# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.007 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.007 0.084 2 L 0.011 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.022 3 K 0.011 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.005 0.052 4 E 0.003 0.292 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.015 0.054 5 F 0.016 0.868 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.014 0.046 6 M 0.047 0.821 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.009 0.065 7 H 0.035 0.477 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.210 0.044 0.222 8 T 0.049 0.210 0.021 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.420 0.075 0.214 9 M 0.052 0.082 0.223 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.341 0.057 0.235 10 K 0.352 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.063 0.519 11 N 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.061 0.880 12 T 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.104 0.860 13 G 0.025 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.044 0.123 0.775 14 R 0.034 0.005 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.059 0.110 0.707 15 N 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.040 0.111 0.652 16 V 0.203 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 0.051 0.129 0.552 17 N 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.102 0.038 0.178 0.654 18 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.024 0.157 0.697 19 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.028 0.017 0.004 0.001 0.003 0.004 0.010 0.342 0.080 0.099 0.303 20 P 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.480 0.065 0.077 0.358 21 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.016 0.006 0.003 0.784 0.047 0.017 0.085 22 M 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.079 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.007 0.700 0.062 0.015 0.106 23 V 0.003 0.003 0.003 0.001 0.124 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.072 0.018 0.136 24 A 0.076 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.555 0.033 0.041 0.278 25 K 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.056 0.099 0.526 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.025 0.104 0.761 27 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.031 0.109 0.810 28 E 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.213 0.088 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.039 0.082 0.383 29 T 0.024 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.080 0.047 0.107 0.724 30 Y 0.027 0.015 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.046 0.011 0.002 0.215 0.067 0.091 0.460 31 T 0.016 0.029 0.002 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 0.015 0.014 0.193 0.043 0.095 0.548 32 G 0.018 0.025 0.004 0.001 0.034 0.012 0.021 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.432 0.071 0.070 0.293 33 T 0.024 0.027 0.006 0.004 0.010 0.008 0.009 0.003 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.336 0.061 0.088 0.401 34 Y 0.109 0.030 0.015 0.004 0.042 0.012 0.040 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.327 0.062 0.066 0.276 35 R 0.053 0.038 0.003 0.005 0.005 0.009 0.007 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.003 0.184 0.046 0.109 0.515 36 G 0.075 0.047 0.013 0.003 0.026 0.007 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.160 0.063 0.101 0.491 37 A 0.027 0.023 0.007 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.012 0.003 0.005 0.002 0.002 0.002 0.151 0.044 0.126 0.523 38 G 0.118 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.003 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.157 0.107 0.086 0.432 39 L 0.086 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.006 0.026 0.005 0.025 0.005 0.004 0.003 0.104 0.090 0.102 0.449 40 E 0.009 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.002 0.005 0.005 0.019 0.004 0.003 0.299 0.066 0.087 0.454 41 G 0.007 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.030 0.015 0.038 0.022 0.015 0.012 0.378 0.147 0.048 0.233 42 F 0.003 0.015 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.008 0.005 0.003 0.003 0.008 0.005 0.012 0.003 0.007 0.643 0.062 0.037 0.163 43 A 0.003 0.016 0.002 0.003 0.004 0.025 0.028 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.010 0.011 0.003 0.647 0.047 0.022 0.154 44 L 0.003 0.003 0.009 0.003 0.228 0.092 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.009 0.459 0.036 0.021 0.116 45 N 0.041 0.009 0.005 0.003 0.129 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.463 0.079 0.049 0.211 46 V 0.207 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.262 0.048 0.085 0.389 47 K 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.047 0.160 0.631 48 G 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.385 0.045 0.091 0.471 49 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.337 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 0.046 0.054 0.292 50 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.034 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.711 0.058 0.016 0.070 51 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.208 0.025 0.004 0.001 0.474 0.071 0.027 0.177 52 I 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.062 0.007 0.002 0.551 0.032 0.039 0.155 53 G 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.003 0.385 0.036 0.084 0.457 54 N 0.261 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.162 0.068 0.405 55 I 0.502 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.061 0.052 0.353 56 D 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.107 0.842 57 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.097 0.870 58 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 0.165 0.786 59 P 0.382 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.042 0.349 60 P 0.418 0.188 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.020 0.344 61 E 0.058 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.019 0.060 0.744 62 Q 0.078 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.113 0.067 0.049 0.618 63 L 0.117 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.048 0.068 0.687 64 K 0.083 0.005 0.001 0.002 0.009 0.047 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.175 0.043 0.055 0.565 65 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.019 0.087 0.841 66 L 0.104 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.047 0.117 0.471 67 K 0.747 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.048 0.038 0.138 68 P 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.030 0.134 0.755 69 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.026 0.154 0.725 70 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.451 0.049 0.107 0.362 71 K 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.395 0.060 0.065 0.459 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.004 0.007 0.651 0.050 0.029 0.240 73 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.003 0.007 0.650 0.033 0.025 0.263 74 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.396 0.031 0.055 0.506 75 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.033 0.070 0.666