# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.103 0.076 0.065 0.105 0.083 0.098 0.126 0.098 0.105 0.081 0.061 2 M 0.018 0.020 0.028 0.052 0.052 0.070 0.151 0.154 0.191 0.155 0.111 3 I 0.033 0.030 0.092 0.095 0.091 0.114 0.175 0.129 0.120 0.078 0.043 4 N 0.025 0.051 0.242 0.220 0.160 0.105 0.091 0.045 0.032 0.019 0.010 5 L 0.016 0.020 0.108 0.066 0.072 0.101 0.174 0.127 0.139 0.104 0.073 6 R 0.015 0.018 0.065 0.084 0.092 0.133 0.229 0.137 0.112 0.075 0.040 7 E 0.027 0.052 0.233 0.144 0.129 0.125 0.154 0.067 0.041 0.020 0.008 8 E 0.080 0.093 0.270 0.160 0.126 0.098 0.092 0.038 0.023 0.012 0.007 9 S 0.415 0.189 0.136 0.107 0.061 0.038 0.029 0.011 0.007 0.005 0.003 10 L 0.037 0.068 0.042 0.077 0.092 0.123 0.202 0.128 0.106 0.075 0.050 11 P 0.365 0.190 0.108 0.137 0.098 0.049 0.031 0.011 0.007 0.003 0.002 12 E 0.477 0.178 0.100 0.115 0.059 0.034 0.023 0.007 0.004 0.002 0.001 13 Y 0.091 0.089 0.079 0.170 0.146 0.134 0.152 0.067 0.043 0.020 0.009 14 F 0.008 0.009 0.008 0.021 0.039 0.082 0.168 0.173 0.206 0.162 0.123 15 D 0.018 0.278 0.165 0.189 0.112 0.090 0.079 0.033 0.020 0.010 0.005 16 T 0.031 0.026 0.030 0.126 0.201 0.220 0.202 0.085 0.047 0.021 0.009 17 A 0.629 0.121 0.070 0.079 0.044 0.025 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 18 Y 0.001 0.007 0.013 0.098 0.129 0.192 0.288 0.155 0.076 0.030 0.012 19 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.032 0.095 0.219 0.320 0.326 20 C 0.001 0.003 0.058 0.115 0.188 0.253 0.237 0.079 0.040 0.019 0.007 21 H 0.003 0.022 0.370 0.272 0.165 0.090 0.053 0.016 0.007 0.002 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.084 0.145 0.230 0.286 0.241 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.087 0.191 0.273 0.262 0.175 24 Q 0.001 0.004 0.183 0.260 0.259 0.171 0.079 0.024 0.012 0.006 0.002 25 Q 0.001 0.004 0.044 0.068 0.156 0.297 0.312 0.078 0.027 0.009 0.003 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.042 0.113 0.269 0.342 0.226 27 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.054 0.221 0.234 0.208 0.156 0.095 28 K 0.012 0.044 0.513 0.261 0.112 0.039 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 29 N 0.040 0.069 0.090 0.121 0.167 0.213 0.194 0.058 0.027 0.014 0.006 30 T 0.022 0.038 0.016 0.035 0.029 0.041 0.125 0.170 0.230 0.186 0.109 31 F 0.050 0.035 0.027 0.071 0.117 0.164 0.227 0.128 0.095 0.053 0.031 32 E 0.307 0.192 0.276 0.146 0.045 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 33 W 0.023 0.041 0.039 0.103 0.125 0.183 0.227 0.118 0.079 0.042 0.019 34 A 0.023 0.014 0.010 0.024 0.028 0.051 0.113 0.143 0.197 0.199 0.199 35 G 0.149 0.119 0.097 0.115 0.103 0.115 0.119 0.066 0.058 0.037 0.023 36 Y 0.048 0.081 0.079 0.170 0.171 0.150 0.141 0.073 0.047 0.027 0.013 37 L 0.013 0.014 0.009 0.027 0.037 0.047 0.111 0.142 0.189 0.207 0.203 38 R 0.022 0.027 0.027 0.098 0.124 0.150 0.194 0.130 0.102 0.072 0.055 39 H 0.104 0.121 0.101 0.196 0.153 0.112 0.100 0.051 0.034 0.019 0.011 40 I 0.048 0.049 0.031 0.086 0.100 0.145 0.196 0.136 0.099 0.070 0.038 41 P 0.279 0.160 0.060 0.139 0.091 0.066 0.076 0.046 0.036 0.028 0.018 42 F 0.020 0.020 0.012 0.040 0.053 0.070 0.149 0.148 0.177 0.170 0.141 43 T 0.072 0.144 0.087 0.179 0.120 0.094 0.105 0.066 0.052 0.043 0.037 44 F 0.019 0.033 0.026 0.111 0.133 0.150 0.193 0.128 0.100 0.066 0.042 45 A 0.117 0.082 0.065 0.121 0.109 0.111 0.124 0.088 0.078 0.062 0.043 46 D 0.219 0.192 0.091 0.198 0.118 0.064 0.055 0.027 0.019 0.012 0.005 47 G 0.256 0.092 0.039 0.082 0.073 0.075 0.106 0.079 0.085 0.067 0.047 48 T 0.166 0.162 0.074 0.143 0.102 0.084 0.095 0.058 0.052 0.040 0.025 49 T 0.134 0.130 0.073 0.173 0.122 0.094 0.108 0.062 0.054 0.033 0.017 50 A 0.151 0.072 0.058 0.119 0.098 0.092 0.119 0.096 0.087 0.068 0.039 51 A 0.144 0.134 0.055 0.123 0.102 0.096 0.115 0.080 0.070 0.051 0.030 52 M 0.036 0.038 0.026 0.062 0.080 0.111 0.152 0.153 0.161 0.118 0.062 53 P 0.268 0.117 0.070 0.115 0.092 0.076 0.083 0.060 0.057 0.041 0.021 54 E 0.323 0.153 0.098 0.144 0.096 0.057 0.054 0.029 0.023 0.014 0.008 55 M 0.047 0.019 0.015 0.041 0.044 0.066 0.148 0.163 0.171 0.165 0.123 56 K 0.042 0.066 0.075 0.172 0.138 0.137 0.156 0.089 0.062 0.040 0.023 57 R 0.044 0.062 0.211 0.138 0.102 0.099 0.119 0.085 0.067 0.046 0.028 58 T 0.104 0.097 0.078 0.146 0.126 0.103 0.128 0.082 0.064 0.049 0.023 59 G 0.297 0.153 0.060 0.090 0.067 0.062 0.077 0.054 0.061 0.048 0.031 60 W 0.065 0.049 0.026 0.084 0.093 0.116 0.165 0.119 0.125 0.093 0.065 61 K 0.183 0.172 0.112 0.172 0.110 0.078 0.066 0.038 0.033 0.022 0.014 62 N 0.142 0.104 0.074 0.178 0.140 0.107 0.105 0.059 0.049 0.026 0.014 63 A 0.109 0.062 0.051 0.092 0.081 0.100 0.142 0.120 0.110 0.082 0.051 64 F 0.021 0.033 0.038 0.100 0.115 0.133 0.187 0.148 0.117 0.073 0.036 65 A 0.052 0.057 0.082 0.098 0.091 0.097 0.138 0.116 0.115 0.089 0.066 66 I 0.035 0.055 0.050 0.102 0.107 0.117 0.179 0.126 0.111 0.075 0.043 67 G 0.117 0.054 0.034 0.071 0.079 0.087 0.129 0.118 0.131 0.109 0.070 68 D 0.158 0.147 0.077 0.160 0.121 0.088 0.096 0.058 0.048 0.031 0.016 69 E 0.073 0.067 0.038 0.085 0.110 0.124 0.179 0.115 0.100 0.068 0.040 70 I 0.029 0.032 0.019 0.051 0.066 0.090 0.160 0.151 0.154 0.138 0.111 71 Q 0.110 0.104 0.073 0.151 0.146 0.116 0.142 0.071 0.050 0.025 0.012 72 E 0.396 0.163 0.150 0.135 0.071 0.036 0.025 0.011 0.007 0.004 0.002 73 G 0.089 0.189 0.050 0.113 0.096 0.104 0.137 0.081 0.065 0.047 0.029 74 L 0.006 0.007 0.009 0.030 0.067 0.138 0.248 0.183 0.158 0.099 0.057 75 Q 0.416 0.174 0.233 0.113 0.038 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 76 R 0.029 0.093 0.219 0.270 0.172 0.116 0.069 0.020 0.008 0.003 0.001 77 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.020 0.087 0.144 0.234 0.278 0.222 78 D 0.017 0.024 0.088 0.181 0.204 0.236 0.177 0.045 0.020 0.007 0.003 79 Q 0.037 0.051 0.780 0.103 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.005 0.011 0.037 0.069 0.099 0.200 0.326 0.131 0.067 0.036 0.020 81 L 0.001 0.001 0.006 0.003 0.005 0.018 0.109 0.170 0.268 0.258 0.160 82 A 0.004 0.015 0.370 0.188 0.188 0.134 0.073 0.018 0.007 0.002 0.001 83 E 0.010 0.035 0.661 0.169 0.067 0.035 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 84 K 0.008 0.011 0.039 0.039 0.056 0.109 0.279 0.171 0.151 0.091 0.045 85 N 0.014 0.009 0.041 0.031 0.034 0.073 0.202 0.173 0.183 0.144 0.098 86 N 0.029 0.101 0.536 0.167 0.090 0.042 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 87 L 0.015 0.028 0.111 0.076 0.087 0.105 0.176 0.123 0.128 0.095 0.057 88 Q 0.115 0.119 0.090 0.132 0.130 0.110 0.153 0.070 0.048 0.024 0.009 89 G 0.489 0.153 0.075 0.107 0.067 0.045 0.035 0.013 0.009 0.004 0.002 90 L 0.053 0.043 0.036 0.073 0.086 0.116 0.180 0.142 0.118 0.098 0.056 91 T 0.229 0.410 0.074 0.112 0.069 0.042 0.029 0.015 0.010 0.007 0.003 92 R 0.209 0.114 0.065 0.138 0.136 0.121 0.101 0.056 0.036 0.018 0.007 93 E 0.382 0.152 0.057 0.130 0.096 0.066 0.061 0.025 0.017 0.008 0.005 94 E 0.120 0.128 0.129 0.221 0.139 0.088 0.081 0.042 0.031 0.013 0.008 95 F 0.010 0.020 0.014 0.045 0.065 0.110 0.189 0.173 0.170 0.128 0.075 96 N 0.002 0.004 0.007 0.016 0.034 0.090 0.230 0.212 0.195 0.127 0.082 97 S 0.021 0.030 0.118 0.197 0.204 0.194 0.142 0.045 0.029 0.014 0.006 98 E 0.004 0.022 0.057 0.174 0.194 0.193 0.216 0.079 0.037 0.016 0.008 99 A 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.008 0.042 0.106 0.257 0.309 0.262 100 I 0.001 0.001 0.010 0.012 0.019 0.038 0.138 0.149 0.210 0.241 0.181 101 E 0.002 0.008 0.274 0.227 0.200 0.137 0.092 0.033 0.018 0.007 0.003 102 L 0.001 0.002 0.014 0.015 0.024 0.079 0.308 0.214 0.183 0.113 0.047 103 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.049 0.121 0.229 0.317 0.267 104 N 0.006 0.006 0.027 0.027 0.035 0.075 0.222 0.199 0.195 0.133 0.073 105 S 0.003 0.012 0.112 0.147 0.180 0.183 0.191 0.092 0.050 0.021 0.009 106 L 0.002 0.002 0.009 0.006 0.004 0.007 0.043 0.102 0.226 0.325 0.274 107 N 0.005 0.004 0.010 0.043 0.072 0.131 0.256 0.207 0.158 0.079 0.034 108 Q 0.008 0.026 0.181 0.090 0.079 0.095 0.153 0.118 0.123 0.078 0.049 109 L 0.003 0.006 0.007 0.025 0.035 0.065 0.165 0.203 0.214 0.174 0.105 110 H 0.014 0.022 0.011 0.040 0.053 0.085 0.193 0.200 0.190 0.124 0.070 111 P 0.058 0.078 0.040 0.105 0.108 0.095 0.143 0.124 0.105 0.082 0.060 112 F 0.028 0.016 0.008 0.034 0.046 0.062 0.135 0.159 0.200 0.162 0.149 113 R 0.077 0.085 0.042 0.138 0.153 0.142 0.136 0.084 0.067 0.042 0.034 114 E 0.172 0.114 0.044 0.137 0.107 0.108 0.116 0.076 0.057 0.042 0.027 115 G 0.089 0.058 0.028 0.066 0.076 0.092 0.153 0.129 0.130 0.102 0.077 116 N 0.019 0.032 0.014 0.048 0.059 0.068 0.169 0.160 0.174 0.145 0.112 117 G 0.034 0.040 0.020 0.095 0.137 0.173 0.173 0.108 0.100 0.068 0.052 118 R 0.017 0.022 0.020 0.071 0.118 0.162 0.241 0.138 0.106 0.063 0.041 119 T 0.003 0.004 0.009 0.017 0.020 0.030 0.103 0.153 0.222 0.225 0.215 120 Q 0.001 0.002 0.004 0.008 0.011 0.022 0.095 0.147 0.248 0.253 0.210 121 R 0.002 0.005 0.023 0.051 0.067 0.100 0.185 0.156 0.169 0.145 0.098 122 L 0.001 0.002 0.026 0.019 0.027 0.047 0.157 0.180 0.200 0.187 0.152 123 F 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.006 0.039 0.106 0.229 0.304 0.305 124 F 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.069 0.117 0.229 0.297 0.272 125 E 0.001 0.001 0.025 0.033 0.065 0.129 0.277 0.152 0.147 0.098 0.073 126 N 0.001 0.001 0.024 0.023 0.032 0.078 0.258 0.181 0.190 0.130 0.082 127 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.010 0.066 0.143 0.245 0.285 0.237 128 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.009 0.042 0.092 0.201 0.289 0.353 129 K 0.001 0.001 0.031 0.064 0.143 0.242 0.297 0.116 0.060 0.028 0.017 130 A 0.001 0.007 0.087 0.066 0.104 0.182 0.272 0.128 0.095 0.040 0.019 131 A 0.001 0.002 0.002 0.012 0.024 0.087 0.306 0.231 0.169 0.114 0.052 132 G 0.588 0.189 0.065 0.089 0.031 0.014 0.010 0.006 0.004 0.002 0.002 133 H 0.007 0.020 0.021 0.054 0.071 0.105 0.183 0.169 0.151 0.121 0.098 134 Q 0.289 0.276 0.107 0.183 0.087 0.035 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 135 L 0.005 0.003 0.002 0.006 0.009 0.019 0.075 0.121 0.244 0.245 0.271 136 N 0.106 0.183 0.078 0.191 0.127 0.099 0.100 0.046 0.036 0.021 0.014 137 F 0.023 0.021 0.013 0.046 0.060 0.088 0.159 0.146 0.182 0.146 0.115 138 S 0.067 0.063 0.034 0.085 0.079 0.096 0.158 0.116 0.118 0.101 0.084 139 L 0.032 0.036 0.032 0.108 0.120 0.139 0.184 0.133 0.108 0.071 0.036 140 I 0.027 0.026 0.023 0.052 0.069 0.090 0.179 0.157 0.166 0.126 0.083 141 T 0.104 0.220 0.136 0.204 0.138 0.077 0.059 0.030 0.019 0.009 0.005 142 K 0.060 0.120 0.063 0.152 0.142 0.146 0.151 0.076 0.051 0.027 0.011 143 E 0.123 0.081 0.087 0.177 0.162 0.137 0.112 0.050 0.040 0.020 0.011 144 R 0.240 0.110 0.153 0.209 0.113 0.075 0.059 0.023 0.012 0.004 0.002 145 M 0.003 0.013 0.042 0.079 0.090 0.136 0.231 0.176 0.131 0.069 0.029 146 M 0.001 0.001 0.011 0.007 0.011 0.030 0.123 0.176 0.245 0.227 0.167 147 V 0.005 0.011 0.217 0.179 0.169 0.169 0.136 0.054 0.034 0.019 0.008 148 A 0.003 0.017 0.211 0.201 0.184 0.159 0.124 0.045 0.032 0.016 0.007 149 S 0.001 0.001 0.009 0.008 0.009 0.020 0.094 0.135 0.244 0.256 0.223 150 V 0.002 0.002 0.016 0.020 0.033 0.083 0.233 0.197 0.203 0.138 0.075 151 A 0.005 0.016 0.472 0.141 0.114 0.097 0.084 0.034 0.021 0.011 0.005 152 V 0.001 0.006 0.046 0.046 0.083 0.177 0.299 0.141 0.100 0.065 0.036 153 A 0.002 0.003 0.007 0.010 0.016 0.027 0.102 0.148 0.251 0.259 0.176 154 E 0.097 0.089 0.153 0.165 0.142 0.132 0.115 0.049 0.030 0.017 0.012 155 N 0.111 0.148 0.181 0.213 0.138 0.096 0.073 0.024 0.011 0.005 0.002 156 G 0.317 0.100 0.042 0.094 0.095 0.093 0.101 0.062 0.043 0.035 0.019 157 D 0.164 0.289 0.079 0.154 0.091 0.065 0.070 0.032 0.025 0.017 0.013 158 L 0.029 0.027 0.015 0.045 0.070 0.092 0.175 0.151 0.176 0.133 0.086 159 E 0.448 0.241 0.076 0.117 0.056 0.030 0.018 0.007 0.005 0.002 0.001 160 P 0.064 0.109 0.067 0.196 0.162 0.136 0.127 0.061 0.043 0.023 0.013 161 M 0.023 0.013 0.011 0.027 0.036 0.066 0.133 0.147 0.212 0.181 0.152 162 Q 0.029 0.036 0.062 0.193 0.185 0.185 0.165 0.070 0.044 0.021 0.009 163 H 0.018 0.052 0.236 0.205 0.145 0.126 0.105 0.051 0.034 0.018 0.010 164 L 0.004 0.007 0.021 0.035 0.044 0.070 0.166 0.174 0.191 0.166 0.122 165 F 0.005 0.005 0.020 0.027 0.032 0.047 0.144 0.169 0.218 0.199 0.134 166 E 0.009 0.026 0.178 0.184 0.189 0.154 0.139 0.056 0.039 0.017 0.008 167 D 0.063 0.091 0.224 0.228 0.148 0.116 0.079 0.027 0.015 0.006 0.002 168 I 0.008 0.008 0.010 0.019 0.030 0.061 0.180 0.190 0.213 0.182 0.100 169 S 0.069 0.123 0.062 0.096 0.085 0.097 0.149 0.109 0.103 0.070 0.037 170 N 0.157 0.218 0.119 0.152 0.114 0.093 0.077 0.034 0.022 0.011 0.005 171 P 0.506 0.166 0.093 0.117 0.055 0.029 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 172 E 0.427 0.156 0.088 0.112 0.070 0.052 0.050 0.021 0.013 0.007 0.004 173 K 0.033 0.045 0.070 0.117 0.103 0.147 0.211 0.122 0.088 0.045 0.019 174 I 0.053 0.048 0.172 0.159 0.127 0.151 0.161 0.067 0.039 0.017 0.006 175 R 0.053 0.062 0.611 0.153 0.062 0.031 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 176 L 0.009 0.021 0.123 0.086 0.093 0.146 0.230 0.125 0.089 0.055 0.024 177 L 0.002 0.006 0.064 0.035 0.049 0.099 0.262 0.179 0.161 0.101 0.042 178 K 0.016 0.027 0.623 0.169 0.089 0.042 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 179 E 0.020 0.048 0.567 0.189 0.104 0.047 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 180 F 0.004 0.008 0.046 0.019 0.025 0.056 0.192 0.174 0.218 0.171 0.087 181 M 0.005 0.011 0.084 0.082 0.125 0.191 0.273 0.115 0.070 0.032 0.011 182 H 0.028 0.047 0.772 0.085 0.040 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 183 T 0.021 0.067 0.155 0.188 0.189 0.160 0.140 0.043 0.021 0.010 0.004 184 M 0.015 0.010 0.023 0.014 0.017 0.031 0.122 0.149 0.231 0.228 0.160 185 K 0.065 0.084 0.197 0.248 0.188 0.116 0.069 0.020 0.008 0.003 0.002 186 N 0.049 0.098 0.486 0.142 0.095 0.061 0.040 0.014 0.009 0.004 0.002 187 T 0.026 0.042 0.033 0.068 0.091 0.124 0.223 0.138 0.109 0.088 0.058 188 G 0.387 0.147 0.058 0.081 0.065 0.061 0.085 0.044 0.036 0.022 0.014 189 R 0.232 0.179 0.143 0.164 0.111 0.076 0.051 0.020 0.013 0.007 0.005 190 N 0.239 0.246 0.117 0.167 0.090 0.055 0.044 0.018 0.012 0.007 0.005 191 V 0.114 0.053 0.034 0.072 0.082 0.110 0.167 0.116 0.109 0.082 0.061 192 N 0.330 0.201 0.098 0.137 0.088 0.058 0.047 0.019 0.012 0.006 0.004 193 D 0.176 0.182 0.135 0.185 0.121 0.084 0.060 0.026 0.016 0.009 0.006 194 R 0.105 0.117 0.062 0.150 0.145 0.132 0.137 0.070 0.042 0.026 0.012 195 P 0.229 0.132 0.076 0.168 0.131 0.095 0.080 0.036 0.026 0.016 0.010 196 V 0.024 0.023 0.021 0.054 0.065 0.092 0.192 0.171 0.169 0.123 0.068 197 M 0.023 0.041 0.041 0.122 0.123 0.140 0.188 0.129 0.097 0.062 0.034 198 V 0.022 0.035 0.041 0.077 0.075 0.089 0.158 0.152 0.150 0.121 0.080 199 A 0.040 0.046 0.048 0.098 0.100 0.104 0.142 0.128 0.131 0.101 0.063 200 K 0.085 0.115 0.068 0.167 0.163 0.121 0.117 0.072 0.052 0.027 0.013 201 E 0.117 0.093 0.041 0.105 0.096 0.090 0.129 0.108 0.101 0.075 0.044