# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.39455 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.505 0.254 0.138 0.072 0.025 0.005 0.001 2 P 0.572 0.249 0.107 0.051 0.017 0.004 0.001 3 K 0.443 0.303 0.155 0.075 0.019 0.004 0.001 4 A 0.281 0.165 0.154 0.213 0.148 0.038 0.002 5 K 0.539 0.267 0.126 0.048 0.016 0.003 0.001 6 A 0.681 0.213 0.072 0.026 0.006 0.001 0.001 7 K 0.534 0.256 0.132 0.060 0.015 0.003 0.001 8 T 0.668 0.201 0.078 0.037 0.013 0.003 0.001 9 K 0.637 0.208 0.089 0.048 0.015 0.003 0.001 10 N 0.583 0.234 0.104 0.055 0.020 0.004 0.001 11 T 0.516 0.240 0.129 0.075 0.030 0.009 0.001 12 E 0.521 0.290 0.114 0.050 0.018 0.006 0.001 13 I 0.312 0.215 0.198 0.167 0.081 0.024 0.004 14 I 0.237 0.228 0.195 0.184 0.115 0.037 0.005 15 S 0.252 0.228 0.209 0.168 0.092 0.040 0.011 16 P 0.245 0.355 0.236 0.113 0.038 0.010 0.002 17 H 0.073 0.066 0.117 0.247 0.311 0.167 0.020 18 H 0.084 0.227 0.255 0.237 0.133 0.057 0.007 19 Y 0.123 0.120 0.127 0.175 0.218 0.196 0.041 20 V 0.068 0.128 0.185 0.295 0.207 0.101 0.016 21 Y 0.090 0.130 0.178 0.269 0.222 0.095 0.015 22 P 0.245 0.322 0.231 0.128 0.053 0.017 0.004 23 N 0.298 0.347 0.203 0.102 0.038 0.010 0.002 24 T 0.203 0.240 0.227 0.196 0.100 0.029 0.004 25 T 0.204 0.300 0.236 0.152 0.075 0.030 0.005 26 T 0.051 0.172 0.306 0.282 0.136 0.045 0.008 27 L 0.018 0.021 0.039 0.163 0.353 0.356 0.049 28 K 0.034 0.159 0.254 0.286 0.177 0.074 0.015 29 N 0.123 0.216 0.181 0.193 0.155 0.112 0.019 30 K 0.097 0.227 0.299 0.229 0.105 0.039 0.004 31 Y 0.131 0.170 0.210 0.257 0.165 0.058 0.009 32 G 0.299 0.282 0.189 0.122 0.065 0.036 0.007 33 I 0.348 0.241 0.176 0.134 0.074 0.024 0.003 34 K 0.404 0.311 0.172 0.074 0.026 0.009 0.003 35 N 0.259 0.292 0.194 0.143 0.079 0.031 0.003 36 L 0.117 0.096 0.151 0.250 0.256 0.116 0.013 37 N 0.456 0.354 0.132 0.045 0.011 0.002 0.001 38 A 0.239 0.343 0.263 0.117 0.031 0.006 0.001 39 F 0.101 0.062 0.095 0.270 0.329 0.136 0.007 40 L 0.141 0.214 0.272 0.231 0.111 0.028 0.002 41 E 0.408 0.361 0.142 0.063 0.020 0.006 0.001 42 K 0.208 0.260 0.255 0.175 0.076 0.024 0.002 43 C 0.106 0.099 0.157 0.245 0.261 0.120 0.011 44 S 0.258 0.327 0.219 0.124 0.049 0.020 0.003 45 H 0.159 0.138 0.151 0.215 0.218 0.105 0.014 46 D 0.301 0.264 0.204 0.140 0.065 0.022 0.005 47 T 0.367 0.304 0.161 0.107 0.042 0.017 0.003 48 A 0.368 0.149 0.125 0.161 0.131 0.057 0.009 49 K 0.358 0.272 0.188 0.116 0.050 0.014 0.002 50 A 0.328 0.247 0.172 0.134 0.071 0.041 0.006 51 M 0.168 0.168 0.173 0.179 0.167 0.123 0.023 52 I 0.177 0.136 0.142 0.172 0.179 0.150 0.045 53 N 0.217 0.220 0.195 0.186 0.110 0.058 0.015 54 L 0.145 0.124 0.143 0.204 0.225 0.138 0.020 55 R 0.260 0.213 0.201 0.180 0.106 0.036 0.004 56 E 0.484 0.305 0.130 0.057 0.020 0.004 0.001 57 E 0.620 0.218 0.103 0.044 0.013 0.002 0.001 58 S 0.589 0.248 0.096 0.049 0.014 0.004 0.001 59 L 0.461 0.236 0.144 0.101 0.043 0.014 0.001 60 P 0.502 0.238 0.129 0.081 0.038 0.010 0.001 61 E 0.537 0.276 0.114 0.048 0.018 0.006 0.001 62 Y 0.179 0.258 0.244 0.196 0.091 0.029 0.003 63 F 0.075 0.082 0.135 0.245 0.301 0.145 0.016 64 D 0.164 0.336 0.288 0.147 0.049 0.013 0.002 65 T 0.135 0.180 0.231 0.253 0.145 0.049 0.006 66 A 0.104 0.099 0.129 0.213 0.274 0.161 0.019 67 Y 0.097 0.085 0.127 0.212 0.241 0.191 0.046 68 L 0.110 0.067 0.063 0.103 0.144 0.336 0.177 69 C 0.203 0.172 0.134 0.169 0.155 0.128 0.040 70 H 0.143 0.160 0.179 0.189 0.142 0.137 0.049 71 I 0.198 0.114 0.108 0.164 0.164 0.191 0.061 72 H 0.440 0.193 0.110 0.108 0.084 0.060 0.006 73 Q 0.449 0.256 0.134 0.093 0.050 0.018 0.001 74 Q 0.487 0.251 0.158 0.076 0.023 0.006 0.001 75 L 0.487 0.181 0.157 0.109 0.052 0.013 0.001