# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.058 0.613 0.004 0.011 0.014 0.018 0.041 0.005 0.001 0.003 0.233 2 M 0.029 0.776 0.004 0.011 0.014 0.028 0.026 0.004 0.001 0.002 0.106 3 I 0.018 0.859 0.002 0.009 0.011 0.021 0.014 0.004 0.001 0.001 0.062 4 N 0.016 0.886 0.001 0.004 0.006 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.062 5 L 0.049 0.817 0.005 0.002 0.004 0.007 0.013 0.005 0.001 0.001 0.096 6 R 0.031 0.869 0.007 0.005 0.008 0.010 0.011 0.007 0.001 0.001 0.053 7 E 0.073 0.716 0.004 0.006 0.007 0.014 0.014 0.029 0.001 0.002 0.137 8 E 0.144 0.652 0.018 0.003 0.004 0.008 0.011 0.021 0.001 0.001 0.138 9 S 0.231 0.371 0.008 0.007 0.007 0.006 0.009 0.096 0.001 0.001 0.264 10 L 0.347 0.165 0.077 0.009 0.006 0.008 0.026 0.024 0.001 0.003 0.335 11 P 0.008 0.007 0.019 0.006 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.945 12 E 0.054 0.009 0.006 0.037 0.008 0.021 0.169 0.004 0.001 0.003 0.689 13 Y 0.396 0.010 0.007 0.020 0.002 0.004 0.041 0.002 0.001 0.005 0.513 14 F 0.143 0.047 0.012 0.135 0.021 0.031 0.187 0.003 0.001 0.007 0.415 15 D 0.050 0.019 0.002 0.039 0.008 0.013 0.401 0.001 0.001 0.003 0.463 16 T 0.004 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.949 17 A 0.004 0.025 0.001 0.002 0.001 0.002 0.629 0.001 0.001 0.007 0.330 18 Y 0.028 0.049 0.001 0.002 0.002 0.004 0.826 0.003 0.001 0.017 0.069 19 L 0.031 0.942 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 20 C 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 21 H 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 22 I 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 23 H 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 24 Q 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 25 Q 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 26 L 0.037 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.012 27 F 0.035 0.895 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.032 28 K 0.037 0.787 0.016 0.003 0.002 0.005 0.004 0.028 0.001 0.001 0.117 29 N 0.177 0.499 0.005 0.006 0.005 0.004 0.006 0.051 0.001 0.001 0.246 30 T 0.310 0.266 0.052 0.006 0.005 0.004 0.027 0.016 0.001 0.002 0.313 31 F 0.037 0.134 0.042 0.026 0.019 0.025 0.073 0.009 0.001 0.002 0.632 32 E 0.066 0.086 0.009 0.031 0.022 0.041 0.168 0.005 0.001 0.007 0.565 33 W 0.257 0.142 0.007 0.013 0.017 0.024 0.128 0.004 0.001 0.009 0.399 34 A 0.104 0.124 0.007 0.020 0.015 0.023 0.061 0.005 0.001 0.005 0.636 35 G 0.141 0.043 0.008 0.026 0.048 0.044 0.146 0.008 0.001 0.017 0.518 36 Y 0.313 0.046 0.033 0.029 0.030 0.042 0.089 0.003 0.001 0.012 0.403 37 L 0.034 0.039 0.008 0.050 0.088 0.118 0.067 0.004 0.001 0.002 0.590 38 R 0.035 0.022 0.003 0.103 0.106 0.223 0.065 0.002 0.001 0.004 0.437 39 H 0.062 0.016 0.003 0.034 0.056 0.109 0.055 0.003 0.001 0.004 0.656 40 I 0.074 0.014 0.010 0.105 0.111 0.175 0.059 0.002 0.001 0.005 0.444 41 P 0.005 0.001 0.001 0.015 0.017 0.028 0.022 0.001 0.001 0.001 0.909 42 F 0.027 0.002 0.002 0.085 0.105 0.172 0.075 0.001 0.001 0.005 0.526 43 T 0.059 0.006 0.002 0.082 0.090 0.143 0.098 0.001 0.001 0.006 0.513 44 F 0.043 0.012 0.002 0.086 0.101 0.129 0.077 0.001 0.001 0.004 0.545 45 A 0.025 0.010 0.002 0.070 0.084 0.156 0.141 0.001 0.001 0.005 0.506 46 D 0.046 0.009 0.001 0.041 0.039 0.069 0.151 0.001 0.001 0.009 0.633 47 G 0.131 0.015 0.005 0.036 0.040 0.054 0.167 0.002 0.001 0.025 0.523 48 T 0.114 0.019 0.008 0.030 0.043 0.042 0.277 0.001 0.001 0.016 0.451 49 T 0.057 0.019 0.005 0.027 0.028 0.044 0.175 0.001 0.001 0.008 0.636 50 A 0.075 0.033 0.006 0.057 0.053 0.112 0.151 0.002 0.001 0.009 0.501 51 A 0.080 0.037 0.004 0.024 0.034 0.068 0.147 0.002 0.001 0.010 0.594 52 M 0.115 0.060 0.007 0.029 0.044 0.101 0.121 0.002 0.001 0.007 0.515 53 P 0.007 0.015 0.001 0.006 0.007 0.011 0.019 0.001 0.001 0.001 0.934 54 E 0.044 0.045 0.001 0.017 0.036 0.065 0.177 0.002 0.001 0.010 0.604 55 M 0.262 0.141 0.005 0.017 0.029 0.078 0.140 0.006 0.001 0.013 0.309 56 K 0.120 0.474 0.004 0.029 0.045 0.049 0.026 0.008 0.001 0.002 0.243 57 R 0.106 0.373 0.007 0.012 0.026 0.048 0.022 0.005 0.001 0.003 0.398 58 T 0.074 0.199 0.006 0.017 0.050 0.069 0.034 0.012 0.001 0.002 0.536 59 G 0.162 0.108 0.011 0.024 0.041 0.050 0.061 0.024 0.001 0.007 0.512 60 W 0.191 0.097 0.055 0.031 0.044 0.069 0.113 0.008 0.001 0.012 0.379 61 K 0.046 0.049 0.012 0.043 0.058 0.086 0.092 0.005 0.001 0.005 0.604 62 N 0.072 0.033 0.008 0.056 0.075 0.106 0.083 0.003 0.001 0.008 0.555 63 A 0.089 0.031 0.007 0.059 0.090 0.122 0.093 0.003 0.001 0.009 0.495 64 F 0.062 0.031 0.010 0.079 0.119 0.175 0.091 0.003 0.001 0.007 0.421 65 A 0.037 0.021 0.006 0.090 0.135 0.233 0.070 0.002 0.001 0.005 0.401 66 I 0.029 0.016 0.004 0.076 0.121 0.203 0.066 0.002 0.001 0.005 0.478 67 G 0.032 0.012 0.004 0.058 0.086 0.146 0.073 0.002 0.001 0.005 0.582 68 D 0.029 0.010 0.003 0.036 0.041 0.072 0.087 0.001 0.001 0.004 0.717 69 E 0.049 0.012 0.002 0.035 0.038 0.068 0.120 0.002 0.001 0.008 0.667 70 I 0.147 0.030 0.006 0.036 0.034 0.070 0.155 0.002 0.001 0.011 0.510 71 Q 0.099 0.046 0.004 0.029 0.023 0.043 0.113 0.002 0.001 0.005 0.635 72 E 0.034 0.028 0.003 0.013 0.008 0.018 0.051 0.001 0.001 0.002 0.843 73 G 0.058 0.038 0.002 0.007 0.009 0.016 0.098 0.001 0.001 0.002 0.769 74 L 0.140 0.121 0.005 0.009 0.006 0.019 0.069 0.002 0.001 0.005 0.624 75 Q 0.046 0.237 0.001 0.007 0.005 0.013 0.110 0.003 0.001 0.002 0.575 76 R 0.204 0.293 0.001 0.003 0.002 0.002 0.040 0.004 0.001 0.001 0.449 77 L 0.145 0.685 0.003 0.002 0.001 0.002 0.017 0.002 0.001 0.001 0.141 78 D 0.019 0.702 0.003 0.003 0.001 0.004 0.026 0.004 0.001 0.001 0.237 79 Q 0.029 0.637 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.001 0.001 0.299 80 T 0.029 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.082 81 L 0.020 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.027 82 A 0.010 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 83 E 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.025 84 K 0.021 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 85 N 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.015 86 N 0.019 0.933 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.027 87 L 0.050 0.893 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.030 88 Q 0.080 0.781 0.010 0.004 0.003 0.004 0.014 0.062 0.001 0.001 0.042 89 G 0.293 0.308 0.030 0.007 0.004 0.003 0.021 0.165 0.001 0.006 0.163 90 L 0.191 0.179 0.372 0.011 0.002 0.003 0.023 0.018 0.001 0.004 0.198 91 T 0.029 0.029 0.011 0.014 0.005 0.004 0.075 0.017 0.001 0.001 0.814 92 R 0.045 0.010 0.016 0.009 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.890 93 E 0.060 0.028 0.004 0.016 0.004 0.012 0.275 0.002 0.001 0.007 0.590 94 E 0.301 0.055 0.004 0.021 0.005 0.010 0.156 0.003 0.001 0.012 0.434 95 F 0.109 0.181 0.002 0.009 0.003 0.004 0.041 0.001 0.001 0.001 0.648 96 N 0.059 0.407 0.002 0.019 0.008 0.016 0.062 0.004 0.001 0.004 0.420 97 S 0.068 0.507 0.002 0.011 0.006 0.015 0.056 0.007 0.001 0.005 0.324 98 E 0.045 0.722 0.002 0.006 0.008 0.011 0.047 0.012 0.001 0.002 0.144 99 A 0.027 0.911 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.040 100 I 0.006 0.963 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.018 101 E 0.009 0.939 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.033 102 L 0.023 0.939 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.024 103 F 0.013 0.959 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 104 N 0.022 0.867 0.005 0.003 0.005 0.006 0.004 0.020 0.001 0.001 0.068 105 S 0.071 0.795 0.008 0.002 0.004 0.005 0.008 0.015 0.001 0.001 0.091 106 L 0.073 0.773 0.016 0.004 0.006 0.006 0.008 0.016 0.001 0.001 0.096 107 N 0.054 0.694 0.014 0.021 0.024 0.026 0.016 0.025 0.001 0.002 0.124 108 Q 0.099 0.426 0.024 0.031 0.041 0.068 0.048 0.045 0.001 0.005 0.213 109 L 0.175 0.349 0.062 0.057 0.040 0.084 0.022 0.035 0.001 0.003 0.172 110 H 0.070 0.101 0.042 0.151 0.156 0.166 0.035 0.017 0.001 0.002 0.261 111 P 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.980 112 F 0.022 0.004 0.004 0.109 0.092 0.218 0.113 0.002 0.001 0.004 0.433 113 R 0.092 0.006 0.002 0.040 0.013 0.029 0.048 0.002 0.001 0.004 0.764 114 E 0.099 0.030 0.001 0.076 0.038 0.054 0.140 0.003 0.001 0.008 0.551 115 G 0.144 0.013 0.005 0.029 0.018 0.026 0.180 0.001 0.001 0.014 0.571 116 N 0.081 0.019 0.003 0.019 0.006 0.010 0.276 0.001 0.001 0.007 0.579 117 G 0.110 0.023 0.006 0.012 0.006 0.007 0.213 0.001 0.001 0.018 0.605 118 R 0.078 0.060 0.010 0.006 0.004 0.006 0.446 0.001 0.001 0.009 0.380 119 T 0.009 0.115 0.003 0.007 0.006 0.016 0.238 0.001 0.001 0.002 0.603 120 Q 0.027 0.487 0.001 0.014 0.016 0.034 0.119 0.001 0.001 0.004 0.296 121 R 0.015 0.655 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.279 122 L 0.007 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.083 123 F 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 124 F 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 125 E 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 126 N 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 L 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 128 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 130 A 0.029 0.959 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 131 A 0.035 0.778 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.001 0.001 0.015 132 G 0.432 0.088 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.001 0.001 0.050 133 H 0.006 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 134 Q 0.007 0.002 0.026 0.055 0.009 0.010 0.040 0.006 0.001 0.001 0.843 135 L 0.017 0.001 0.014 0.058 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.892 136 N 0.021 0.003 0.001 0.368 0.040 0.054 0.140 0.001 0.001 0.004 0.369 137 F 0.055 0.004 0.002 0.240 0.017 0.027 0.054 0.001 0.001 0.006 0.595 138 S 0.032 0.010 0.001 0.521 0.042 0.074 0.092 0.001 0.001 0.004 0.223 139 L 0.054 0.016 0.002 0.214 0.034 0.068 0.116 0.001 0.001 0.008 0.487 140 I 0.076 0.048 0.003 0.220 0.044 0.090 0.180 0.003 0.001 0.011 0.325 141 T 0.047 0.038 0.005 0.039 0.017 0.038 0.271 0.002 0.001 0.008 0.534 142 K 0.026 0.039 0.004 0.010 0.005 0.008 0.122 0.001 0.001 0.003 0.782 143 E 0.033 0.075 0.003 0.004 0.002 0.006 0.298 0.002 0.001 0.010 0.568 144 R 0.066 0.226 0.003 0.002 0.002 0.004 0.273 0.003 0.001 0.011 0.409 145 M 0.055 0.687 0.002 0.001 0.002 0.002 0.073 0.003 0.001 0.002 0.174 146 M 0.018 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.065 147 V 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.039 148 A 0.007 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.032 149 S 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.010 150 V 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 151 A 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 152 V 0.028 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.015 153 A 0.077 0.865 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.015 154 E 0.066 0.784 0.027 0.001 0.003 0.002 0.007 0.045 0.001 0.001 0.063 155 N 0.130 0.392 0.043 0.011 0.005 0.006 0.018 0.098 0.001 0.002 0.294 156 G 0.304 0.093 0.049 0.012 0.003 0.003 0.082 0.050 0.001 0.008 0.396 157 D 0.236 0.027 0.108 0.016 0.004 0.004 0.188 0.010 0.001 0.016 0.392 158 L 0.101 0.030 0.087 0.043 0.005 0.010 0.167 0.004 0.001 0.010 0.544 159 E 0.070 0.031 0.007 0.097 0.014 0.024 0.299 0.001 0.001 0.005 0.452 160 P 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 161 M 0.027 0.068 0.001 0.044 0.026 0.099 0.272 0.001 0.001 0.008 0.454 162 Q 0.146 0.269 0.001 0.026 0.017 0.040 0.120 0.003 0.001 0.006 0.374 163 H 0.057 0.770 0.001 0.008 0.007 0.007 0.009 0.003 0.001 0.001 0.139 164 L 0.056 0.822 0.003 0.002 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.100 165 F 0.035 0.856 0.003 0.005 0.006 0.018 0.011 0.006 0.001 0.001 0.060 166 E 0.021 0.892 0.004 0.006 0.005 0.011 0.006 0.006 0.001 0.001 0.049 167 D 0.058 0.794 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.023 0.001 0.001 0.108 168 I 0.209 0.686 0.010 0.004 0.003 0.003 0.005 0.025 0.001 0.001 0.053 169 S 0.157 0.592 0.047 0.008 0.004 0.010 0.030 0.026 0.001 0.003 0.123 170 N 0.059 0.488 0.051 0.012 0.005 0.011 0.054 0.011 0.001 0.001 0.307 171 P 0.003 0.042 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.948 172 E 0.031 0.117 0.002 0.004 0.003 0.009 0.432 0.005 0.001 0.011 0.385 173 K 0.196 0.487 0.007 0.004 0.003 0.008 0.127 0.007 0.001 0.005 0.156 174 I 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 175 R 0.018 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.057 176 L 0.041 0.910 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.037 177 L 0.019 0.951 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.012 178 K 0.010 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.042 179 E 0.025 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.092 180 F 0.036 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 0.036 181 M 0.031 0.910 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.032 182 H 0.025 0.901 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.049 183 T 0.067 0.815 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.095 184 M 0.080 0.805 0.007 0.002 0.002 0.002 0.006 0.012 0.001 0.001 0.083 185 K 0.027 0.779 0.012 0.004 0.004 0.005 0.025 0.012 0.001 0.002 0.129 186 N 0.081 0.614 0.008 0.005 0.005 0.009 0.051 0.032 0.001 0.003 0.192 187 T 0.208 0.603 0.011 0.004 0.002 0.003 0.019 0.020 0.001 0.002 0.129 188 G 0.234 0.428 0.020 0.007 0.007 0.009 0.041 0.036 0.001 0.006 0.213 189 R 0.085 0.152 0.089 0.006 0.009 0.016 0.042 0.010 0.001 0.003 0.587 190 N 0.098 0.066 0.003 0.012 0.019 0.011 0.049 0.025 0.001 0.001 0.717 191 V 0.351 0.107 0.020 0.011 0.007 0.009 0.043 0.005 0.001 0.010 0.436 192 N 0.039 0.070 0.004 0.015 0.020 0.027 0.229 0.008 0.001 0.005 0.581 193 D 0.217 0.027 0.007 0.020 0.010 0.016 0.102 0.009 0.001 0.024 0.568 194 R 0.557 0.032 0.018 0.036 0.012 0.020 0.106 0.004 0.001 0.021 0.193 195 P 0.034 0.009 0.021 0.031 0.014 0.014 0.047 0.001 0.001 0.003 0.827 196 V 0.024 0.010 0.006 0.186 0.142 0.234 0.122 0.001 0.001 0.004 0.271 197 M 0.032 0.018 0.002 0.291 0.185 0.303 0.043 0.001 0.001 0.002 0.123 198 V 0.008 0.039 0.001 0.238 0.194 0.267 0.031 0.001 0.001 0.001 0.221 199 A 0.008 0.022 0.001 0.139 0.191 0.439 0.036 0.001 0.001 0.002 0.161 200 K 0.024 0.025 0.002 0.136 0.106 0.202 0.058 0.003 0.001 0.004 0.440 201 E 0.029 0.026 0.007 0.100 0.079 0.153 0.100 0.003 0.001 0.008 0.495