# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.008 0.883 0.005 0.003 0.002 0.002 0.011 0.004 0.001 0.047 0.034 2 M 0.029 0.877 0.009 0.003 0.002 0.003 0.008 0.010 0.002 0.010 0.047 3 I 0.058 0.723 0.007 0.006 0.006 0.009 0.018 0.009 0.002 0.045 0.118 4 N 0.060 0.447 0.006 0.008 0.004 0.010 0.045 0.007 0.004 0.106 0.304 5 L 0.107 0.139 0.110 0.015 0.004 0.010 0.068 0.023 0.039 0.238 0.247 6 R 0.289 0.057 0.021 0.017 0.006 0.015 0.087 0.019 0.012 0.099 0.378 7 E 0.119 0.008 0.002 0.008 0.003 0.007 0.063 0.001 0.001 0.025 0.764 8 E 0.016 0.004 0.001 0.013 0.007 0.013 0.118 0.001 0.001 0.021 0.806 9 S 0.038 0.012 0.001 0.011 0.005 0.008 0.119 0.004 0.001 0.026 0.775 10 L 0.138 0.018 0.001 0.010 0.013 0.015 0.140 0.050 0.001 0.055 0.559 11 P 0.164 0.032 0.001 0.017 0.003 0.008 0.107 0.006 0.001 0.034 0.628 12 E 0.062 0.018 0.002 0.047 0.013 0.031 0.109 0.002 0.001 0.092 0.624 13 Y 0.018 0.108 0.002 0.046 0.021 0.032 0.126 0.002 0.001 0.069 0.575 14 F 0.045 0.421 0.005 0.020 0.017 0.019 0.072 0.008 0.001 0.053 0.339 15 D 0.032 0.842 0.001 0.004 0.003 0.003 0.014 0.006 0.001 0.027 0.068 16 T 0.044 0.827 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.002 0.001 0.039 0.067 17 A 0.014 0.770 0.003 0.005 0.002 0.004 0.014 0.002 0.001 0.131 0.054 18 Y 0.014 0.672 0.002 0.003 0.003 0.004 0.017 0.004 0.001 0.220 0.060 19 L 0.009 0.564 0.002 0.003 0.003 0.002 0.010 0.003 0.001 0.352 0.051 20 C 0.008 0.847 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.088 0.041 21 H 0.015 0.880 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.045 0.040 22 I 0.009 0.921 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.003 0.015 0.030 23 H 0.029 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.003 0.025 24 Q 0.079 0.686 0.009 0.002 0.001 0.001 0.020 0.013 0.006 0.040 0.143 25 Q 0.087 0.210 0.059 0.006 0.002 0.002 0.117 0.011 0.035 0.155 0.315 26 L 0.205 0.111 0.016 0.013 0.002 0.003 0.143 0.026 0.008 0.113 0.361 27 F 0.208 0.073 0.011 0.016 0.003 0.004 0.134 0.013 0.008 0.067 0.465 28 K 0.047 0.020 0.002 0.012 0.002 0.005 0.134 0.002 0.001 0.018 0.755 29 N 0.028 0.041 0.001 0.011 0.006 0.023 0.102 0.008 0.001 0.035 0.745 30 T 0.104 0.172 0.007 0.010 0.011 0.022 0.110 0.007 0.003 0.076 0.478 31 F 0.161 0.086 0.050 0.015 0.010 0.021 0.079 0.007 0.021 0.057 0.495 32 E 0.303 0.073 0.003 0.007 0.009 0.017 0.051 0.013 0.002 0.039 0.483 33 W 0.408 0.044 0.001 0.006 0.008 0.014 0.054 0.007 0.001 0.036 0.422 34 A 0.031 0.050 0.004 0.028 0.014 0.040 0.097 0.003 0.001 0.022 0.710 35 G 0.018 0.011 0.004 0.019 0.077 0.166 0.097 0.004 0.001 0.036 0.565 36 Y 0.030 0.003 0.002 0.028 0.205 0.199 0.060 0.005 0.001 0.048 0.419 37 L 0.051 0.001 0.001 0.037 0.063 0.094 0.076 0.001 0.001 0.037 0.638 38 R 0.016 0.001 0.001 0.042 0.150 0.131 0.075 0.001 0.001 0.024 0.560 39 H 0.004 0.001 0.001 0.012 0.015 0.018 0.079 0.001 0.001 0.006 0.864 40 I 0.010 0.001 0.001 0.015 0.191 0.098 0.113 0.030 0.001 0.026 0.517 41 P 0.019 0.001 0.001 0.069 0.024 0.032 0.106 0.001 0.001 0.023 0.724 42 F 0.006 0.001 0.001 0.069 0.088 0.150 0.092 0.003 0.001 0.026 0.564 43 T 0.033 0.002 0.002 0.124 0.046 0.075 0.100 0.002 0.001 0.044 0.572 44 F 0.141 0.004 0.002 0.087 0.027 0.037 0.093 0.003 0.001 0.062 0.542 45 A 0.053 0.004 0.001 0.046 0.012 0.020 0.108 0.002 0.001 0.042 0.713 46 D 0.030 0.010 0.001 0.020 0.013 0.021 0.132 0.003 0.001 0.023 0.746 47 G 0.059 0.016 0.001 0.026 0.042 0.056 0.179 0.012 0.001 0.042 0.567 48 T 0.060 0.026 0.001 0.035 0.067 0.109 0.133 0.010 0.001 0.047 0.513 49 T 0.110 0.013 0.001 0.024 0.056 0.095 0.096 0.002 0.001 0.048 0.555 50 A 0.007 0.011 0.001 0.030 0.073 0.110 0.143 0.001 0.001 0.021 0.602 51 A 0.027 0.076 0.004 0.017 0.031 0.046 0.115 0.004 0.003 0.017 0.658 52 M 0.329 0.138 0.005 0.008 0.033 0.025 0.059 0.046 0.002 0.063 0.292 53 P 0.166 0.102 0.003 0.008 0.010 0.019 0.072 0.010 0.002 0.068 0.540 54 E 0.082 0.049 0.009 0.018 0.021 0.069 0.066 0.003 0.002 0.076 0.606 55 M 0.046 0.023 0.010 0.024 0.038 0.062 0.092 0.003 0.003 0.086 0.613 56 K 0.138 0.012 0.004 0.014 0.047 0.050 0.075 0.007 0.002 0.066 0.585 57 R 0.135 0.007 0.001 0.008 0.013 0.012 0.067 0.003 0.001 0.029 0.724 58 T 0.021 0.001 0.001 0.004 0.015 0.020 0.103 0.004 0.001 0.014 0.818 59 G 0.031 0.004 0.001 0.010 0.008 0.015 0.118 0.004 0.001 0.019 0.790 60 W 0.037 0.006 0.001 0.020 0.038 0.044 0.142 0.010 0.001 0.030 0.671 61 K 0.049 0.017 0.001 0.043 0.046 0.064 0.111 0.005 0.001 0.033 0.630 62 N 0.027 0.016 0.001 0.088 0.088 0.125 0.100 0.004 0.001 0.038 0.511 63 A 0.024 0.013 0.001 0.112 0.089 0.125 0.101 0.002 0.001 0.035 0.498 64 F 0.022 0.013 0.002 0.110 0.131 0.146 0.093 0.002 0.001 0.032 0.447 65 A 0.036 0.021 0.004 0.076 0.075 0.084 0.097 0.004 0.002 0.028 0.573 66 I 0.114 0.046 0.002 0.036 0.047 0.059 0.095 0.024 0.002 0.034 0.542 67 G 0.189 0.070 0.001 0.020 0.024 0.037 0.087 0.013 0.001 0.035 0.525 68 D 0.045 0.034 0.002 0.025 0.031 0.058 0.106 0.002 0.001 0.026 0.671 69 E 0.007 0.067 0.003 0.029 0.047 0.056 0.096 0.001 0.001 0.015 0.677 70 I 0.096 0.429 0.003 0.007 0.029 0.022 0.049 0.017 0.001 0.015 0.332 71 Q 0.193 0.545 0.002 0.004 0.007 0.005 0.027 0.009 0.001 0.042 0.166 72 E 0.040 0.546 0.013 0.005 0.003 0.005 0.046 0.004 0.005 0.039 0.295 73 G 0.052 0.834 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.006 0.001 0.010 0.077 74 L 0.093 0.793 0.002 0.001 0.003 0.003 0.009 0.016 0.001 0.008 0.071 75 Q 0.054 0.677 0.001 0.004 0.002 0.004 0.027 0.003 0.001 0.027 0.199 76 R 0.015 0.157 0.009 0.007 0.004 0.005 0.040 0.002 0.002 0.571 0.188 77 L 0.016 0.716 0.003 0.002 0.003 0.003 0.032 0.008 0.001 0.092 0.125 78 D 0.016 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.007 0.038 79 Q 0.005 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.036 80 T 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.009 0.022 81 L 0.044 0.682 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.001 0.210 0.034 82 A 0.015 0.290 0.009 0.002 0.001 0.001 0.017 0.004 0.004 0.586 0.071 83 E 0.029 0.800 0.007 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 0.027 0.110 84 K 0.031 0.702 0.026 0.003 0.001 0.001 0.019 0.016 0.008 0.044 0.149 85 N 0.158 0.241 0.063 0.003 0.001 0.003 0.059 0.022 0.043 0.133 0.274 86 N 0.392 0.133 0.004 0.003 0.001 0.003 0.040 0.022 0.004 0.060 0.338 87 L 0.168 0.027 0.010 0.005 0.001 0.003 0.069 0.008 0.007 0.054 0.648 88 Q 0.056 0.015 0.004 0.013 0.002 0.005 0.112 0.001 0.001 0.020 0.770 89 G 0.020 0.012 0.001 0.005 0.003 0.004 0.087 0.001 0.001 0.015 0.852 90 L 0.033 0.008 0.001 0.005 0.009 0.007 0.161 0.017 0.001 0.040 0.720 91 T 0.182 0.071 0.001 0.012 0.003 0.006 0.121 0.013 0.001 0.055 0.534 92 R 0.096 0.097 0.002 0.016 0.003 0.007 0.098 0.006 0.001 0.092 0.583 93 E 0.032 0.131 0.003 0.018 0.006 0.010 0.089 0.003 0.001 0.253 0.452 94 E 0.020 0.581 0.002 0.008 0.006 0.007 0.038 0.005 0.001 0.130 0.203 95 F 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.019 0.046 96 N 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.016 97 S 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 98 E 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 99 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 100 I 0.004 0.620 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.363 0.006 101 E 0.001 0.345 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.638 0.007 102 L 0.003 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.038 0.008 103 F 0.014 0.748 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.196 0.024 104 N 0.010 0.881 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.041 0.051 105 S 0.040 0.862 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.003 0.010 0.051 106 L 0.101 0.677 0.020 0.005 0.001 0.002 0.020 0.031 0.010 0.042 0.092 107 N 0.213 0.193 0.005 0.009 0.005 0.007 0.110 0.004 0.004 0.115 0.335 108 Q 0.031 0.162 0.009 0.022 0.006 0.010 0.193 0.005 0.004 0.050 0.509 109 L 0.076 0.090 0.031 0.043 0.008 0.012 0.190 0.022 0.011 0.071 0.445 110 H 0.298 0.075 0.004 0.026 0.020 0.031 0.119 0.018 0.003 0.120 0.286 111 P 0.038 0.040 0.008 0.019 0.005 0.019 0.158 0.003 0.006 0.060 0.644 112 F 0.203 0.017 0.027 0.018 0.006 0.013 0.089 0.009 0.011 0.073 0.533 113 R 0.278 0.003 0.002 0.009 0.008 0.011 0.078 0.005 0.001 0.080 0.524 114 E 0.031 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.076 0.001 0.001 0.016 0.860 115 G 0.008 0.008 0.001 0.016 0.003 0.008 0.109 0.001 0.001 0.097 0.750 116 N 0.005 0.217 0.001 0.009 0.022 0.036 0.105 0.005 0.001 0.176 0.425 117 G 0.018 0.603 0.001 0.006 0.009 0.015 0.030 0.002 0.001 0.116 0.201 118 R 0.002 0.827 0.001 0.006 0.012 0.012 0.013 0.001 0.001 0.063 0.064 119 T 0.003 0.922 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.045 0.017 120 Q 0.003 0.886 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.095 0.008 121 R 0.004 0.532 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.442 0.010 122 L 0.003 0.313 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.664 0.010 123 F 0.002 0.749 0.006 0.003 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.195 0.031 124 F 0.002 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.006 125 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 126 N 0.007 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.006 0.023 127 L 0.017 0.910 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.028 0.021 128 A 0.006 0.015 0.422 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.511 0.026 0.015 129 K 0.816 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.002 0.017 0.114 130 A 0.052 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.051 0.003 0.002 0.041 0.842 131 A 0.024 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 0.108 0.001 0.001 0.017 0.834 132 G 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.012 0.099 0.002 0.001 0.032 0.834 133 H 0.025 0.003 0.001 0.006 0.013 0.011 0.109 0.003 0.001 0.037 0.792 134 Q 0.051 0.014 0.001 0.125 0.018 0.031 0.111 0.003 0.001 0.064 0.581 135 L 0.023 0.021 0.001 0.069 0.020 0.040 0.110 0.003 0.001 0.036 0.676 136 N 0.045 0.034 0.002 0.205 0.048 0.078 0.110 0.011 0.001 0.053 0.415 137 F 0.043 0.015 0.002 0.185 0.059 0.077 0.087 0.005 0.001 0.069 0.459 138 S 0.016 0.034 0.002 0.160 0.058 0.083 0.108 0.002 0.001 0.048 0.489 139 L 0.069 0.121 0.004 0.055 0.035 0.046 0.094 0.003 0.002 0.038 0.533 140 I 0.027 0.247 0.002 0.031 0.038 0.033 0.082 0.009 0.001 0.057 0.473 141 T 0.020 0.878 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.016 0.061 142 K 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 143 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 144 R 0.010 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.011 145 M 0.007 0.453 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.507 0.018 146 M 0.005 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.077 0.022 147 V 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.018 148 A 0.005 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.010 0.028 149 S 0.033 0.879 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.002 0.019 0.043 150 V 0.103 0.550 0.010 0.003 0.001 0.002 0.016 0.017 0.005 0.195 0.097 151 A 0.073 0.304 0.073 0.005 0.002 0.004 0.056 0.006 0.060 0.169 0.248 152 V 0.133 0.098 0.045 0.005 0.002 0.005 0.110 0.006 0.028 0.055 0.512 153 A 0.190 0.054 0.015 0.008 0.003 0.005 0.073 0.013 0.011 0.049 0.580 154 E 0.297 0.015 0.001 0.003 0.001 0.003 0.063 0.006 0.001 0.032 0.578 155 N 0.030 0.008 0.001 0.006 0.001 0.005 0.066 0.003 0.001 0.020 0.859 156 G 0.030 0.007 0.001 0.005 0.003 0.007 0.079 0.001 0.001 0.021 0.845 157 D 0.013 0.027 0.002 0.024 0.022 0.028 0.117 0.001 0.001 0.033 0.732 158 L 0.031 0.133 0.001 0.017 0.013 0.014 0.088 0.003 0.001 0.035 0.663 159 E 0.145 0.501 0.002 0.014 0.018 0.011 0.055 0.013 0.001 0.064 0.176 160 P 0.058 0.665 0.002 0.015 0.005 0.007 0.046 0.005 0.001 0.028 0.168 161 M 0.046 0.677 0.003 0.016 0.011 0.025 0.033 0.010 0.001 0.025 0.153 162 Q 0.077 0.488 0.003 0.027 0.041 0.044 0.046 0.010 0.001 0.070 0.193 163 H 0.068 0.364 0.013 0.036 0.052 0.068 0.072 0.011 0.005 0.072 0.238 164 L 0.075 0.360 0.015 0.039 0.031 0.045 0.072 0.014 0.006 0.051 0.293 165 F 0.242 0.133 0.019 0.024 0.024 0.036 0.077 0.019 0.011 0.113 0.301 166 E 0.146 0.122 0.005 0.027 0.015 0.034 0.102 0.016 0.002 0.088 0.443 167 D 0.122 0.052 0.003 0.021 0.010 0.025 0.097 0.003 0.002 0.058 0.606 168 I 0.023 0.050 0.006 0.030 0.017 0.024 0.143 0.002 0.002 0.058 0.645 169 S 0.018 0.260 0.001 0.007 0.008 0.009 0.077 0.006 0.001 0.032 0.580 170 N 0.068 0.815 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.011 0.001 0.020 0.067 171 P 0.033 0.858 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.024 0.065 172 E 0.008 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.035 173 K 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.015 174 I 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.015 0.017 175 R 0.008 0.907 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.033 0.036 176 L 0.016 0.856 0.014 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.004 0.038 0.050 177 L 0.058 0.833 0.009 0.002 0.001 0.001 0.009 0.026 0.002 0.020 0.040 178 K 0.102 0.555 0.005 0.005 0.001 0.002 0.028 0.005 0.003 0.068 0.226 179 E 0.049 0.154 0.019 0.009 0.003 0.005 0.072 0.003 0.007 0.249 0.431 180 F 0.046 0.559 0.009 0.007 0.003 0.007 0.060 0.014 0.003 0.054 0.237 181 M 0.259 0.314 0.017 0.007 0.004 0.008 0.041 0.017 0.008 0.038 0.289 182 H 0.104 0.171 0.007 0.016 0.006 0.012 0.084 0.009 0.003 0.056 0.531 183 T 0.129 0.088 0.003 0.010 0.006 0.024 0.085 0.007 0.002 0.094 0.552 184 M 0.112 0.076 0.034 0.034 0.008 0.019 0.115 0.008 0.009 0.105 0.480 185 K 0.134 0.029 0.008 0.021 0.013 0.026 0.090 0.007 0.004 0.041 0.627 186 N 0.127 0.020 0.002 0.014 0.007 0.016 0.081 0.005 0.001 0.048 0.679 187 T 0.053 0.008 0.001 0.014 0.013 0.022 0.101 0.006 0.001 0.046 0.735 188 G 0.061 0.018 0.002 0.015 0.013 0.022 0.111 0.002 0.001 0.033 0.723 189 R 0.005 0.002 0.002 0.013 0.029 0.042 0.142 0.005 0.001 0.019 0.739 190 N 0.271 0.013 0.002 0.011 0.015 0.022 0.081 0.010 0.002 0.053 0.518 191 V 0.297 0.004 0.002 0.014 0.010 0.012 0.082 0.004 0.001 0.072 0.502 192 N 0.015 0.002 0.001 0.019 0.013 0.038 0.132 0.001 0.001 0.024 0.756 193 D 0.012 0.005 0.001 0.040 0.026 0.066 0.127 0.002 0.001 0.036 0.685 194 R 0.009 0.004 0.001 0.043 0.163 0.107 0.128 0.004 0.001 0.058 0.484 195 P 0.004 0.004 0.001 0.116 0.190 0.326 0.060 0.002 0.001 0.053 0.245 196 V 0.005 0.002 0.001 0.110 0.158 0.268 0.054 0.001 0.001 0.054 0.348 197 M 0.003 0.001 0.001 0.170 0.281 0.266 0.044 0.001 0.001 0.032 0.202 198 V 0.032 0.007 0.002 0.116 0.129 0.196 0.079 0.003 0.001 0.063 0.372 199 A 0.117 0.012 0.003 0.069 0.065 0.075 0.092 0.012 0.003 0.067 0.485 200 K 0.145 0.015 0.003 0.022 0.018 0.030 0.094 0.006 0.002 0.043 0.620 201 E 0.047 0.010 0.002 0.019 0.031 0.050 0.111 0.005 0.001 0.029 0.694