# TARGET T0386 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.931 0.014 0.021 0.018 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 2 M 0.955 0.007 0.009 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.959 0.015 0.008 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 N 0.930 0.009 0.011 0.032 0.002 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 5 L 0.899 0.009 0.011 0.074 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 R 0.829 0.038 0.048 0.062 0.007 0.005 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 7 E 0.697 0.039 0.079 0.137 0.007 0.017 0.012 0.003 0.008 0.001 0.001 8 E 0.450 0.132 0.236 0.102 0.037 0.012 0.010 0.004 0.013 0.004 0.001 9 S 0.384 0.037 0.142 0.320 0.008 0.047 0.036 0.004 0.017 0.002 0.002 10 L 0.065 0.249 0.457 0.007 0.026 0.028 0.016 0.001 0.149 0.002 0.001 11 P 0.363 0.004 0.486 0.039 0.001 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.068 12 E 0.315 0.158 0.299 0.070 0.066 0.018 0.035 0.018 0.017 0.005 0.001 13 Y 0.280 0.172 0.238 0.201 0.024 0.048 0.013 0.005 0.013 0.002 0.003 14 F 0.034 0.424 0.326 0.074 0.083 0.039 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 15 D 0.007 0.136 0.611 0.002 0.069 0.110 0.001 0.001 0.057 0.006 0.001 16 T 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Y 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.960 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.845 0.005 0.011 0.127 0.001 0.003 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 28 K 0.834 0.004 0.029 0.096 0.003 0.003 0.023 0.005 0.001 0.002 0.001 29 N 0.285 0.011 0.037 0.370 0.010 0.043 0.200 0.028 0.016 0.001 0.001 30 T 0.507 0.100 0.107 0.219 0.010 0.032 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 31 F 0.360 0.139 0.217 0.106 0.026 0.088 0.023 0.005 0.031 0.005 0.001 32 E 0.649 0.053 0.098 0.145 0.010 0.021 0.011 0.004 0.007 0.002 0.001 33 W 0.602 0.083 0.096 0.134 0.026 0.012 0.019 0.004 0.021 0.003 0.001 34 A 0.388 0.035 0.228 0.276 0.015 0.010 0.028 0.008 0.006 0.006 0.001 35 G 0.082 0.009 0.038 0.035 0.054 0.002 0.089 0.563 0.001 0.127 0.001 36 Y 0.200 0.263 0.359 0.094 0.038 0.022 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 37 L 0.086 0.358 0.434 0.027 0.012 0.050 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 38 R 0.137 0.499 0.203 0.079 0.028 0.030 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 39 H 0.061 0.352 0.332 0.065 0.070 0.057 0.022 0.004 0.033 0.003 0.002 40 I 0.010 0.491 0.273 0.001 0.036 0.012 0.004 0.001 0.170 0.001 0.001 41 P 0.112 0.013 0.778 0.007 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 42 F 0.095 0.382 0.246 0.093 0.088 0.056 0.008 0.003 0.026 0.001 0.001 43 T 0.071 0.582 0.170 0.052 0.080 0.023 0.002 0.002 0.015 0.002 0.001 44 F 0.078 0.474 0.246 0.067 0.069 0.027 0.005 0.002 0.028 0.003 0.001 45 A 0.187 0.299 0.174 0.078 0.124 0.029 0.032 0.017 0.031 0.027 0.001 46 D 0.139 0.111 0.163 0.213 0.057 0.048 0.183 0.014 0.065 0.007 0.002 47 G 0.096 0.022 0.127 0.033 0.113 0.005 0.047 0.353 0.002 0.200 0.002 48 T 0.306 0.229 0.261 0.110 0.045 0.024 0.007 0.003 0.011 0.003 0.002 49 T 0.268 0.285 0.209 0.109 0.058 0.025 0.013 0.003 0.024 0.004 0.001 50 A 0.371 0.175 0.256 0.075 0.059 0.020 0.014 0.004 0.017 0.008 0.001 51 A 0.257 0.123 0.282 0.200 0.026 0.060 0.018 0.005 0.024 0.002 0.004 52 M 0.110 0.208 0.459 0.014 0.047 0.021 0.017 0.003 0.110 0.010 0.002 53 P 0.484 0.010 0.428 0.020 0.003 0.014 0.002 0.002 0.001 0.004 0.033 54 E 0.585 0.075 0.150 0.113 0.027 0.013 0.014 0.010 0.009 0.004 0.001 55 M 0.360 0.119 0.193 0.235 0.025 0.030 0.013 0.004 0.017 0.002 0.001 56 K 0.292 0.251 0.236 0.093 0.044 0.036 0.016 0.003 0.027 0.004 0.001 57 R 0.238 0.197 0.293 0.110 0.026 0.077 0.017 0.005 0.032 0.003 0.002 58 T 0.224 0.194 0.230 0.230 0.050 0.017 0.020 0.005 0.024 0.003 0.001 59 G 0.095 0.032 0.100 0.039 0.134 0.005 0.066 0.291 0.005 0.232 0.001 60 W 0.230 0.165 0.399 0.090 0.042 0.032 0.009 0.006 0.016 0.008 0.002 61 K 0.375 0.148 0.184 0.147 0.039 0.033 0.033 0.011 0.019 0.010 0.001 62 N 0.205 0.190 0.188 0.176 0.075 0.049 0.064 0.009 0.040 0.004 0.001 63 A 0.285 0.250 0.224 0.117 0.053 0.029 0.013 0.007 0.016 0.004 0.002 64 F 0.188 0.375 0.204 0.069 0.076 0.030 0.012 0.003 0.040 0.003 0.001 65 A 0.207 0.170 0.430 0.062 0.032 0.055 0.012 0.004 0.019 0.005 0.003 66 I 0.212 0.251 0.243 0.159 0.048 0.024 0.015 0.003 0.041 0.004 0.001 67 G 0.213 0.022 0.122 0.029 0.103 0.005 0.024 0.112 0.002 0.366 0.001 68 D 0.478 0.079 0.131 0.200 0.031 0.037 0.018 0.005 0.016 0.003 0.002 69 E 0.438 0.130 0.164 0.141 0.027 0.039 0.027 0.006 0.023 0.003 0.001 70 I 0.392 0.178 0.266 0.065 0.020 0.034 0.011 0.002 0.028 0.003 0.001 71 Q 0.479 0.061 0.361 0.025 0.016 0.024 0.010 0.005 0.010 0.007 0.004 72 E 0.741 0.018 0.164 0.035 0.015 0.007 0.006 0.007 0.002 0.004 0.003 73 G 0.772 0.010 0.051 0.029 0.024 0.005 0.008 0.027 0.005 0.070 0.001 74 L 0.972 0.002 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.981 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.916 0.002 0.004 0.068 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 77 L 0.965 0.001 0.003 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.972 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.974 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.973 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 K 0.918 0.002 0.004 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 N 0.706 0.013 0.017 0.230 0.003 0.006 0.014 0.005 0.005 0.001 0.001 86 N 0.682 0.026 0.034 0.076 0.010 0.027 0.128 0.006 0.009 0.003 0.001 87 L 0.725 0.038 0.040 0.164 0.005 0.013 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 88 Q 0.598 0.034 0.123 0.229 0.004 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 89 G 0.092 0.002 0.013 0.119 0.007 0.006 0.272 0.470 0.006 0.014 0.001 90 L 0.130 0.134 0.560 0.082 0.006 0.059 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 91 T 0.149 0.248 0.366 0.101 0.043 0.039 0.026 0.005 0.019 0.004 0.001 92 R 0.541 0.095 0.159 0.094 0.030 0.019 0.024 0.011 0.013 0.013 0.001 93 E 0.544 0.120 0.212 0.060 0.018 0.020 0.006 0.003 0.012 0.003 0.001 94 E 0.654 0.048 0.169 0.058 0.015 0.026 0.010 0.004 0.012 0.004 0.001 95 F 0.862 0.014 0.049 0.038 0.007 0.010 0.005 0.003 0.004 0.007 0.001 96 N 0.980 0.002 0.006 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.959 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.945 0.004 0.005 0.033 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 104 N 0.956 0.004 0.005 0.023 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 105 S 0.865 0.013 0.005 0.101 0.007 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 106 L 0.796 0.040 0.079 0.055 0.004 0.016 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 107 N 0.926 0.002 0.002 0.069 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.296 0.407 0.040 0.109 0.116 0.006 0.017 0.001 0.008 0.001 0.001 109 L 0.240 0.385 0.219 0.075 0.010 0.031 0.003 0.001 0.036 0.001 0.001 110 H 0.011 0.267 0.140 0.002 0.039 0.038 0.007 0.001 0.493 0.001 0.001 111 P 0.512 0.005 0.313 0.064 0.001 0.081 0.002 0.001 0.003 0.001 0.019 112 F 0.264 0.050 0.341 0.182 0.027 0.069 0.017 0.016 0.022 0.010 0.001 113 R 0.647 0.055 0.104 0.094 0.014 0.021 0.040 0.004 0.012 0.006 0.001 114 E 0.297 0.020 0.269 0.342 0.006 0.018 0.034 0.003 0.007 0.001 0.003 115 G 0.027 0.003 0.021 0.036 0.035 0.001 0.047 0.590 0.001 0.239 0.001 116 N 0.208 0.068 0.229 0.208 0.049 0.075 0.110 0.007 0.028 0.015 0.002 117 G 0.536 0.017 0.158 0.030 0.056 0.009 0.008 0.068 0.002 0.116 0.001 118 R 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 A 0.196 0.001 0.003 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.284 0.691 0.001 0.009 0.001 133 H 0.017 0.209 0.647 0.017 0.027 0.054 0.005 0.001 0.021 0.003 0.001 134 Q 0.048 0.126 0.636 0.021 0.012 0.114 0.015 0.001 0.020 0.001 0.005 135 L 0.146 0.314 0.416 0.029 0.026 0.048 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 136 N 0.179 0.344 0.154 0.108 0.048 0.091 0.016 0.003 0.056 0.001 0.001 137 F 0.246 0.270 0.192 0.116 0.100 0.036 0.013 0.005 0.017 0.005 0.001 138 S 0.276 0.360 0.187 0.055 0.067 0.018 0.006 0.003 0.025 0.002 0.001 139 L 0.363 0.164 0.272 0.087 0.016 0.059 0.012 0.003 0.020 0.002 0.002 140 I 0.394 0.199 0.216 0.068 0.026 0.054 0.011 0.002 0.028 0.003 0.001 141 T 0.605 0.065 0.142 0.092 0.029 0.025 0.018 0.005 0.010 0.008 0.001 142 K 0.816 0.023 0.031 0.071 0.010 0.012 0.018 0.005 0.008 0.005 0.001 143 E 0.962 0.006 0.013 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.984 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 V 0.951 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 A 0.910 0.009 0.021 0.044 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 154 E 0.709 0.026 0.029 0.198 0.005 0.014 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 155 N 0.260 0.049 0.088 0.531 0.021 0.007 0.022 0.002 0.016 0.002 0.001 156 G 0.029 0.001 0.019 0.012 0.028 0.001 0.077 0.569 0.001 0.264 0.001 157 D 0.070 0.055 0.366 0.153 0.027 0.249 0.027 0.002 0.045 0.003 0.003 158 L 0.567 0.054 0.163 0.176 0.007 0.018 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 159 E 0.721 0.039 0.155 0.005 0.022 0.003 0.009 0.005 0.018 0.023 0.001 160 P 0.859 0.001 0.105 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 161 M 0.918 0.007 0.016 0.043 0.002 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 162 Q 0.961 0.009 0.012 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 H 0.965 0.007 0.008 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.958 0.003 0.005 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 F 0.917 0.010 0.008 0.054 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 166 E 0.967 0.005 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.874 0.003 0.009 0.093 0.002 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 168 I 0.765 0.020 0.031 0.168 0.002 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 169 S 0.514 0.050 0.100 0.293 0.007 0.019 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 170 N 0.175 0.136 0.390 0.010 0.037 0.033 0.012 0.001 0.194 0.011 0.001 171 P 0.980 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 E 0.979 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.973 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 R 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 L 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 L 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 K 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 E 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 F 0.956 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 M 0.980 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 182 H 0.978 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 T 0.803 0.007 0.008 0.174 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 184 M 0.779 0.022 0.047 0.112 0.002 0.013 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 185 K 0.857 0.022 0.056 0.039 0.003 0.007 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 186 N 0.547 0.013 0.040 0.221 0.006 0.036 0.112 0.008 0.016 0.001 0.001 187 T 0.485 0.028 0.103 0.366 0.006 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 188 G 0.230 0.019 0.110 0.057 0.051 0.007 0.079 0.281 0.008 0.158 0.001 189 R 0.500 0.066 0.251 0.141 0.016 0.010 0.006 0.003 0.003 0.005 0.001 190 N 0.162 0.066 0.213 0.265 0.029 0.047 0.140 0.045 0.030 0.003 0.001 191 V 0.343 0.263 0.209 0.112 0.008 0.029 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 192 N 0.151 0.073 0.185 0.306 0.024 0.080 0.144 0.005 0.019 0.012 0.001 193 D 0.078 0.046 0.057 0.302 0.030 0.025 0.372 0.061 0.021 0.005 0.001 194 R 0.020 0.508 0.391 0.002 0.015 0.010 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 195 P 0.036 0.015 0.892 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 196 V 0.020 0.714 0.159 0.010 0.067 0.014 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 197 M 0.011 0.742 0.188 0.002 0.024 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 198 V 0.019 0.745 0.140 0.011 0.016 0.038 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 199 A 0.042 0.503 0.238 0.030 0.124 0.030 0.007 0.002 0.020 0.002 0.001 200 K 0.058 0.262 0.213 0.040 0.216 0.037 0.076 0.045 0.031 0.023 0.001 201 E 0.168 0.280 0.334 0.063 0.078 0.027 0.015 0.006 0.017 0.012 0.001