# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.002 0.018 0.843 0.094 0.028 0.001 2 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.864 0.110 0.016 0.001 3 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.933 0.057 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.957 0.033 0.002 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.076 0.007 0.001 6 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.878 0.111 0.006 0.001 7 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.894 0.081 0.005 0.001 8 T 0.002 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 0.018 0.721 0.120 0.122 0.004 9 M 0.024 0.030 0.004 0.001 0.058 0.002 0.017 0.639 0.160 0.052 0.012 10 K 0.007 0.012 0.003 0.003 0.010 0.010 0.078 0.694 0.159 0.018 0.004 11 N 0.014 0.008 0.008 0.014 0.014 0.035 0.163 0.511 0.122 0.101 0.010 12 T 0.020 0.396 0.201 0.051 0.097 0.017 0.035 0.106 0.041 0.029 0.007 13 G 0.056 0.030 0.026 0.040 0.028 0.028 0.017 0.077 0.061 0.473 0.163 14 R 0.044 0.246 0.106 0.037 0.116 0.039 0.062 0.173 0.078 0.073 0.027 15 N 0.154 0.071 0.038 0.028 0.183 0.032 0.046 0.206 0.082 0.087 0.072 16 V 0.094 0.072 0.060 0.085 0.132 0.096 0.075 0.158 0.103 0.096 0.031 17 N 0.090 0.156 0.065 0.089 0.211 0.049 0.070 0.109 0.058 0.079 0.024 18 D 0.063 0.044 0.038 0.071 0.073 0.040 0.101 0.121 0.114 0.269 0.066 19 R 0.060 0.398 0.110 0.010 0.351 0.007 0.011 0.016 0.011 0.016 0.011 20 P 0.283 0.049 0.004 0.001 0.628 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.028 21 V 0.231 0.074 0.004 0.002 0.645 0.005 0.007 0.008 0.001 0.004 0.020 22 M 0.161 0.105 0.008 0.001 0.697 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 23 V 0.337 0.075 0.005 0.001 0.493 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.075 24 A 0.065 0.412 0.303 0.023 0.147 0.003 0.003 0.006 0.003 0.011 0.024 25 K 0.016 0.162 0.532 0.182 0.033 0.020 0.007 0.023 0.009 0.006 0.008 26 E 0.002 0.054 0.034 0.117 0.009 0.147 0.371 0.179 0.071 0.013 0.002 27 G 0.008 0.009 0.012 0.013 0.006 0.008 0.007 0.022 0.048 0.729 0.139 28 E 0.101 0.333 0.071 0.010 0.288 0.014 0.023 0.050 0.047 0.042 0.020 29 T 0.203 0.104 0.052 0.031 0.293 0.034 0.050 0.049 0.045 0.064 0.076 30 Y 0.149 0.111 0.061 0.097 0.216 0.057 0.044 0.057 0.048 0.092 0.066 31 T 0.103 0.070 0.034 0.053 0.124 0.056 0.098 0.100 0.089 0.193 0.080 32 G 0.058 0.116 0.207 0.207 0.099 0.024 0.014 0.029 0.036 0.134 0.076 33 T 0.159 0.194 0.073 0.023 0.318 0.017 0.033 0.066 0.043 0.037 0.036 34 Y 0.232 0.120 0.090 0.040 0.259 0.029 0.030 0.057 0.030 0.049 0.062 35 R 0.068 0.095 0.057 0.085 0.104 0.094 0.167 0.158 0.066 0.069 0.036 36 G 0.072 0.088 0.099 0.143 0.095 0.070 0.034 0.058 0.046 0.210 0.085 37 A 0.113 0.179 0.086 0.068 0.155 0.031 0.043 0.092 0.070 0.104 0.058 38 G 0.096 0.161 0.131 0.045 0.138 0.031 0.036 0.109 0.074 0.124 0.055 39 L 0.126 0.133 0.040 0.036 0.145 0.039 0.056 0.174 0.113 0.091 0.046 40 E 0.145 0.111 0.057 0.049 0.187 0.037 0.072 0.091 0.058 0.122 0.073 41 G 0.145 0.235 0.083 0.049 0.276 0.021 0.016 0.044 0.033 0.045 0.053 42 F 0.189 0.176 0.018 0.004 0.541 0.003 0.004 0.017 0.009 0.013 0.027 43 A 0.407 0.045 0.004 0.002 0.444 0.003 0.004 0.011 0.006 0.013 0.061 44 L 0.147 0.237 0.018 0.005 0.535 0.007 0.007 0.015 0.007 0.006 0.016 45 N 0.506 0.031 0.005 0.001 0.298 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.133 46 V 0.259 0.098 0.050 0.072 0.252 0.034 0.011 0.026 0.025 0.056 0.115 47 K 0.004 0.015 0.016 0.179 0.009 0.304 0.339 0.088 0.029 0.016 0.002 48 G 0.038 0.040 0.055 0.209 0.045 0.024 0.013 0.039 0.059 0.390 0.089 49 A 0.104 0.268 0.072 0.016 0.459 0.003 0.007 0.018 0.015 0.020 0.018 50 Y 0.101 0.199 0.042 0.003 0.622 0.002 0.004 0.005 0.003 0.005 0.015 51 I 0.392 0.070 0.009 0.001 0.453 0.002 0.005 0.009 0.002 0.003 0.055 52 I 0.068 0.034 0.014 0.049 0.080 0.145 0.183 0.051 0.044 0.249 0.083 53 G 0.027 0.186 0.264 0.303 0.060 0.053 0.020 0.013 0.014 0.038 0.020 54 N 0.060 0.300 0.230 0.032 0.132 0.010 0.011 0.031 0.046 0.097 0.051 55 I 0.044 0.100 0.039 0.026 0.075 0.035 0.080 0.198 0.281 0.087 0.034 56 D 0.021 0.057 0.050 0.046 0.045 0.055 0.108 0.233 0.230 0.132 0.023 57 H 0.050 0.074 0.049 0.028 0.070 0.022 0.059 0.073 0.093 0.425 0.058 58 L 0.118 0.323 0.160 0.018 0.209 0.008 0.013 0.028 0.025 0.062 0.034 59 P 0.016 0.554 0.285 0.012 0.089 0.003 0.005 0.015 0.008 0.008 0.006 60 P 0.068 0.068 0.028 0.009 0.132 0.008 0.021 0.331 0.264 0.048 0.023 61 E 0.029 0.048 0.024 0.005 0.051 0.009 0.034 0.516 0.209 0.058 0.017 62 Q 0.090 0.058 0.015 0.006 0.159 0.013 0.032 0.337 0.105 0.154 0.031 63 L 0.239 0.084 0.025 0.010 0.309 0.004 0.005 0.124 0.073 0.071 0.056 64 K 0.032 0.173 0.092 0.037 0.120 0.035 0.075 0.274 0.127 0.026 0.010 65 I 0.081 0.380 0.143 0.003 0.269 0.001 0.004 0.044 0.019 0.035 0.021 66 L 0.162 0.286 0.069 0.007 0.264 0.008 0.037 0.079 0.025 0.024 0.039 67 K 0.012 0.138 0.503 0.214 0.040 0.041 0.015 0.023 0.007 0.005 0.004 68 P 0.010 0.053 0.032 0.058 0.026 0.118 0.328 0.259 0.092 0.018 0.005 69 G 0.023 0.005 0.004 0.007 0.010 0.004 0.004 0.012 0.048 0.752 0.130 70 D 0.063 0.442 0.065 0.011 0.318 0.005 0.008 0.013 0.013 0.041 0.022 71 K 0.212 0.101 0.025 0.014 0.445 0.012 0.018 0.039 0.034 0.042 0.058 72 I 0.267 0.148 0.018 0.004 0.507 0.002 0.002 0.008 0.004 0.006 0.033 73 T 0.187 0.146 0.026 0.005 0.521 0.010 0.014 0.019 0.008 0.017 0.048 74 F 0.223 0.199 0.076 0.009 0.343 0.004 0.004 0.013 0.010 0.024 0.095 75 T 0.140 0.187 0.079 0.036 0.253 0.030 0.041 0.060 0.040 0.065 0.070