# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.008 0.086 0.001 0.019 0.818 0.001 0.001 0.001 0.019 0.041 0.002 0.005 2 L 0.001 0.001 0.031 0.001 0.006 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.002 3 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 6 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 7 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 9 M 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.910 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.001 0.001 10 K 0.001 0.005 0.034 0.001 0.037 0.780 0.001 0.001 0.002 0.018 0.118 0.001 0.002 11 N 0.001 0.006 0.057 0.001 0.045 0.556 0.001 0.001 0.002 0.049 0.276 0.003 0.002 12 T 0.001 0.006 0.070 0.001 0.033 0.243 0.001 0.001 0.004 0.075 0.562 0.002 0.003 13 G 0.001 0.007 0.191 0.009 0.014 0.031 0.001 0.001 0.002 0.151 0.586 0.003 0.006 14 R 0.002 0.070 0.551 0.003 0.011 0.018 0.001 0.001 0.018 0.209 0.037 0.052 0.026 15 N 0.004 0.058 0.512 0.004 0.035 0.024 0.002 0.004 0.033 0.066 0.093 0.013 0.153 16 V 0.007 0.051 0.177 0.020 0.166 0.051 0.004 0.003 0.012 0.095 0.350 0.028 0.035 17 N 0.002 0.010 0.132 0.024 0.096 0.026 0.002 0.001 0.006 0.173 0.485 0.026 0.016 18 D 0.005 0.004 0.219 0.031 0.037 0.005 0.001 0.001 0.002 0.376 0.272 0.009 0.038 19 R 0.015 0.011 0.431 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.008 0.210 0.013 0.256 0.042 20 P 0.052 0.015 0.246 0.033 0.004 0.004 0.008 0.002 0.011 0.048 0.011 0.027 0.539 21 V 0.456 0.004 0.055 0.104 0.003 0.003 0.054 0.007 0.011 0.008 0.004 0.215 0.076 22 M 0.665 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.068 0.006 0.009 0.002 0.001 0.101 0.135 23 V 0.611 0.003 0.009 0.009 0.001 0.001 0.075 0.003 0.008 0.002 0.001 0.072 0.206 24 A 0.353 0.002 0.080 0.094 0.002 0.003 0.029 0.002 0.014 0.010 0.010 0.171 0.229 25 K 0.142 0.006 0.100 0.012 0.008 0.004 0.009 0.001 0.009 0.083 0.098 0.301 0.227 26 E 0.005 0.003 0.033 0.020 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.128 0.745 0.022 0.026 27 G 0.004 0.001 0.087 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.705 0.016 0.012 28 E 0.044 0.026 0.474 0.003 0.004 0.002 0.007 0.001 0.005 0.081 0.034 0.127 0.192 29 T 0.130 0.069 0.081 0.002 0.001 0.001 0.034 0.002 0.008 0.016 0.004 0.067 0.584 30 Y 0.145 0.018 0.116 0.052 0.007 0.011 0.029 0.004 0.013 0.019 0.013 0.492 0.081 31 T 0.080 0.020 0.162 0.056 0.020 0.044 0.021 0.005 0.019 0.094 0.082 0.040 0.358 32 G 0.071 0.008 0.193 0.054 0.029 0.051 0.017 0.005 0.018 0.107 0.107 0.261 0.080 33 T 0.147 0.023 0.188 0.014 0.025 0.068 0.028 0.004 0.020 0.066 0.059 0.060 0.298 34 Y 0.175 0.040 0.200 0.016 0.039 0.092 0.025 0.008 0.018 0.056 0.063 0.139 0.129 35 R 0.071 0.022 0.124 0.028 0.059 0.125 0.011 0.005 0.010 0.114 0.245 0.092 0.094 36 G 0.030 0.014 0.231 0.018 0.054 0.051 0.003 0.001 0.005 0.116 0.341 0.038 0.098 37 A 0.018 0.029 0.376 0.028 0.044 0.038 0.003 0.001 0.004 0.138 0.196 0.044 0.081 38 G 0.028 0.028 0.268 0.014 0.059 0.035 0.003 0.001 0.003 0.178 0.250 0.056 0.078 39 L 0.053 0.018 0.183 0.031 0.080 0.045 0.003 0.001 0.002 0.173 0.226 0.074 0.111 40 E 0.103 0.008 0.187 0.081 0.060 0.027 0.007 0.001 0.004 0.157 0.158 0.098 0.110 41 G 0.327 0.003 0.079 0.020 0.018 0.015 0.020 0.002 0.008 0.050 0.045 0.104 0.309 42 F 0.671 0.002 0.033 0.003 0.003 0.006 0.027 0.001 0.004 0.009 0.006 0.127 0.109 43 A 0.701 0.003 0.006 0.007 0.001 0.004 0.052 0.006 0.009 0.003 0.001 0.056 0.152 44 L 0.629 0.001 0.012 0.014 0.001 0.003 0.042 0.011 0.007 0.003 0.002 0.199 0.077 45 N 0.631 0.002 0.030 0.013 0.001 0.003 0.060 0.018 0.021 0.009 0.013 0.058 0.141 46 V 0.376 0.004 0.094 0.008 0.003 0.002 0.048 0.008 0.030 0.014 0.018 0.216 0.178 47 K 0.093 0.005 0.143 0.098 0.013 0.004 0.014 0.004 0.021 0.111 0.332 0.084 0.079 48 G 0.029 0.002 0.063 0.090 0.011 0.001 0.004 0.002 0.010 0.264 0.444 0.051 0.029 49 A 0.146 0.009 0.253 0.051 0.008 0.002 0.054 0.020 0.047 0.041 0.022 0.054 0.294 50 Y 0.283 0.019 0.036 0.003 0.001 0.001 0.182 0.098 0.104 0.005 0.002 0.183 0.082 51 I 0.177 0.011 0.028 0.004 0.001 0.002 0.237 0.199 0.173 0.003 0.003 0.046 0.116 52 I 0.114 0.018 0.161 0.050 0.004 0.004 0.118 0.117 0.182 0.028 0.029 0.070 0.106 53 G 0.011 0.015 0.320 0.025 0.013 0.003 0.010 0.010 0.123 0.261 0.085 0.073 0.052 54 N 0.005 0.017 0.386 0.005 0.041 0.006 0.002 0.001 0.046 0.252 0.110 0.030 0.097 55 I 0.003 0.020 0.077 0.003 0.489 0.016 0.001 0.001 0.002 0.075 0.287 0.009 0.018 56 D 0.001 0.005 0.082 0.004 0.418 0.011 0.001 0.001 0.001 0.113 0.348 0.004 0.010 57 H 0.001 0.011 0.173 0.005 0.288 0.011 0.001 0.001 0.001 0.139 0.360 0.002 0.010 58 L 0.001 0.026 0.436 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.501 0.015 0.010 0.002 59 P 0.001 0.012 0.924 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.001 0.011 60 P 0.001 0.002 0.041 0.001 0.393 0.428 0.001 0.001 0.001 0.013 0.117 0.001 0.005 61 E 0.002 0.003 0.019 0.011 0.456 0.342 0.001 0.001 0.001 0.028 0.130 0.004 0.004 62 Q 0.004 0.004 0.035 0.002 0.442 0.389 0.002 0.001 0.006 0.013 0.064 0.021 0.020 63 L 0.020 0.040 0.205 0.014 0.068 0.331 0.004 0.001 0.036 0.033 0.025 0.008 0.214 64 K 0.011 0.022 0.213 0.026 0.025 0.139 0.004 0.002 0.099 0.041 0.029 0.371 0.019 65 I 0.007 0.040 0.147 0.004 0.014 0.085 0.008 0.010 0.086 0.048 0.052 0.004 0.494 66 L 0.007 0.046 0.496 0.055 0.005 0.027 0.004 0.003 0.021 0.143 0.030 0.137 0.024 67 K 0.001 0.017 0.761 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.159 0.012 0.017 0.017 68 P 0.001 0.001 0.022 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 0.916 0.001 0.001 69 G 0.001 0.001 0.026 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.919 0.002 0.001 70 D 0.009 0.017 0.686 0.005 0.018 0.001 0.003 0.001 0.013 0.148 0.022 0.032 0.043 71 K 0.073 0.028 0.308 0.021 0.014 0.003 0.031 0.005 0.052 0.063 0.021 0.036 0.344 72 I 0.237 0.012 0.093 0.024 0.010 0.003 0.098 0.019 0.054 0.022 0.013 0.336 0.077 73 T 0.265 0.015 0.081 0.005 0.007 0.003 0.094 0.023 0.073 0.021 0.014 0.149 0.248 74 F 0.126 0.010 0.302 0.021 0.002 0.002 0.061 0.019 0.075 0.021 0.006 0.114 0.241 75 T 0.041 0.012 0.546 0.011 0.005 0.004 0.009 0.004 0.039 0.031 0.014 0.160 0.125