# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.040 0.068 0.025 0.008 0.057 0.006 0.008 0.687 0.071 0.017 0.013 2 M 0.032 0.032 0.011 0.005 0.055 0.005 0.005 0.762 0.067 0.015 0.010 3 I 0.028 0.040 0.011 0.004 0.046 0.006 0.011 0.776 0.061 0.009 0.007 4 N 0.031 0.020 0.007 0.004 0.037 0.004 0.009 0.764 0.087 0.026 0.011 5 L 0.014 0.034 0.013 0.011 0.028 0.010 0.016 0.689 0.141 0.036 0.009 6 R 0.017 0.046 0.014 0.007 0.037 0.007 0.033 0.627 0.157 0.045 0.010 7 E 0.017 0.031 0.014 0.012 0.028 0.024 0.115 0.425 0.161 0.155 0.018 8 E 0.042 0.210 0.095 0.026 0.107 0.018 0.065 0.213 0.091 0.100 0.033 9 S 0.062 0.163 0.082 0.029 0.096 0.028 0.051 0.161 0.124 0.149 0.055 10 L 0.048 0.237 0.110 0.020 0.156 0.020 0.050 0.158 0.102 0.069 0.030 11 P 0.057 0.099 0.036 0.025 0.091 0.043 0.076 0.133 0.189 0.213 0.037 12 E 0.032 0.280 0.242 0.038 0.134 0.019 0.024 0.078 0.075 0.060 0.018 13 Y 0.143 0.171 0.055 0.005 0.176 0.007 0.026 0.076 0.074 0.170 0.098 14 F 0.044 0.387 0.122 0.008 0.254 0.007 0.015 0.032 0.027 0.079 0.025 15 D 0.012 0.595 0.324 0.003 0.056 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.003 16 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.748 0.242 0.004 0.001 17 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.056 0.001 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.052 0.009 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.002 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.039 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.023 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.045 0.003 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.090 0.004 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.899 0.092 0.002 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.068 0.870 0.049 0.007 0.001 26 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.055 0.712 0.160 0.054 0.004 27 F 0.018 0.050 0.008 0.005 0.032 0.010 0.054 0.554 0.153 0.103 0.013 28 K 0.009 0.100 0.028 0.026 0.038 0.068 0.182 0.362 0.119 0.061 0.007 29 N 0.089 0.029 0.023 0.020 0.066 0.013 0.042 0.118 0.071 0.384 0.145 30 T 0.101 0.190 0.072 0.015 0.175 0.012 0.031 0.150 0.115 0.087 0.050 31 F 0.069 0.120 0.052 0.031 0.162 0.021 0.032 0.246 0.141 0.095 0.031 32 E 0.037 0.087 0.045 0.019 0.063 0.026 0.099 0.370 0.159 0.078 0.019 33 W 0.039 0.058 0.071 0.041 0.066 0.052 0.086 0.241 0.099 0.216 0.030 34 A 0.042 0.270 0.093 0.050 0.106 0.037 0.075 0.169 0.078 0.061 0.021 35 G 0.061 0.038 0.037 0.040 0.057 0.016 0.012 0.054 0.054 0.474 0.158 36 Y 0.104 0.338 0.094 0.013 0.297 0.007 0.014 0.055 0.027 0.029 0.022 37 L 0.251 0.165 0.052 0.008 0.394 0.005 0.008 0.035 0.016 0.021 0.044 38 R 0.069 0.227 0.110 0.053 0.233 0.046 0.077 0.101 0.037 0.027 0.020 39 H 0.199 0.143 0.065 0.025 0.236 0.019 0.021 0.061 0.041 0.116 0.073 40 I 0.061 0.274 0.123 0.064 0.167 0.039 0.045 0.094 0.056 0.049 0.029 41 P 0.134 0.150 0.068 0.028 0.222 0.020 0.027 0.074 0.064 0.125 0.089 42 F 0.183 0.181 0.053 0.018 0.296 0.011 0.018 0.062 0.057 0.063 0.058 43 T 0.155 0.216 0.097 0.021 0.298 0.013 0.022 0.064 0.030 0.038 0.047 44 F 0.120 0.126 0.091 0.080 0.150 0.061 0.061 0.117 0.062 0.074 0.057 45 A 0.040 0.155 0.145 0.164 0.084 0.077 0.055 0.099 0.058 0.090 0.032 46 D 0.073 0.119 0.106 0.086 0.105 0.035 0.032 0.103 0.089 0.175 0.078 47 G 0.091 0.129 0.081 0.041 0.143 0.027 0.033 0.136 0.124 0.130 0.064 48 T 0.103 0.148 0.066 0.028 0.191 0.020 0.041 0.156 0.107 0.089 0.050 49 T 0.107 0.158 0.080 0.031 0.185 0.019 0.034 0.122 0.093 0.120 0.051 50 A 0.063 0.225 0.160 0.056 0.140 0.034 0.058 0.122 0.059 0.056 0.029 51 A 0.090 0.204 0.144 0.036 0.151 0.021 0.030 0.110 0.065 0.096 0.054 52 M 0.061 0.217 0.155 0.049 0.126 0.025 0.037 0.143 0.081 0.072 0.033 53 P 0.050 0.160 0.111 0.054 0.112 0.035 0.043 0.186 0.120 0.097 0.031 54 E 0.058 0.103 0.067 0.031 0.102 0.018 0.036 0.225 0.156 0.157 0.048 55 M 0.104 0.134 0.058 0.014 0.156 0.014 0.033 0.169 0.109 0.152 0.057 56 K 0.081 0.294 0.132 0.021 0.209 0.013 0.026 0.102 0.049 0.045 0.030 57 R 0.121 0.196 0.089 0.025 0.200 0.027 0.049 0.135 0.061 0.055 0.042 58 T 0.061 0.164 0.151 0.080 0.126 0.046 0.063 0.139 0.069 0.070 0.031 59 G 0.062 0.103 0.097 0.108 0.092 0.064 0.070 0.118 0.072 0.158 0.056 60 W 0.065 0.162 0.120 0.096 0.128 0.035 0.033 0.095 0.076 0.134 0.057 61 K 0.090 0.144 0.066 0.031 0.156 0.029 0.047 0.117 0.112 0.147 0.062 62 N 0.160 0.179 0.064 0.016 0.281 0.010 0.014 0.058 0.068 0.088 0.062 63 A 0.172 0.153 0.052 0.018 0.278 0.015 0.036 0.081 0.067 0.067 0.060 64 F 0.118 0.257 0.123 0.020 0.291 0.008 0.014 0.043 0.035 0.053 0.037 65 A 0.134 0.217 0.101 0.026 0.266 0.022 0.035 0.066 0.040 0.046 0.048 66 I 0.093 0.245 0.141 0.039 0.235 0.023 0.029 0.056 0.042 0.058 0.038 67 G 0.105 0.190 0.105 0.040 0.202 0.021 0.030 0.093 0.078 0.082 0.054 68 D 0.100 0.168 0.077 0.019 0.221 0.017 0.042 0.117 0.092 0.101 0.046 69 E 0.093 0.192 0.091 0.025 0.197 0.013 0.030 0.084 0.089 0.133 0.053 70 I 0.037 0.332 0.296 0.031 0.137 0.013 0.027 0.057 0.029 0.027 0.014 71 Q 0.041 0.381 0.299 0.016 0.119 0.009 0.015 0.052 0.026 0.021 0.020 72 E 0.039 0.308 0.204 0.031 0.099 0.038 0.049 0.116 0.048 0.034 0.034 73 G 0.047 0.380 0.270 0.025 0.106 0.006 0.007 0.053 0.027 0.049 0.030 74 L 0.019 0.061 0.020 0.008 0.047 0.010 0.013 0.499 0.268 0.045 0.011 75 Q 0.003 0.018 0.007 0.005 0.007 0.012 0.032 0.727 0.164 0.021 0.004 76 R 0.007 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.021 0.644 0.136 0.144 0.009 77 L 0.004 0.017 0.010 0.002 0.005 0.001 0.003 0.775 0.132 0.047 0.004 78 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.878 0.103 0.004 0.001 79 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.924 0.053 0.002 0.001 80 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.909 0.061 0.017 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.084 0.016 0.001 82 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.931 0.053 0.003 0.001 83 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.923 0.049 0.014 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.902 0.078 0.007 0.001 85 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.861 0.101 0.014 0.002 86 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.804 0.137 0.027 0.003 87 L 0.004 0.006 0.002 0.002 0.008 0.004 0.056 0.733 0.128 0.053 0.003 88 Q 0.012 0.175 0.045 0.007 0.064 0.016 0.084 0.382 0.147 0.062 0.007 89 G 0.054 0.038 0.016 0.014 0.042 0.015 0.060 0.230 0.123 0.332 0.077 90 L 0.039 0.118 0.058 0.024 0.077 0.028 0.084 0.196 0.139 0.189 0.047 91 T 0.032 0.194 0.066 0.029 0.094 0.027 0.048 0.205 0.157 0.111 0.035 92 R 0.077 0.095 0.047 0.015 0.088 0.014 0.036 0.194 0.169 0.212 0.052 93 E 0.035 0.121 0.087 0.031 0.072 0.033 0.055 0.292 0.140 0.112 0.022 94 E 0.020 0.172 0.112 0.017 0.065 0.008 0.019 0.454 0.094 0.027 0.014 95 F 0.006 0.045 0.013 0.001 0.013 0.001 0.005 0.727 0.156 0.030 0.003 96 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.874 0.116 0.005 0.001 97 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.051 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.042 0.002 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.056 0.001 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.059 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.036 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.953 0.036 0.002 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.898 0.090 0.003 0.001 104 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.865 0.104 0.003 0.001 105 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.056 0.839 0.075 0.013 0.001 106 L 0.022 0.008 0.002 0.002 0.022 0.010 0.075 0.664 0.168 0.021 0.006 107 N 0.017 0.019 0.003 0.008 0.033 0.018 0.121 0.517 0.209 0.041 0.014 108 Q 0.024 0.019 0.004 0.004 0.045 0.018 0.181 0.475 0.130 0.089 0.009 109 L 0.071 0.112 0.035 0.026 0.186 0.070 0.154 0.115 0.078 0.122 0.032 110 H 0.328 0.087 0.019 0.006 0.398 0.003 0.007 0.024 0.016 0.021 0.089 111 P 0.029 0.082 0.016 0.009 0.088 0.014 0.049 0.281 0.290 0.123 0.019 112 F 0.100 0.087 0.036 0.015 0.142 0.023 0.058 0.143 0.089 0.254 0.051 113 R 0.072 0.124 0.086 0.060 0.118 0.064 0.086 0.138 0.088 0.112 0.053 114 E 0.035 0.124 0.117 0.108 0.055 0.088 0.091 0.184 0.082 0.084 0.032 115 G 0.017 0.028 0.069 0.076 0.024 0.083 0.064 0.232 0.146 0.237 0.024 116 N 0.022 0.278 0.173 0.105 0.059 0.079 0.060 0.115 0.039 0.055 0.014 117 G 0.016 0.035 0.087 0.100 0.024 0.037 0.016 0.250 0.098 0.270 0.068 118 R 0.027 0.099 0.026 0.001 0.064 0.002 0.008 0.642 0.099 0.019 0.012 119 T 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.856 0.113 0.008 0.003 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.072 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.041 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.027 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.965 0.031 0.002 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.959 0.033 0.002 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.042 0.001 0.001 128 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.936 0.050 0.004 0.001 129 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.825 0.119 0.009 0.001 130 A 0.001 0.014 0.004 0.002 0.003 0.006 0.135 0.718 0.095 0.021 0.001 131 A 0.001 0.733 0.221 0.004 0.024 0.002 0.003 0.004 0.002 0.006 0.001 132 G 0.075 0.009 0.007 0.010 0.013 0.003 0.004 0.006 0.013 0.471 0.389 133 H 0.034 0.497 0.251 0.014 0.147 0.005 0.006 0.010 0.010 0.014 0.013 134 Q 0.082 0.399 0.081 0.013 0.305 0.008 0.016 0.028 0.018 0.015 0.035 135 L 0.238 0.160 0.044 0.007 0.336 0.014 0.015 0.037 0.045 0.039 0.064 136 N 0.105 0.138 0.056 0.022 0.289 0.033 0.067 0.124 0.073 0.054 0.038 137 F 0.176 0.084 0.040 0.016 0.208 0.012 0.018 0.097 0.094 0.158 0.097 138 S 0.086 0.230 0.069 0.018 0.276 0.016 0.029 0.122 0.075 0.051 0.027 139 L 0.137 0.124 0.039 0.012 0.200 0.013 0.024 0.147 0.096 0.132 0.076 140 I 0.070 0.202 0.076 0.020 0.159 0.018 0.038 0.204 0.106 0.070 0.038 141 T 0.032 0.174 0.068 0.025 0.066 0.025 0.044 0.325 0.123 0.089 0.031 142 K 0.066 0.090 0.047 0.012 0.088 0.007 0.016 0.391 0.124 0.119 0.041 143 E 0.008 0.024 0.010 0.004 0.014 0.005 0.008 0.733 0.159 0.028 0.007 144 R 0.003 0.009 0.003 0.002 0.007 0.003 0.009 0.881 0.073 0.009 0.002 145 M 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.914 0.056 0.011 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.053 0.009 0.001 147 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.951 0.040 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.035 0.003 0.001 149 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.049 0.005 0.001 150 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.899 0.089 0.005 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.891 0.090 0.004 0.001 152 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 0.815 0.109 0.035 0.001 153 A 0.015 0.037 0.014 0.002 0.030 0.005 0.067 0.580 0.182 0.057 0.011 154 E 0.023 0.018 0.008 0.007 0.020 0.016 0.096 0.415 0.184 0.189 0.024 155 N 0.014 0.453 0.165 0.028 0.100 0.022 0.059 0.099 0.029 0.025 0.006 156 G 0.030 0.056 0.029 0.038 0.033 0.060 0.061 0.084 0.098 0.394 0.117 157 D 0.167 0.116 0.055 0.018 0.219 0.011 0.022 0.073 0.078 0.151 0.090 158 L 0.077 0.158 0.054 0.017 0.134 0.013 0.018 0.131 0.141 0.202 0.054 159 E 0.039 0.255 0.136 0.028 0.140 0.017 0.031 0.231 0.075 0.031 0.017 160 P 0.038 0.081 0.024 0.004 0.062 0.004 0.013 0.527 0.168 0.053 0.025 161 M 0.010 0.020 0.014 0.004 0.021 0.004 0.015 0.727 0.144 0.036 0.005 162 Q 0.007 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.828 0.122 0.012 0.003 163 H 0.004 0.007 0.003 0.003 0.007 0.005 0.013 0.861 0.089 0.008 0.002 164 L 0.005 0.010 0.004 0.002 0.010 0.003 0.012 0.867 0.068 0.017 0.003 165 F 0.007 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.007 0.778 0.133 0.050 0.006 166 E 0.003 0.025 0.008 0.005 0.011 0.005 0.015 0.791 0.123 0.013 0.002 167 D 0.004 0.014 0.006 0.005 0.008 0.010 0.043 0.729 0.125 0.050 0.006 168 I 0.012 0.017 0.006 0.003 0.024 0.008 0.061 0.700 0.104 0.055 0.010 169 S 0.018 0.030 0.010 0.004 0.024 0.007 0.020 0.602 0.149 0.116 0.020 170 N 0.018 0.051 0.021 0.007 0.035 0.005 0.008 0.691 0.113 0.039 0.011 171 P 0.002 0.009 0.004 0.002 0.005 0.004 0.014 0.845 0.100 0.013 0.002 172 E 0.003 0.009 0.004 0.001 0.007 0.003 0.021 0.850 0.079 0.019 0.002 173 K 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.007 0.855 0.093 0.026 0.003 174 I 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.003 0.007 0.870 0.081 0.015 0.003 175 R 0.002 0.008 0.003 0.002 0.006 0.003 0.011 0.889 0.062 0.013 0.003 176 L 0.003 0.006 0.003 0.001 0.005 0.002 0.012 0.900 0.055 0.011 0.002 177 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.861 0.102 0.019 0.002 178 K 0.002 0.008 0.003 0.002 0.004 0.004 0.009 0.890 0.070 0.006 0.001 179 E 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.011 0.871 0.071 0.024 0.003 180 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.002 0.011 0.860 0.091 0.020 0.002 181 M 0.003 0.008 0.002 0.001 0.006 0.003 0.011 0.821 0.128 0.016 0.002 182 H 0.003 0.011 0.005 0.004 0.007 0.009 0.038 0.802 0.100 0.018 0.003 183 T 0.009 0.010 0.008 0.007 0.010 0.007 0.026 0.654 0.124 0.131 0.014 184 M 0.022 0.035 0.013 0.005 0.042 0.006 0.022 0.592 0.177 0.071 0.015 185 K 0.011 0.045 0.012 0.006 0.030 0.014 0.054 0.656 0.145 0.019 0.006 186 N 0.038 0.023 0.012 0.011 0.047 0.022 0.097 0.497 0.116 0.115 0.021 187 T 0.045 0.154 0.095 0.031 0.087 0.024 0.049 0.306 0.103 0.087 0.022 188 G 0.059 0.087 0.052 0.023 0.079 0.016 0.018 0.354 0.145 0.127 0.040 189 R 0.031 0.096 0.036 0.019 0.062 0.036 0.084 0.441 0.132 0.049 0.016 190 N 0.071 0.084 0.065 0.027 0.098 0.021 0.031 0.264 0.108 0.181 0.049 191 V 0.071 0.079 0.027 0.017 0.107 0.022 0.034 0.353 0.194 0.071 0.025 192 N 0.032 0.074 0.044 0.037 0.064 0.033 0.069 0.390 0.163 0.079 0.015 193 D 0.062 0.047 0.026 0.023 0.073 0.019 0.041 0.193 0.139 0.309 0.067 194 R 0.097 0.252 0.060 0.021 0.253 0.017 0.021 0.133 0.073 0.048 0.027 195 P 0.199 0.056 0.012 0.010 0.241 0.014 0.035 0.145 0.088 0.110 0.090 196 V 0.229 0.115 0.012 0.004 0.460 0.005 0.012 0.063 0.027 0.038 0.035 197 M 0.230 0.123 0.020 0.006 0.492 0.006 0.012 0.041 0.015 0.019 0.036 198 V 0.300 0.105 0.042 0.017 0.361 0.014 0.013 0.037 0.015 0.024 0.075 199 A 0.090 0.192 0.097 0.077 0.180 0.035 0.046 0.091 0.062 0.081 0.049 200 K 0.053 0.129 0.170 0.115 0.093 0.044 0.044 0.113 0.087 0.108 0.044 201 E 0.074 0.164 0.117 0.042 0.142 0.037 0.054 0.170 0.095 0.065 0.039