# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.016 0.003 0.011 0.569 0.087 0.314 2 M 0.023 0.005 0.015 0.795 0.050 0.112 3 I 0.029 0.005 0.029 0.793 0.061 0.084 4 N 0.024 0.004 0.044 0.780 0.070 0.078 5 L 0.025 0.003 0.042 0.713 0.101 0.116 6 R 0.029 0.006 0.031 0.695 0.109 0.130 7 E 0.026 0.005 0.059 0.659 0.144 0.106 8 E 0.015 0.004 0.062 0.581 0.190 0.148 9 S 0.010 0.003 0.078 0.298 0.329 0.281 10 L 0.009 0.006 0.060 0.181 0.410 0.333 11 P 0.007 0.005 0.072 0.066 0.445 0.404 12 E 0.016 0.005 0.059 0.046 0.427 0.448 13 Y 0.031 0.010 0.043 0.019 0.251 0.646 14 F 0.044 0.059 0.008 0.010 0.164 0.715 15 D 0.011 0.005 0.002 0.012 0.072 0.897 16 T 0.001 0.001 0.019 0.950 0.019 0.011 17 A 0.001 0.001 0.014 0.973 0.012 0.002 18 Y 0.001 0.001 0.015 0.975 0.008 0.001 19 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 20 C 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 23 H 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.003 25 Q 0.001 0.001 0.006 0.966 0.016 0.011 26 L 0.002 0.002 0.007 0.938 0.028 0.023 27 F 0.006 0.006 0.026 0.807 0.096 0.059 28 K 0.004 0.001 0.039 0.723 0.140 0.093 29 N 0.007 0.001 0.032 0.592 0.186 0.182 30 T 0.016 0.012 0.031 0.501 0.223 0.215 31 F 0.024 0.024 0.050 0.457 0.250 0.196 32 E 0.016 0.004 0.113 0.422 0.336 0.109 33 W 0.011 0.003 0.119 0.349 0.392 0.126 34 A 0.015 0.004 0.122 0.275 0.406 0.177 35 G 0.041 0.006 0.032 0.073 0.425 0.423 36 Y 0.169 0.016 0.033 0.042 0.254 0.484 37 L 0.525 0.042 0.027 0.024 0.164 0.219 38 R 0.508 0.018 0.025 0.029 0.187 0.232 39 H 0.475 0.020 0.021 0.029 0.236 0.219 40 I 0.361 0.011 0.019 0.038 0.311 0.261 41 P 0.353 0.008 0.015 0.036 0.324 0.265 42 F 0.584 0.022 0.012 0.031 0.188 0.164 43 T 0.650 0.023 0.009 0.036 0.128 0.155 44 F 0.599 0.018 0.013 0.047 0.168 0.156 45 A 0.356 0.011 0.020 0.062 0.309 0.242 46 D 0.242 0.012 0.025 0.061 0.355 0.305 47 G 0.345 0.024 0.039 0.078 0.278 0.236 48 T 0.438 0.028 0.041 0.078 0.193 0.221 49 T 0.463 0.024 0.045 0.068 0.211 0.189 50 A 0.358 0.020 0.039 0.064 0.261 0.258 51 A 0.274 0.018 0.031 0.050 0.290 0.338 52 M 0.215 0.025 0.028 0.043 0.324 0.365 53 P 0.160 0.017 0.046 0.054 0.365 0.357 54 E 0.170 0.014 0.098 0.098 0.373 0.248 55 M 0.245 0.019 0.089 0.114 0.322 0.212 56 K 0.311 0.017 0.065 0.094 0.298 0.214 57 R 0.325 0.018 0.036 0.078 0.301 0.242 58 T 0.340 0.027 0.032 0.066 0.292 0.243 59 G 0.242 0.014 0.021 0.032 0.346 0.345 60 W 0.234 0.020 0.022 0.019 0.353 0.352 61 K 0.238 0.015 0.023 0.014 0.317 0.393 62 N 0.306 0.013 0.032 0.022 0.271 0.355 63 A 0.431 0.019 0.021 0.018 0.194 0.317 64 F 0.540 0.020 0.016 0.014 0.166 0.245 65 A 0.525 0.018 0.011 0.011 0.170 0.264 66 I 0.346 0.021 0.010 0.011 0.239 0.373 67 G 0.221 0.017 0.019 0.017 0.317 0.409 68 D 0.169 0.017 0.019 0.017 0.257 0.521 69 E 0.163 0.037 0.026 0.022 0.216 0.535 70 I 0.084 0.016 0.010 0.026 0.141 0.722 71 Q 0.045 0.012 0.005 0.028 0.086 0.824 72 E 0.022 0.015 0.009 0.106 0.133 0.716 73 G 0.011 0.006 0.014 0.148 0.128 0.693 74 L 0.006 0.003 0.082 0.490 0.164 0.255 75 Q 0.003 0.002 0.073 0.513 0.166 0.243 76 R 0.001 0.002 0.090 0.659 0.113 0.134 77 L 0.001 0.002 0.023 0.879 0.044 0.052 78 D 0.001 0.001 0.012 0.945 0.025 0.017 79 Q 0.001 0.001 0.012 0.951 0.023 0.014 80 T 0.001 0.001 0.013 0.963 0.015 0.009 81 L 0.001 0.001 0.006 0.975 0.013 0.006 82 A 0.001 0.001 0.004 0.977 0.012 0.008 83 E 0.001 0.001 0.002 0.970 0.014 0.013 84 K 0.001 0.001 0.002 0.967 0.014 0.016 85 N 0.001 0.001 0.005 0.956 0.024 0.013 86 N 0.001 0.001 0.007 0.914 0.048 0.030 87 L 0.001 0.001 0.014 0.818 0.093 0.073 88 Q 0.001 0.002 0.030 0.766 0.119 0.082 89 G 0.002 0.002 0.031 0.508 0.254 0.204 90 L 0.001 0.001 0.048 0.494 0.261 0.194 91 T 0.001 0.002 0.035 0.151 0.428 0.383 92 R 0.002 0.003 0.042 0.243 0.394 0.316 93 E 0.006 0.004 0.029 0.445 0.251 0.266 94 E 0.008 0.003 0.017 0.496 0.144 0.332 95 F 0.006 0.002 0.019 0.902 0.024 0.047 96 N 0.006 0.001 0.009 0.964 0.006 0.013 97 S 0.004 0.001 0.004 0.986 0.003 0.003 98 E 0.003 0.001 0.003 0.990 0.002 0.003 99 A 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.002 100 I 0.004 0.001 0.002 0.990 0.002 0.002 101 E 0.006 0.001 0.002 0.988 0.002 0.002 102 L 0.013 0.001 0.002 0.975 0.003 0.005 103 F 0.016 0.001 0.002 0.968 0.005 0.009 104 N 0.052 0.001 0.005 0.914 0.012 0.016 105 S 0.082 0.002 0.007 0.859 0.024 0.025 106 L 0.132 0.004 0.013 0.778 0.037 0.036 107 N 0.206 0.003 0.013 0.602 0.069 0.107 108 Q 0.302 0.006 0.012 0.445 0.079 0.156 109 L 0.304 0.023 0.009 0.214 0.109 0.341 110 H 0.185 0.031 0.009 0.070 0.223 0.483 111 P 0.156 0.013 0.013 0.021 0.229 0.568 112 F 0.062 0.018 0.026 0.020 0.350 0.525 113 R 0.034 0.040 0.042 0.029 0.499 0.357 114 E 0.010 0.013 0.023 0.034 0.464 0.455 115 G 0.003 0.017 0.012 0.057 0.333 0.577 116 N 0.002 0.008 0.004 0.585 0.150 0.251 117 G 0.001 0.001 0.001 0.870 0.033 0.095 118 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 119 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.007 0.005 127 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.011 0.004 128 A 0.001 0.001 0.005 0.960 0.028 0.006 129 K 0.001 0.001 0.016 0.941 0.030 0.012 130 A 0.001 0.001 0.015 0.941 0.025 0.019 131 A 0.001 0.001 0.006 0.884 0.025 0.084 132 G 0.002 0.001 0.001 0.027 0.054 0.916 133 H 0.020 0.006 0.002 0.024 0.090 0.857 134 Q 0.118 0.016 0.006 0.030 0.130 0.701 135 L 0.177 0.016 0.049 0.092 0.223 0.444 136 N 0.279 0.012 0.102 0.110 0.187 0.309 137 F 0.287 0.013 0.135 0.150 0.187 0.228 138 S 0.255 0.019 0.115 0.182 0.208 0.221 139 L 0.225 0.010 0.069 0.185 0.245 0.267 140 I 0.134 0.008 0.052 0.286 0.279 0.240 141 T 0.062 0.008 0.045 0.316 0.303 0.267 142 K 0.027 0.006 0.038 0.404 0.251 0.274 143 E 0.009 0.002 0.030 0.782 0.099 0.078 144 R 0.010 0.001 0.014 0.872 0.057 0.046 145 M 0.010 0.002 0.013 0.907 0.034 0.035 146 M 0.013 0.001 0.005 0.941 0.016 0.024 147 V 0.010 0.001 0.003 0.967 0.009 0.010 148 A 0.011 0.001 0.004 0.958 0.013 0.014 149 S 0.004 0.001 0.003 0.967 0.010 0.015 150 V 0.004 0.001 0.007 0.967 0.011 0.011 151 A 0.003 0.001 0.011 0.957 0.017 0.011 152 V 0.002 0.001 0.016 0.937 0.025 0.019 153 A 0.005 0.002 0.019 0.848 0.064 0.063 154 E 0.008 0.005 0.019 0.714 0.141 0.113 155 N 0.007 0.005 0.016 0.461 0.362 0.149 156 G 0.002 0.002 0.014 0.111 0.602 0.269 157 D 0.005 0.005 0.015 0.109 0.595 0.271 158 L 0.012 0.011 0.027 0.388 0.394 0.169 159 E 0.015 0.007 0.019 0.568 0.199 0.191 160 P 0.013 0.005 0.037 0.788 0.090 0.066 161 M 0.023 0.007 0.039 0.835 0.049 0.047 162 Q 0.021 0.003 0.046 0.868 0.031 0.031 163 H 0.019 0.003 0.054 0.880 0.021 0.023 164 L 0.013 0.002 0.042 0.910 0.016 0.017 165 F 0.016 0.001 0.034 0.912 0.020 0.017 166 E 0.008 0.001 0.031 0.912 0.026 0.023 167 D 0.006 0.001 0.029 0.891 0.037 0.035 168 I 0.006 0.002 0.017 0.862 0.050 0.063 169 S 0.006 0.003 0.013 0.833 0.057 0.088 170 N 0.006 0.002 0.009 0.838 0.057 0.087 171 P 0.002 0.001 0.011 0.899 0.038 0.049 172 E 0.003 0.001 0.011 0.922 0.031 0.030 173 K 0.004 0.001 0.008 0.932 0.024 0.031 174 I 0.003 0.001 0.006 0.937 0.023 0.031 175 R 0.002 0.001 0.005 0.952 0.016 0.025 176 L 0.003 0.001 0.005 0.924 0.024 0.042 177 L 0.003 0.001 0.002 0.946 0.016 0.032 178 K 0.002 0.001 0.002 0.953 0.015 0.027 179 E 0.002 0.001 0.003 0.953 0.016 0.026 180 F 0.002 0.001 0.003 0.957 0.015 0.023 181 M 0.002 0.001 0.007 0.938 0.024 0.028 182 H 0.001 0.001 0.011 0.926 0.033 0.028 183 T 0.001 0.001 0.012 0.879 0.049 0.059 184 M 0.004 0.002 0.019 0.761 0.094 0.120 185 K 0.007 0.003 0.027 0.678 0.160 0.126 186 N 0.010 0.003 0.031 0.625 0.183 0.147 187 T 0.013 0.005 0.028 0.422 0.240 0.293 188 G 0.021 0.008 0.032 0.253 0.314 0.372 189 R 0.027 0.012 0.085 0.283 0.360 0.232 190 N 0.044 0.012 0.068 0.173 0.414 0.290 191 V 0.053 0.009 0.210 0.170 0.430 0.128 192 N 0.048 0.008 0.173 0.161 0.391 0.220 193 D 0.114 0.007 0.192 0.124 0.351 0.212 194 R 0.258 0.014 0.067 0.126 0.244 0.291 195 P 0.404 0.011 0.022 0.067 0.128 0.369 196 V 0.758 0.011 0.006 0.040 0.047 0.139 197 M 0.805 0.005 0.004 0.038 0.032 0.115 198 V 0.788 0.011 0.005 0.027 0.034 0.135 199 A 0.509 0.011 0.008 0.034 0.061 0.377 200 K 0.056 0.005 0.005 0.012 0.062 0.860 201 E 0.009 0.006 0.013 0.036 0.085 0.852