# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.01368 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.006 0.924 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.022 0.023 2 L 0.033 0.917 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.008 0.021 3 K 0.050 0.707 0.004 0.004 0.001 0.002 0.016 0.003 0.002 0.096 0.116 4 E 0.028 0.228 0.015 0.009 0.002 0.004 0.057 0.003 0.004 0.439 0.212 5 F 0.025 0.746 0.012 0.006 0.002 0.004 0.032 0.015 0.003 0.048 0.107 6 M 0.226 0.404 0.016 0.007 0.004 0.008 0.036 0.022 0.005 0.056 0.217 7 H 0.068 0.221 0.006 0.017 0.006 0.014 0.078 0.007 0.003 0.085 0.495 8 T 0.111 0.094 0.007 0.013 0.006 0.025 0.094 0.006 0.004 0.146 0.494 9 M 0.107 0.028 0.095 0.034 0.007 0.016 0.107 0.010 0.028 0.154 0.414 10 K 0.219 0.009 0.005 0.018 0.008 0.017 0.076 0.006 0.004 0.041 0.596 11 N 0.138 0.006 0.001 0.011 0.003 0.007 0.070 0.002 0.001 0.037 0.725 12 T 0.023 0.002 0.001 0.009 0.005 0.010 0.113 0.005 0.001 0.029 0.803 13 G 0.030 0.002 0.001 0.010 0.007 0.011 0.116 0.002 0.001 0.021 0.800 14 R 0.006 0.001 0.001 0.020 0.047 0.050 0.151 0.003 0.001 0.023 0.698 15 N 0.077 0.004 0.001 0.037 0.019 0.040 0.122 0.004 0.001 0.054 0.642 16 V 0.133 0.001 0.002 0.042 0.030 0.036 0.127 0.004 0.001 0.086 0.537 17 N 0.011 0.001 0.001 0.074 0.031 0.083 0.162 0.001 0.001 0.036 0.600 18 D 0.003 0.001 0.001 0.086 0.052 0.169 0.115 0.001 0.001 0.047 0.525 19 R 0.001 0.002 0.001 0.122 0.247 0.236 0.072 0.001 0.001 0.047 0.273 20 P 0.001 0.002 0.001 0.106 0.267 0.486 0.017 0.001 0.001 0.034 0.087 21 V 0.001 0.001 0.001 0.066 0.346 0.469 0.007 0.001 0.001 0.036 0.074 22 M 0.001 0.001 0.001 0.123 0.411 0.373 0.007 0.001 0.001 0.030 0.053 23 V 0.003 0.001 0.004 0.080 0.329 0.410 0.017 0.001 0.002 0.083 0.070 24 A 0.073 0.001 0.003 0.090 0.208 0.256 0.038 0.004 0.004 0.083 0.239 25 K 0.328 0.002 0.001 0.030 0.049 0.072 0.063 0.004 0.002 0.063 0.385 26 E 0.014 0.001 0.001 0.022 0.027 0.065 0.101 0.002 0.001 0.023 0.745 27 G 0.011 0.001 0.001 0.019 0.036 0.063 0.088 0.001 0.001 0.022 0.759 28 E 0.008 0.001 0.001 0.030 0.243 0.162 0.090 0.003 0.001 0.040 0.422 29 T 0.021 0.003 0.001 0.034 0.047 0.064 0.087 0.001 0.001 0.044 0.698 30 Y 0.016 0.006 0.001 0.063 0.134 0.149 0.105 0.008 0.001 0.060 0.458 31 T 0.022 0.011 0.001 0.079 0.064 0.115 0.122 0.003 0.001 0.057 0.526 32 G 0.019 0.007 0.002 0.123 0.134 0.220 0.089 0.003 0.001 0.071 0.331 33 T 0.025 0.010 0.001 0.119 0.114 0.174 0.086 0.002 0.001 0.059 0.409 34 Y 0.092 0.023 0.004 0.086 0.094 0.113 0.104 0.004 0.002 0.077 0.401 35 R 0.048 0.020 0.002 0.055 0.066 0.095 0.129 0.009 0.001 0.065 0.508 36 G 0.121 0.027 0.004 0.029 0.036 0.069 0.121 0.004 0.003 0.057 0.528 37 A 0.070 0.011 0.005 0.037 0.083 0.109 0.139 0.006 0.003 0.055 0.482 38 G 0.050 0.026 0.002 0.032 0.038 0.087 0.152 0.005 0.001 0.047 0.560 39 L 0.082 0.027 0.005 0.040 0.086 0.137 0.136 0.006 0.002 0.070 0.409 40 E 0.012 0.015 0.001 0.085 0.126 0.303 0.094 0.004 0.001 0.055 0.304 41 G 0.003 0.008 0.001 0.049 0.115 0.357 0.067 0.001 0.001 0.081 0.316 42 F 0.001 0.002 0.001 0.077 0.311 0.443 0.019 0.001 0.001 0.064 0.081 43 A 0.003 0.001 0.002 0.076 0.236 0.382 0.027 0.001 0.001 0.096 0.175 44 L 0.002 0.001 0.002 0.093 0.336 0.336 0.024 0.001 0.001 0.046 0.160 45 N 0.060 0.001 0.002 0.109 0.137 0.322 0.047 0.002 0.002 0.145 0.174 46 V 0.167 0.001 0.002 0.047 0.051 0.082 0.100 0.003 0.002 0.095 0.451 47 K 0.008 0.001 0.001 0.047 0.026 0.034 0.122 0.002 0.001 0.018 0.742 48 G 0.003 0.001 0.001 0.087 0.063 0.089 0.132 0.002 0.001 0.030 0.594 49 A 0.001 0.001 0.001 0.340 0.147 0.125 0.055 0.001 0.001 0.057 0.274 50 Y 0.001 0.001 0.001 0.604 0.125 0.111 0.018 0.001 0.001 0.040 0.100 51 I 0.002 0.001 0.001 0.628 0.102 0.098 0.019 0.001 0.001 0.036 0.116 52 I 0.004 0.001 0.001 0.621 0.099 0.130 0.026 0.001 0.001 0.033 0.085 53 G 0.009 0.002 0.002 0.387 0.040 0.122 0.094 0.002 0.002 0.044 0.295 54 N 0.415 0.042 0.002 0.101 0.016 0.032 0.080 0.012 0.004 0.056 0.241 55 I 0.223 0.025 0.001 0.035 0.011 0.030 0.132 0.009 0.001 0.068 0.465 56 D 0.021 0.004 0.001 0.018 0.016 0.030 0.125 0.001 0.001 0.021 0.764 57 H 0.006 0.010 0.001 0.030 0.044 0.060 0.156 0.001 0.001 0.036 0.656 58 L 0.031 0.048 0.002 0.012 0.030 0.016 0.114 0.005 0.001 0.074 0.666 59 P 0.128 0.648 0.002 0.002 0.006 0.005 0.032 0.022 0.001 0.027 0.126 60 P 0.087 0.779 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.008 0.104 61 E 0.058 0.755 0.003 0.003 0.005 0.012 0.019 0.006 0.001 0.022 0.116 62 Q 0.079 0.638 0.009 0.004 0.014 0.025 0.034 0.015 0.005 0.043 0.136 63 L 0.295 0.271 0.009 0.008 0.022 0.032 0.047 0.068 0.005 0.057 0.187 64 K 0.286 0.054 0.001 0.022 0.043 0.062 0.067 0.004 0.001 0.040 0.420 65 I 0.003 0.008 0.003 0.015 0.019 0.051 0.127 0.001 0.001 0.010 0.764 66 L 0.008 0.009 0.016 0.037 0.023 0.041 0.088 0.003 0.005 0.018 0.753 67 K 0.677 0.014 0.003 0.004 0.014 0.011 0.032 0.018 0.003 0.118 0.106 68 P 0.126 0.014 0.002 0.008 0.002 0.005 0.078 0.003 0.001 0.058 0.704 69 G 0.026 0.007 0.002 0.013 0.003 0.011 0.089 0.001 0.001 0.027 0.819 70 D 0.011 0.007 0.001 0.080 0.157 0.186 0.125 0.004 0.001 0.086 0.342 71 K 0.011 0.003 0.001 0.100 0.051 0.131 0.097 0.002 0.001 0.107 0.499 72 I 0.005 0.002 0.001 0.187 0.281 0.165 0.047 0.001 0.001 0.050 0.262 73 T 0.011 0.002 0.001 0.117 0.107 0.155 0.105 0.001 0.001 0.047 0.455 74 F 0.014 0.002 0.001 0.102 0.104 0.132 0.107 0.004 0.001 0.056 0.478 75 T 0.081 0.007 0.002 0.080 0.042 0.066 0.127 0.006 0.002 0.055 0.532