# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.001 0.001 0.096 0.001 0.002 0.897 2 L 0.001 0.002 0.003 0.871 0.001 0.014 0.109 3 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.003 0.006 0.010 4 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.001 0.005 0.006 5 F 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.002 6 M 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.005 0.002 7 H 0.001 0.001 0.002 0.972 0.001 0.023 0.001 8 T 0.001 0.001 0.003 0.951 0.001 0.040 0.004 9 M 0.002 0.002 0.012 0.903 0.011 0.043 0.026 10 K 0.003 0.002 0.030 0.826 0.014 0.105 0.020 11 N 0.004 0.002 0.046 0.601 0.032 0.288 0.027 12 T 0.005 0.003 0.030 0.273 0.064 0.572 0.053 13 G 0.012 0.007 0.027 0.053 0.178 0.534 0.188 14 R 0.043 0.029 0.045 0.035 0.271 0.107 0.470 15 N 0.080 0.056 0.058 0.023 0.111 0.066 0.606 16 V 0.033 0.028 0.246 0.045 0.105 0.335 0.209 17 N 0.027 0.011 0.097 0.026 0.108 0.515 0.216 18 D 0.027 0.006 0.047 0.012 0.485 0.253 0.172 19 R 0.111 0.007 0.008 0.009 0.517 0.038 0.310 20 P 0.460 0.011 0.006 0.007 0.106 0.019 0.392 21 V 0.884 0.012 0.003 0.005 0.017 0.003 0.077 22 M 0.961 0.002 0.001 0.008 0.006 0.001 0.021 23 V 0.969 0.002 0.001 0.009 0.003 0.001 0.015 24 A 0.915 0.003 0.002 0.016 0.004 0.007 0.054 25 K 0.756 0.005 0.009 0.016 0.032 0.057 0.123 26 E 0.297 0.007 0.017 0.011 0.073 0.523 0.073 27 G 0.121 0.001 0.016 0.003 0.196 0.580 0.084 28 E 0.426 0.016 0.014 0.004 0.171 0.075 0.295 29 T 0.736 0.042 0.006 0.003 0.045 0.021 0.147 30 Y 0.713 0.024 0.005 0.003 0.055 0.018 0.181 31 T 0.513 0.008 0.007 0.009 0.128 0.078 0.257 32 G 0.418 0.010 0.012 0.014 0.252 0.104 0.190 33 T 0.507 0.024 0.012 0.031 0.096 0.054 0.275 34 Y 0.565 0.043 0.016 0.029 0.104 0.059 0.185 35 R 0.462 0.029 0.025 0.036 0.109 0.125 0.214 36 G 0.209 0.015 0.047 0.033 0.243 0.218 0.235 37 A 0.170 0.022 0.083 0.047 0.153 0.285 0.239 38 G 0.197 0.030 0.090 0.033 0.173 0.290 0.187 39 L 0.295 0.020 0.103 0.025 0.158 0.156 0.243 40 E 0.407 0.012 0.051 0.016 0.173 0.128 0.213 41 G 0.639 0.010 0.028 0.008 0.116 0.077 0.122 42 F 0.886 0.006 0.005 0.004 0.017 0.011 0.072 43 A 0.950 0.004 0.002 0.006 0.008 0.003 0.027 44 L 0.966 0.002 0.001 0.006 0.004 0.002 0.019 45 N 0.914 0.004 0.001 0.007 0.008 0.009 0.057 46 V 0.808 0.008 0.005 0.006 0.023 0.027 0.123 47 K 0.333 0.006 0.009 0.005 0.138 0.399 0.110 48 G 0.243 0.001 0.014 0.002 0.225 0.411 0.105 49 A 0.737 0.008 0.006 0.002 0.059 0.018 0.170 50 Y 0.953 0.005 0.002 0.001 0.007 0.004 0.028 51 I 0.953 0.006 0.002 0.001 0.006 0.004 0.028 52 I 0.850 0.012 0.003 0.001 0.018 0.007 0.110 53 G 0.417 0.016 0.007 0.001 0.301 0.039 0.220 54 N 0.236 0.073 0.014 0.002 0.179 0.052 0.445 55 I 0.023 0.009 0.626 0.021 0.051 0.127 0.142 56 D 0.008 0.002 0.598 0.013 0.062 0.256 0.062 57 H 0.005 0.007 0.547 0.007 0.071 0.301 0.061 58 L 0.017 0.028 0.014 0.003 0.498 0.008 0.433 59 P 0.009 0.015 0.004 0.001 0.015 0.003 0.952 60 P 0.004 0.003 0.666 0.183 0.011 0.106 0.027 61 E 0.009 0.002 0.593 0.273 0.017 0.090 0.016 62 Q 0.019 0.004 0.652 0.208 0.012 0.069 0.035 63 L 0.086 0.031 0.244 0.362 0.029 0.076 0.173 64 K 0.187 0.006 0.116 0.263 0.118 0.086 0.224 65 I 0.347 0.021 0.056 0.278 0.054 0.085 0.159 66 L 0.187 0.059 0.006 0.121 0.096 0.016 0.515 67 K 0.061 0.003 0.001 0.009 0.050 0.005 0.871 68 P 0.004 0.001 0.016 0.019 0.075 0.869 0.017 69 G 0.007 0.001 0.017 0.002 0.050 0.894 0.029 70 D 0.081 0.002 0.022 0.003 0.146 0.027 0.719 71 K 0.693 0.025 0.007 0.004 0.019 0.010 0.242 72 I 0.897 0.005 0.003 0.002 0.010 0.002 0.081 73 T 0.905 0.018 0.001 0.003 0.005 0.001 0.067 74 F 0.684 0.012 0.002 0.003 0.010 0.006 0.282 75 T 0.101 0.002 0.001 0.001 0.022 0.009 0.865