# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.003 0.010 0.006 0.002 0.004 0.002 0.009 0.846 0.085 0.029 0.003 2 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.890 0.090 0.010 0.001 3 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.061 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.966 0.023 0.002 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.058 0.023 0.001 6 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.085 0.005 0.001 7 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.920 0.058 0.003 0.001 8 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.023 0.882 0.060 0.025 0.001 9 M 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.829 0.114 0.028 0.003 10 K 0.007 0.018 0.005 0.003 0.009 0.009 0.041 0.730 0.153 0.019 0.005 11 N 0.026 0.014 0.007 0.004 0.025 0.010 0.087 0.531 0.122 0.149 0.024 12 T 0.015 0.437 0.308 0.031 0.093 0.014 0.023 0.040 0.015 0.018 0.006 13 G 0.096 0.028 0.039 0.048 0.040 0.020 0.014 0.062 0.063 0.378 0.212 14 R 0.065 0.325 0.060 0.034 0.180 0.065 0.056 0.090 0.064 0.040 0.021 15 N 0.297 0.094 0.030 0.005 0.294 0.003 0.015 0.072 0.031 0.053 0.105 16 V 0.068 0.070 0.056 0.103 0.069 0.206 0.094 0.113 0.108 0.076 0.038 17 N 0.047 0.156 0.101 0.131 0.161 0.060 0.102 0.155 0.045 0.025 0.018 18 D 0.051 0.018 0.013 0.010 0.031 0.007 0.012 0.053 0.110 0.606 0.090 19 R 0.012 0.580 0.237 0.010 0.135 0.001 0.003 0.012 0.005 0.004 0.002 20 P 0.337 0.099 0.009 0.001 0.491 0.002 0.004 0.008 0.004 0.006 0.039 21 V 0.181 0.143 0.018 0.004 0.621 0.005 0.006 0.007 0.002 0.002 0.013 22 M 0.246 0.111 0.009 0.001 0.583 0.002 0.003 0.008 0.002 0.005 0.030 23 V 0.257 0.163 0.038 0.007 0.435 0.004 0.005 0.015 0.004 0.019 0.052 24 A 0.146 0.264 0.122 0.025 0.251 0.015 0.028 0.045 0.019 0.036 0.049 25 K 0.099 0.159 0.205 0.100 0.135 0.058 0.041 0.065 0.039 0.051 0.048 26 E 0.014 0.100 0.084 0.181 0.036 0.143 0.243 0.108 0.050 0.029 0.012 27 G 0.030 0.062 0.094 0.193 0.032 0.042 0.013 0.024 0.053 0.352 0.105 28 E 0.127 0.283 0.065 0.009 0.350 0.010 0.015 0.036 0.037 0.038 0.031 29 T 0.236 0.146 0.033 0.008 0.380 0.013 0.028 0.048 0.025 0.029 0.053 30 Y 0.323 0.094 0.039 0.030 0.268 0.024 0.023 0.035 0.018 0.042 0.103 31 T 0.048 0.064 0.043 0.165 0.070 0.111 0.158 0.123 0.062 0.114 0.044 32 G 0.053 0.149 0.155 0.256 0.112 0.050 0.013 0.049 0.029 0.091 0.045 33 T 0.163 0.166 0.036 0.010 0.345 0.015 0.035 0.118 0.045 0.034 0.033 34 Y 0.265 0.078 0.039 0.019 0.254 0.014 0.017 0.089 0.031 0.074 0.121 35 R 0.049 0.083 0.051 0.105 0.071 0.102 0.183 0.167 0.072 0.084 0.033 36 G 0.049 0.058 0.125 0.251 0.046 0.064 0.027 0.057 0.044 0.205 0.075 37 A 0.064 0.219 0.114 0.050 0.131 0.048 0.079 0.105 0.094 0.066 0.030 38 G 0.080 0.141 0.137 0.065 0.103 0.029 0.027 0.076 0.061 0.194 0.088 39 L 0.156 0.114 0.036 0.016 0.193 0.019 0.030 0.141 0.135 0.098 0.062 40 E 0.035 0.046 0.034 0.081 0.052 0.136 0.201 0.207 0.109 0.078 0.022 41 G 0.160 0.115 0.055 0.056 0.178 0.022 0.027 0.074 0.066 0.161 0.086 42 F 0.262 0.104 0.012 0.004 0.486 0.007 0.011 0.029 0.017 0.028 0.040 43 A 0.334 0.059 0.011 0.003 0.453 0.004 0.007 0.026 0.012 0.023 0.067 44 L 0.135 0.306 0.023 0.005 0.470 0.008 0.006 0.014 0.006 0.007 0.020 45 N 0.481 0.053 0.011 0.001 0.351 0.001 0.002 0.005 0.003 0.015 0.078 46 V 0.415 0.041 0.028 0.061 0.191 0.051 0.014 0.018 0.018 0.042 0.120 47 K 0.001 0.010 0.013 0.360 0.003 0.228 0.267 0.087 0.022 0.007 0.001 48 G 0.035 0.045 0.086 0.196 0.032 0.029 0.013 0.020 0.038 0.423 0.083 49 A 0.142 0.206 0.034 0.010 0.544 0.005 0.004 0.009 0.012 0.013 0.020 50 Y 0.136 0.208 0.025 0.002 0.600 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.014 51 I 0.543 0.034 0.006 0.001 0.336 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.069 52 I 0.045 0.022 0.015 0.166 0.037 0.208 0.161 0.052 0.048 0.190 0.057 53 G 0.016 0.100 0.245 0.396 0.039 0.089 0.022 0.014 0.020 0.048 0.013 54 N 0.178 0.232 0.087 0.011 0.303 0.002 0.004 0.017 0.017 0.073 0.078 55 I 0.023 0.053 0.014 0.008 0.059 0.007 0.012 0.152 0.593 0.064 0.016 56 D 0.010 0.018 0.008 0.008 0.026 0.022 0.125 0.422 0.311 0.042 0.009 57 H 0.020 0.023 0.010 0.002 0.019 0.003 0.015 0.055 0.172 0.660 0.020 58 L 0.052 0.525 0.193 0.002 0.199 0.001 0.002 0.008 0.004 0.005 0.009 59 P 0.001 0.593 0.371 0.006 0.019 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 60 P 0.010 0.020 0.007 0.001 0.018 0.002 0.008 0.408 0.510 0.011 0.005 61 E 0.005 0.012 0.012 0.001 0.011 0.002 0.013 0.658 0.246 0.033 0.007 62 Q 0.010 0.013 0.002 0.001 0.017 0.002 0.018 0.422 0.245 0.268 0.003 63 L 0.137 0.048 0.009 0.001 0.165 0.002 0.007 0.289 0.194 0.112 0.035 64 K 0.020 0.271 0.070 0.007 0.154 0.014 0.038 0.257 0.124 0.038 0.006 65 I 0.158 0.175 0.020 0.002 0.328 0.002 0.021 0.109 0.050 0.101 0.034 66 L 0.189 0.260 0.059 0.020 0.263 0.008 0.017 0.062 0.036 0.042 0.045 67 K 0.007 0.152 0.504 0.211 0.040 0.028 0.012 0.023 0.014 0.007 0.002 68 P 0.007 0.015 0.016 0.045 0.008 0.085 0.439 0.289 0.076 0.014 0.006 69 G 0.030 0.047 0.058 0.092 0.030 0.033 0.020 0.026 0.065 0.484 0.116 70 D 0.137 0.255 0.038 0.009 0.404 0.008 0.012 0.028 0.029 0.050 0.030 71 K 0.239 0.103 0.014 0.003 0.536 0.005 0.010 0.020 0.017 0.023 0.033 72 I 0.282 0.094 0.010 0.002 0.579 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.023 73 T 0.281 0.079 0.012 0.007 0.505 0.006 0.008 0.009 0.004 0.019 0.071 74 F 0.224 0.188 0.066 0.013 0.376 0.004 0.005 0.011 0.005 0.030 0.077 75 T 0.086 0.362 0.134 0.022 0.230 0.014 0.025 0.042 0.022 0.035 0.028