# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.02279 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.176 0.212 0.214 0.199 0.117 0.071 0.011 2 L 0.038 0.044 0.073 0.164 0.307 0.322 0.052 3 K 0.304 0.281 0.215 0.128 0.052 0.017 0.002 4 E 0.304 0.370 0.186 0.089 0.035 0.014 0.002 5 F 0.080 0.095 0.163 0.258 0.248 0.141 0.015 6 M 0.071 0.090 0.176 0.286 0.267 0.103 0.008 7 H 0.449 0.363 0.128 0.045 0.012 0.003 0.001 8 T 0.221 0.315 0.262 0.152 0.042 0.007 0.001 9 M 0.120 0.086 0.137 0.269 0.288 0.095 0.005 10 K 0.353 0.343 0.190 0.091 0.020 0.003 0.001 11 N 0.666 0.234 0.064 0.025 0.009 0.002 0.001 12 T 0.501 0.251 0.151 0.073 0.021 0.003 0.001 13 G 0.501 0.269 0.129 0.076 0.020 0.004 0.001 14 R 0.349 0.290 0.193 0.112 0.045 0.010 0.001 15 N 0.269 0.334 0.216 0.119 0.047 0.013 0.002 16 V 0.060 0.070 0.113 0.254 0.306 0.174 0.023 17 N 0.098 0.168 0.232 0.257 0.172 0.065 0.008 18 D 0.267 0.320 0.224 0.119 0.048 0.018 0.004 19 R 0.129 0.179 0.224 0.244 0.156 0.059 0.009 20 P 0.076 0.132 0.181 0.217 0.221 0.150 0.024 21 V 0.048 0.060 0.089 0.170 0.253 0.299 0.082 22 M 0.043 0.071 0.111 0.198 0.246 0.263 0.067 23 V 0.051 0.079 0.107 0.185 0.238 0.262 0.079 24 A 0.086 0.145 0.192 0.259 0.190 0.107 0.021 25 K 0.176 0.253 0.213 0.166 0.107 0.067 0.018 26 E 0.427 0.328 0.142 0.068 0.025 0.008 0.002 27 G 0.323 0.296 0.202 0.118 0.047 0.012 0.002 28 E 0.386 0.273 0.185 0.100 0.041 0.012 0.002 29 T 0.240 0.407 0.227 0.091 0.026 0.007 0.001 30 Y 0.029 0.059 0.135 0.288 0.341 0.136 0.013 31 T 0.129 0.332 0.283 0.175 0.062 0.016 0.003 32 G 0.065 0.098 0.133 0.219 0.260 0.197 0.029 33 T 0.049 0.156 0.264 0.295 0.165 0.061 0.009 34 Y 0.042 0.053 0.090 0.224 0.319 0.221 0.051 35 R 0.099 0.208 0.265 0.247 0.116 0.051 0.014 36 G 0.207 0.240 0.170 0.152 0.125 0.088 0.020 37 A 0.074 0.098 0.135 0.203 0.232 0.186 0.072 38 G 0.096 0.175 0.201 0.205 0.153 0.120 0.050 39 L 0.062 0.104 0.120 0.182 0.227 0.219 0.086 40 E 0.054 0.182 0.226 0.232 0.162 0.106 0.038 41 G 0.031 0.083 0.146 0.205 0.240 0.206 0.089 42 F 0.005 0.013 0.031 0.086 0.209 0.452 0.205 43 A 0.003 0.015 0.041 0.104 0.205 0.395 0.236 44 L 0.003 0.008 0.018 0.061 0.187 0.455 0.268 45 N 0.007 0.064 0.162 0.293 0.282 0.155 0.036 46 V 0.005 0.012 0.038 0.139 0.353 0.373 0.081 47 K 0.109 0.357 0.287 0.162 0.057 0.023 0.006 48 G 0.090 0.181 0.248 0.252 0.157 0.064 0.008 49 A 0.033 0.078 0.176 0.253 0.256 0.182 0.022 50 Y 0.028 0.052 0.097 0.174 0.298 0.293 0.058 51 I 0.030 0.048 0.072 0.143 0.247 0.358 0.102 52 I 0.036 0.057 0.082 0.159 0.276 0.316 0.075 53 G 0.048 0.082 0.127 0.226 0.300 0.186 0.030 54 N 0.147 0.325 0.282 0.168 0.062 0.015 0.002 55 I 0.105 0.234 0.301 0.240 0.101 0.018 0.001 56 D 0.520 0.309 0.109 0.044 0.015 0.003 0.001 57 H 0.345 0.312 0.200 0.099 0.036 0.008 0.001 58 L 0.064 0.090 0.192 0.329 0.240 0.080 0.005 59 P 0.330 0.389 0.182 0.071 0.021 0.006 0.001 60 P 0.245 0.260 0.222 0.172 0.078 0.020 0.002 61 E 0.307 0.237 0.184 0.141 0.090 0.037 0.005 62 Q 0.120 0.299 0.315 0.178 0.067 0.019 0.002 63 L 0.064 0.082 0.147 0.298 0.294 0.109 0.006 64 K 0.196 0.372 0.253 0.123 0.045 0.011 0.001 65 I 0.196 0.301 0.239 0.179 0.067 0.017 0.001 66 L 0.081 0.118 0.216 0.321 0.211 0.051 0.002 67 K 0.493 0.318 0.129 0.045 0.013 0.003 0.001 68 P 0.571 0.279 0.101 0.038 0.009 0.002 0.001 69 G 0.391 0.305 0.178 0.090 0.031 0.006 0.001 70 D 0.181 0.204 0.234 0.235 0.115 0.030 0.002 71 K 0.178 0.320 0.274 0.146 0.060 0.020 0.002 72 I 0.191 0.096 0.104 0.188 0.266 0.144 0.012 73 T 0.240 0.304 0.229 0.158 0.055 0.013 0.001 74 F 0.189 0.190 0.209 0.228 0.136 0.044 0.004 75 T 0.491 0.278 0.149 0.061 0.017 0.004 0.001