# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.008 0.892 0.011 0.002 0.001 0.002 0.010 0.003 0.003 0.019 0.050 2 L 0.046 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.006 0.032 3 K 0.082 0.697 0.002 0.005 0.002 0.004 0.016 0.005 0.001 0.064 0.121 4 E 0.029 0.263 0.011 0.015 0.006 0.009 0.068 0.002 0.003 0.323 0.271 5 F 0.016 0.792 0.008 0.007 0.003 0.006 0.028 0.011 0.002 0.032 0.095 6 M 0.183 0.476 0.016 0.007 0.008 0.013 0.035 0.025 0.004 0.053 0.181 7 H 0.063 0.266 0.007 0.022 0.011 0.022 0.073 0.008 0.004 0.095 0.429 8 T 0.110 0.111 0.008 0.015 0.008 0.032 0.086 0.007 0.004 0.171 0.448 9 M 0.103 0.034 0.101 0.038 0.010 0.020 0.107 0.011 0.030 0.169 0.378 10 K 0.218 0.011 0.006 0.021 0.011 0.021 0.082 0.006 0.004 0.044 0.576 11 N 0.123 0.008 0.001 0.013 0.003 0.008 0.077 0.003 0.001 0.040 0.724 12 T 0.024 0.002 0.001 0.013 0.007 0.013 0.126 0.005 0.001 0.035 0.775 13 G 0.032 0.002 0.001 0.013 0.008 0.014 0.125 0.002 0.001 0.027 0.776 14 R 0.005 0.001 0.001 0.023 0.041 0.045 0.152 0.002 0.001 0.023 0.708 15 N 0.086 0.003 0.001 0.035 0.015 0.033 0.125 0.004 0.001 0.052 0.644 16 V 0.180 0.001 0.002 0.034 0.018 0.023 0.127 0.005 0.001 0.094 0.514 17 N 0.011 0.001 0.001 0.054 0.019 0.053 0.167 0.001 0.001 0.037 0.656 18 D 0.003 0.001 0.001 0.073 0.043 0.149 0.125 0.001 0.001 0.047 0.558 19 R 0.001 0.002 0.001 0.119 0.234 0.233 0.075 0.001 0.001 0.053 0.283 20 P 0.001 0.001 0.001 0.103 0.265 0.482 0.017 0.001 0.001 0.037 0.093 21 V 0.001 0.001 0.001 0.064 0.345 0.468 0.008 0.001 0.001 0.036 0.077 22 M 0.001 0.001 0.001 0.116 0.411 0.380 0.007 0.001 0.001 0.031 0.053 23 V 0.003 0.001 0.003 0.078 0.327 0.416 0.017 0.001 0.002 0.084 0.068 24 A 0.073 0.001 0.003 0.088 0.212 0.261 0.037 0.004 0.004 0.081 0.235 25 K 0.326 0.002 0.001 0.029 0.052 0.075 0.063 0.004 0.002 0.063 0.383 26 E 0.014 0.001 0.001 0.022 0.027 0.065 0.100 0.002 0.001 0.023 0.745 27 G 0.011 0.001 0.001 0.019 0.036 0.063 0.088 0.001 0.001 0.022 0.758 28 E 0.008 0.001 0.001 0.030 0.243 0.162 0.090 0.003 0.001 0.040 0.422 29 T 0.021 0.003 0.001 0.034 0.047 0.064 0.087 0.001 0.001 0.044 0.698 30 Y 0.016 0.006 0.001 0.063 0.133 0.148 0.105 0.008 0.001 0.060 0.460 31 T 0.022 0.011 0.001 0.079 0.064 0.115 0.122 0.003 0.001 0.056 0.527 32 G 0.019 0.007 0.002 0.123 0.134 0.220 0.089 0.003 0.001 0.071 0.331 33 T 0.025 0.010 0.001 0.120 0.114 0.174 0.086 0.002 0.001 0.059 0.409 34 Y 0.092 0.023 0.004 0.086 0.095 0.113 0.103 0.004 0.002 0.077 0.401 35 R 0.048 0.020 0.002 0.056 0.066 0.095 0.129 0.009 0.001 0.065 0.507 36 G 0.121 0.027 0.004 0.029 0.037 0.070 0.121 0.004 0.003 0.057 0.527 37 A 0.071 0.011 0.005 0.037 0.084 0.110 0.138 0.006 0.003 0.055 0.480 38 G 0.050 0.025 0.002 0.032 0.038 0.088 0.152 0.005 0.001 0.047 0.559 39 L 0.081 0.026 0.005 0.040 0.086 0.138 0.137 0.006 0.002 0.070 0.409 40 E 0.012 0.014 0.001 0.085 0.127 0.304 0.094 0.004 0.001 0.055 0.303 41 G 0.003 0.008 0.001 0.049 0.115 0.359 0.067 0.001 0.001 0.080 0.316 42 F 0.001 0.002 0.001 0.077 0.312 0.444 0.019 0.001 0.001 0.063 0.080 43 A 0.003 0.001 0.002 0.076 0.238 0.384 0.027 0.001 0.001 0.095 0.174 44 L 0.002 0.001 0.002 0.093 0.338 0.336 0.024 0.001 0.001 0.046 0.158 45 N 0.059 0.001 0.002 0.110 0.137 0.323 0.047 0.002 0.002 0.145 0.173 46 V 0.167 0.001 0.002 0.048 0.052 0.083 0.099 0.003 0.002 0.096 0.449 47 K 0.008 0.001 0.001 0.048 0.026 0.034 0.122 0.002 0.001 0.018 0.743 48 G 0.003 0.001 0.001 0.087 0.063 0.089 0.133 0.002 0.001 0.029 0.596 49 A 0.001 0.001 0.001 0.340 0.147 0.125 0.055 0.001 0.001 0.056 0.275 50 Y 0.001 0.001 0.001 0.606 0.124 0.110 0.018 0.001 0.001 0.040 0.100 51 I 0.002 0.001 0.001 0.630 0.101 0.097 0.019 0.001 0.001 0.035 0.115 52 I 0.004 0.001 0.001 0.624 0.098 0.129 0.026 0.001 0.001 0.032 0.084 53 G 0.009 0.002 0.002 0.390 0.040 0.122 0.094 0.002 0.002 0.044 0.294 54 N 0.414 0.041 0.002 0.102 0.016 0.032 0.080 0.012 0.004 0.056 0.241 55 I 0.222 0.025 0.001 0.035 0.011 0.030 0.132 0.009 0.001 0.068 0.466 56 D 0.021 0.004 0.001 0.018 0.016 0.030 0.126 0.001 0.001 0.021 0.764 57 H 0.006 0.010 0.001 0.030 0.044 0.060 0.157 0.001 0.001 0.036 0.655 58 L 0.031 0.048 0.002 0.012 0.030 0.016 0.114 0.005 0.001 0.074 0.665 59 P 0.129 0.646 0.002 0.002 0.006 0.005 0.033 0.022 0.001 0.028 0.126 60 P 0.087 0.778 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.008 0.104 61 E 0.058 0.754 0.003 0.003 0.005 0.012 0.019 0.006 0.001 0.022 0.116 62 Q 0.079 0.637 0.009 0.004 0.014 0.025 0.034 0.015 0.005 0.043 0.136 63 L 0.294 0.271 0.009 0.008 0.022 0.033 0.047 0.068 0.005 0.057 0.187 64 K 0.286 0.054 0.001 0.022 0.044 0.062 0.067 0.004 0.001 0.040 0.418 65 I 0.003 0.008 0.003 0.015 0.019 0.052 0.128 0.001 0.001 0.010 0.761 66 L 0.008 0.008 0.017 0.036 0.024 0.043 0.087 0.003 0.006 0.018 0.751 67 K 0.678 0.013 0.003 0.004 0.014 0.011 0.032 0.018 0.003 0.118 0.106 68 P 0.127 0.013 0.002 0.008 0.002 0.005 0.077 0.003 0.001 0.059 0.704 69 G 0.024 0.007 0.002 0.014 0.003 0.011 0.089 0.001 0.001 0.028 0.821 70 D 0.010 0.006 0.001 0.076 0.163 0.202 0.119 0.004 0.001 0.088 0.332 71 K 0.011 0.002 0.001 0.093 0.052 0.129 0.095 0.001 0.001 0.101 0.516 72 I 0.004 0.001 0.001 0.168 0.303 0.176 0.044 0.001 0.001 0.046 0.256 73 T 0.011 0.002 0.001 0.098 0.101 0.150 0.105 0.001 0.001 0.047 0.484 74 F 0.016 0.002 0.001 0.085 0.104 0.127 0.110 0.005 0.001 0.056 0.494 75 T 0.096 0.007 0.001 0.066 0.037 0.059 0.124 0.006 0.002 0.055 0.546