# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.048 0.035 0.080 0.527 0.032 0.059 0.220 2 L 0.022 0.009 0.042 0.816 0.009 0.032 0.071 3 K 0.005 0.001 0.025 0.921 0.008 0.026 0.013 4 E 0.003 0.001 0.020 0.923 0.007 0.039 0.007 5 F 0.002 0.001 0.016 0.924 0.007 0.041 0.008 6 M 0.001 0.001 0.028 0.930 0.004 0.025 0.011 7 H 0.001 0.001 0.050 0.891 0.006 0.045 0.005 8 T 0.001 0.001 0.053 0.876 0.006 0.058 0.006 9 M 0.003 0.008 0.057 0.843 0.021 0.048 0.020 10 K 0.010 0.012 0.067 0.698 0.037 0.120 0.057 11 N 0.007 0.003 0.042 0.574 0.058 0.257 0.059 12 T 0.007 0.003 0.025 0.280 0.153 0.414 0.118 13 G 0.008 0.004 0.023 0.046 0.192 0.473 0.253 14 R 0.033 0.011 0.029 0.030 0.320 0.124 0.453 15 N 0.133 0.049 0.056 0.027 0.128 0.059 0.550 16 V 0.146 0.038 0.103 0.044 0.147 0.113 0.408 17 N 0.137 0.032 0.061 0.031 0.143 0.114 0.482 18 D 0.141 0.009 0.085 0.038 0.292 0.189 0.246 19 R 0.356 0.009 0.031 0.029 0.208 0.089 0.277 20 P 0.664 0.014 0.012 0.020 0.063 0.015 0.213 21 V 0.917 0.005 0.004 0.009 0.012 0.003 0.050 22 M 0.947 0.006 0.003 0.008 0.005 0.002 0.029 23 V 0.918 0.006 0.005 0.011 0.007 0.004 0.050 24 A 0.791 0.011 0.010 0.016 0.022 0.019 0.131 25 K 0.586 0.008 0.023 0.025 0.067 0.087 0.204 26 E 0.135 0.003 0.033 0.022 0.135 0.589 0.083 27 G 0.106 0.004 0.022 0.006 0.211 0.521 0.131 28 E 0.421 0.034 0.007 0.005 0.148 0.034 0.351 29 T 0.601 0.065 0.004 0.005 0.062 0.019 0.243 30 Y 0.672 0.017 0.006 0.008 0.060 0.029 0.208 31 T 0.547 0.006 0.014 0.012 0.135 0.108 0.178 32 G 0.693 0.007 0.014 0.014 0.111 0.065 0.095 33 T 0.810 0.012 0.012 0.015 0.032 0.029 0.089 34 Y 0.789 0.023 0.011 0.015 0.036 0.041 0.087 35 R 0.608 0.012 0.015 0.013 0.097 0.118 0.136 36 G 0.361 0.013 0.016 0.010 0.201 0.165 0.233 37 A 0.294 0.024 0.017 0.011 0.160 0.065 0.430 38 G 0.246 0.028 0.069 0.019 0.191 0.155 0.293 39 L 0.244 0.017 0.122 0.022 0.229 0.212 0.155 40 E 0.415 0.011 0.076 0.012 0.166 0.130 0.190 41 G 0.645 0.011 0.020 0.008 0.058 0.043 0.215 42 F 0.883 0.006 0.004 0.002 0.022 0.008 0.076 43 A 0.961 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.024 44 L 0.969 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 45 N 0.926 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.062 46 V 0.818 0.007 0.004 0.001 0.017 0.055 0.097 47 K 0.251 0.009 0.018 0.002 0.138 0.540 0.044 48 G 0.133 0.002 0.018 0.001 0.278 0.480 0.088 49 A 0.498 0.009 0.007 0.001 0.084 0.054 0.347 50 Y 0.910 0.018 0.001 0.001 0.016 0.007 0.048 51 I 0.946 0.018 0.001 0.001 0.006 0.003 0.025 52 I 0.894 0.012 0.001 0.001 0.013 0.007 0.072 53 G 0.517 0.010 0.003 0.002 0.147 0.044 0.278 54 N 0.137 0.014 0.020 0.006 0.244 0.097 0.482 55 I 0.025 0.014 0.279 0.036 0.188 0.293 0.166 56 D 0.010 0.004 0.243 0.031 0.202 0.428 0.081 57 H 0.012 0.009 0.163 0.034 0.282 0.246 0.254 58 L 0.019 0.065 0.020 0.032 0.271 0.057 0.537 59 P 0.017 0.022 0.007 0.014 0.078 0.017 0.845 60 P 0.006 0.004 0.414 0.295 0.055 0.159 0.067 61 E 0.017 0.005 0.491 0.274 0.045 0.101 0.068 62 Q 0.031 0.014 0.563 0.200 0.040 0.049 0.102 63 L 0.217 0.027 0.167 0.186 0.050 0.045 0.308 64 K 0.408 0.014 0.090 0.101 0.067 0.114 0.206 65 I 0.538 0.033 0.036 0.059 0.087 0.098 0.150 66 L 0.191 0.068 0.010 0.023 0.101 0.031 0.576 67 K 0.057 0.010 0.008 0.003 0.099 0.031 0.792 68 P 0.005 0.002 0.012 0.002 0.118 0.845 0.017 69 G 0.006 0.001 0.017 0.001 0.075 0.874 0.027 70 D 0.200 0.016 0.008 0.001 0.079 0.037 0.658 71 K 0.876 0.011 0.001 0.001 0.028 0.007 0.076 72 I 0.961 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 73 T 0.938 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.051 74 F 0.897 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.092 75 T 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993