# TARGET T0386 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 244 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.472 0.205 0.144 0.097 0.052 0.026 0.004 2 M 0.344 0.156 0.138 0.146 0.126 0.079 0.011 3 I 0.356 0.197 0.119 0.128 0.119 0.068 0.011 4 N 0.378 0.190 0.137 0.127 0.096 0.061 0.011 5 L 0.389 0.184 0.135 0.132 0.095 0.054 0.009 6 R 0.451 0.216 0.125 0.102 0.069 0.033 0.005 7 E 0.585 0.186 0.110 0.073 0.035 0.010 0.001 8 E 0.590 0.204 0.098 0.064 0.032 0.012 0.001 9 S 0.574 0.235 0.108 0.060 0.019 0.005 0.001 10 L 0.558 0.227 0.116 0.068 0.026 0.005 0.001 11 P 0.627 0.231 0.090 0.040 0.011 0.002 0.001 12 E 0.465 0.279 0.139 0.087 0.025 0.005 0.001 13 Y 0.374 0.310 0.166 0.098 0.040 0.011 0.001 14 F 0.104 0.105 0.162 0.275 0.259 0.088 0.007 15 D 0.107 0.274 0.263 0.219 0.105 0.030 0.002 16 T 0.047 0.192 0.298 0.284 0.147 0.029 0.002 17 A 0.177 0.450 0.237 0.101 0.029 0.006 0.001 18 Y 0.007 0.043 0.152 0.308 0.334 0.144 0.013 19 L 0.001 0.004 0.014 0.074 0.309 0.522 0.075 20 C 0.005 0.103 0.302 0.359 0.186 0.041 0.003 21 H 0.008 0.109 0.296 0.367 0.162 0.055 0.004 22 I 0.001 0.001 0.001 0.011 0.127 0.672 0.187 23 H 0.001 0.001 0.005 0.048 0.248 0.579 0.119 24 Q 0.004 0.092 0.321 0.357 0.170 0.053 0.004 25 Q 0.002 0.017 0.131 0.429 0.333 0.084 0.004 26 L 0.001 0.001 0.002 0.015 0.142 0.679 0.159 27 F 0.006 0.031 0.090 0.271 0.381 0.206 0.015 28 K 0.056 0.362 0.314 0.187 0.065 0.015 0.001 29 N 0.026 0.148 0.312 0.350 0.136 0.026 0.002 30 T 0.064 0.137 0.156 0.240 0.265 0.128 0.010 31 F 0.180 0.248 0.216 0.204 0.113 0.036 0.003 32 E 0.306 0.404 0.183 0.077 0.023 0.006 0.001 33 W 0.217 0.227 0.234 0.196 0.097 0.027 0.003 34 A 0.180 0.194 0.198 0.193 0.155 0.073 0.008 35 G 0.258 0.240 0.181 0.168 0.105 0.043 0.005 36 Y 0.136 0.248 0.242 0.212 0.114 0.043 0.005 37 L 0.038 0.066 0.114 0.228 0.300 0.222 0.032 38 R 0.066 0.124 0.203 0.272 0.225 0.098 0.012 39 H 0.235 0.265 0.204 0.163 0.091 0.037 0.005 40 I 0.177 0.199 0.196 0.210 0.149 0.062 0.007 41 P 0.242 0.229 0.182 0.162 0.112 0.063 0.010 42 F 0.110 0.147 0.185 0.223 0.192 0.121 0.023 43 T 0.116 0.136 0.164 0.211 0.214 0.136 0.023 44 F 0.134 0.152 0.175 0.203 0.178 0.127 0.031 45 A 0.225 0.164 0.145 0.169 0.154 0.108 0.034 46 D 0.270 0.227 0.171 0.139 0.098 0.066 0.029 47 G 0.197 0.146 0.146 0.171 0.158 0.124 0.057 48 T 0.194 0.189 0.173 0.165 0.140 0.099 0.040 49 T 0.189 0.180 0.178 0.180 0.138 0.101 0.033 50 A 0.163 0.168 0.159 0.185 0.164 0.119 0.043 51 A 0.158 0.172 0.154 0.158 0.156 0.146 0.055 52 M 0.135 0.147 0.144 0.181 0.167 0.152 0.073 53 P 0.269 0.204 0.168 0.145 0.112 0.080 0.023 54 E 0.237 0.228 0.182 0.157 0.107 0.069 0.020 55 M 0.178 0.162 0.162 0.189 0.172 0.113 0.025 56 K 0.198 0.205 0.193 0.179 0.134 0.075 0.015 57 R 0.229 0.219 0.204 0.174 0.104 0.058 0.012 58 T 0.346 0.235 0.151 0.133 0.083 0.043 0.009 59 G 0.365 0.223 0.163 0.118 0.076 0.044 0.010 60 W 0.279 0.178 0.153 0.174 0.132 0.070 0.014 61 K 0.376 0.243 0.152 0.114 0.072 0.036 0.007 62 N 0.322 0.214 0.163 0.149 0.094 0.047 0.010 63 A 0.272 0.197 0.155 0.165 0.129 0.069 0.013 64 F 0.180 0.176 0.173 0.189 0.161 0.098 0.023 65 A 0.170 0.169 0.185 0.200 0.163 0.093 0.020 66 I 0.175 0.188 0.181 0.191 0.152 0.094 0.020 67 G 0.150 0.144 0.148 0.197 0.192 0.134 0.034 68 D 0.187 0.190 0.169 0.168 0.151 0.106 0.030 69 E 0.158 0.163 0.167 0.203 0.175 0.109 0.026 70 I 0.146 0.173 0.165 0.198 0.172 0.117 0.030 71 Q 0.161 0.169 0.167 0.203 0.167 0.108 0.024 72 E 0.236 0.238 0.170 0.155 0.120 0.066 0.016 73 G 0.163 0.278 0.231 0.187 0.097 0.036 0.007 74 L 0.070 0.163 0.227 0.261 0.181 0.084 0.013 75 Q 0.364 0.348 0.162 0.077 0.033 0.013 0.002 76 R 0.095 0.293 0.303 0.195 0.080 0.027 0.006 77 L 0.006 0.016 0.043 0.151 0.385 0.361 0.038 78 D 0.018 0.121 0.276 0.321 0.198 0.061 0.006 79 Q 0.118 0.462 0.270 0.104 0.033 0.012 0.001 80 T 0.005 0.036 0.147 0.342 0.347 0.116 0.006 81 L 0.003 0.008 0.027 0.125 0.386 0.417 0.035 82 A 0.087 0.358 0.320 0.171 0.052 0.012 0.001 83 E 0.130 0.370 0.302 0.143 0.045 0.009 0.001 84 K 0.013 0.035 0.071 0.211 0.385 0.268 0.017 85 N 0.043 0.102 0.224 0.318 0.230 0.079 0.004 86 N 0.321 0.365 0.179 0.089 0.034 0.011 0.001 87 L 0.144 0.203 0.221 0.227 0.152 0.049 0.003 88 Q 0.123 0.141 0.215 0.294 0.176 0.049 0.003 89 G 0.433 0.335 0.144 0.061 0.021 0.005 0.001 90 L 0.353 0.300 0.183 0.121 0.037 0.006 0.001 91 T 0.466 0.286 0.138 0.076 0.027 0.005 0.001 92 R 0.248 0.296 0.225 0.145 0.067 0.018 0.002 93 E 0.086 0.193 0.232 0.277 0.170 0.039 0.003 94 E 0.062 0.225 0.270 0.270 0.137 0.033 0.003 95 F 0.006 0.025 0.074 0.216 0.389 0.264 0.026 96 N 0.001 0.004 0.010 0.041 0.201 0.551 0.191 97 S 0.005 0.032 0.093 0.257 0.351 0.228 0.034 98 E 0.001 0.010 0.051 0.184 0.318 0.353 0.083 99 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.054 0.418 0.519 100 I 0.001 0.001 0.004 0.019 0.093 0.397 0.486 101 E 0.002 0.016 0.057 0.177 0.244 0.338 0.166 102 L 0.001 0.003 0.008 0.041 0.132 0.371 0.444 103 F 0.001 0.001 0.002 0.009 0.048 0.311 0.629 104 N 0.001 0.004 0.013 0.057 0.214 0.473 0.238 105 S 0.002 0.018 0.064 0.183 0.337 0.281 0.114 106 L 0.002 0.005 0.010 0.030 0.100 0.389 0.464 107 N 0.004 0.024 0.058 0.155 0.246 0.331 0.182 108 Q 0.005 0.026 0.070 0.166 0.227 0.318 0.188 109 L 0.002 0.004 0.010 0.040 0.144 0.364 0.435 110 H 0.004 0.008 0.015 0.036 0.108 0.310 0.519 111 P 0.017 0.019 0.030 0.055 0.105 0.252 0.521 112 F 0.026 0.049 0.063 0.099 0.133 0.251 0.379 113 R 0.026 0.064 0.094 0.161 0.195 0.230 0.230 114 E 0.029 0.060 0.084 0.138 0.214 0.242 0.233 115 G 0.030 0.052 0.073 0.128 0.175 0.251 0.292 116 N 0.020 0.022 0.036 0.069 0.124 0.274 0.455 117 G 0.029 0.035 0.042 0.080 0.162 0.304 0.348 118 R 0.014 0.032 0.059 0.144 0.214 0.277 0.260 119 T 0.002 0.005 0.011 0.031 0.094 0.299 0.557 120 Q 0.001 0.001 0.003 0.013 0.048 0.244 0.691 121 R 0.001 0.002 0.005 0.022 0.108 0.329 0.534 122 L 0.001 0.004 0.011 0.037 0.123 0.372 0.451 123 F 0.001 0.002 0.003 0.013 0.035 0.194 0.752 124 F 0.001 0.002 0.002 0.008 0.022 0.191 0.774 125 E 0.001 0.003 0.009 0.041 0.125 0.443 0.379 126 N 0.002 0.012 0.029 0.093 0.278 0.428 0.158 127 L 0.001 0.004 0.018 0.088 0.260 0.473 0.156 128 A 0.003 0.014 0.037 0.108 0.293 0.446 0.101 129 K 0.017 0.101 0.183 0.317 0.258 0.113 0.011 130 A 0.098 0.283 0.249 0.218 0.115 0.034 0.003 131 A 0.105 0.198 0.302 0.260 0.107 0.027 0.002 132 G 0.363 0.341 0.163 0.083 0.038 0.012 0.001 133 H 0.117 0.191 0.242 0.257 0.148 0.041 0.004 134 Q 0.242 0.276 0.226 0.154 0.074 0.026 0.002 135 L 0.075 0.070 0.111 0.196 0.276 0.234 0.037 136 N 0.109 0.133 0.150 0.220 0.226 0.140 0.022 137 F 0.095 0.117 0.155 0.210 0.220 0.168 0.035 138 S 0.076 0.093 0.115 0.196 0.254 0.214 0.053 139 L 0.118 0.218 0.216 0.210 0.142 0.080 0.016 140 I 0.174 0.193 0.180 0.203 0.156 0.080 0.013 141 T 0.256 0.262 0.179 0.142 0.098 0.052 0.012 142 K 0.170 0.248 0.239 0.192 0.103 0.041 0.007 143 E 0.153 0.245 0.238 0.190 0.117 0.050 0.008 144 R 0.330 0.383 0.175 0.071 0.027 0.011 0.002 145 M 0.054 0.172 0.265 0.266 0.171 0.063 0.009 146 M 0.010 0.029 0.071 0.200 0.378 0.282 0.030 147 V 0.051 0.195 0.300 0.271 0.135 0.045 0.003 148 A 0.094 0.290 0.309 0.200 0.081 0.024 0.002 149 S 0.016 0.031 0.057 0.170 0.368 0.329 0.029 150 V 0.013 0.032 0.102 0.268 0.345 0.218 0.021 151 A 0.182 0.328 0.242 0.149 0.068 0.027 0.003 152 V 0.141 0.281 0.245 0.190 0.104 0.035 0.003 153 A 0.054 0.090 0.167 0.292 0.267 0.119 0.011 154 E 0.309 0.315 0.198 0.115 0.049 0.013 0.001 155 N 0.412 0.296 0.160 0.095 0.031 0.006 0.001 156 G 0.582 0.251 0.098 0.049 0.016 0.004 0.001 157 D 0.471 0.286 0.141 0.068 0.027 0.007 0.001 158 L 0.157 0.160 0.194 0.247 0.176 0.059 0.006 159 E 0.293 0.284 0.199 0.134 0.065 0.022 0.003 160 P 0.182 0.231 0.213 0.202 0.120 0.045 0.006 161 M 0.051 0.067 0.095 0.189 0.299 0.261 0.038 162 Q 0.049 0.103 0.154 0.240 0.251 0.174 0.028 163 H 0.120 0.201 0.230 0.215 0.140 0.080 0.014 164 L 0.060 0.094 0.137 0.236 0.265 0.182 0.026 165 F 0.036 0.035 0.048 0.115 0.251 0.410 0.104 166 E 0.071 0.139 0.172 0.243 0.219 0.133 0.024 167 D 0.147 0.303 0.242 0.170 0.093 0.040 0.006 168 I 0.053 0.095 0.168 0.267 0.257 0.140 0.021 169 S 0.085 0.108 0.130 0.207 0.249 0.195 0.025 170 N 0.256 0.282 0.197 0.152 0.079 0.031 0.004 171 P 0.429 0.321 0.142 0.068 0.029 0.011 0.002 172 E 0.182 0.202 0.204 0.208 0.138 0.057 0.009 173 K 0.153 0.172 0.187 0.207 0.178 0.093 0.010 174 I 0.299 0.274 0.185 0.140 0.072 0.027 0.003 175 R 0.334 0.315 0.186 0.101 0.044 0.017 0.002 176 L 0.086 0.108 0.162 0.259 0.251 0.122 0.012 177 L 0.091 0.114 0.168 0.236 0.240 0.135 0.015 178 K 0.374 0.307 0.162 0.096 0.043 0.015 0.002 179 E 0.332 0.324 0.190 0.101 0.040 0.012 0.001 180 F 0.100 0.120 0.165 0.247 0.236 0.120 0.012 181 M 0.158 0.183 0.220 0.233 0.151 0.050 0.004 182 H 0.518 0.287 0.114 0.054 0.021 0.006 0.001 183 T 0.394 0.266 0.175 0.109 0.043 0.012 0.001 184 M 0.193 0.138 0.156 0.226 0.201 0.081 0.006 185 K 0.456 0.271 0.145 0.082 0.034 0.011 0.001 186 N 0.560 0.260 0.107 0.050 0.018 0.005 0.001 187 T 0.355 0.233 0.168 0.139 0.077 0.027 0.002 188 G 0.370 0.230 0.172 0.138 0.068 0.021 0.002 189 R 0.586 0.241 0.102 0.050 0.017 0.004 0.001 190 N 0.675 0.209 0.072 0.032 0.010 0.002 0.001 191 V 0.473 0.211 0.138 0.112 0.052 0.013 0.001 192 N 0.596 0.223 0.106 0.052 0.019 0.004 0.001 193 D 0.610 0.231 0.097 0.044 0.014 0.003 0.001 194 R 0.406 0.189 0.151 0.143 0.082 0.027 0.002 195 P 0.346 0.217 0.182 0.141 0.083 0.028 0.003 196 V 0.323 0.174 0.146 0.162 0.132 0.058 0.005 197 M 0.314 0.228 0.187 0.145 0.087 0.036 0.003 198 V 0.324 0.170 0.149 0.181 0.127 0.047 0.003 199 A 0.431 0.230 0.150 0.114 0.057 0.016 0.001 200 K 0.668 0.180 0.084 0.047 0.016 0.004 0.001 201 E 0.780 0.150 0.043 0.018 0.007 0.002 0.001