 0.004 0.072 0.005 0.014 0.476 0.240 0.088 0.024 26 T 0.037 0.058 0.016 0.005 0.067 0.008 0.026 0.686 0.069 0.019 0.010 27 L 0.039 0.038 0.009 0.005 0.098 0.006 0.020 0.608 0.098 0.064 0.014 28 K 0.044 0.054 0.013 0.005 0.102 0.016 0.038 0.586 0.085 0.039 0.019 29 N 0.070 0.075 0.050 0.014 0.090 0.011 0.053 0.400 0.096 0.096 0.045 30 K 0.019 0.039 0.023 0.020 0.030 0.053 0.212 0.415 0.105 0.070 0.012 31 Y 0.027 0.348 0.149 0.077 0.078 0.013 0.033 0.095 0.068 0.088 0.023 32 G 0.044 0.045 0.049 0.070 0.034 0.054 0.030 0.288 0.117 0.195 0.074 33 I 0.103 0.071 0.011 0.006 0.160 0.012 0.027 0.349 0.123 0.079 0.059 34 K 0.016 0.044 0.034 0.040 0.034 0.144 0.147 0.375 0.091 0.058 0.018 35 N 0.434 0.067 0.037 0.002 0.257 0.001 0.002 0.049 0.011 0.040 0.101 36 L 0.005 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.649 0.298 0.031 0.003 37 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.913 0.067 0.004 0.001 38 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.938 0.041 0.008 0.001 39 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.045 0.013 0.001 40 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.874 0.101 0.012 0.002 41 E 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.019 0.869 0.085 0.009 0.001 42 K 0.003 0.011 0.009 0.004 0.009 0.015 0.109 0.723 0.081 0.035 0.002 43 C 0.040 0.027 0.011 0.006 0.037 0.006 0.043 0.551 0.100 0.152 0.027 44 S 0.044 0.066 0.016 0.011 0.050 0.037 0.074 0.388 0.123 0.156 0.033 45 H 0.054 0.140 0.072 0.036 0.126 0.025 0.022 0.227 0.089 0.162 0.048 46 D 0.077 0.049 0.020 0.004 0.117 0.007 0.025 0.493 0.125 0.054 0.026 47 T 0.013 0.040 0.019 0.003 0.020 0.002 0.009 0.643 0.136 0.110 0.005 48 A 0.007 0.012 0.004 0.002 0.014 0.002 0.008 0.799 0.118 0.031 0.003 49 K 0.008 0.012 0.002 0.002 0.018 0.004 0.011 0.850 0.078 0.011 0.003 50 A 0.025 0.014 0.004 0.004 0.053 0.007 0.028 0.786 0.049 0.025 0.006 51 M 0.058 0.028 0.005 0.004 0.138 0.008 0.024 0.637 0.053 0.036 0.008 52 I 0.082 0.099 0.014 0.005 0.192 0.013 0.023 0.465 0.046 0.040 0.022 53 N 0.182 0.072 0.014 0.002 0.296 0.002 0.015 0.179 0.036 0.117 0.084 54 L 0.066 0.090 0.020 0.003 0.110 0.006 0.020 0.340 0.194 0.121 0.029 55 R 0.037 0.202 0.091 0.015 0.122 0.013 0.057 0.316 0.107 0.031 0.009 56 E 0.063 0.078 0.040 0.018 0.098 0.019 0.066 0.227 0.151 0.201 0.040 57 E 0.030 0.344 0.284 0.022 0.146 0.011 0.043 0.076 0.023 0.012 0.009 58 S 0.048 0.311 0.266 0.014 0.147 0.013 0.046 0.077 0.036 0.024 0.019 59 L 0.037 0.442 0.252 0.009 0.143 0.004 0.016 0.047 0.024 0.010 0.015 60 P 0.047 0.306 0.062 0.009 0.142 0.011 0.020 0.166 0.172 0.035 0.031 61 E 0.022 0.063 0.022 0.009 0.053 0.036 0.110 0.307 0.312 0.054 0.011 62 Y 0.069 0.076 0.014 0.008 0.092 0.011 0.060 0.203 0.121 0.300 0.045 63 F 0.179 0.179 0.047 0.014 0.232 0.012 0.015 0.078 0.044 0.094 0.106 64 D 0.037 0.025 0.014 0.028 0.041 0.082 0.131 0.426 0.109 0.061 0.047 65 T 0.034 0.064 0.023 0.004 0.069 0.004 0.010 0.436 0.242 0.091 0.024 66 A 0.022 0.025 0.010 0.003 0.045 0.010 0.025 0.681 0.140 0.028 0.012 67 Y 0.010 0.017 0.005 0.001 0.021 0.001 0.005 0.819 0.091 0.024 0.005 68 L 0.015 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.867 0.078 0.013 0.005 69 C 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 0.931 0.035 0.002 0.001 70 H 0.007 0.006 0.002 0.001 0.011 0.001 0.009 0.929 0.030 0.003 0.002 71 I 0.003 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.928 0.042 0.005 0.001 72 H 0.004 0.009 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.855 0.092 0.017 0.002 73 Q 0.004 0.009 0.002 0.001 0.006 0.004 0.029 0.819 0.112 0.012 0.003 74 Q 0.009 0.014 0.006 0.003 0.013 0.009 0.074 0.730 0.092 0.045 0.005 75 L 0.032 0.079 0.029 0.011 0.057 0.014 0.038 0.478 0.153 0.088 0.021