# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.336 0.199 0.107 0.145 0.078 0.050 0.041 0.019 0.014 0.008 0.004 2 M 0.057 0.046 0.025 0.068 0.070 0.084 0.147 0.134 0.158 0.122 0.087 3 I 0.044 0.056 0.042 0.093 0.124 0.175 0.201 0.106 0.088 0.048 0.022 4 N 0.111 0.169 0.298 0.243 0.100 0.040 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 5 L 0.030 0.037 0.073 0.086 0.098 0.145 0.213 0.128 0.098 0.059 0.034 6 R 0.038 0.062 0.082 0.115 0.086 0.093 0.148 0.113 0.123 0.088 0.051 7 E 0.037 0.063 0.133 0.184 0.197 0.161 0.136 0.045 0.028 0.012 0.003 8 E 0.202 0.161 0.299 0.181 0.076 0.038 0.024 0.008 0.006 0.003 0.001 9 S 0.142 0.117 0.078 0.130 0.114 0.119 0.145 0.066 0.047 0.026 0.015 10 L 0.034 0.039 0.024 0.050 0.061 0.095 0.202 0.161 0.151 0.108 0.075 11 P 0.363 0.230 0.140 0.136 0.070 0.033 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 12 E 0.460 0.201 0.115 0.118 0.053 0.027 0.015 0.005 0.003 0.002 0.001 13 Y 0.083 0.068 0.037 0.114 0.121 0.149 0.185 0.102 0.078 0.043 0.021 14 F 0.008 0.012 0.006 0.021 0.036 0.065 0.153 0.175 0.217 0.168 0.139 15 D 0.025 0.366 0.132 0.174 0.109 0.075 0.063 0.026 0.017 0.008 0.004 16 T 0.037 0.028 0.023 0.121 0.244 0.247 0.177 0.068 0.036 0.015 0.005 17 A 0.722 0.102 0.039 0.060 0.028 0.018 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 18 Y 0.001 0.003 0.005 0.069 0.131 0.225 0.308 0.148 0.072 0.028 0.011 19 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.073 0.232 0.332 0.337 20 C 0.001 0.002 0.037 0.111 0.222 0.285 0.218 0.068 0.037 0.015 0.004 21 H 0.001 0.017 0.372 0.232 0.164 0.112 0.070 0.018 0.009 0.004 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.089 0.151 0.254 0.268 0.220 23 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.069 0.158 0.294 0.300 0.171 24 Q 0.001 0.003 0.145 0.272 0.294 0.171 0.081 0.020 0.009 0.003 0.001 25 Q 0.001 0.010 0.090 0.096 0.179 0.286 0.245 0.060 0.022 0.008 0.002 26 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.061 0.124 0.288 0.313 0.198 27 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.021 0.061 0.246 0.230 0.214 0.143 0.073 28 K 0.027 0.075 0.533 0.245 0.085 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 29 N 0.102 0.118 0.116 0.159 0.155 0.165 0.131 0.032 0.014 0.006 0.002 30 T 0.023 0.030 0.021 0.039 0.033 0.050 0.133 0.152 0.220 0.186 0.113 31 F 0.030 0.039 0.029 0.074 0.113 0.169 0.241 0.130 0.091 0.054 0.030 32 E 0.259 0.216 0.266 0.154 0.055 0.025 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 33 W 0.038 0.041 0.033 0.093 0.125 0.180 0.238 0.117 0.078 0.041 0.017 34 A 0.049 0.025 0.014 0.034 0.032 0.046 0.098 0.118 0.186 0.196 0.201 35 G 0.081 0.073 0.050 0.084 0.089 0.112 0.161 0.106 0.112 0.082 0.051 36 Y 0.046 0.078 0.077 0.172 0.145 0.136 0.144 0.078 0.064 0.039 0.022 37 L 0.017 0.015 0.010 0.025 0.030 0.045 0.100 0.133 0.202 0.218 0.206 38 R 0.030 0.038 0.033 0.106 0.117 0.122 0.171 0.123 0.117 0.081 0.063 39 H 0.096 0.121 0.087 0.176 0.157 0.125 0.105 0.056 0.042 0.023 0.011 40 I 0.045 0.046 0.036 0.097 0.104 0.128 0.184 0.120 0.115 0.078 0.047 41 P 0.170 0.127 0.062 0.153 0.120 0.096 0.101 0.059 0.049 0.036 0.027 42 F 0.015 0.016 0.010 0.035 0.042 0.057 0.139 0.150 0.194 0.185 0.158 43 T 0.058 0.106 0.066 0.145 0.121 0.103 0.122 0.085 0.079 0.061 0.054 44 F 0.013 0.021 0.018 0.070 0.078 0.097 0.168 0.141 0.161 0.138 0.096 45 A 0.094 0.099 0.062 0.149 0.133 0.117 0.124 0.077 0.067 0.046 0.032 46 D 0.256 0.157 0.083 0.196 0.114 0.068 0.058 0.028 0.021 0.013 0.007 47 G 0.175 0.093 0.037 0.100 0.086 0.089 0.124 0.086 0.087 0.070 0.052 48 T 0.167 0.194 0.068 0.155 0.108 0.088 0.085 0.047 0.041 0.028 0.018 49 T 0.084 0.079 0.041 0.109 0.106 0.100 0.136 0.107 0.111 0.077 0.050 50 A 0.148 0.104 0.077 0.129 0.117 0.100 0.111 0.070 0.067 0.047 0.030 51 A 0.066 0.087 0.069 0.203 0.190 0.143 0.117 0.054 0.039 0.021 0.011 52 M 0.012 0.012 0.010 0.030 0.037 0.056 0.127 0.156 0.204 0.192 0.163 53 P 0.241 0.173 0.096 0.137 0.098 0.074 0.075 0.041 0.033 0.021 0.011 54 E 0.233 0.116 0.057 0.120 0.091 0.082 0.110 0.069 0.061 0.040 0.022 55 M 0.070 0.034 0.014 0.048 0.052 0.065 0.118 0.122 0.164 0.165 0.147 56 K 0.128 0.172 0.081 0.206 0.137 0.097 0.077 0.038 0.030 0.018 0.015 57 R 0.127 0.101 0.075 0.134 0.116 0.111 0.118 0.075 0.066 0.046 0.031 58 T 0.313 0.159 0.081 0.138 0.091 0.070 0.067 0.033 0.025 0.015 0.008 59 G 0.343 0.197 0.071 0.172 0.095 0.053 0.035 0.014 0.011 0.006 0.003 60 W 0.022 0.020 0.013 0.046 0.058 0.075 0.149 0.146 0.191 0.161 0.120 61 K 0.024 0.070 0.060 0.173 0.197 0.165 0.146 0.075 0.051 0.025 0.013 62 N 0.016 0.024 0.024 0.066 0.080 0.101 0.178 0.154 0.171 0.114 0.069 63 A 0.068 0.051 0.039 0.113 0.128 0.136 0.181 0.107 0.088 0.058 0.032 64 F 0.020 0.017 0.011 0.038 0.051 0.071 0.175 0.184 0.201 0.144 0.087 65 A 0.023 0.022 0.015 0.038 0.053 0.071 0.149 0.152 0.194 0.157 0.125 66 I 0.039 0.210 0.064 0.161 0.131 0.107 0.112 0.062 0.053 0.037 0.024 67 G 0.044 0.036 0.020 0.082 0.135 0.168 0.208 0.124 0.100 0.054 0.028 68 D 0.752 0.103 0.047 0.048 0.022 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 69 E 0.032 0.117 0.110 0.278 0.197 0.126 0.088 0.028 0.015 0.006 0.003 70 I 0.001 0.002 0.003 0.005 0.009 0.025 0.102 0.136 0.217 0.245 0.254 71 Q 0.089 0.075 0.190 0.303 0.185 0.104 0.044 0.006 0.002 0.001 0.001 72 E 0.167 0.134 0.593 0.085 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.001 0.003 0.012 0.018 0.038 0.125 0.351 0.198 0.150 0.072 0.032 74 L 0.001 0.001 0.005 0.004 0.010 0.047 0.252 0.220 0.219 0.156 0.088 75 Q 0.006 0.022 0.814 0.113 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.002 0.021 0.336 0.270 0.197 0.120 0.043 0.007 0.003 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.006 0.045 0.095 0.260 0.307 0.276 78 D 0.001 0.003 0.034 0.051 0.118 0.241 0.376 0.108 0.047 0.018 0.005 79 Q 0.004 0.022 0.857 0.082 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.002 0.008 0.043 0.051 0.097 0.215 0.359 0.120 0.066 0.030 0.010 81 L 0.001 0.002 0.010 0.006 0.007 0.017 0.093 0.134 0.251 0.270 0.209 82 A 0.019 0.066 0.231 0.200 0.188 0.138 0.100 0.032 0.017 0.007 0.003 83 E 0.058 0.120 0.413 0.187 0.094 0.064 0.038 0.012 0.008 0.004 0.001 84 K 0.098 0.099 0.096 0.120 0.107 0.118 0.166 0.081 0.064 0.036 0.016 85 N 0.338 0.115 0.082 0.107 0.086 0.077 0.087 0.042 0.033 0.020 0.011 86 N 0.117 0.135 0.119 0.155 0.122 0.111 0.115 0.054 0.041 0.021 0.010 87 L 0.034 0.031 0.045 0.061 0.068 0.094 0.156 0.133 0.155 0.122 0.102 88 Q 0.197 0.203 0.143 0.175 0.117 0.075 0.054 0.017 0.011 0.005 0.002 89 G 0.439 0.186 0.090 0.133 0.067 0.039 0.025 0.010 0.007 0.003 0.002 90 L 0.031 0.017 0.013 0.041 0.064 0.097 0.191 0.166 0.162 0.129 0.090 91 T 0.157 0.396 0.086 0.135 0.079 0.052 0.040 0.020 0.017 0.010 0.007 92 R 0.165 0.122 0.066 0.147 0.145 0.131 0.108 0.051 0.037 0.020 0.009 93 E 0.391 0.111 0.052 0.105 0.094 0.078 0.075 0.036 0.030 0.017 0.011 94 E 0.055 0.138 0.105 0.265 0.158 0.096 0.087 0.045 0.030 0.015 0.008 95 F 0.010 0.018 0.008 0.032 0.048 0.088 0.182 0.174 0.194 0.147 0.099 96 N 0.007 0.008 0.010 0.029 0.060 0.115 0.224 0.190 0.188 0.112 0.057 97 S 0.029 0.036 0.128 0.162 0.165 0.159 0.165 0.065 0.053 0.026 0.011 98 E 0.002 0.011 0.032 0.114 0.156 0.209 0.261 0.107 0.063 0.032 0.015 99 A 0.001 0.001 0.005 0.007 0.006 0.010 0.049 0.101 0.242 0.291 0.288 100 I 0.001 0.001 0.024 0.016 0.019 0.038 0.145 0.158 0.226 0.220 0.151 101 E 0.001 0.004 0.114 0.172 0.231 0.202 0.158 0.059 0.036 0.017 0.006 102 L 0.001 0.001 0.008 0.006 0.009 0.023 0.133 0.157 0.249 0.240 0.173 103 F 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.016 0.088 0.137 0.258 0.291 0.196 104 N 0.003 0.006 0.062 0.035 0.036 0.061 0.184 0.174 0.196 0.153 0.091 105 S 0.001 0.005 0.037 0.085 0.136 0.200 0.283 0.129 0.074 0.035 0.016 106 L 0.001 0.002 0.009 0.006 0.004 0.007 0.040 0.085 0.222 0.319 0.304 107 N 0.003 0.006 0.018 0.052 0.072 0.114 0.239 0.192 0.168 0.097 0.039 108 Q 0.006 0.033 0.140 0.115 0.119 0.148 0.180 0.110 0.085 0.043 0.021 109 L 0.003 0.006 0.009 0.021 0.026 0.047 0.147 0.158 0.221 0.205 0.156 110 H 0.011 0.015 0.012 0.037 0.047 0.083 0.202 0.185 0.190 0.134 0.084 111 P 0.034 0.061 0.044 0.089 0.082 0.083 0.133 0.125 0.139 0.116 0.095 112 F 0.023 0.025 0.015 0.044 0.057 0.081 0.158 0.155 0.177 0.146 0.120 113 R 0.115 0.115 0.066 0.193 0.150 0.119 0.101 0.051 0.041 0.027 0.021 114 E 0.136 0.143 0.064 0.178 0.130 0.098 0.098 0.053 0.044 0.031 0.024 115 G 0.099 0.078 0.043 0.111 0.096 0.097 0.121 0.090 0.106 0.087 0.072 116 N 0.054 0.081 0.025 0.082 0.092 0.105 0.158 0.121 0.119 0.092 0.071 117 G 0.085 0.074 0.025 0.115 0.160 0.170 0.160 0.084 0.062 0.038 0.026 118 R 0.031 0.040 0.021 0.089 0.133 0.161 0.204 0.125 0.097 0.059 0.041 119 T 0.002 0.006 0.007 0.026 0.032 0.045 0.105 0.127 0.212 0.210 0.228 120 Q 0.001 0.002 0.004 0.007 0.009 0.017 0.063 0.110 0.252 0.276 0.260 121 R 0.001 0.003 0.014 0.038 0.061 0.103 0.200 0.161 0.189 0.143 0.088 122 L 0.001 0.001 0.016 0.019 0.027 0.043 0.131 0.150 0.205 0.211 0.196 123 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.041 0.084 0.199 0.304 0.356 124 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.047 0.099 0.245 0.311 0.287 125 E 0.001 0.001 0.011 0.023 0.053 0.110 0.234 0.173 0.182 0.126 0.088 126 N 0.001 0.001 0.008 0.013 0.022 0.061 0.233 0.180 0.197 0.177 0.108 127 L 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.009 0.063 0.119 0.235 0.292 0.272 128 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.037 0.078 0.193 0.293 0.384 129 K 0.001 0.001 0.022 0.070 0.154 0.201 0.268 0.138 0.081 0.039 0.026 130 A 0.001 0.008 0.059 0.064 0.098 0.170 0.273 0.143 0.108 0.052 0.025 131 A 0.003 0.007 0.006 0.034 0.056 0.143 0.349 0.185 0.117 0.068 0.032 132 G 0.673 0.186 0.058 0.062 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 133 H 0.010 0.020 0.014 0.052 0.069 0.102 0.224 0.178 0.159 0.104 0.068 134 Q 0.102 0.218 0.081 0.264 0.177 0.093 0.043 0.012 0.006 0.002 0.001 135 L 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.051 0.098 0.245 0.266 0.324 136 N 0.056 0.150 0.089 0.234 0.178 0.117 0.096 0.039 0.022 0.010 0.008 137 F 0.005 0.006 0.003 0.015 0.023 0.039 0.113 0.140 0.237 0.221 0.198 138 S 0.183 0.164 0.050 0.147 0.118 0.101 0.102 0.050 0.040 0.025 0.019 139 L 0.072 0.048 0.039 0.131 0.120 0.133 0.191 0.113 0.085 0.047 0.022 140 I 0.026 0.028 0.014 0.046 0.062 0.079 0.182 0.175 0.179 0.123 0.087 141 T 0.027 0.471 0.100 0.185 0.093 0.055 0.036 0.015 0.010 0.005 0.003 142 K 0.024 0.018 0.018 0.113 0.234 0.254 0.197 0.078 0.041 0.017 0.006 143 E 0.798 0.103 0.051 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.002 0.024 0.052 0.276 0.228 0.207 0.148 0.040 0.015 0.005 0.001 145 M 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.008 0.045 0.097 0.237 0.307 0.293 146 M 0.002 0.007 0.111 0.102 0.167 0.248 0.225 0.075 0.040 0.017 0.005 147 V 0.005 0.023 0.605 0.203 0.087 0.040 0.024 0.006 0.004 0.002 0.001 148 A 0.001 0.001 0.003 0.008 0.016 0.050 0.195 0.179 0.214 0.197 0.136 149 S 0.001 0.001 0.007 0.007 0.010 0.026 0.123 0.170 0.267 0.242 0.148 150 V 0.004 0.016 0.272 0.190 0.161 0.131 0.125 0.047 0.032 0.016 0.007 151 A 0.005 0.029 0.250 0.137 0.148 0.161 0.155 0.057 0.034 0.016 0.006 152 V 0.002 0.003 0.008 0.011 0.016 0.035 0.119 0.132 0.224 0.238 0.213 153 A 0.010 0.016 0.024 0.060 0.095 0.136 0.257 0.159 0.126 0.075 0.041 154 E 0.069 0.126 0.406 0.191 0.102 0.054 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 155 N 0.177 0.156 0.103 0.205 0.131 0.097 0.081 0.027 0.014 0.007 0.003 156 G 0.452 0.132 0.037 0.090 0.069 0.054 0.060 0.036 0.031 0.024 0.017 157 D 0.071 0.278 0.075 0.184 0.138 0.099 0.083 0.033 0.023 0.011 0.006 158 L 0.024 0.018 0.011 0.041 0.070 0.103 0.165 0.154 0.176 0.137 0.101 159 E 0.381 0.250 0.097 0.152 0.066 0.029 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 160 P 0.022 0.075 0.061 0.227 0.207 0.165 0.139 0.058 0.029 0.013 0.005 161 M 0.002 0.002 0.002 0.007 0.012 0.025 0.084 0.134 0.256 0.253 0.221 162 Q 0.004 0.007 0.020 0.081 0.142 0.223 0.283 0.120 0.074 0.034 0.013 163 H 0.010 0.043 0.368 0.250 0.143 0.082 0.057 0.020 0.014 0.008 0.004 164 L 0.001 0.002 0.008 0.020 0.031 0.069 0.210 0.190 0.202 0.161 0.106 165 F 0.001 0.001 0.008 0.008 0.007 0.011 0.053 0.114 0.250 0.293 0.254 166 E 0.002 0.011 0.094 0.135 0.206 0.211 0.193 0.074 0.046 0.021 0.007 167 D 0.019 0.055 0.284 0.214 0.156 0.121 0.092 0.031 0.018 0.007 0.003 168 I 0.003 0.003 0.004 0.009 0.016 0.040 0.161 0.183 0.232 0.215 0.134 169 S 0.025 0.056 0.035 0.050 0.045 0.066 0.150 0.138 0.181 0.155 0.099 170 N 0.157 0.194 0.135 0.178 0.127 0.089 0.064 0.026 0.017 0.009 0.003 171 P 0.580 0.143 0.104 0.083 0.037 0.022 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 172 E 0.163 0.099 0.075 0.114 0.101 0.111 0.146 0.080 0.061 0.033 0.017 173 K 0.015 0.015 0.027 0.054 0.079 0.139 0.243 0.155 0.141 0.087 0.045 174 I 0.032 0.050 0.298 0.191 0.152 0.119 0.094 0.032 0.020 0.009 0.003 175 R 0.022 0.057 0.565 0.186 0.089 0.046 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 176 L 0.003 0.008 0.034 0.029 0.035 0.071 0.203 0.168 0.206 0.151 0.093 177 L 0.001 0.003 0.018 0.024 0.051 0.112 0.296 0.200 0.160 0.095 0.040 178 K 0.023 0.040 0.681 0.164 0.060 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 179 E 0.011 0.043 0.206 0.171 0.178 0.174 0.144 0.040 0.021 0.009 0.003 180 F 0.001 0.004 0.009 0.008 0.009 0.018 0.083 0.120 0.242 0.275 0.230 181 M 0.017 0.034 0.098 0.134 0.176 0.205 0.205 0.069 0.038 0.017 0.006 182 H 0.059 0.076 0.631 0.133 0.052 0.023 0.015 0.005 0.004 0.002 0.001 183 T 0.015 0.037 0.068 0.105 0.111 0.150 0.257 0.114 0.081 0.042 0.021 184 M 0.007 0.005 0.007 0.014 0.023 0.058 0.168 0.175 0.223 0.193 0.127 185 K 0.039 0.089 0.334 0.270 0.150 0.067 0.036 0.009 0.005 0.002 0.001 186 N 0.019 0.061 0.290 0.131 0.128 0.132 0.122 0.049 0.037 0.020 0.010 187 T 0.024 0.034 0.035 0.094 0.097 0.127 0.213 0.132 0.120 0.078 0.046 188 G 0.538 0.181 0.067 0.086 0.049 0.032 0.026 0.010 0.007 0.004 0.002 189 R 0.064 0.086 0.121 0.175 0.151 0.127 0.135 0.064 0.044 0.022 0.011 190 N 0.206 0.185 0.072 0.122 0.089 0.082 0.090 0.051 0.049 0.032 0.022 191 V 0.118 0.093 0.061 0.146 0.129 0.128 0.140 0.074 0.060 0.034 0.018 192 N 0.285 0.165 0.111 0.134 0.096 0.070 0.064 0.031 0.024 0.013 0.007 193 D 0.122 0.158 0.104 0.169 0.127 0.105 0.097 0.050 0.037 0.021 0.011 194 R 0.094 0.096 0.036 0.100 0.108 0.129 0.169 0.106 0.087 0.051 0.024 195 P 0.357 0.153 0.094 0.133 0.091 0.064 0.053 0.024 0.018 0.010 0.005 196 V 0.156 0.117 0.107 0.164 0.122 0.097 0.104 0.054 0.044 0.024 0.012 197 M 0.073 0.060 0.061 0.116 0.108 0.121 0.163 0.111 0.098 0.059 0.031 198 V 0.058 0.069 0.078 0.124 0.126 0.139 0.169 0.098 0.075 0.043 0.022 199 A 0.075 0.113 0.218 0.178 0.132 0.100 0.089 0.041 0.030 0.016 0.008 200 K 0.187 0.165 0.168 0.180 0.114 0.075 0.057 0.023 0.017 0.009 0.004 201 E 0.400 0.158 0.084 0.124 0.076 0.056 0.048 0.022 0.017 0.010 0.005