# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.01368 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.957 0.002 0.003 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 L 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.889 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.848 0.009 0.027 0.098 0.001 0.007 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 10 K 0.876 0.017 0.038 0.037 0.003 0.009 0.015 0.002 0.002 0.002 0.001 11 N 0.718 0.017 0.031 0.149 0.008 0.018 0.043 0.006 0.009 0.001 0.001 12 T 0.440 0.019 0.059 0.469 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 13 G 0.101 0.007 0.043 0.041 0.024 0.004 0.109 0.561 0.006 0.105 0.001 14 R 0.415 0.119 0.283 0.118 0.023 0.018 0.008 0.003 0.006 0.006 0.001 15 N 0.149 0.109 0.382 0.121 0.032 0.081 0.070 0.013 0.040 0.002 0.001 16 V 0.379 0.277 0.138 0.148 0.009 0.024 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 17 N 0.102 0.148 0.225 0.194 0.050 0.151 0.070 0.003 0.048 0.008 0.001 18 D 0.128 0.057 0.070 0.487 0.033 0.023 0.136 0.041 0.017 0.006 0.002 19 R 0.007 0.535 0.346 0.002 0.027 0.011 0.004 0.001 0.068 0.001 0.001 20 P 0.016 0.018 0.924 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 21 V 0.011 0.816 0.104 0.003 0.035 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 M 0.006 0.689 0.224 0.001 0.012 0.046 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 23 V 0.010 0.723 0.143 0.012 0.018 0.051 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 24 A 0.025 0.400 0.322 0.011 0.193 0.030 0.003 0.001 0.011 0.004 0.001 25 K 0.120 0.458 0.250 0.033 0.066 0.030 0.007 0.002 0.031 0.002 0.001 26 E 0.120 0.117 0.537 0.128 0.018 0.025 0.030 0.002 0.018 0.003 0.001 27 G 0.023 0.007 0.056 0.014 0.067 0.002 0.082 0.581 0.002 0.165 0.001 28 E 0.134 0.251 0.477 0.050 0.037 0.031 0.005 0.002 0.009 0.003 0.002 29 T 0.098 0.472 0.267 0.088 0.036 0.018 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 30 Y 0.042 0.426 0.273 0.040 0.107 0.051 0.014 0.003 0.040 0.004 0.001 31 T 0.078 0.476 0.273 0.072 0.042 0.022 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 32 G 0.033 0.046 0.081 0.013 0.420 0.005 0.018 0.085 0.003 0.295 0.001 33 T 0.107 0.473 0.261 0.064 0.064 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 Y 0.068 0.486 0.207 0.036 0.074 0.054 0.014 0.003 0.052 0.005 0.001 35 R 0.075 0.347 0.383 0.073 0.024 0.042 0.013 0.001 0.039 0.001 0.001 36 G 0.062 0.021 0.069 0.022 0.176 0.005 0.059 0.289 0.004 0.292 0.001 37 A 0.155 0.170 0.343 0.141 0.127 0.019 0.012 0.008 0.009 0.012 0.003 38 G 0.103 0.087 0.189 0.080 0.233 0.013 0.040 0.126 0.011 0.118 0.001 39 L 0.176 0.254 0.311 0.075 0.086 0.048 0.017 0.004 0.023 0.005 0.002 40 E 0.212 0.278 0.190 0.206 0.062 0.017 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 41 G 0.051 0.185 0.089 0.025 0.564 0.003 0.012 0.029 0.006 0.036 0.001 42 F 0.016 0.690 0.137 0.009 0.121 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 A 0.010 0.785 0.104 0.005 0.035 0.026 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 44 L 0.012 0.775 0.096 0.008 0.062 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 45 N 0.013 0.354 0.346 0.009 0.035 0.163 0.016 0.001 0.061 0.001 0.002 46 V 0.077 0.509 0.182 0.045 0.036 0.075 0.006 0.001 0.066 0.001 0.002 47 K 0.088 0.249 0.353 0.130 0.029 0.041 0.056 0.003 0.045 0.004 0.001 48 G 0.011 0.015 0.031 0.011 0.221 0.001 0.093 0.369 0.001 0.244 0.001 49 A 0.056 0.405 0.266 0.056 0.182 0.010 0.004 0.004 0.006 0.007 0.003 50 Y 0.011 0.631 0.198 0.008 0.084 0.022 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 51 I 0.017 0.451 0.424 0.004 0.008 0.076 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 I 0.032 0.604 0.139 0.069 0.024 0.049 0.003 0.001 0.078 0.001 0.001 53 G 0.014 0.081 0.119 0.011 0.561 0.006 0.021 0.036 0.004 0.147 0.001 54 N 0.024 0.201 0.433 0.047 0.098 0.102 0.020 0.005 0.065 0.004 0.003 55 I 0.687 0.066 0.085 0.109 0.011 0.013 0.010 0.004 0.011 0.002 0.001 56 D 0.573 0.025 0.064 0.278 0.004 0.023 0.024 0.003 0.004 0.002 0.001 57 H 0.113 0.043 0.046 0.637 0.012 0.019 0.101 0.007 0.021 0.001 0.001 58 L 0.013 0.298 0.582 0.002 0.013 0.014 0.006 0.001 0.071 0.001 0.001 59 P 0.005 0.002 0.952 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 60 P 0.891 0.001 0.087 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 E 0.919 0.004 0.017 0.046 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 62 Q 0.862 0.007 0.019 0.098 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.688 0.062 0.130 0.074 0.015 0.018 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 K 0.724 0.101 0.067 0.054 0.020 0.015 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 65 I 0.626 0.109 0.093 0.128 0.010 0.019 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 66 L 0.239 0.186 0.338 0.140 0.017 0.046 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 67 K 0.028 0.311 0.439 0.001 0.029 0.008 0.011 0.001 0.172 0.002 0.001 68 P 0.090 0.001 0.856 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 69 G 0.026 0.001 0.011 0.016 0.008 0.001 0.008 0.878 0.001 0.050 0.001 70 D 0.015 0.067 0.691 0.038 0.012 0.132 0.019 0.001 0.023 0.001 0.002 71 K 0.024 0.604 0.237 0.050 0.043 0.021 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 72 I 0.009 0.777 0.147 0.005 0.037 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 T 0.016 0.847 0.074 0.006 0.026 0.015 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 74 F 0.021 0.545 0.185 0.023 0.092 0.084 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 75 T 0.071 0.530 0.183 0.042 0.092 0.029 0.007 0.002 0.039 0.005 0.001