# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.131 0.176 0.078 0.144 0.119 0.112 0.110 0.055 0.042 0.023 0.011 2 L 0.037 0.046 0.031 0.065 0.073 0.091 0.169 0.147 0.163 0.113 0.064 3 K 0.168 0.120 0.116 0.173 0.156 0.125 0.092 0.028 0.015 0.005 0.002 4 E 0.147 0.161 0.292 0.229 0.097 0.042 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 5 F 0.005 0.010 0.018 0.031 0.036 0.071 0.220 0.191 0.201 0.138 0.081 6 M 0.003 0.009 0.040 0.052 0.064 0.111 0.222 0.163 0.165 0.115 0.056 7 H 0.036 0.061 0.534 0.186 0.091 0.046 0.028 0.008 0.006 0.003 0.001 8 T 0.017 0.073 0.194 0.269 0.190 0.123 0.091 0.025 0.011 0.004 0.002 9 M 0.005 0.007 0.015 0.013 0.016 0.032 0.104 0.134 0.231 0.242 0.202 10 K 0.039 0.077 0.131 0.261 0.227 0.140 0.090 0.020 0.009 0.003 0.002 11 N 0.068 0.146 0.501 0.137 0.071 0.042 0.022 0.006 0.004 0.002 0.001 12 T 0.050 0.080 0.076 0.165 0.147 0.157 0.174 0.067 0.044 0.025 0.015 13 G 0.538 0.166 0.040 0.067 0.045 0.038 0.043 0.021 0.018 0.014 0.011 14 R 0.087 0.112 0.076 0.183 0.163 0.136 0.119 0.052 0.037 0.021 0.013 15 N 0.256 0.237 0.094 0.172 0.098 0.063 0.040 0.015 0.011 0.007 0.006 16 V 0.024 0.017 0.011 0.035 0.041 0.064 0.126 0.125 0.181 0.182 0.194 17 N 0.129 0.131 0.062 0.135 0.113 0.101 0.116 0.069 0.062 0.044 0.039 18 D 0.160 0.154 0.103 0.174 0.132 0.093 0.077 0.039 0.032 0.021 0.016 19 R 0.068 0.088 0.050 0.148 0.147 0.145 0.156 0.083 0.059 0.036 0.020 20 P 0.068 0.067 0.046 0.158 0.167 0.163 0.146 0.072 0.056 0.035 0.020 21 V 0.014 0.014 0.013 0.033 0.031 0.040 0.100 0.117 0.190 0.210 0.238 22 M 0.015 0.028 0.032 0.080 0.087 0.096 0.162 0.139 0.149 0.118 0.093 23 V 0.015 0.030 0.031 0.062 0.063 0.078 0.146 0.134 0.173 0.145 0.123 24 A 0.025 0.037 0.029 0.105 0.128 0.124 0.165 0.116 0.109 0.085 0.078 25 K 0.098 0.089 0.073 0.144 0.138 0.138 0.143 0.067 0.057 0.033 0.021 26 E 0.191 0.168 0.081 0.201 0.127 0.083 0.077 0.032 0.020 0.012 0.008 27 G 0.306 0.135 0.052 0.104 0.080 0.074 0.084 0.050 0.048 0.038 0.030 28 E 0.117 0.218 0.096 0.214 0.137 0.089 0.063 0.025 0.018 0.012 0.011 29 T 0.208 0.188 0.103 0.221 0.126 0.066 0.041 0.018 0.013 0.009 0.007 30 Y 0.014 0.011 0.010 0.036 0.053 0.092 0.189 0.154 0.167 0.137 0.137 31 T 0.084 0.228 0.144 0.343 0.127 0.040 0.019 0.006 0.004 0.002 0.002 32 G 0.087 0.065 0.032 0.105 0.114 0.135 0.171 0.108 0.086 0.061 0.036 33 T 0.076 0.173 0.114 0.284 0.181 0.087 0.050 0.017 0.010 0.005 0.004 34 Y 0.011 0.010 0.009 0.020 0.020 0.032 0.089 0.111 0.202 0.232 0.264 35 R 0.037 0.121 0.088 0.360 0.206 0.100 0.055 0.017 0.010 0.004 0.002 36 G 0.155 0.160 0.076 0.142 0.109 0.090 0.099 0.061 0.053 0.034 0.021 37 A 0.075 0.056 0.032 0.071 0.064 0.073 0.120 0.105 0.136 0.129 0.141 38 G 0.168 0.221 0.079 0.189 0.123 0.085 0.070 0.026 0.019 0.011 0.008 39 L 0.078 0.072 0.042 0.108 0.103 0.098 0.134 0.105 0.113 0.086 0.062 40 E 0.142 0.112 0.067 0.174 0.145 0.114 0.105 0.050 0.042 0.027 0.021 41 G 0.048 0.052 0.038 0.111 0.105 0.115 0.154 0.115 0.112 0.088 0.062 42 F 0.012 0.014 0.013 0.040 0.048 0.073 0.166 0.159 0.191 0.161 0.124 43 A 0.013 0.020 0.028 0.057 0.048 0.061 0.122 0.126 0.170 0.172 0.184 44 L 0.004 0.006 0.012 0.020 0.026 0.039 0.100 0.126 0.203 0.234 0.231 45 N 0.035 0.087 0.089 0.237 0.164 0.119 0.118 0.060 0.046 0.025 0.019 46 V 0.006 0.006 0.006 0.013 0.014 0.021 0.069 0.105 0.206 0.251 0.303 47 K 0.107 0.198 0.112 0.283 0.159 0.079 0.043 0.011 0.006 0.002 0.001 48 G 0.139 0.125 0.067 0.163 0.132 0.104 0.110 0.060 0.053 0.030 0.017 49 A 0.018 0.035 0.026 0.090 0.098 0.112 0.167 0.127 0.133 0.102 0.094 50 Y 0.004 0.012 0.009 0.047 0.065 0.107 0.220 0.173 0.161 0.121 0.080 51 I 0.004 0.007 0.007 0.020 0.025 0.038 0.116 0.149 0.214 0.207 0.213 52 I 0.008 0.011 0.009 0.027 0.031 0.040 0.101 0.128 0.196 0.204 0.244 53 G 0.022 0.024 0.016 0.061 0.083 0.097 0.169 0.149 0.169 0.128 0.081 54 N 0.130 0.234 0.089 0.253 0.137 0.074 0.048 0.017 0.010 0.004 0.002 55 I 0.051 0.051 0.031 0.111 0.135 0.149 0.172 0.109 0.094 0.059 0.039 56 D 0.337 0.202 0.077 0.155 0.094 0.054 0.042 0.016 0.012 0.007 0.005 57 H 0.228 0.172 0.059 0.183 0.129 0.091 0.075 0.032 0.019 0.009 0.004 58 L 0.018 0.010 0.005 0.020 0.030 0.053 0.123 0.145 0.210 0.216 0.169 59 P 0.144 0.565 0.073 0.130 0.049 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 60 P 0.343 0.089 0.048 0.138 0.120 0.091 0.082 0.041 0.028 0.015 0.007 61 E 0.413 0.139 0.038 0.098 0.078 0.066 0.067 0.037 0.034 0.018 0.012 62 Q 0.026 0.110 0.137 0.353 0.188 0.101 0.053 0.018 0.009 0.004 0.002 63 L 0.022 0.015 0.014 0.041 0.050 0.075 0.159 0.157 0.181 0.150 0.135 64 K 0.051 0.127 0.226 0.230 0.164 0.102 0.063 0.020 0.011 0.004 0.002 65 I 0.058 0.171 0.175 0.276 0.131 0.082 0.065 0.019 0.014 0.006 0.002 66 L 0.005 0.004 0.002 0.011 0.017 0.028 0.084 0.114 0.190 0.207 0.337 67 K 0.279 0.379 0.139 0.128 0.046 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 68 P 0.149 0.172 0.082 0.290 0.153 0.085 0.049 0.012 0.005 0.002 0.001 69 G 0.732 0.134 0.039 0.052 0.023 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 70 D 0.010 0.084 0.038 0.167 0.173 0.203 0.200 0.074 0.033 0.013 0.006 71 K 0.071 0.169 0.101 0.331 0.203 0.081 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 72 I 0.007 0.004 0.004 0.008 0.011 0.023 0.078 0.105 0.220 0.240 0.300 73 T 0.018 0.133 0.145 0.436 0.174 0.054 0.026 0.007 0.004 0.001 0.001 74 F 0.021 0.024 0.009 0.038 0.045 0.065 0.142 0.148 0.194 0.181 0.133 75 T 0.166 0.205 0.095 0.254 0.148 0.073 0.037 0.012 0.006 0.003 0.002