# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.085 0.011 0.022 0.320 0.021 0.023 0.517 2 M 0.216 0.031 0.019 0.540 0.010 0.031 0.153 3 I 0.211 0.008 0.020 0.572 0.043 0.042 0.104 4 N 0.161 0.003 0.037 0.635 0.034 0.048 0.082 5 L 0.087 0.005 0.046 0.697 0.049 0.050 0.067 6 R 0.084 0.005 0.055 0.663 0.048 0.058 0.088 7 E 0.064 0.009 0.092 0.560 0.056 0.108 0.110 8 E 0.040 0.010 0.073 0.475 0.113 0.149 0.140 9 S 0.020 0.007 0.069 0.293 0.127 0.228 0.255 10 L 0.012 0.009 0.060 0.151 0.142 0.284 0.341 11 P 0.012 0.007 0.065 0.052 0.236 0.286 0.342 12 E 0.023 0.004 0.036 0.038 0.446 0.105 0.347 13 Y 0.061 0.036 0.020 0.027 0.143 0.058 0.655 14 F 0.038 0.059 0.004 0.012 0.108 0.011 0.767 15 D 0.009 0.005 0.001 0.008 0.032 0.002 0.944 16 T 0.001 0.001 0.011 0.967 0.004 0.012 0.005 17 A 0.001 0.001 0.008 0.973 0.004 0.011 0.002 18 Y 0.001 0.001 0.010 0.975 0.002 0.010 0.003 19 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.002 0.006 0.002 20 C 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 21 H 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.011 0.002 22 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.005 23 H 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.009 0.004 24 Q 0.001 0.001 0.004 0.970 0.003 0.021 0.002 25 Q 0.001 0.001 0.006 0.944 0.002 0.044 0.004 26 L 0.001 0.002 0.009 0.895 0.012 0.068 0.013 27 F 0.005 0.012 0.022 0.651 0.041 0.191 0.078 28 K 0.005 0.003 0.053 0.377 0.083 0.393 0.086 29 N 0.008 0.007 0.061 0.247 0.103 0.411 0.163 30 T 0.016 0.016 0.057 0.137 0.168 0.127 0.479 31 F 0.035 0.024 0.150 0.131 0.173 0.202 0.284 32 E 0.038 0.017 0.159 0.117 0.241 0.213 0.215 33 W 0.034 0.015 0.141 0.112 0.198 0.211 0.290 34 A 0.023 0.006 0.067 0.070 0.100 0.623 0.110 35 G 0.045 0.005 0.044 0.027 0.164 0.536 0.179 36 Y 0.248 0.046 0.023 0.032 0.185 0.034 0.431 37 L 0.522 0.108 0.009 0.025 0.032 0.013 0.291 38 R 0.489 0.029 0.015 0.024 0.052 0.031 0.361 39 H 0.357 0.023 0.022 0.030 0.133 0.079 0.356 40 I 0.293 0.015 0.019 0.035 0.240 0.068 0.330 41 P 0.291 0.012 0.021 0.025 0.172 0.069 0.410 42 F 0.501 0.032 0.025 0.034 0.086 0.041 0.281 43 T 0.512 0.056 0.024 0.036 0.067 0.040 0.265 44 F 0.429 0.024 0.039 0.064 0.096 0.116 0.232 45 A 0.248 0.017 0.040 0.076 0.130 0.268 0.222 46 D 0.151 0.014 0.049 0.065 0.194 0.242 0.286 47 G 0.208 0.019 0.050 0.073 0.222 0.140 0.289 48 T 0.329 0.025 0.051 0.087 0.134 0.109 0.264 49 T 0.384 0.040 0.049 0.093 0.108 0.076 0.251 50 A 0.317 0.022 0.037 0.093 0.124 0.074 0.333 51 A 0.207 0.028 0.032 0.100 0.144 0.102 0.386 52 M 0.113 0.019 0.048 0.110 0.152 0.082 0.476 53 P 0.114 0.012 0.090 0.128 0.116 0.153 0.388 54 E 0.126 0.011 0.120 0.168 0.125 0.250 0.200 55 M 0.197 0.023 0.100 0.162 0.144 0.159 0.215 56 K 0.280 0.037 0.048 0.146 0.144 0.070 0.276 57 R 0.283 0.036 0.041 0.124 0.119 0.095 0.303 58 T 0.183 0.017 0.043 0.099 0.169 0.246 0.242 59 G 0.124 0.012 0.034 0.050 0.169 0.347 0.264 60 W 0.171 0.022 0.030 0.042 0.224 0.164 0.347 61 K 0.227 0.019 0.039 0.043 0.172 0.120 0.381 62 N 0.353 0.020 0.049 0.056 0.164 0.086 0.272 63 A 0.468 0.032 0.040 0.055 0.088 0.058 0.260 64 F 0.556 0.033 0.031 0.043 0.069 0.047 0.221 65 A 0.496 0.028 0.034 0.039 0.094 0.055 0.255 66 I 0.359 0.023 0.031 0.030 0.136 0.055 0.366 67 G 0.259 0.017 0.049 0.030 0.124 0.083 0.438 68 D 0.246 0.020 0.059 0.029 0.102 0.104 0.440 69 E 0.187 0.029 0.057 0.033 0.120 0.089 0.485 70 I 0.111 0.040 0.021 0.029 0.206 0.034 0.560 71 Q 0.048 0.018 0.010 0.026 0.204 0.029 0.665 72 E 0.019 0.024 0.022 0.047 0.186 0.060 0.642 73 G 0.007 0.012 0.036 0.064 0.100 0.053 0.728 74 L 0.002 0.003 0.212 0.334 0.056 0.175 0.217 75 Q 0.003 0.002 0.229 0.403 0.067 0.209 0.088 76 R 0.002 0.013 0.250 0.453 0.055 0.111 0.117 77 L 0.002 0.006 0.074 0.709 0.042 0.048 0.119 78 D 0.001 0.001 0.029 0.894 0.017 0.035 0.023 79 Q 0.001 0.001 0.017 0.921 0.011 0.037 0.012 80 T 0.001 0.001 0.009 0.940 0.005 0.035 0.010 81 L 0.001 0.001 0.004 0.959 0.005 0.021 0.009 82 A 0.001 0.001 0.007 0.953 0.005 0.029 0.005 83 E 0.001 0.001 0.006 0.951 0.006 0.029 0.008 84 K 0.001 0.001 0.006 0.956 0.008 0.018 0.011 85 N 0.001 0.001 0.011 0.934 0.009 0.032 0.012 86 N 0.001 0.001 0.019 0.862 0.009 0.094 0.014 87 L 0.001 0.002 0.031 0.758 0.021 0.155 0.031 88 Q 0.003 0.005 0.041 0.485 0.082 0.303 0.083 89 G 0.002 0.003 0.046 0.219 0.087 0.511 0.132 90 L 0.002 0.006 0.062 0.090 0.244 0.166 0.430 91 T 0.003 0.005 0.086 0.097 0.227 0.274 0.308 92 R 0.004 0.005 0.060 0.113 0.218 0.251 0.350 93 E 0.005 0.011 0.035 0.185 0.232 0.075 0.457 94 E 0.010 0.008 0.018 0.361 0.126 0.054 0.423 95 F 0.004 0.003 0.022 0.835 0.027 0.039 0.071 96 N 0.002 0.001 0.012 0.947 0.008 0.013 0.017 97 S 0.002 0.001 0.005 0.973 0.005 0.006 0.008 98 E 0.002 0.001 0.002 0.984 0.002 0.004 0.005 99 A 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 100 I 0.002 0.001 0.001 0.990 0.002 0.004 0.002 101 E 0.003 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.002 102 L 0.003 0.001 0.001 0.973 0.002 0.018 0.002 103 F 0.012 0.001 0.003 0.943 0.004 0.030 0.007 104 N 0.047 0.001 0.004 0.861 0.022 0.035 0.030 105 S 0.064 0.001 0.008 0.812 0.037 0.054 0.023 106 L 0.146 0.006 0.011 0.706 0.024 0.045 0.062 107 N 0.211 0.005 0.022 0.619 0.030 0.068 0.045 108 Q 0.266 0.003 0.023 0.424 0.056 0.119 0.109 109 L 0.181 0.013 0.045 0.274 0.126 0.125 0.235 110 H 0.096 0.012 0.024 0.074 0.192 0.063 0.539 111 P 0.044 0.008 0.060 0.038 0.182 0.250 0.417 112 F 0.030 0.037 0.055 0.024 0.217 0.200 0.436 113 R 0.008 0.013 0.078 0.029 0.321 0.203 0.348 114 E 0.002 0.006 0.037 0.035 0.338 0.317 0.264 115 G 0.001 0.006 0.037 0.074 0.292 0.320 0.270 116 N 0.001 0.004 0.031 0.296 0.201 0.264 0.205 117 G 0.001 0.002 0.012 0.652 0.121 0.105 0.106 118 R 0.001 0.001 0.007 0.920 0.023 0.023 0.026 119 T 0.001 0.001 0.002 0.970 0.004 0.011 0.012 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 121 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 0.002 122 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 129 K 0.001 0.001 0.001 0.976 0.001 0.022 0.001 130 A 0.001 0.001 0.001 0.906 0.002 0.088 0.002 131 A 0.001 0.001 0.002 0.324 0.013 0.656 0.005 132 G 0.001 0.001 0.002 0.021 0.048 0.875 0.054 133 H 0.019 0.012 0.003 0.011 0.130 0.016 0.810 134 Q 0.143 0.041 0.006 0.010 0.084 0.013 0.704 135 L 0.352 0.028 0.037 0.041 0.063 0.030 0.449 136 N 0.479 0.014 0.055 0.047 0.077 0.047 0.281 137 F 0.597 0.013 0.073 0.048 0.071 0.048 0.151 138 S 0.489 0.012 0.076 0.059 0.080 0.045 0.239 139 L 0.279 0.019 0.094 0.094 0.106 0.069 0.338 140 I 0.141 0.013 0.080 0.118 0.142 0.085 0.420 141 T 0.053 0.019 0.058 0.138 0.173 0.114 0.445 142 K 0.023 0.008 0.030 0.302 0.168 0.073 0.397 143 E 0.008 0.003 0.023 0.735 0.045 0.041 0.145 144 R 0.005 0.001 0.011 0.925 0.014 0.023 0.021 145 M 0.003 0.001 0.007 0.953 0.007 0.014 0.015 146 M 0.002 0.001 0.002 0.978 0.005 0.005 0.006 147 V 0.003 0.001 0.001 0.985 0.002 0.005 0.003 148 A 0.002 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.003 149 S 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.011 0.004 150 V 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.013 0.004 151 A 0.002 0.001 0.004 0.956 0.006 0.025 0.006 152 V 0.002 0.001 0.009 0.897 0.010 0.070 0.013 153 A 0.004 0.003 0.016 0.673 0.067 0.161 0.075 154 E 0.007 0.014 0.040 0.403 0.084 0.280 0.172 155 N 0.004 0.009 0.052 0.172 0.238 0.302 0.223 156 G 0.001 0.002 0.026 0.068 0.190 0.588 0.124 157 D 0.002 0.005 0.017 0.035 0.224 0.215 0.502 158 L 0.005 0.017 0.026 0.193 0.236 0.067 0.455 159 E 0.006 0.007 0.021 0.516 0.103 0.060 0.288 160 P 0.003 0.003 0.037 0.840 0.022 0.047 0.048 161 M 0.003 0.003 0.026 0.904 0.009 0.028 0.027 162 Q 0.004 0.001 0.011 0.954 0.007 0.009 0.013 163 H 0.006 0.001 0.009 0.961 0.004 0.009 0.010 164 L 0.003 0.001 0.010 0.955 0.006 0.019 0.007 165 F 0.003 0.001 0.012 0.953 0.005 0.021 0.006 166 E 0.001 0.001 0.015 0.937 0.007 0.033 0.006 167 D 0.001 0.001 0.013 0.873 0.009 0.095 0.009 168 I 0.002 0.002 0.021 0.789 0.021 0.124 0.042 169 S 0.004 0.006 0.015 0.772 0.043 0.078 0.082 170 N 0.004 0.002 0.013 0.806 0.044 0.049 0.082 171 P 0.003 0.001 0.011 0.892 0.024 0.035 0.034 172 E 0.002 0.001 0.008 0.923 0.013 0.026 0.027 173 K 0.002 0.001 0.004 0.953 0.008 0.017 0.015 174 I 0.002 0.001 0.002 0.959 0.008 0.017 0.012 175 R 0.002 0.001 0.002 0.959 0.006 0.021 0.009 176 L 0.001 0.001 0.002 0.956 0.007 0.020 0.014 177 L 0.001 0.001 0.001 0.965 0.006 0.015 0.010 178 K 0.002 0.001 0.001 0.963 0.006 0.019 0.008 179 E 0.001 0.001 0.002 0.959 0.007 0.020 0.011 180 F 0.001 0.001 0.002 0.955 0.009 0.017 0.015 181 M 0.001 0.001 0.004 0.952 0.008 0.024 0.010 182 H 0.001 0.001 0.006 0.899 0.009 0.075 0.009 183 T 0.001 0.001 0.007 0.853 0.014 0.103 0.021 184 M 0.003 0.004 0.012 0.801 0.044 0.057 0.080 185 K 0.005 0.004 0.024 0.795 0.040 0.071 0.062 186 N 0.005 0.003 0.038 0.704 0.043 0.146 0.061 187 T 0.005 0.005 0.037 0.543 0.085 0.167 0.158 188 G 0.010 0.009 0.048 0.346 0.091 0.223 0.274 189 R 0.013 0.008 0.087 0.286 0.142 0.236 0.229 190 N 0.024 0.010 0.103 0.195 0.154 0.214 0.299 191 V 0.022 0.008 0.177 0.160 0.133 0.178 0.322 192 N 0.047 0.015 0.182 0.185 0.127 0.245 0.200 193 D 0.077 0.010 0.141 0.214 0.125 0.188 0.247 194 R 0.125 0.009 0.051 0.186 0.222 0.102 0.304 195 P 0.281 0.007 0.022 0.152 0.114 0.053 0.371 196 V 0.527 0.021 0.014 0.197 0.038 0.028 0.174 197 M 0.713 0.018 0.010 0.151 0.015 0.016 0.077 198 V 0.579 0.009 0.011 0.159 0.036 0.034 0.173 199 A 0.384 0.009 0.007 0.087 0.143 0.065 0.306 200 K 0.149 0.018 0.003 0.013 0.009 0.051 0.758 201 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999