# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.002 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.003 0.901 0.059 0.020 0.001 2 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.923 0.062 0.005 0.001 3 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.949 0.042 0.001 0.001 4 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.964 0.021 0.001 0.001 5 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.041 0.018 0.001 6 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.873 0.104 0.011 0.001 7 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.900 0.065 0.003 0.001 8 T 0.003 0.006 0.006 0.003 0.004 0.003 0.028 0.817 0.082 0.045 0.002 9 M 0.020 0.014 0.006 0.002 0.023 0.003 0.016 0.710 0.125 0.072 0.010 10 K 0.011 0.035 0.009 0.004 0.016 0.014 0.061 0.674 0.145 0.024 0.006 11 N 0.042 0.025 0.014 0.010 0.045 0.011 0.073 0.424 0.135 0.177 0.044 12 T 0.025 0.301 0.227 0.045 0.103 0.030 0.056 0.100 0.044 0.057 0.013 13 G 0.099 0.037 0.048 0.049 0.053 0.017 0.013 0.058 0.059 0.403 0.163 14 R 0.057 0.369 0.070 0.021 0.224 0.044 0.038 0.087 0.044 0.031 0.015 15 N 0.289 0.098 0.046 0.012 0.250 0.006 0.017 0.067 0.028 0.054 0.133 16 V 0.081 0.067 0.033 0.073 0.079 0.153 0.092 0.152 0.129 0.099 0.043 17 N 0.035 0.269 0.167 0.160 0.127 0.041 0.047 0.070 0.033 0.035 0.016 18 D 0.034 0.018 0.017 0.015 0.020 0.010 0.014 0.046 0.098 0.642 0.085 19 R 0.009 0.609 0.241 0.006 0.110 0.001 0.003 0.011 0.005 0.004 0.001 20 P 0.366 0.089 0.010 0.001 0.485 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.035 21 V 0.154 0.195 0.027 0.004 0.588 0.005 0.007 0.005 0.002 0.002 0.011 22 M 0.232 0.140 0.013 0.001 0.574 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.029 23 V 0.315 0.156 0.036 0.004 0.409 0.003 0.005 0.009 0.003 0.014 0.046 24 A 0.124 0.326 0.113 0.021 0.283 0.018 0.021 0.022 0.010 0.022 0.041 25 K 0.091 0.223 0.262 0.066 0.176 0.027 0.023 0.041 0.029 0.028 0.034 26 E 0.010 0.075 0.055 0.198 0.024 0.211 0.247 0.101 0.045 0.020 0.013 27 G 0.027 0.049 0.058 0.159 0.033 0.034 0.009 0.019 0.054 0.458 0.100 28 E 0.127 0.317 0.064 0.003 0.357 0.004 0.014 0.030 0.028 0.028 0.028 29 T 0.197 0.180 0.043 0.007 0.379 0.013 0.033 0.035 0.021 0.035 0.058 30 Y 0.322 0.097 0.046 0.030 0.305 0.022 0.019 0.026 0.017 0.035 0.082 31 T 0.051 0.058 0.043 0.178 0.065 0.106 0.148 0.097 0.080 0.125 0.048 32 G 0.048 0.160 0.164 0.273 0.114 0.049 0.012 0.045 0.027 0.074 0.035 33 T 0.136 0.167 0.033 0.012 0.363 0.016 0.037 0.097 0.054 0.045 0.041 34 Y 0.236 0.115 0.061 0.021 0.288 0.019 0.022 0.066 0.031 0.057 0.084 35 R 0.045 0.079 0.075 0.136 0.060 0.121 0.185 0.120 0.061 0.083 0.036 36 G 0.038 0.063 0.128 0.269 0.041 0.081 0.021 0.047 0.048 0.201 0.064 37 A 0.076 0.193 0.082 0.046 0.144 0.039 0.060 0.109 0.123 0.085 0.045 38 G 0.105 0.121 0.101 0.039 0.135 0.028 0.032 0.064 0.076 0.214 0.084 39 L 0.186 0.146 0.038 0.018 0.281 0.017 0.021 0.078 0.078 0.078 0.059 40 E 0.032 0.022 0.014 0.073 0.040 0.171 0.334 0.163 0.071 0.061 0.018 41 G 0.173 0.140 0.061 0.065 0.331 0.037 0.021 0.028 0.023 0.071 0.049 42 F 0.204 0.070 0.005 0.003 0.680 0.002 0.002 0.008 0.003 0.004 0.020 43 A 0.325 0.046 0.004 0.001 0.504 0.002 0.003 0.010 0.005 0.016 0.083 44 L 0.158 0.231 0.018 0.003 0.538 0.004 0.004 0.008 0.003 0.008 0.026 45 N 0.491 0.035 0.005 0.001 0.355 0.001 0.003 0.003 0.002 0.016 0.087 46 V 0.385 0.068 0.065 0.028 0.293 0.017 0.007 0.010 0.011 0.026 0.090 47 K 0.001 0.006 0.008 0.147 0.003 0.232 0.488 0.077 0.024 0.012 0.001 48 G 0.037 0.062 0.129 0.284 0.048 0.042 0.008 0.012 0.027 0.290 0.062 49 A 0.153 0.168 0.026 0.009 0.575 0.008 0.006 0.006 0.009 0.014 0.026 50 Y 0.115 0.135 0.015 0.001 0.715 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.012 51 I 0.433 0.040 0.005 0.001 0.440 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.070 52 I 0.176 0.042 0.026 0.064 0.134 0.071 0.061 0.022 0.028 0.237 0.138 53 G 0.012 0.093 0.238 0.332 0.036 0.125 0.038 0.031 0.036 0.048 0.011 54 N 0.147 0.220 0.111 0.008 0.291 0.002 0.003 0.021 0.022 0.075 0.100 55 I 0.012 0.025 0.006 0.003 0.031 0.004 0.006 0.189 0.657 0.057 0.011 56 D 0.005 0.009 0.004 0.004 0.012 0.021 0.132 0.439 0.317 0.052 0.006 57 H 0.025 0.013 0.005 0.001 0.020 0.001 0.005 0.036 0.108 0.763 0.024 58 L 0.064 0.491 0.201 0.001 0.219 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.009 59 P 0.002 0.646 0.326 0.001 0.019 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 60 P 0.004 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.002 0.447 0.511 0.010 0.002 61 E 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.813 0.155 0.013 0.002 62 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.014 0.583 0.181 0.205 0.001 63 L 0.063 0.016 0.004 0.001 0.073 0.001 0.007 0.571 0.174 0.075 0.015 64 K 0.017 0.187 0.030 0.003 0.125 0.011 0.040 0.366 0.140 0.071 0.010 65 I 0.129 0.131 0.026 0.001 0.317 0.001 0.014 0.105 0.049 0.183 0.044 66 L 0.170 0.272 0.042 0.011 0.259 0.006 0.013 0.061 0.044 0.060 0.062 67 K 0.007 0.103 0.573 0.225 0.038 0.025 0.005 0.011 0.007 0.004 0.002 68 P 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.063 0.660 0.212 0.041 0.002 0.001 69 G 0.023 0.027 0.029 0.021 0.021 0.009 0.004 0.010 0.051 0.642 0.162 70 D 0.133 0.242 0.028 0.002 0.529 0.002 0.004 0.005 0.009 0.021 0.025 71 K 0.257 0.060 0.011 0.003 0.562 0.007 0.017 0.011 0.011 0.019 0.042 72 I 0.256 0.102 0.008 0.003 0.600 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 73 T 0.305 0.059 0.005 0.004 0.508 0.002 0.004 0.004 0.002 0.018 0.087 74 F 0.222 0.191 0.060 0.014 0.367 0.006 0.004 0.010 0.006 0.038 0.081 75 T 0.109 0.307 0.088 0.019 0.279 0.016 0.033 0.033 0.021 0.053 0.044