# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.01368 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.005 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.005 0.058 2 L 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.015 3 K 0.007 0.859 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.004 0.044 4 E 0.002 0.289 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.014 0.047 5 F 0.018 0.854 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.015 0.045 6 M 0.050 0.813 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.009 0.070 7 H 0.036 0.457 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.207 0.046 0.243 8 T 0.053 0.190 0.020 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.420 0.079 0.227 9 M 0.057 0.085 0.189 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.344 0.060 0.256 10 K 0.329 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.063 0.543 11 N 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.058 0.888 12 T 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.101 0.864 13 G 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.042 0.115 0.787 14 R 0.034 0.005 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.061 0.106 0.707 15 N 0.116 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.108 0.683 16 V 0.210 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.060 0.048 0.124 0.549 17 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.006 0.100 0.038 0.178 0.657 18 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.023 0.151 0.699 19 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.110 0.020 0.019 0.004 0.001 0.003 0.004 0.009 0.342 0.080 0.097 0.301 20 P 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.488 0.064 0.076 0.354 21 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.012 0.008 0.003 0.783 0.047 0.017 0.086 22 M 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.079 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.008 0.702 0.062 0.014 0.106 23 V 0.003 0.003 0.003 0.001 0.124 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.630 0.073 0.018 0.136 24 A 0.077 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.555 0.033 0.041 0.278 25 K 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.161 0.056 0.099 0.527 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.025 0.104 0.761 27 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.031 0.109 0.809 28 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.211 0.088 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.040 0.082 0.383 29 T 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.048 0.107 0.724 30 Y 0.026 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.046 0.011 0.002 0.216 0.067 0.091 0.460 31 T 0.016 0.029 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 0.015 0.014 0.193 0.043 0.095 0.548 32 G 0.018 0.025 0.004 0.001 0.034 0.012 0.021 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.433 0.071 0.070 0.292 33 T 0.024 0.027 0.006 0.004 0.010 0.008 0.009 0.003 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.336 0.061 0.088 0.401 34 Y 0.110 0.030 0.015 0.004 0.042 0.012 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.326 0.062 0.066 0.276 35 R 0.053 0.038 0.003 0.005 0.005 0.008 0.007 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.003 0.184 0.046 0.109 0.515 36 G 0.075 0.047 0.013 0.003 0.026 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.159 0.062 0.101 0.491 37 A 0.026 0.023 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.012 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.151 0.044 0.126 0.524 38 G 0.118 0.055 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.156 0.107 0.086 0.432 39 L 0.087 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 0.026 0.005 0.025 0.005 0.004 0.003 0.103 0.090 0.101 0.448 40 E 0.009 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.005 0.005 0.019 0.004 0.003 0.296 0.066 0.087 0.455 41 G 0.007 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.030 0.015 0.038 0.022 0.015 0.012 0.376 0.148 0.048 0.234 42 F 0.003 0.016 0.002 0.001 0.002 0.002 0.017 0.008 0.005 0.003 0.003 0.008 0.005 0.012 0.003 0.007 0.639 0.063 0.037 0.164 43 A 0.003 0.017 0.002 0.003 0.004 0.026 0.029 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.010 0.012 0.003 0.643 0.047 0.023 0.155 44 L 0.003 0.003 0.009 0.003 0.229 0.091 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.009 0.457 0.036 0.021 0.117 45 N 0.042 0.009 0.005 0.003 0.128 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.460 0.079 0.049 0.213 46 V 0.207 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.261 0.048 0.086 0.390 47 K 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.046 0.160 0.632 48 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.386 0.045 0.091 0.470 49 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.336 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.046 0.054 0.291 50 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.034 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.712 0.058 0.016 0.070 51 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.207 0.026 0.004 0.001 0.475 0.071 0.027 0.177 52 I 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.062 0.007 0.002 0.552 0.032 0.039 0.156 53 G 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.385 0.036 0.084 0.458 54 N 0.262 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.162 0.068 0.405 55 I 0.503 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.061 0.051 0.352 56 D 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.107 0.843 57 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.097 0.870 58 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 0.166 0.786 59 P 0.382 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.041 0.348 60 P 0.419 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.020 0.343 61 E 0.058 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.060 0.744 62 Q 0.078 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.112 0.067 0.049 0.619 63 L 0.117 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.048 0.067 0.687 64 K 0.084 0.005 0.001 0.002 0.009 0.047 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.171 0.044 0.055 0.569 65 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.020 0.088 0.841 66 L 0.102 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.237 0.047 0.120 0.477 67 K 0.748 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.049 0.038 0.135 68 P 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.030 0.134 0.756 69 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.027 0.158 0.724 70 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.440 0.051 0.115 0.365 71 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.407 0.061 0.069 0.443 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.003 0.006 0.623 0.055 0.034 0.260 73 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.007 0.694 0.034 0.024 0.218 74 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.399 0.034 0.058 0.498 75 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.040 0.071 0.623