# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.826 0.009 0.025 0.101 0.002 0.021 0.007 0.001 0.007 0.001 0.001 2 L 0.956 0.003 0.009 0.025 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 F 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.898 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 M 0.865 0.009 0.025 0.085 0.001 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 10 K 0.885 0.017 0.035 0.032 0.003 0.009 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 11 N 0.756 0.017 0.026 0.127 0.008 0.015 0.038 0.006 0.007 0.001 0.001 12 T 0.433 0.018 0.049 0.489 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 13 G 0.081 0.005 0.031 0.035 0.019 0.003 0.124 0.612 0.005 0.084 0.001 14 R 0.383 0.152 0.289 0.114 0.021 0.021 0.006 0.002 0.007 0.004 0.001 15 N 0.128 0.109 0.405 0.111 0.028 0.099 0.062 0.009 0.045 0.002 0.001 16 V 0.400 0.262 0.124 0.155 0.010 0.023 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 17 N 0.102 0.131 0.215 0.207 0.047 0.159 0.075 0.003 0.052 0.008 0.001 18 D 0.128 0.055 0.073 0.496 0.032 0.022 0.126 0.044 0.015 0.007 0.002 19 R 0.008 0.525 0.355 0.002 0.028 0.011 0.004 0.001 0.066 0.001 0.001 20 P 0.017 0.018 0.923 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 21 V 0.012 0.815 0.103 0.003 0.035 0.013 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 22 M 0.006 0.687 0.226 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 23 V 0.010 0.720 0.144 0.012 0.018 0.052 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 24 A 0.026 0.399 0.323 0.011 0.191 0.030 0.003 0.001 0.011 0.004 0.001 25 K 0.122 0.456 0.250 0.033 0.066 0.030 0.007 0.002 0.031 0.002 0.001 26 E 0.121 0.116 0.537 0.128 0.018 0.025 0.030 0.002 0.018 0.003 0.001 27 G 0.023 0.007 0.055 0.014 0.067 0.002 0.082 0.583 0.002 0.163 0.001 28 E 0.134 0.251 0.477 0.049 0.037 0.031 0.005 0.002 0.009 0.003 0.002 29 T 0.098 0.473 0.266 0.088 0.036 0.018 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 30 Y 0.042 0.426 0.274 0.040 0.106 0.050 0.014 0.003 0.040 0.004 0.001 31 T 0.078 0.474 0.274 0.072 0.042 0.022 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 32 G 0.033 0.046 0.081 0.013 0.420 0.005 0.018 0.085 0.003 0.296 0.001 33 T 0.106 0.473 0.261 0.064 0.064 0.017 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 Y 0.067 0.487 0.207 0.036 0.074 0.054 0.014 0.003 0.052 0.005 0.001 35 R 0.075 0.348 0.383 0.073 0.024 0.042 0.013 0.001 0.039 0.001 0.001 36 G 0.062 0.021 0.069 0.021 0.176 0.005 0.059 0.288 0.004 0.292 0.001 37 A 0.155 0.171 0.342 0.141 0.128 0.019 0.012 0.008 0.009 0.012 0.003 38 G 0.103 0.087 0.189 0.081 0.233 0.013 0.040 0.125 0.011 0.117 0.001 39 L 0.175 0.255 0.311 0.074 0.086 0.048 0.017 0.004 0.023 0.005 0.002 40 E 0.210 0.280 0.190 0.205 0.063 0.017 0.014 0.005 0.012 0.003 0.001 41 G 0.050 0.184 0.089 0.024 0.567 0.003 0.012 0.028 0.005 0.037 0.001 42 F 0.016 0.691 0.137 0.009 0.121 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 A 0.009 0.786 0.104 0.005 0.035 0.026 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 44 L 0.012 0.776 0.095 0.008 0.062 0.021 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 45 N 0.013 0.355 0.347 0.009 0.035 0.162 0.015 0.001 0.061 0.001 0.002 46 V 0.077 0.510 0.182 0.044 0.036 0.076 0.006 0.001 0.066 0.001 0.002 47 K 0.088 0.249 0.353 0.130 0.029 0.041 0.056 0.003 0.046 0.004 0.001 48 G 0.011 0.015 0.031 0.011 0.220 0.001 0.093 0.370 0.001 0.245 0.001 49 A 0.056 0.405 0.266 0.056 0.183 0.010 0.004 0.004 0.006 0.007 0.003 50 Y 0.011 0.630 0.199 0.008 0.084 0.023 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 51 I 0.017 0.451 0.424 0.004 0.008 0.077 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 52 I 0.032 0.604 0.139 0.069 0.024 0.049 0.003 0.001 0.078 0.001 0.001 53 G 0.014 0.081 0.119 0.011 0.562 0.006 0.021 0.036 0.004 0.146 0.001 54 N 0.024 0.202 0.432 0.047 0.098 0.102 0.020 0.005 0.065 0.004 0.003 55 I 0.687 0.066 0.085 0.109 0.011 0.013 0.010 0.004 0.011 0.002 0.001 56 D 0.572 0.025 0.063 0.279 0.004 0.023 0.025 0.003 0.005 0.002 0.001 57 H 0.113 0.043 0.046 0.637 0.012 0.019 0.101 0.007 0.021 0.001 0.001 58 L 0.013 0.297 0.583 0.002 0.013 0.014 0.006 0.001 0.071 0.001 0.001 59 P 0.005 0.002 0.952 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 60 P 0.891 0.001 0.087 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 E 0.919 0.004 0.017 0.046 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 62 Q 0.862 0.007 0.019 0.098 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.691 0.062 0.129 0.073 0.015 0.018 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 64 K 0.725 0.101 0.066 0.054 0.020 0.015 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 65 I 0.628 0.109 0.093 0.126 0.010 0.019 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 66 L 0.241 0.186 0.335 0.141 0.017 0.046 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 67 K 0.028 0.310 0.434 0.001 0.029 0.008 0.011 0.001 0.176 0.002 0.001 68 P 0.094 0.001 0.851 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 69 G 0.027 0.001 0.012 0.018 0.009 0.001 0.010 0.872 0.001 0.050 0.001 70 D 0.016 0.073 0.678 0.042 0.012 0.132 0.020 0.001 0.024 0.001 0.002 71 K 0.026 0.586 0.250 0.050 0.044 0.022 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 72 I 0.009 0.765 0.152 0.006 0.042 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 73 T 0.014 0.843 0.079 0.007 0.028 0.015 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 F 0.020 0.570 0.191 0.021 0.090 0.069 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 75 T 0.065 0.539 0.184 0.033 0.094 0.026 0.008 0.002 0.042 0.006 0.001