# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.01368 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.099 0.285 0.012 0.005 0.003 0.004 0.031 0.003 0.001 0.001 0.556 2 L 0.078 0.433 0.006 0.008 0.004 0.016 0.097 0.005 0.001 0.005 0.349 3 K 0.045 0.579 0.002 0.004 0.002 0.007 0.039 0.005 0.001 0.002 0.314 4 E 0.033 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.235 5 F 0.023 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.030 6 M 0.022 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.023 7 H 0.013 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 8 T 0.042 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.054 9 M 0.071 0.892 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.027 10 K 0.015 0.900 0.008 0.003 0.004 0.005 0.007 0.014 0.001 0.001 0.043 11 N 0.095 0.702 0.009 0.003 0.003 0.009 0.022 0.027 0.001 0.001 0.129 12 T 0.206 0.571 0.011 0.004 0.004 0.005 0.019 0.034 0.001 0.001 0.144 13 G 0.361 0.180 0.021 0.011 0.011 0.011 0.054 0.075 0.001 0.014 0.264 14 R 0.094 0.031 0.435 0.008 0.009 0.011 0.045 0.005 0.001 0.004 0.357 15 N 0.036 0.013 0.005 0.044 0.042 0.025 0.089 0.010 0.001 0.002 0.734 16 V 0.158 0.020 0.016 0.057 0.026 0.041 0.079 0.002 0.001 0.013 0.588 17 N 0.017 0.013 0.001 0.038 0.063 0.071 0.390 0.002 0.001 0.005 0.399 18 D 0.065 0.002 0.003 0.020 0.004 0.008 0.045 0.001 0.001 0.015 0.837 19 R 0.304 0.004 0.019 0.130 0.040 0.050 0.211 0.001 0.001 0.054 0.186 20 P 0.049 0.001 0.029 0.161 0.067 0.048 0.137 0.001 0.001 0.013 0.495 21 V 0.003 0.001 0.002 0.305 0.150 0.344 0.073 0.001 0.001 0.002 0.118 22 M 0.001 0.001 0.001 0.447 0.235 0.299 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 23 V 0.002 0.011 0.001 0.312 0.127 0.220 0.027 0.001 0.001 0.001 0.300 24 A 0.001 0.005 0.001 0.245 0.237 0.474 0.009 0.001 0.001 0.001 0.028 25 K 0.005 0.014 0.001 0.103 0.104 0.273 0.080 0.001 0.001 0.002 0.419 26 E 0.027 0.018 0.001 0.057 0.091 0.201 0.167 0.005 0.001 0.014 0.419 27 G 0.281 0.013 0.006 0.029 0.054 0.039 0.106 0.016 0.001 0.035 0.421 28 E 0.252 0.027 0.147 0.019 0.027 0.024 0.131 0.002 0.001 0.019 0.351 29 T 0.010 0.008 0.010 0.030 0.089 0.107 0.141 0.001 0.001 0.003 0.601 30 Y 0.028 0.010 0.003 0.106 0.153 0.254 0.076 0.001 0.001 0.005 0.365 31 T 0.022 0.014 0.002 0.083 0.114 0.184 0.150 0.001 0.001 0.006 0.426 32 G 0.030 0.012 0.004 0.141 0.157 0.193 0.102 0.001 0.001 0.008 0.352 33 T 0.031 0.016 0.004 0.143 0.091 0.173 0.160 0.001 0.001 0.009 0.372 34 Y 0.021 0.018 0.003 0.175 0.204 0.263 0.084 0.001 0.001 0.006 0.225 35 R 0.016 0.029 0.002 0.107 0.111 0.204 0.108 0.002 0.001 0.006 0.416 36 G 0.078 0.030 0.005 0.059 0.113 0.140 0.076 0.004 0.001 0.010 0.485 37 A 0.086 0.045 0.014 0.049 0.079 0.142 0.108 0.002 0.001 0.012 0.462 38 G 0.026 0.021 0.004 0.043 0.142 0.196 0.113 0.003 0.001 0.007 0.445 39 L 0.042 0.025 0.005 0.033 0.069 0.114 0.070 0.001 0.001 0.008 0.633 40 E 0.049 0.047 0.003 0.072 0.108 0.204 0.098 0.004 0.001 0.010 0.405 41 G 0.134 0.043 0.011 0.075 0.128 0.189 0.073 0.004 0.001 0.017 0.327 42 F 0.039 0.035 0.008 0.163 0.307 0.278 0.052 0.002 0.001 0.004 0.111 43 A 0.013 0.027 0.005 0.128 0.238 0.389 0.036 0.001 0.001 0.002 0.160 44 L 0.003 0.010 0.001 0.192 0.339 0.413 0.014 0.001 0.001 0.001 0.028 45 N 0.007 0.017 0.001 0.167 0.233 0.306 0.050 0.002 0.001 0.002 0.214 46 V 0.012 0.013 0.004 0.159 0.246 0.359 0.042 0.002 0.001 0.004 0.160 47 K 0.009 0.008 0.001 0.091 0.137 0.274 0.177 0.002 0.001 0.009 0.291 48 G 0.070 0.003 0.004 0.052 0.073 0.108 0.137 0.003 0.001 0.042 0.509 49 A 0.118 0.005 0.047 0.128 0.109 0.127 0.137 0.002 0.001 0.030 0.297 50 Y 0.017 0.003 0.008 0.174 0.204 0.183 0.124 0.001 0.001 0.006 0.281 51 I 0.009 0.002 0.004 0.196 0.226 0.296 0.051 0.001 0.001 0.002 0.213 52 I 0.003 0.003 0.001 0.208 0.211 0.383 0.036 0.001 0.001 0.001 0.153 53 G 0.005 0.003 0.001 0.152 0.191 0.365 0.055 0.001 0.001 0.002 0.227 54 N 0.013 0.004 0.001 0.100 0.107 0.172 0.102 0.001 0.001 0.004 0.496 55 I 0.015 0.005 0.001 0.096 0.063 0.115 0.122 0.001 0.001 0.007 0.575 56 D 0.017 0.006 0.001 0.028 0.018 0.044 0.278 0.001 0.001 0.007 0.602 57 H 0.331 0.012 0.001 0.016 0.011 0.014 0.115 0.004 0.001 0.018 0.478 58 L 0.566 0.036 0.022 0.016 0.008 0.017 0.069 0.002 0.001 0.014 0.248 59 P 0.036 0.015 0.005 0.008 0.015 0.016 0.127 0.001 0.001 0.001 0.776 60 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 61 E 0.019 0.013 0.001 0.019 0.034 0.074 0.188 0.001 0.001 0.004 0.647 62 Q 0.241 0.026 0.001 0.018 0.033 0.053 0.238 0.005 0.001 0.019 0.367 63 L 0.226 0.267 0.007 0.088 0.045 0.115 0.028 0.002 0.001 0.003 0.219 64 K 0.044 0.161 0.002 0.176 0.109 0.156 0.048 0.007 0.001 0.002 0.296 65 I 0.180 0.111 0.003 0.064 0.046 0.069 0.028 0.017 0.001 0.002 0.480 66 L 0.222 0.112 0.015 0.157 0.098 0.130 0.035 0.042 0.001 0.003 0.186 67 K 0.058 0.026 0.018 0.059 0.077 0.086 0.149 0.008 0.001 0.004 0.515 68 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 69 G 0.022 0.001 0.001 0.034 0.021 0.050 0.285 0.001 0.001 0.010 0.576 70 D 0.528 0.001 0.003 0.023 0.011 0.010 0.086 0.001 0.001 0.032 0.306 71 K 0.074 0.005 0.006 0.071 0.027 0.040 0.132 0.001 0.001 0.008 0.635 72 I 0.032 0.002 0.003 0.282 0.174 0.216 0.116 0.001 0.001 0.006 0.168 73 T 0.021 0.005 0.001 0.275 0.113 0.193 0.082 0.001 0.001 0.004 0.306 74 F 0.006 0.005 0.001 0.187 0.251 0.350 0.038 0.001 0.001 0.002 0.160 75 T 0.006 0.005 0.001 0.145 0.196 0.362 0.067 0.001 0.001 0.003 0.215