# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.538 0.292 0.117 0.041 0.009 0.002 0.001 2 L 0.218 0.161 0.190 0.238 0.157 0.036 0.002 3 K 0.321 0.336 0.217 0.094 0.027 0.005 0.001 4 E 0.511 0.330 0.104 0.040 0.013 0.003 0.001 5 F 0.242 0.182 0.171 0.218 0.131 0.051 0.005 6 M 0.170 0.097 0.157 0.279 0.217 0.075 0.006 7 H 0.423 0.362 0.146 0.052 0.015 0.002 0.001 8 T 0.359 0.315 0.194 0.091 0.034 0.007 0.001 9 M 0.252 0.170 0.148 0.247 0.139 0.043 0.002 10 K 0.327 0.346 0.206 0.088 0.028 0.005 0.001 11 N 0.629 0.255 0.081 0.029 0.006 0.001 0.001 12 T 0.520 0.232 0.140 0.078 0.026 0.004 0.001 13 G 0.624 0.209 0.092 0.055 0.017 0.003 0.001 14 R 0.628 0.263 0.080 0.023 0.004 0.001 0.001 15 N 0.459 0.287 0.145 0.078 0.025 0.006 0.001 16 V 0.112 0.116 0.151 0.227 0.243 0.132 0.019 17 N 0.175 0.174 0.191 0.203 0.166 0.081 0.010 18 D 0.172 0.218 0.208 0.200 0.123 0.066 0.013 19 R 0.087 0.121 0.153 0.233 0.216 0.151 0.039 20 P 0.047 0.067 0.109 0.171 0.255 0.259 0.092 21 V 0.061 0.072 0.097 0.162 0.212 0.287 0.109 22 M 0.062 0.072 0.087 0.162 0.252 0.281 0.083 23 V 0.080 0.098 0.124 0.174 0.217 0.248 0.060 24 A 0.095 0.134 0.156 0.224 0.225 0.149 0.018 25 K 0.152 0.219 0.230 0.218 0.126 0.049 0.006 26 E 0.340 0.234 0.176 0.152 0.073 0.022 0.002 27 G 0.589 0.262 0.091 0.040 0.014 0.003 0.001 28 E 0.501 0.288 0.134 0.061 0.014 0.002 0.001 29 T 0.555 0.327 0.088 0.024 0.005 0.001 0.001 30 Y 0.056 0.095 0.186 0.336 0.273 0.052 0.002 31 T 0.193 0.354 0.266 0.136 0.042 0.008 0.001 32 G 0.071 0.107 0.155 0.266 0.260 0.124 0.016 33 T 0.058 0.116 0.147 0.235 0.240 0.166 0.037 34 Y 0.027 0.050 0.093 0.188 0.293 0.272 0.077 35 R 0.075 0.181 0.209 0.233 0.174 0.097 0.031 36 G 0.114 0.147 0.146 0.180 0.190 0.171 0.052 37 A 0.075 0.094 0.102 0.169 0.238 0.231 0.089 38 G 0.085 0.181 0.205 0.218 0.158 0.108 0.045 39 L 0.095 0.131 0.131 0.190 0.179 0.171 0.103 40 E 0.047 0.104 0.120 0.165 0.185 0.208 0.171 41 G 0.022 0.032 0.050 0.104 0.189 0.309 0.295 42 F 0.006 0.012 0.024 0.054 0.119 0.314 0.471 43 A 0.010 0.017 0.035 0.087 0.151 0.335 0.365 44 L 0.007 0.012 0.019 0.056 0.160 0.420 0.327 45 N 0.021 0.072 0.154 0.258 0.256 0.175 0.062 46 V 0.020 0.046 0.089 0.202 0.319 0.259 0.065 47 K 0.105 0.315 0.307 0.178 0.067 0.024 0.004 48 G 0.046 0.143 0.212 0.279 0.203 0.104 0.013 49 A 0.016 0.067 0.128 0.244 0.303 0.217 0.025 50 Y 0.009 0.017 0.040 0.121 0.283 0.438 0.093 51 I 0.005 0.005 0.015 0.042 0.124 0.524 0.284 52 I 0.010 0.019 0.043 0.108 0.232 0.464 0.124 53 G 0.027 0.058 0.104 0.207 0.332 0.236 0.035 54 N 0.066 0.175 0.260 0.277 0.159 0.056 0.006 55 I 0.193 0.279 0.239 0.183 0.084 0.019 0.002 56 D 0.380 0.393 0.155 0.054 0.013 0.004 0.001 57 H 0.301 0.288 0.217 0.133 0.050 0.010 0.001 58 L 0.084 0.091 0.177 0.293 0.273 0.080 0.003 59 P 0.367 0.361 0.171 0.077 0.021 0.004 0.001 60 P 0.430 0.295 0.163 0.079 0.026 0.006 0.001 61 E 0.292 0.268 0.187 0.143 0.080 0.026 0.004 62 Q 0.145 0.224 0.231 0.225 0.131 0.039 0.004 63 L 0.204 0.183 0.197 0.206 0.146 0.058 0.006 64 K 0.406 0.281 0.169 0.096 0.035 0.011 0.001 65 I 0.400 0.247 0.155 0.109 0.063 0.025 0.002 66 L 0.335 0.216 0.183 0.161 0.085 0.018 0.001 67 K 0.575 0.270 0.100 0.043 0.010 0.001 0.001 68 P 0.681 0.208 0.076 0.028 0.006 0.001 0.001 69 G 0.697 0.199 0.070 0.026 0.006 0.001 0.001 70 D 0.528 0.237 0.129 0.080 0.024 0.003 0.001 71 K 0.567 0.261 0.115 0.044 0.012 0.002 0.001 72 I 0.436 0.171 0.119 0.138 0.096 0.037 0.002 73 T 0.416 0.264 0.170 0.108 0.035 0.008 0.001 74 F 0.393 0.212 0.152 0.142 0.079 0.020 0.002 75 T 0.661 0.212 0.074 0.037 0.013 0.003 0.001