# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.839 0.005 0.003 0.002 0.003 0.016 0.003 0.001 0.048 0.069 2 M 0.029 0.877 0.003 0.002 0.003 0.003 0.008 0.009 0.001 0.011 0.054 3 I 0.059 0.788 0.004 0.004 0.005 0.007 0.013 0.010 0.001 0.032 0.077 4 N 0.047 0.639 0.003 0.007 0.004 0.009 0.033 0.005 0.002 0.058 0.193 5 L 0.078 0.235 0.100 0.016 0.006 0.013 0.061 0.020 0.034 0.207 0.232 6 R 0.309 0.125 0.029 0.016 0.008 0.016 0.080 0.034 0.013 0.113 0.258 7 E 0.170 0.015 0.004 0.010 0.005 0.010 0.068 0.002 0.003 0.036 0.678 8 E 0.023 0.008 0.001 0.015 0.008 0.016 0.110 0.001 0.001 0.023 0.795 9 S 0.026 0.011 0.001 0.011 0.006 0.012 0.110 0.003 0.001 0.024 0.793 10 L 0.115 0.013 0.002 0.010 0.018 0.019 0.139 0.039 0.001 0.059 0.586 11 P 0.148 0.021 0.001 0.013 0.003 0.007 0.099 0.006 0.001 0.032 0.671 12 E 0.080 0.011 0.001 0.024 0.008 0.019 0.098 0.003 0.001 0.052 0.703 13 Y 0.022 0.064 0.002 0.035 0.012 0.020 0.131 0.001 0.001 0.044 0.667 14 F 0.033 0.243 0.004 0.019 0.015 0.017 0.097 0.007 0.001 0.042 0.522 15 D 0.044 0.837 0.001 0.003 0.003 0.002 0.014 0.006 0.001 0.022 0.067 16 T 0.049 0.818 0.001 0.003 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.034 0.075 17 A 0.014 0.787 0.002 0.006 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.102 0.064 18 Y 0.013 0.666 0.002 0.004 0.004 0.005 0.018 0.004 0.001 0.224 0.060 19 L 0.010 0.652 0.002 0.003 0.003 0.003 0.010 0.003 0.001 0.267 0.047 20 C 0.008 0.867 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.071 0.037 21 H 0.013 0.896 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.037 0.038 22 I 0.009 0.920 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.003 0.015 0.029 23 H 0.035 0.908 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.004 0.025 24 Q 0.093 0.622 0.010 0.003 0.001 0.002 0.025 0.013 0.008 0.046 0.178 25 Q 0.083 0.143 0.067 0.006 0.002 0.003 0.129 0.009 0.039 0.143 0.375 26 L 0.170 0.081 0.020 0.015 0.002 0.004 0.151 0.024 0.010 0.100 0.424 27 F 0.268 0.040 0.009 0.012 0.002 0.004 0.111 0.013 0.007 0.062 0.472 28 K 0.058 0.009 0.001 0.010 0.002 0.005 0.119 0.002 0.001 0.021 0.772 29 N 0.015 0.009 0.001 0.009 0.005 0.019 0.101 0.005 0.001 0.028 0.809 30 T 0.090 0.045 0.004 0.012 0.013 0.023 0.124 0.005 0.002 0.060 0.621 31 F 0.098 0.019 0.013 0.017 0.016 0.028 0.101 0.006 0.006 0.047 0.650 32 E 0.158 0.028 0.002 0.010 0.011 0.022 0.072 0.008 0.001 0.038 0.648 33 W 0.360 0.037 0.002 0.012 0.012 0.020 0.073 0.006 0.001 0.044 0.435 34 A 0.026 0.033 0.003 0.030 0.022 0.056 0.115 0.003 0.001 0.025 0.687 35 G 0.015 0.007 0.003 0.022 0.101 0.228 0.098 0.004 0.001 0.042 0.480 36 Y 0.023 0.003 0.002 0.039 0.216 0.236 0.058 0.003 0.001 0.052 0.369 37 L 0.034 0.001 0.001 0.048 0.094 0.152 0.077 0.001 0.001 0.039 0.554 38 R 0.016 0.001 0.001 0.041 0.205 0.189 0.061 0.001 0.001 0.027 0.458 39 H 0.004 0.001 0.001 0.015 0.023 0.026 0.079 0.001 0.001 0.008 0.843 40 I 0.008 0.001 0.001 0.018 0.234 0.118 0.105 0.023 0.001 0.027 0.465 41 P 0.017 0.001 0.001 0.084 0.034 0.043 0.109 0.001 0.001 0.025 0.685 42 F 0.005 0.001 0.001 0.084 0.117 0.170 0.090 0.003 0.001 0.027 0.503 43 T 0.029 0.002 0.001 0.198 0.054 0.084 0.095 0.002 0.001 0.046 0.489 44 F 0.098 0.002 0.001 0.133 0.029 0.048 0.106 0.004 0.001 0.062 0.517 45 A 0.060 0.002 0.001 0.066 0.013 0.024 0.112 0.001 0.001 0.048 0.673 46 D 0.012 0.003 0.001 0.032 0.012 0.027 0.158 0.002 0.001 0.025 0.729 47 G 0.041 0.006 0.002 0.034 0.036 0.046 0.191 0.006 0.001 0.057 0.579 48 T 0.078 0.013 0.001 0.046 0.062 0.086 0.142 0.013 0.001 0.102 0.456 49 T 0.088 0.008 0.001 0.029 0.035 0.076 0.113 0.002 0.001 0.066 0.582 50 A 0.012 0.005 0.001 0.030 0.072 0.141 0.113 0.001 0.001 0.028 0.599 51 A 0.006 0.010 0.001 0.023 0.046 0.077 0.153 0.002 0.001 0.024 0.657 52 M 0.104 0.016 0.003 0.012 0.071 0.063 0.102 0.022 0.002 0.058 0.548 53 P 0.266 0.022 0.001 0.010 0.015 0.019 0.083 0.011 0.001 0.093 0.481 54 E 0.059 0.004 0.003 0.009 0.008 0.024 0.090 0.002 0.001 0.061 0.739 55 M 0.022 0.002 0.006 0.030 0.008 0.023 0.093 0.001 0.002 0.049 0.764 56 K 0.192 0.004 0.001 0.012 0.037 0.034 0.103 0.006 0.001 0.095 0.513 57 R 0.076 0.003 0.001 0.013 0.006 0.007 0.116 0.002 0.001 0.039 0.738 58 T 0.007 0.002 0.001 0.020 0.025 0.025 0.168 0.003 0.001 0.023 0.726 59 G 0.006 0.002 0.001 0.095 0.046 0.090 0.175 0.003 0.001 0.051 0.530 60 W 0.005 0.003 0.001 0.207 0.080 0.104 0.089 0.002 0.001 0.048 0.462 61 K 0.005 0.002 0.001 0.382 0.176 0.172 0.039 0.001 0.001 0.038 0.183 62 N 0.004 0.002 0.001 0.286 0.096 0.154 0.057 0.001 0.001 0.034 0.366 63 A 0.011 0.003 0.001 0.319 0.087 0.117 0.079 0.001 0.001 0.039 0.342 64 F 0.013 0.008 0.002 0.152 0.057 0.080 0.130 0.001 0.002 0.039 0.516 65 A 0.042 0.061 0.006 0.047 0.026 0.032 0.111 0.004 0.006 0.040 0.625 66 I 0.195 0.533 0.003 0.004 0.004 0.003 0.029 0.015 0.002 0.023 0.187 67 G 0.159 0.660 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.011 0.001 0.012 0.140 68 D 0.072 0.571 0.002 0.004 0.003 0.005 0.032 0.004 0.001 0.037 0.270 69 E 0.019 0.501 0.006 0.004 0.009 0.009 0.039 0.003 0.001 0.174 0.235 70 I 0.012 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.009 0.048 71 Q 0.013 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 0.025 72 E 0.003 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.017 73 G 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 74 L 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.008 75 Q 0.027 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.080 0.029 76 R 0.015 0.288 0.020 0.004 0.001 0.001 0.023 0.003 0.006 0.547 0.095 77 L 0.046 0.751 0.008 0.002 0.001 0.001 0.027 0.017 0.001 0.073 0.072 78 D 0.063 0.693 0.008 0.005 0.001 0.002 0.019 0.013 0.003 0.046 0.145 79 Q 0.041 0.565 0.006 0.005 0.001 0.002 0.041 0.004 0.003 0.032 0.300 80 T 0.139 0.421 0.006 0.004 0.002 0.005 0.053 0.015 0.003 0.055 0.296 81 L 0.167 0.262 0.013 0.008 0.001 0.002 0.056 0.016 0.005 0.142 0.326 82 A 0.093 0.150 0.014 0.010 0.002 0.003 0.085 0.005 0.009 0.162 0.467 83 E 0.067 0.431 0.006 0.004 0.001 0.003 0.054 0.008 0.002 0.031 0.394 84 K 0.089 0.402 0.009 0.005 0.003 0.005 0.052 0.013 0.004 0.058 0.360 85 N 0.144 0.135 0.049 0.008 0.003 0.007 0.081 0.013 0.020 0.130 0.410 86 N 0.379 0.097 0.003 0.004 0.003 0.009 0.052 0.019 0.002 0.059 0.375 87 L 0.277 0.034 0.006 0.007 0.002 0.006 0.056 0.006 0.003 0.055 0.547 88 Q 0.036 0.027 0.004 0.014 0.004 0.009 0.104 0.002 0.001 0.019 0.780 89 G 0.044 0.018 0.001 0.006 0.007 0.009 0.085 0.004 0.001 0.020 0.805 90 L 0.059 0.012 0.001 0.007 0.022 0.014 0.137 0.013 0.001 0.040 0.695 91 T 0.053 0.026 0.001 0.016 0.007 0.013 0.128 0.004 0.001 0.035 0.717 92 R 0.039 0.054 0.002 0.026 0.008 0.016 0.119 0.004 0.001 0.078 0.653 93 E 0.031 0.128 0.002 0.022 0.010 0.012 0.100 0.004 0.001 0.221 0.469 94 E 0.019 0.630 0.002 0.008 0.005 0.006 0.033 0.004 0.001 0.121 0.171 95 F 0.009 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.020 0.044 96 N 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.013 97 S 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 98 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 99 A 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 100 I 0.003 0.673 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.314 0.004 101 E 0.001 0.424 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.561 0.006 102 L 0.003 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.038 0.007 103 F 0.012 0.751 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.198 0.022 104 N 0.010 0.884 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.042 0.047 105 S 0.045 0.854 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.003 0.011 0.050 106 L 0.104 0.664 0.022 0.005 0.002 0.002 0.021 0.032 0.012 0.039 0.098 107 N 0.242 0.176 0.005 0.008 0.005 0.008 0.110 0.004 0.004 0.089 0.350 108 Q 0.029 0.140 0.009 0.022 0.007 0.011 0.194 0.004 0.004 0.044 0.536 109 L 0.077 0.079 0.027 0.040 0.008 0.012 0.194 0.019 0.009 0.066 0.469 110 H 0.295 0.073 0.004 0.024 0.023 0.033 0.120 0.017 0.003 0.120 0.288 111 P 0.035 0.044 0.008 0.017 0.005 0.018 0.161 0.003 0.006 0.048 0.655 112 F 0.222 0.019 0.028 0.016 0.007 0.014 0.083 0.012 0.012 0.067 0.521 113 R 0.304 0.003 0.001 0.007 0.007 0.010 0.073 0.006 0.001 0.082 0.505 114 E 0.029 0.003 0.001 0.005 0.002 0.006 0.077 0.001 0.001 0.016 0.861 115 G 0.007 0.008 0.001 0.019 0.003 0.007 0.104 0.001 0.001 0.104 0.745 116 N 0.003 0.207 0.001 0.010 0.029 0.046 0.103 0.004 0.001 0.196 0.401 117 G 0.016 0.602 0.001 0.006 0.010 0.015 0.028 0.001 0.001 0.120 0.201 118 R 0.002 0.843 0.001 0.006 0.013 0.012 0.011 0.001 0.001 0.054 0.058 119 T 0.003 0.928 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.042 0.016 120 Q 0.003 0.869 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.111 0.008 121 R 0.003 0.546 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.431 0.009 122 L 0.004 0.377 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.601 0.009 123 F 0.002 0.750 0.005 0.003 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.199 0.028 124 F 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 125 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.018 126 N 0.007 0.948 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.007 0.023 127 L 0.012 0.927 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.005 0.021 0.019 128 A 0.004 0.006 0.452 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.507 0.017 0.010 129 K 0.858 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.008 0.001 0.016 0.092 130 A 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.042 0.001 0.002 0.037 0.876 131 A 0.016 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.093 0.001 0.001 0.013 0.865 132 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.010 0.108 0.002 0.001 0.020 0.849 133 H 0.012 0.001 0.001 0.009 0.023 0.013 0.105 0.003 0.001 0.046 0.787 134 Q 0.020 0.003 0.001 0.204 0.019 0.029 0.094 0.001 0.001 0.050 0.578 135 L 0.005 0.001 0.001 0.069 0.035 0.066 0.088 0.002 0.001 0.024 0.709 136 N 0.063 0.013 0.001 0.293 0.042 0.052 0.091 0.007 0.001 0.053 0.383 137 F 0.048 0.003 0.001 0.178 0.047 0.067 0.104 0.014 0.001 0.052 0.485 138 S 0.030 0.007 0.001 0.155 0.021 0.037 0.089 0.001 0.001 0.025 0.633 139 L 0.024 0.015 0.001 0.068 0.024 0.033 0.115 0.001 0.001 0.017 0.701 140 I 0.004 0.031 0.001 0.025 0.051 0.037 0.123 0.005 0.001 0.033 0.690 141 T 0.028 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.006 0.028 142 K 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 143 E 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.019 144 R 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 0.012 145 M 0.012 0.346 0.003 0.003 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.599 0.023 146 M 0.009 0.789 0.005 0.002 0.002 0.003 0.011 0.002 0.001 0.137 0.040 147 V 0.013 0.917 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.013 0.040 148 A 0.023 0.808 0.015 0.004 0.001 0.002 0.012 0.010 0.005 0.037 0.083 149 S 0.120 0.615 0.008 0.003 0.002 0.005 0.028 0.018 0.005 0.062 0.136 150 V 0.171 0.337 0.007 0.007 0.002 0.007 0.039 0.014 0.005 0.123 0.288 151 A 0.075 0.115 0.044 0.011 0.004 0.011 0.100 0.004 0.027 0.089 0.520 152 V 0.046 0.049 0.021 0.013 0.006 0.011 0.126 0.003 0.012 0.034 0.680 153 A 0.245 0.044 0.007 0.007 0.005 0.006 0.073 0.013 0.005 0.048 0.547 154 E 0.399 0.016 0.001 0.003 0.001 0.002 0.060 0.010 0.001 0.045 0.461 155 N 0.031 0.008 0.001 0.005 0.001 0.005 0.079 0.004 0.001 0.021 0.845 156 G 0.023 0.013 0.001 0.010 0.004 0.008 0.089 0.001 0.001 0.023 0.829 157 D 0.014 0.081 0.002 0.023 0.033 0.033 0.126 0.002 0.001 0.054 0.631 158 L 0.024 0.436 0.001 0.011 0.009 0.008 0.053 0.003 0.001 0.046 0.408 159 E 0.040 0.814 0.001 0.004 0.005 0.003 0.020 0.004 0.001 0.048 0.060 160 P 0.012 0.913 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.018 0.037 161 M 0.014 0.920 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.006 0.001 0.013 0.033 162 Q 0.039 0.799 0.002 0.005 0.006 0.007 0.011 0.005 0.001 0.072 0.053 163 H 0.028 0.764 0.010 0.008 0.006 0.009 0.022 0.008 0.003 0.060 0.082 164 L 0.082 0.619 0.022 0.010 0.005 0.007 0.034 0.019 0.007 0.055 0.139 165 F 0.200 0.217 0.030 0.016 0.006 0.009 0.062 0.026 0.016 0.185 0.232 166 E 0.151 0.185 0.004 0.013 0.004 0.009 0.099 0.013 0.003 0.098 0.422 167 D 0.106 0.067 0.005 0.017 0.003 0.007 0.109 0.003 0.002 0.084 0.597 168 I 0.019 0.059 0.006 0.023 0.006 0.009 0.158 0.003 0.001 0.103 0.613 169 S 0.017 0.446 0.001 0.004 0.002 0.004 0.056 0.007 0.001 0.033 0.429 170 N 0.035 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.016 0.041 171 P 0.027 0.860 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.049 0.047 172 E 0.008 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.027 0.031 173 K 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.011 174 I 0.012 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.030 0.019 175 R 0.006 0.889 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.050 0.039 176 L 0.016 0.890 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.002 0.032 0.034 177 L 0.056 0.820 0.011 0.002 0.001 0.001 0.009 0.022 0.004 0.034 0.042 178 K 0.091 0.584 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 0.003 0.002 0.076 0.207 179 E 0.040 0.205 0.016 0.008 0.001 0.003 0.072 0.003 0.006 0.279 0.368 180 F 0.036 0.703 0.007 0.005 0.001 0.003 0.042 0.015 0.001 0.030 0.157 181 M 0.158 0.504 0.007 0.007 0.002 0.004 0.032 0.016 0.002 0.030 0.238 182 H 0.065 0.237 0.006 0.018 0.004 0.007 0.068 0.009 0.003 0.140 0.442 183 T 0.102 0.111 0.005 0.013 0.005 0.015 0.080 0.006 0.003 0.316 0.343 184 M 0.097 0.136 0.070 0.036 0.008 0.017 0.100 0.012 0.021 0.167 0.337 185 K 0.169 0.103 0.016 0.022 0.008 0.014 0.085 0.009 0.011 0.033 0.530 186 N 0.230 0.047 0.002 0.010 0.007 0.012 0.073 0.009 0.001 0.053 0.557 187 T 0.066 0.062 0.001 0.013 0.007 0.020 0.112 0.013 0.001 0.048 0.657 188 G 0.104 0.069 0.013 0.020 0.007 0.022 0.100 0.006 0.004 0.052 0.603 189 R 0.052 0.043 0.009 0.034 0.038 0.053 0.124 0.011 0.003 0.049 0.583 190 N 0.225 0.044 0.002 0.017 0.016 0.026 0.074 0.010 0.001 0.045 0.541 191 V 0.205 0.022 0.002 0.030 0.024 0.020 0.084 0.004 0.001 0.051 0.556 192 N 0.013 0.024 0.001 0.023 0.021 0.036 0.131 0.002 0.001 0.013 0.735 193 D 0.024 0.189 0.003 0.017 0.021 0.030 0.092 0.009 0.001 0.012 0.602 194 R 0.144 0.357 0.005 0.014 0.053 0.033 0.061 0.043 0.002 0.027 0.261 195 P 0.120 0.539 0.004 0.011 0.023 0.035 0.035 0.011 0.002 0.022 0.200 196 V 0.099 0.346 0.013 0.021 0.035 0.079 0.051 0.008 0.004 0.036 0.307 197 M 0.129 0.192 0.022 0.032 0.055 0.072 0.064 0.011 0.007 0.049 0.366 198 V 0.153 0.074 0.007 0.022 0.053 0.069 0.085 0.010 0.003 0.045 0.478 199 A 0.076 0.033 0.004 0.025 0.032 0.047 0.072 0.004 0.002 0.028 0.677 200 K 0.042 0.023 0.003 0.015 0.026 0.040 0.084 0.003 0.001 0.024 0.738 201 E 0.034 0.014 0.002 0.012 0.045 0.050 0.095 0.008 0.001 0.031 0.708