# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.088 0.025 0.012 0.009 0.004 0.005 0.033 0.002 0.001 0.002 0.820 2 L 0.069 0.027 0.006 0.013 0.005 0.015 0.120 0.002 0.001 0.004 0.739 3 K 0.040 0.052 0.003 0.013 0.004 0.013 0.095 0.001 0.001 0.003 0.776 4 E 0.033 0.116 0.001 0.003 0.002 0.002 0.058 0.001 0.001 0.001 0.784 5 F 0.095 0.643 0.001 0.006 0.005 0.010 0.059 0.003 0.001 0.002 0.176 6 M 0.049 0.853 0.001 0.004 0.003 0.012 0.012 0.004 0.001 0.002 0.060 7 H 0.022 0.901 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.057 8 T 0.051 0.847 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.085 9 M 0.065 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.030 10 K 0.015 0.897 0.005 0.003 0.005 0.007 0.008 0.013 0.001 0.001 0.047 11 N 0.094 0.706 0.009 0.003 0.003 0.010 0.023 0.025 0.001 0.001 0.124 12 T 0.194 0.604 0.010 0.003 0.004 0.005 0.019 0.031 0.001 0.001 0.129 13 G 0.356 0.206 0.019 0.010 0.012 0.011 0.052 0.079 0.001 0.014 0.239 14 R 0.089 0.041 0.462 0.008 0.010 0.012 0.043 0.006 0.001 0.004 0.325 15 N 0.037 0.018 0.004 0.046 0.048 0.028 0.091 0.015 0.001 0.002 0.711 16 V 0.181 0.024 0.018 0.052 0.023 0.035 0.070 0.003 0.001 0.013 0.581 17 N 0.019 0.014 0.001 0.033 0.055 0.061 0.393 0.003 0.001 0.005 0.417 18 D 0.072 0.002 0.004 0.019 0.004 0.007 0.043 0.001 0.001 0.016 0.832 19 R 0.303 0.004 0.021 0.128 0.038 0.046 0.215 0.002 0.001 0.052 0.191 20 P 0.045 0.001 0.031 0.162 0.062 0.043 0.128 0.001 0.001 0.012 0.515 21 V 0.003 0.001 0.002 0.326 0.142 0.334 0.073 0.001 0.001 0.002 0.116 22 M 0.001 0.001 0.001 0.477 0.222 0.282 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 23 V 0.002 0.010 0.001 0.338 0.120 0.209 0.027 0.001 0.001 0.001 0.294 24 A 0.001 0.005 0.001 0.266 0.231 0.461 0.009 0.001 0.001 0.001 0.027 25 K 0.005 0.013 0.001 0.109 0.102 0.269 0.080 0.001 0.001 0.002 0.419 26 E 0.027 0.017 0.001 0.058 0.092 0.202 0.166 0.005 0.001 0.014 0.419 27 G 0.280 0.013 0.006 0.029 0.054 0.039 0.106 0.016 0.001 0.035 0.421 28 E 0.252 0.027 0.148 0.019 0.027 0.024 0.130 0.002 0.001 0.019 0.351 29 T 0.010 0.007 0.010 0.031 0.089 0.107 0.141 0.001 0.001 0.003 0.601 30 Y 0.028 0.010 0.003 0.106 0.153 0.253 0.075 0.001 0.001 0.005 0.366 31 T 0.021 0.014 0.002 0.084 0.114 0.184 0.150 0.001 0.001 0.006 0.425 32 G 0.030 0.012 0.004 0.141 0.157 0.192 0.102 0.001 0.001 0.008 0.353 33 T 0.031 0.016 0.004 0.144 0.091 0.173 0.160 0.001 0.001 0.009 0.372 34 Y 0.021 0.018 0.003 0.176 0.204 0.263 0.084 0.001 0.001 0.006 0.224 35 R 0.016 0.029 0.002 0.106 0.111 0.204 0.107 0.002 0.001 0.006 0.416 36 G 0.078 0.030 0.005 0.059 0.113 0.140 0.076 0.004 0.001 0.010 0.484 37 A 0.086 0.045 0.014 0.049 0.079 0.142 0.108 0.002 0.001 0.012 0.462 38 G 0.026 0.021 0.004 0.043 0.142 0.197 0.112 0.003 0.001 0.007 0.444 39 L 0.042 0.025 0.005 0.033 0.070 0.115 0.070 0.001 0.001 0.008 0.632 40 E 0.050 0.047 0.003 0.072 0.108 0.205 0.098 0.004 0.001 0.010 0.403 41 G 0.134 0.043 0.011 0.075 0.128 0.190 0.072 0.004 0.001 0.017 0.327 42 F 0.039 0.035 0.008 0.163 0.308 0.279 0.052 0.002 0.001 0.004 0.110 43 A 0.013 0.027 0.005 0.128 0.238 0.390 0.036 0.001 0.001 0.002 0.160 44 L 0.003 0.009 0.001 0.192 0.339 0.413 0.013 0.001 0.001 0.001 0.028 45 N 0.007 0.017 0.001 0.168 0.233 0.307 0.050 0.002 0.001 0.002 0.213 46 V 0.011 0.013 0.004 0.159 0.246 0.360 0.041 0.002 0.001 0.004 0.159 47 K 0.009 0.008 0.001 0.091 0.137 0.275 0.176 0.002 0.001 0.009 0.291 48 G 0.069 0.003 0.004 0.052 0.073 0.107 0.137 0.003 0.001 0.042 0.510 49 A 0.118 0.005 0.047 0.128 0.109 0.127 0.137 0.002 0.001 0.030 0.298 50 Y 0.017 0.003 0.008 0.172 0.204 0.182 0.125 0.001 0.001 0.006 0.283 51 I 0.010 0.002 0.004 0.194 0.225 0.296 0.051 0.001 0.001 0.002 0.215 52 I 0.003 0.003 0.001 0.207 0.211 0.384 0.036 0.001 0.001 0.001 0.154 53 G 0.005 0.003 0.001 0.151 0.192 0.365 0.055 0.001 0.001 0.002 0.227 54 N 0.013 0.004 0.001 0.100 0.107 0.173 0.101 0.001 0.001 0.004 0.495 55 I 0.015 0.005 0.001 0.096 0.064 0.115 0.122 0.001 0.001 0.007 0.575 56 D 0.017 0.006 0.001 0.028 0.018 0.044 0.278 0.001 0.001 0.007 0.601 57 H 0.331 0.012 0.001 0.016 0.011 0.014 0.115 0.004 0.001 0.018 0.477 58 L 0.566 0.036 0.022 0.016 0.008 0.017 0.069 0.002 0.001 0.014 0.249 59 P 0.036 0.015 0.005 0.008 0.015 0.016 0.128 0.001 0.001 0.001 0.775 60 P 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 61 E 0.019 0.013 0.001 0.019 0.035 0.075 0.188 0.001 0.001 0.004 0.646 62 Q 0.240 0.026 0.001 0.018 0.033 0.053 0.238 0.005 0.001 0.019 0.367 63 L 0.226 0.263 0.008 0.089 0.045 0.116 0.028 0.002 0.001 0.003 0.220 64 K 0.044 0.158 0.002 0.179 0.110 0.156 0.048 0.007 0.001 0.002 0.295 65 I 0.177 0.109 0.003 0.065 0.046 0.069 0.028 0.017 0.001 0.002 0.483 66 L 0.220 0.111 0.015 0.158 0.099 0.133 0.035 0.041 0.001 0.003 0.186 67 K 0.056 0.026 0.017 0.058 0.076 0.085 0.149 0.008 0.001 0.004 0.521 68 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 69 G 0.021 0.001 0.001 0.034 0.022 0.051 0.284 0.001 0.001 0.010 0.575 70 D 0.518 0.001 0.003 0.023 0.011 0.011 0.088 0.001 0.001 0.030 0.314 71 K 0.079 0.006 0.006 0.068 0.026 0.041 0.129 0.001 0.001 0.009 0.635 72 I 0.033 0.003 0.003 0.278 0.180 0.215 0.116 0.001 0.001 0.006 0.165 73 T 0.023 0.006 0.001 0.231 0.102 0.178 0.091 0.001 0.001 0.004 0.364 74 F 0.006 0.006 0.002 0.171 0.259 0.363 0.038 0.001 0.001 0.002 0.154 75 T 0.006 0.006 0.001 0.126 0.178 0.349 0.074 0.001 0.001 0.003 0.258