# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.752 0.155 0.060 0.024 0.007 0.002 0.001 2 L 0.441 0.156 0.142 0.120 0.087 0.051 0.003 3 K 0.623 0.212 0.106 0.042 0.013 0.004 0.001 4 E 0.618 0.273 0.075 0.023 0.008 0.003 0.001 5 F 0.270 0.191 0.210 0.199 0.094 0.033 0.002 6 M 0.264 0.173 0.190 0.196 0.130 0.044 0.002 7 H 0.466 0.353 0.125 0.041 0.011 0.003 0.001 8 T 0.458 0.277 0.168 0.077 0.016 0.003 0.001 9 M 0.258 0.146 0.147 0.229 0.177 0.042 0.001 10 K 0.438 0.320 0.163 0.064 0.014 0.002 0.001 11 N 0.740 0.196 0.044 0.015 0.004 0.001 0.001 12 T 0.567 0.249 0.122 0.050 0.010 0.002 0.001 13 G 0.527 0.257 0.127 0.065 0.019 0.004 0.001 14 R 0.515 0.263 0.130 0.065 0.022 0.005 0.001 15 N 0.443 0.311 0.148 0.071 0.022 0.005 0.001 16 V 0.139 0.112 0.156 0.242 0.230 0.109 0.011 17 N 0.235 0.231 0.205 0.175 0.102 0.046 0.007 18 D 0.327 0.279 0.183 0.122 0.058 0.025 0.005 19 R 0.166 0.173 0.187 0.230 0.160 0.074 0.010 20 P 0.115 0.143 0.163 0.208 0.195 0.145 0.032 21 V 0.060 0.073 0.103 0.170 0.219 0.286 0.089 22 M 0.042 0.063 0.096 0.175 0.236 0.291 0.097 23 V 0.043 0.076 0.114 0.187 0.231 0.257 0.092 24 A 0.105 0.161 0.187 0.233 0.184 0.111 0.018 25 K 0.184 0.232 0.217 0.190 0.110 0.056 0.012 26 E 0.512 0.273 0.115 0.063 0.025 0.010 0.002 27 G 0.339 0.272 0.175 0.127 0.062 0.023 0.003 28 E 0.381 0.299 0.170 0.099 0.038 0.012 0.002 29 T 0.265 0.381 0.227 0.095 0.027 0.005 0.001 30 Y 0.040 0.067 0.146 0.288 0.303 0.146 0.010 31 T 0.178 0.320 0.282 0.154 0.049 0.015 0.002 32 G 0.140 0.188 0.174 0.196 0.174 0.113 0.015 33 T 0.158 0.226 0.231 0.242 0.110 0.031 0.003 34 Y 0.103 0.104 0.126 0.219 0.260 0.165 0.022 35 R 0.184 0.242 0.239 0.184 0.091 0.049 0.010 36 G 0.244 0.212 0.185 0.175 0.112 0.061 0.011 37 A 0.148 0.129 0.140 0.177 0.186 0.173 0.048 38 G 0.199 0.180 0.140 0.150 0.151 0.144 0.036 39 L 0.141 0.156 0.166 0.185 0.170 0.138 0.044 40 E 0.176 0.206 0.187 0.162 0.126 0.101 0.042 41 G 0.069 0.108 0.151 0.195 0.201 0.194 0.082 42 F 0.023 0.036 0.067 0.135 0.240 0.364 0.135 43 A 0.026 0.059 0.101 0.152 0.210 0.303 0.150 44 L 0.026 0.040 0.049 0.098 0.212 0.375 0.201 45 N 0.032 0.105 0.197 0.295 0.235 0.116 0.020 46 V 0.021 0.037 0.071 0.216 0.394 0.232 0.029 47 K 0.206 0.379 0.245 0.118 0.037 0.012 0.003 48 G 0.137 0.267 0.248 0.205 0.098 0.040 0.007 49 A 0.039 0.082 0.161 0.266 0.270 0.163 0.017 50 Y 0.028 0.057 0.105 0.194 0.279 0.280 0.056 51 I 0.024 0.037 0.069 0.135 0.240 0.373 0.124 52 I 0.038 0.061 0.086 0.147 0.233 0.340 0.097 53 G 0.067 0.077 0.107 0.201 0.275 0.223 0.050 54 N 0.121 0.285 0.279 0.205 0.086 0.023 0.002 55 I 0.095 0.193 0.257 0.275 0.146 0.033 0.002 56 D 0.498 0.299 0.120 0.057 0.019 0.005 0.001 57 H 0.322 0.320 0.209 0.109 0.032 0.008 0.001 58 L 0.098 0.114 0.199 0.299 0.218 0.071 0.003 59 P 0.414 0.379 0.144 0.047 0.012 0.003 0.001 60 P 0.361 0.269 0.176 0.119 0.055 0.018 0.002 61 E 0.492 0.261 0.126 0.074 0.034 0.011 0.001 62 Q 0.138 0.285 0.302 0.201 0.062 0.012 0.001 63 L 0.056 0.098 0.189 0.308 0.260 0.084 0.005 64 K 0.311 0.372 0.199 0.093 0.021 0.003 0.001 65 I 0.277 0.374 0.221 0.099 0.024 0.005 0.001 66 L 0.152 0.107 0.155 0.307 0.228 0.050 0.001 67 K 0.523 0.303 0.122 0.041 0.009 0.002 0.001 68 P 0.695 0.220 0.062 0.019 0.004 0.001 0.001 69 G 0.398 0.301 0.178 0.087 0.030 0.006 0.001 70 D 0.244 0.186 0.209 0.201 0.116 0.041 0.002 71 K 0.271 0.343 0.246 0.104 0.028 0.006 0.001 72 I 0.152 0.089 0.112 0.232 0.262 0.145 0.008 73 T 0.395 0.288 0.190 0.097 0.023 0.005 0.001 74 F 0.429 0.234 0.156 0.119 0.051 0.011 0.001 75 T 0.709 0.197 0.067 0.022 0.004 0.001 0.001