# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.008 0.306 0.001 0.009 0.618 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.002 0.007 2 L 0.001 0.003 0.103 0.001 0.005 0.866 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.002 0.003 3 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 6 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 7 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.014 0.001 0.015 0.939 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 10 K 0.001 0.005 0.026 0.001 0.023 0.827 0.001 0.001 0.003 0.018 0.091 0.001 0.004 11 N 0.001 0.002 0.037 0.001 0.026 0.594 0.001 0.001 0.001 0.027 0.303 0.004 0.003 12 T 0.001 0.002 0.098 0.001 0.020 0.274 0.001 0.001 0.002 0.087 0.513 0.001 0.002 13 G 0.001 0.007 0.272 0.003 0.015 0.043 0.001 0.001 0.001 0.199 0.451 0.003 0.004 14 R 0.001 0.034 0.615 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.007 0.226 0.035 0.023 0.023 15 N 0.003 0.055 0.656 0.002 0.022 0.019 0.001 0.001 0.024 0.059 0.039 0.016 0.103 16 V 0.007 0.063 0.300 0.020 0.152 0.042 0.003 0.001 0.013 0.107 0.202 0.024 0.066 17 N 0.003 0.007 0.267 0.015 0.105 0.022 0.001 0.001 0.007 0.183 0.309 0.058 0.022 18 D 0.004 0.006 0.244 0.016 0.045 0.006 0.001 0.001 0.005 0.383 0.227 0.004 0.058 19 R 0.006 0.009 0.354 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.016 0.316 0.011 0.252 0.025 20 P 0.026 0.011 0.419 0.024 0.003 0.002 0.006 0.001 0.021 0.032 0.005 0.010 0.439 21 V 0.378 0.009 0.076 0.043 0.004 0.004 0.058 0.012 0.032 0.009 0.003 0.288 0.083 22 M 0.562 0.005 0.014 0.004 0.003 0.005 0.078 0.012 0.022 0.003 0.002 0.102 0.188 23 V 0.540 0.004 0.029 0.021 0.001 0.004 0.080 0.006 0.018 0.004 0.003 0.124 0.166 24 A 0.283 0.005 0.144 0.052 0.003 0.004 0.033 0.004 0.022 0.017 0.015 0.095 0.323 25 K 0.155 0.010 0.139 0.014 0.009 0.004 0.011 0.001 0.011 0.073 0.073 0.322 0.179 26 E 0.007 0.006 0.079 0.026 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.174 0.616 0.028 0.040 27 G 0.003 0.001 0.145 0.041 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.577 0.009 0.016 28 E 0.055 0.018 0.407 0.002 0.005 0.003 0.009 0.001 0.005 0.111 0.044 0.200 0.144 29 T 0.154 0.046 0.089 0.002 0.002 0.002 0.037 0.002 0.010 0.019 0.007 0.057 0.573 30 Y 0.120 0.011 0.166 0.049 0.006 0.008 0.020 0.002 0.010 0.029 0.013 0.485 0.080 31 T 0.087 0.009 0.255 0.035 0.009 0.019 0.019 0.003 0.015 0.089 0.046 0.041 0.373 32 G 0.095 0.007 0.213 0.037 0.017 0.030 0.021 0.005 0.024 0.120 0.057 0.285 0.089 33 T 0.191 0.018 0.166 0.011 0.012 0.030 0.041 0.005 0.029 0.058 0.031 0.102 0.307 34 Y 0.204 0.039 0.149 0.021 0.018 0.047 0.045 0.013 0.040 0.050 0.033 0.130 0.211 35 R 0.083 0.028 0.156 0.037 0.032 0.102 0.018 0.011 0.019 0.124 0.178 0.118 0.095 36 G 0.018 0.010 0.284 0.028 0.025 0.040 0.004 0.002 0.007 0.198 0.280 0.038 0.066 37 A 0.013 0.020 0.434 0.022 0.033 0.056 0.003 0.001 0.006 0.164 0.157 0.024 0.067 38 G 0.022 0.034 0.316 0.016 0.051 0.065 0.004 0.001 0.006 0.170 0.201 0.063 0.053 39 L 0.028 0.014 0.225 0.011 0.086 0.121 0.005 0.002 0.007 0.176 0.190 0.040 0.094 40 E 0.066 0.008 0.220 0.065 0.061 0.082 0.009 0.002 0.008 0.180 0.172 0.067 0.060 41 G 0.242 0.007 0.118 0.016 0.028 0.065 0.027 0.006 0.023 0.087 0.080 0.094 0.206 42 F 0.527 0.005 0.047 0.007 0.008 0.036 0.035 0.004 0.012 0.014 0.011 0.155 0.137 43 A 0.518 0.006 0.027 0.011 0.003 0.033 0.056 0.016 0.028 0.007 0.005 0.090 0.198 44 L 0.503 0.001 0.034 0.015 0.003 0.026 0.038 0.017 0.027 0.012 0.008 0.229 0.086 45 N 0.363 0.006 0.110 0.020 0.003 0.015 0.056 0.022 0.060 0.018 0.018 0.069 0.239 46 V 0.226 0.012 0.162 0.013 0.014 0.015 0.044 0.011 0.050 0.028 0.034 0.197 0.194 47 K 0.046 0.012 0.165 0.111 0.023 0.020 0.007 0.005 0.024 0.142 0.298 0.057 0.090 48 G 0.017 0.002 0.087 0.092 0.028 0.005 0.003 0.002 0.008 0.271 0.413 0.039 0.033 49 A 0.087 0.007 0.271 0.074 0.027 0.007 0.029 0.018 0.054 0.088 0.043 0.047 0.248 50 Y 0.219 0.011 0.043 0.006 0.004 0.004 0.111 0.076 0.119 0.012 0.005 0.296 0.093 51 I 0.195 0.012 0.034 0.007 0.003 0.005 0.151 0.150 0.185 0.005 0.004 0.046 0.203 52 I 0.166 0.014 0.155 0.052 0.003 0.007 0.101 0.079 0.153 0.026 0.015 0.133 0.097 53 G 0.046 0.016 0.284 0.014 0.009 0.006 0.017 0.008 0.061 0.236 0.080 0.106 0.116 54 N 0.011 0.034 0.443 0.008 0.014 0.004 0.002 0.001 0.034 0.189 0.063 0.038 0.158 55 I 0.003 0.012 0.160 0.003 0.462 0.031 0.001 0.001 0.002 0.055 0.236 0.008 0.027 56 D 0.001 0.002 0.080 0.003 0.374 0.016 0.001 0.001 0.001 0.109 0.401 0.005 0.008 57 H 0.001 0.008 0.123 0.008 0.266 0.014 0.001 0.001 0.001 0.154 0.416 0.002 0.007 58 L 0.001 0.023 0.491 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.438 0.014 0.015 0.008 59 P 0.001 0.016 0.897 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.053 0.006 0.001 0.020 60 P 0.001 0.008 0.062 0.001 0.446 0.281 0.001 0.001 0.001 0.040 0.150 0.002 0.009 61 E 0.003 0.004 0.045 0.011 0.493 0.236 0.001 0.001 0.002 0.048 0.139 0.011 0.009 62 Q 0.004 0.004 0.036 0.005 0.653 0.178 0.001 0.001 0.004 0.024 0.057 0.010 0.024 63 L 0.010 0.023 0.190 0.057 0.202 0.247 0.003 0.001 0.048 0.040 0.034 0.006 0.139 64 K 0.014 0.012 0.109 0.017 0.059 0.160 0.006 0.006 0.119 0.042 0.042 0.386 0.028 65 I 0.013 0.034 0.111 0.007 0.021 0.069 0.010 0.032 0.150 0.039 0.026 0.003 0.485 66 L 0.017 0.047 0.385 0.049 0.004 0.020 0.008 0.027 0.106 0.071 0.010 0.210 0.045 67 K 0.001 0.014 0.778 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.029 0.115 0.007 0.010 0.028 68 P 0.001 0.001 0.015 0.007 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.058 0.905 0.001 0.001 69 G 0.001 0.001 0.028 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.910 0.001 0.001 70 D 0.006 0.014 0.652 0.005 0.007 0.001 0.005 0.002 0.028 0.194 0.012 0.042 0.032 71 K 0.099 0.031 0.212 0.011 0.003 0.002 0.079 0.021 0.132 0.041 0.011 0.026 0.331 72 I 0.210 0.007 0.064 0.007 0.002 0.002 0.208 0.055 0.104 0.013 0.006 0.269 0.053 73 T 0.220 0.014 0.105 0.003 0.003 0.003 0.150 0.035 0.131 0.013 0.008 0.099 0.214 74 F 0.075 0.008 0.410 0.011 0.002 0.002 0.046 0.007 0.119 0.029 0.006 0.111 0.174 75 T 0.015 0.007 0.730 0.006 0.003 0.002 0.004 0.001 0.033 0.031 0.008 0.049 0.113