# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.027 0.070 0.036 0.093 0.103 0.129 0.173 0.127 0.112 0.079 0.050 2 L 0.008 0.012 0.013 0.027 0.034 0.052 0.123 0.143 0.203 0.208 0.178 3 K 0.056 0.059 0.110 0.189 0.195 0.161 0.142 0.049 0.026 0.009 0.003 4 E 0.077 0.098 0.225 0.285 0.154 0.082 0.050 0.018 0.008 0.003 0.001 5 F 0.001 0.004 0.011 0.017 0.021 0.043 0.147 0.177 0.217 0.213 0.147 6 M 0.001 0.002 0.013 0.021 0.039 0.082 0.220 0.194 0.197 0.141 0.088 7 H 0.025 0.043 0.560 0.188 0.099 0.046 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 8 T 0.006 0.037 0.106 0.180 0.211 0.206 0.173 0.049 0.019 0.009 0.003 9 M 0.004 0.004 0.012 0.009 0.010 0.017 0.076 0.121 0.236 0.274 0.236 10 K 0.047 0.066 0.093 0.211 0.211 0.166 0.135 0.041 0.018 0.008 0.005 11 N 0.071 0.121 0.527 0.142 0.071 0.037 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 12 T 0.055 0.072 0.053 0.115 0.137 0.158 0.213 0.094 0.053 0.033 0.017 13 G 0.504 0.142 0.044 0.072 0.050 0.044 0.057 0.031 0.025 0.017 0.015 14 R 0.064 0.119 0.084 0.158 0.159 0.141 0.120 0.063 0.045 0.028 0.018 15 N 0.190 0.227 0.107 0.192 0.107 0.079 0.053 0.020 0.012 0.008 0.006 16 V 0.015 0.011 0.007 0.021 0.033 0.058 0.146 0.146 0.190 0.178 0.196 17 N 0.135 0.128 0.074 0.154 0.123 0.097 0.115 0.066 0.050 0.032 0.026 18 D 0.204 0.190 0.102 0.198 0.133 0.077 0.049 0.021 0.013 0.007 0.006 19 R 0.048 0.090 0.052 0.161 0.153 0.153 0.157 0.086 0.052 0.033 0.017 20 P 0.071 0.069 0.041 0.149 0.172 0.173 0.154 0.072 0.048 0.032 0.020 21 V 0.007 0.011 0.011 0.032 0.039 0.056 0.151 0.163 0.213 0.175 0.142 22 M 0.006 0.011 0.014 0.045 0.059 0.088 0.188 0.169 0.175 0.142 0.103 23 V 0.010 0.030 0.031 0.075 0.075 0.084 0.150 0.152 0.165 0.130 0.099 24 A 0.020 0.019 0.014 0.053 0.074 0.086 0.158 0.156 0.170 0.135 0.114 25 K 0.128 0.111 0.073 0.167 0.165 0.128 0.114 0.055 0.035 0.017 0.008 26 E 0.206 0.207 0.066 0.197 0.124 0.076 0.067 0.027 0.016 0.009 0.004 27 G 0.251 0.138 0.069 0.126 0.092 0.075 0.080 0.054 0.049 0.039 0.027 28 E 0.127 0.159 0.062 0.165 0.149 0.124 0.105 0.050 0.029 0.018 0.014 29 T 0.172 0.209 0.116 0.228 0.134 0.066 0.041 0.017 0.009 0.005 0.003 30 Y 0.015 0.011 0.008 0.025 0.046 0.088 0.201 0.179 0.170 0.138 0.120 31 T 0.110 0.230 0.129 0.310 0.136 0.047 0.023 0.008 0.004 0.002 0.002 32 G 0.161 0.088 0.034 0.095 0.107 0.113 0.128 0.090 0.078 0.062 0.043 33 T 0.078 0.153 0.109 0.250 0.168 0.099 0.075 0.029 0.019 0.012 0.010 34 Y 0.013 0.014 0.014 0.029 0.035 0.055 0.141 0.131 0.186 0.183 0.201 35 R 0.069 0.122 0.086 0.296 0.192 0.109 0.067 0.028 0.017 0.009 0.006 36 G 0.202 0.178 0.075 0.136 0.101 0.084 0.084 0.048 0.042 0.028 0.021 37 A 0.081 0.051 0.030 0.065 0.061 0.072 0.113 0.104 0.137 0.139 0.147 38 G 0.164 0.204 0.058 0.172 0.133 0.094 0.083 0.036 0.027 0.017 0.013 39 L 0.072 0.065 0.043 0.102 0.115 0.114 0.136 0.104 0.104 0.080 0.065 40 E 0.145 0.088 0.048 0.133 0.124 0.112 0.130 0.069 0.063 0.046 0.041 41 G 0.034 0.031 0.026 0.082 0.087 0.116 0.151 0.127 0.138 0.118 0.090 42 F 0.010 0.008 0.010 0.024 0.029 0.047 0.124 0.157 0.204 0.210 0.177 43 A 0.008 0.010 0.024 0.046 0.044 0.068 0.129 0.137 0.160 0.170 0.203 44 L 0.003 0.005 0.016 0.019 0.022 0.034 0.091 0.125 0.210 0.238 0.236 45 N 0.025 0.063 0.060 0.193 0.161 0.145 0.154 0.081 0.058 0.034 0.025 46 V 0.004 0.004 0.006 0.010 0.011 0.017 0.052 0.087 0.188 0.253 0.368 47 K 0.091 0.150 0.104 0.280 0.188 0.095 0.060 0.018 0.009 0.003 0.002 48 G 0.141 0.120 0.057 0.161 0.131 0.118 0.126 0.064 0.045 0.025 0.013 49 A 0.010 0.021 0.020 0.061 0.082 0.113 0.175 0.156 0.143 0.121 0.099 50 Y 0.002 0.007 0.006 0.031 0.054 0.099 0.198 0.180 0.176 0.138 0.108 51 I 0.001 0.003 0.003 0.010 0.017 0.029 0.100 0.157 0.233 0.224 0.222 52 I 0.004 0.005 0.004 0.015 0.018 0.030 0.100 0.140 0.213 0.227 0.245 53 G 0.014 0.019 0.011 0.054 0.081 0.095 0.166 0.167 0.177 0.124 0.092 54 N 0.150 0.268 0.071 0.236 0.134 0.067 0.041 0.016 0.009 0.005 0.002 55 I 0.084 0.055 0.034 0.123 0.170 0.142 0.173 0.099 0.069 0.036 0.016 56 D 0.425 0.178 0.065 0.142 0.083 0.047 0.034 0.014 0.008 0.004 0.002 57 H 0.206 0.196 0.056 0.174 0.131 0.087 0.085 0.032 0.020 0.009 0.004 58 L 0.014 0.011 0.004 0.018 0.030 0.063 0.129 0.169 0.199 0.213 0.150 59 P 0.276 0.471 0.056 0.105 0.048 0.021 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 60 P 0.267 0.065 0.036 0.153 0.130 0.108 0.108 0.060 0.041 0.021 0.010 61 E 0.308 0.122 0.046 0.110 0.090 0.079 0.092 0.055 0.045 0.030 0.023 62 Q 0.021 0.083 0.133 0.354 0.203 0.106 0.060 0.022 0.011 0.004 0.002 63 L 0.021 0.011 0.015 0.033 0.054 0.079 0.151 0.183 0.194 0.157 0.103 64 K 0.029 0.071 0.169 0.242 0.203 0.134 0.098 0.031 0.014 0.006 0.003 65 I 0.069 0.213 0.142 0.240 0.136 0.079 0.076 0.023 0.014 0.005 0.002 66 L 0.001 0.002 0.002 0.007 0.013 0.022 0.067 0.100 0.178 0.220 0.388 67 K 0.285 0.397 0.181 0.100 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 P 0.327 0.146 0.067 0.206 0.120 0.068 0.048 0.012 0.005 0.001 0.001 69 G 0.779 0.126 0.030 0.040 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.004 0.042 0.023 0.115 0.157 0.237 0.242 0.098 0.052 0.022 0.009 71 K 0.074 0.177 0.099 0.296 0.193 0.101 0.040 0.012 0.005 0.002 0.001 72 I 0.010 0.004 0.003 0.006 0.010 0.025 0.101 0.154 0.248 0.242 0.195 73 T 0.025 0.133 0.124 0.399 0.204 0.064 0.034 0.011 0.005 0.002 0.001 74 F 0.017 0.025 0.008 0.038 0.051 0.071 0.132 0.153 0.198 0.175 0.132 75 T 0.111 0.184 0.079 0.265 0.184 0.093 0.048 0.018 0.010 0.004 0.003