# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.842 0.013 0.037 0.063 0.003 0.023 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 2 L 0.938 0.005 0.014 0.031 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.987 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.988 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 M 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 H 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.940 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.909 0.006 0.015 0.060 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 10 K 0.904 0.012 0.025 0.036 0.002 0.006 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 11 N 0.787 0.011 0.018 0.123 0.005 0.016 0.028 0.004 0.006 0.001 0.001 12 T 0.404 0.021 0.047 0.511 0.004 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 13 G 0.079 0.007 0.035 0.043 0.025 0.005 0.155 0.571 0.006 0.074 0.001 14 R 0.335 0.163 0.312 0.091 0.032 0.031 0.012 0.003 0.011 0.009 0.001 15 N 0.115 0.120 0.362 0.101 0.015 0.162 0.054 0.006 0.063 0.001 0.001 16 V 0.402 0.193 0.122 0.208 0.016 0.028 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 17 N 0.182 0.109 0.245 0.227 0.041 0.088 0.066 0.006 0.027 0.008 0.001 18 D 0.131 0.047 0.064 0.569 0.018 0.020 0.113 0.018 0.018 0.001 0.001 19 R 0.007 0.488 0.358 0.001 0.020 0.016 0.012 0.001 0.098 0.001 0.001 20 P 0.008 0.016 0.921 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 21 V 0.020 0.783 0.119 0.006 0.030 0.019 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 22 M 0.008 0.584 0.305 0.001 0.010 0.066 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 23 V 0.008 0.723 0.145 0.007 0.014 0.048 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 24 A 0.045 0.431 0.277 0.014 0.181 0.033 0.002 0.001 0.013 0.003 0.001 25 K 0.139 0.433 0.234 0.046 0.075 0.028 0.010 0.002 0.028 0.004 0.001 26 E 0.130 0.122 0.461 0.141 0.023 0.034 0.050 0.002 0.029 0.007 0.001 27 G 0.034 0.008 0.053 0.020 0.080 0.004 0.083 0.530 0.004 0.182 0.001 28 E 0.127 0.266 0.457 0.064 0.034 0.028 0.006 0.002 0.011 0.003 0.002 29 T 0.085 0.475 0.285 0.055 0.051 0.019 0.007 0.003 0.017 0.002 0.001 30 Y 0.046 0.444 0.234 0.047 0.111 0.050 0.016 0.003 0.047 0.003 0.001 31 T 0.067 0.466 0.265 0.073 0.054 0.029 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 32 G 0.043 0.061 0.073 0.018 0.428 0.006 0.022 0.095 0.005 0.249 0.001 33 T 0.081 0.521 0.248 0.044 0.075 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 34 Y 0.057 0.543 0.191 0.037 0.050 0.049 0.009 0.002 0.059 0.002 0.001 35 R 0.077 0.363 0.359 0.065 0.028 0.045 0.020 0.002 0.039 0.003 0.001 36 G 0.064 0.021 0.061 0.025 0.157 0.008 0.074 0.321 0.007 0.261 0.001 37 A 0.186 0.168 0.304 0.186 0.087 0.022 0.014 0.007 0.013 0.011 0.002 38 G 0.101 0.093 0.220 0.060 0.181 0.014 0.042 0.128 0.013 0.146 0.001 39 L 0.252 0.251 0.240 0.071 0.066 0.047 0.028 0.006 0.031 0.006 0.002 40 E 0.227 0.209 0.266 0.204 0.034 0.024 0.014 0.004 0.012 0.003 0.002 41 G 0.098 0.133 0.097 0.028 0.471 0.004 0.025 0.071 0.007 0.066 0.001 42 F 0.050 0.587 0.178 0.021 0.129 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 43 A 0.022 0.738 0.126 0.013 0.034 0.026 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 44 L 0.038 0.682 0.144 0.011 0.072 0.022 0.002 0.001 0.026 0.002 0.001 45 N 0.023 0.252 0.420 0.013 0.022 0.180 0.030 0.002 0.057 0.001 0.002 46 V 0.149 0.427 0.214 0.061 0.031 0.055 0.006 0.001 0.054 0.001 0.002 47 K 0.179 0.209 0.299 0.178 0.022 0.036 0.035 0.003 0.035 0.004 0.001 48 G 0.017 0.011 0.028 0.014 0.181 0.002 0.146 0.377 0.003 0.221 0.001 49 A 0.093 0.308 0.291 0.093 0.169 0.013 0.007 0.005 0.008 0.007 0.006 50 Y 0.026 0.569 0.238 0.015 0.080 0.026 0.007 0.001 0.035 0.002 0.001 51 I 0.029 0.412 0.426 0.007 0.008 0.091 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 52 I 0.049 0.549 0.178 0.080 0.018 0.066 0.003 0.001 0.056 0.001 0.001 53 G 0.020 0.089 0.113 0.014 0.505 0.008 0.017 0.033 0.007 0.193 0.001 54 N 0.031 0.196 0.502 0.050 0.076 0.075 0.021 0.005 0.038 0.004 0.003 55 I 0.563 0.093 0.114 0.143 0.016 0.020 0.019 0.007 0.020 0.004 0.001 56 D 0.586 0.034 0.074 0.217 0.012 0.023 0.035 0.008 0.007 0.006 0.001 57 H 0.127 0.039 0.041 0.630 0.008 0.034 0.087 0.006 0.027 0.001 0.001 58 L 0.019 0.309 0.574 0.001 0.013 0.013 0.005 0.001 0.065 0.001 0.001 59 P 0.004 0.001 0.959 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 60 P 0.916 0.001 0.065 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 E 0.917 0.004 0.017 0.041 0.003 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 62 Q 0.861 0.007 0.023 0.096 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.766 0.053 0.094 0.051 0.008 0.012 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 64 K 0.780 0.085 0.060 0.037 0.016 0.009 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 65 I 0.613 0.092 0.089 0.161 0.016 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 66 L 0.244 0.174 0.366 0.140 0.012 0.034 0.006 0.002 0.021 0.001 0.001 67 K 0.050 0.380 0.361 0.002 0.040 0.009 0.008 0.001 0.147 0.003 0.001 68 P 0.059 0.001 0.907 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 69 G 0.015 0.001 0.009 0.020 0.006 0.001 0.013 0.903 0.001 0.032 0.001 70 D 0.012 0.090 0.750 0.021 0.013 0.076 0.021 0.001 0.015 0.001 0.001 71 K 0.027 0.540 0.274 0.043 0.057 0.030 0.011 0.001 0.016 0.001 0.001 72 I 0.010 0.745 0.161 0.006 0.048 0.013 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 73 T 0.019 0.782 0.105 0.010 0.035 0.029 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 74 F 0.023 0.556 0.199 0.021 0.098 0.057 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 75 T 0.074 0.512 0.206 0.026 0.095 0.029 0.007 0.002 0.041 0.008 0.001