# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.008 0.001 0.013 0.874 0.035 0.070 2 M 0.005 0.001 0.011 0.924 0.020 0.038 3 I 0.008 0.001 0.015 0.904 0.029 0.043 4 N 0.006 0.002 0.018 0.907 0.032 0.035 5 L 0.005 0.001 0.017 0.923 0.029 0.026 6 R 0.003 0.001 0.020 0.932 0.023 0.021 7 E 0.003 0.001 0.069 0.887 0.028 0.012 8 E 0.004 0.001 0.055 0.866 0.043 0.032 9 S 0.004 0.004 0.064 0.734 0.075 0.119 10 L 0.006 0.009 0.022 0.117 0.261 0.585 11 P 0.010 0.004 0.061 0.053 0.372 0.501 12 E 0.025 0.007 0.057 0.027 0.432 0.451 13 Y 0.038 0.033 0.053 0.034 0.393 0.449 14 F 0.030 0.033 0.006 0.022 0.216 0.693 15 D 0.012 0.008 0.001 0.016 0.074 0.889 16 T 0.001 0.001 0.007 0.983 0.005 0.004 17 A 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 26 L 0.001 0.001 0.005 0.974 0.010 0.010 27 F 0.001 0.002 0.018 0.914 0.054 0.012 28 K 0.001 0.001 0.031 0.800 0.131 0.035 29 N 0.003 0.002 0.045 0.367 0.382 0.201 30 T 0.014 0.014 0.070 0.127 0.551 0.223 31 F 0.049 0.021 0.111 0.120 0.418 0.281 32 E 0.079 0.020 0.161 0.154 0.361 0.225 33 W 0.094 0.017 0.170 0.124 0.414 0.181 34 A 0.104 0.008 0.071 0.147 0.431 0.239 35 G 0.192 0.012 0.067 0.089 0.349 0.291 36 Y 0.546 0.022 0.023 0.044 0.165 0.199 37 L 0.754 0.026 0.013 0.024 0.061 0.123 38 R 0.705 0.013 0.010 0.017 0.082 0.172 39 H 0.564 0.010 0.008 0.008 0.124 0.287 40 I 0.401 0.014 0.009 0.007 0.187 0.382 41 P 0.348 0.013 0.015 0.010 0.214 0.400 42 F 0.435 0.021 0.025 0.014 0.215 0.290 43 T 0.522 0.032 0.020 0.020 0.190 0.216 44 F 0.540 0.038 0.021 0.027 0.177 0.197 45 A 0.373 0.021 0.018 0.034 0.315 0.240 46 D 0.195 0.012 0.022 0.032 0.412 0.328 47 G 0.166 0.017 0.025 0.030 0.421 0.341 48 T 0.208 0.030 0.036 0.035 0.324 0.366 49 T 0.233 0.026 0.111 0.061 0.294 0.274 50 A 0.355 0.018 0.114 0.068 0.218 0.227 51 A 0.447 0.035 0.084 0.123 0.134 0.176 52 M 0.382 0.027 0.077 0.139 0.236 0.139 53 P 0.321 0.018 0.103 0.159 0.274 0.125 54 E 0.181 0.015 0.106 0.195 0.361 0.141 55 M 0.163 0.038 0.080 0.133 0.428 0.156 56 K 0.146 0.026 0.081 0.114 0.425 0.209 57 R 0.096 0.018 0.073 0.138 0.484 0.189 58 T 0.054 0.010 0.062 0.162 0.461 0.251 59 G 0.093 0.007 0.012 0.015 0.391 0.482 60 W 0.310 0.022 0.023 0.047 0.203 0.395 61 K 0.495 0.047 0.027 0.059 0.126 0.246 62 N 0.493 0.030 0.037 0.035 0.163 0.241 63 A 0.410 0.020 0.034 0.022 0.210 0.304 64 F 0.249 0.035 0.040 0.027 0.225 0.424 65 A 0.113 0.035 0.024 0.020 0.274 0.534 66 I 0.037 0.017 0.049 0.070 0.320 0.508 67 G 0.003 0.003 0.260 0.419 0.166 0.149 68 D 0.001 0.001 0.339 0.557 0.079 0.023 69 E 0.001 0.001 0.395 0.546 0.050 0.007 70 I 0.001 0.001 0.087 0.865 0.035 0.013 71 Q 0.001 0.001 0.023 0.957 0.014 0.006 72 E 0.001 0.001 0.027 0.943 0.022 0.007 73 G 0.001 0.001 0.015 0.954 0.020 0.010 74 L 0.001 0.001 0.008 0.964 0.018 0.009 75 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.004 76 R 0.001 0.001 0.005 0.978 0.010 0.006 77 L 0.001 0.001 0.008 0.967 0.015 0.009 78 D 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.003 79 Q 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.003 80 T 0.001 0.001 0.004 0.977 0.007 0.011 81 L 0.001 0.001 0.007 0.967 0.010 0.015 82 A 0.001 0.001 0.007 0.955 0.018 0.017 83 E 0.002 0.001 0.010 0.901 0.040 0.047 84 K 0.002 0.002 0.017 0.806 0.074 0.098 85 N 0.005 0.004 0.047 0.552 0.194 0.199 86 N 0.008 0.005 0.071 0.328 0.307 0.280 87 L 0.006 0.006 0.199 0.350 0.320 0.119 88 Q 0.006 0.004 0.180 0.306 0.379 0.126 89 G 0.006 0.003 0.112 0.224 0.436 0.219 90 L 0.019 0.019 0.061 0.151 0.410 0.341 91 T 0.024 0.020 0.022 0.108 0.257 0.568 92 R 0.008 0.004 0.083 0.499 0.202 0.204 93 E 0.007 0.003 0.046 0.673 0.123 0.148 94 E 0.005 0.004 0.028 0.788 0.088 0.089 95 F 0.001 0.001 0.017 0.937 0.020 0.024 96 N 0.001 0.001 0.012 0.947 0.016 0.023 97 S 0.001 0.001 0.009 0.978 0.007 0.006 98 E 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.003 99 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 100 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 102 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 103 F 0.002 0.001 0.004 0.980 0.010 0.004 104 N 0.005 0.001 0.009 0.954 0.024 0.007 105 S 0.012 0.001 0.011 0.926 0.037 0.013 106 L 0.019 0.001 0.012 0.930 0.025 0.013 107 N 0.024 0.001 0.014 0.928 0.023 0.012 108 Q 0.041 0.002 0.010 0.891 0.031 0.026 109 L 0.086 0.011 0.010 0.685 0.057 0.150 110 H 0.113 0.009 0.010 0.072 0.191 0.605 111 P 0.047 0.016 0.016 0.021 0.327 0.573 112 F 0.058 0.029 0.053 0.017 0.600 0.244 113 R 0.029 0.015 0.084 0.028 0.689 0.155 114 E 0.017 0.012 0.143 0.051 0.640 0.137 115 G 0.019 0.009 0.105 0.060 0.645 0.163 116 N 0.027 0.014 0.022 0.147 0.419 0.372 117 G 0.022 0.017 0.003 0.213 0.136 0.609 118 R 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 119 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.002 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 121 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 124 F 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 126 N 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 127 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 128 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.004 0.001 129 K 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 130 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 131 A 0.001 0.001 0.004 0.959 0.008 0.028 132 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.977 133 H 0.007 0.003 0.001 0.001 0.070 0.917 134 Q 0.090 0.011 0.003 0.001 0.101 0.794 135 L 0.308 0.076 0.007 0.004 0.081 0.526 136 N 0.300 0.014 0.010 0.010 0.135 0.531 137 F 0.206 0.004 0.195 0.035 0.213 0.347 138 S 0.253 0.006 0.127 0.038 0.215 0.361 139 L 0.210 0.017 0.207 0.032 0.232 0.302 140 I 0.105 0.026 0.015 0.025 0.199 0.630 141 T 0.037 0.014 0.002 0.017 0.067 0.863 142 K 0.001 0.001 0.013 0.974 0.007 0.006 143 E 0.001 0.001 0.012 0.977 0.007 0.002 144 R 0.001 0.001 0.011 0.980 0.007 0.001 145 M 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 147 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 149 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 150 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.006 0.001 151 A 0.002 0.001 0.004 0.979 0.008 0.005 152 V 0.003 0.002 0.006 0.928 0.027 0.033 153 A 0.005 0.006 0.014 0.850 0.099 0.026 154 E 0.005 0.004 0.015 0.693 0.224 0.058 155 N 0.002 0.002 0.020 0.334 0.467 0.174 156 G 0.004 0.004 0.012 0.042 0.539 0.398 157 D 0.009 0.009 0.006 0.023 0.208 0.746 158 L 0.013 0.016 0.017 0.553 0.137 0.264 159 E 0.006 0.004 0.006 0.838 0.046 0.100 160 P 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.007 161 M 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 163 H 0.001 0.001 0.008 0.985 0.004 0.002 164 L 0.001 0.001 0.008 0.982 0.007 0.003 165 F 0.001 0.001 0.006 0.983 0.007 0.002 166 E 0.001 0.001 0.022 0.956 0.017 0.004 167 D 0.001 0.001 0.028 0.927 0.031 0.013 168 I 0.002 0.002 0.047 0.697 0.095 0.157 169 S 0.002 0.008 0.012 0.534 0.105 0.339 170 N 0.002 0.002 0.003 0.185 0.129 0.678 171 P 0.001 0.001 0.011 0.955 0.022 0.012 172 E 0.001 0.001 0.016 0.960 0.020 0.004 173 K 0.001 0.001 0.009 0.981 0.008 0.002 174 I 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 175 R 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 176 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 177 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 178 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 179 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 180 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.004 181 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 182 H 0.001 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 183 T 0.001 0.001 0.004 0.973 0.010 0.013 184 M 0.001 0.001 0.007 0.965 0.013 0.013 185 K 0.001 0.001 0.010 0.944 0.028 0.016 186 N 0.001 0.001 0.012 0.861 0.068 0.056 187 T 0.003 0.002 0.016 0.529 0.180 0.270 188 G 0.007 0.004 0.022 0.090 0.329 0.549 189 R 0.023 0.013 0.040 0.073 0.375 0.476 190 N 0.045 0.028 0.066 0.091 0.424 0.346 191 V 0.050 0.014 0.137 0.196 0.348 0.256 192 N 0.059 0.012 0.091 0.188 0.301 0.349 193 D 0.067 0.013 0.062 0.181 0.299 0.378 194 R 0.100 0.007 0.023 0.139 0.243 0.487 195 P 0.180 0.013 0.034 0.173 0.202 0.399 196 V 0.385 0.019 0.030 0.236 0.106 0.223 197 M 0.490 0.013 0.030 0.225 0.082 0.160 198 V 0.468 0.010 0.028 0.216 0.074 0.205 199 A 0.373 0.008 0.024 0.166 0.083 0.346 200 K 0.183 0.012 0.018 0.145 0.088 0.555 201 E 0.014 0.001 0.001 0.009 0.029 0.947