# TARGET T0386 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.032 0.039 0.001 0.005 0.003 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.858 2 M 0.108 0.273 0.003 0.015 0.010 0.022 0.123 0.003 0.001 0.006 0.437 3 I 0.055 0.549 0.002 0.011 0.008 0.017 0.077 0.003 0.001 0.003 0.275 4 N 0.034 0.711 0.001 0.002 0.003 0.006 0.056 0.002 0.001 0.001 0.185 5 L 0.049 0.829 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.001 0.106 6 R 0.028 0.915 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.043 7 E 0.020 0.901 0.002 0.002 0.006 0.010 0.004 0.009 0.001 0.001 0.047 8 E 0.071 0.833 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.011 0.001 0.001 0.073 9 S 0.211 0.608 0.006 0.002 0.003 0.003 0.004 0.087 0.001 0.001 0.077 10 L 0.444 0.279 0.045 0.004 0.004 0.004 0.009 0.049 0.001 0.002 0.160 11 P 0.016 0.019 0.099 0.008 0.002 0.004 0.007 0.005 0.001 0.001 0.840 12 E 0.046 0.009 0.008 0.026 0.006 0.013 0.087 0.007 0.001 0.001 0.798 13 Y 0.264 0.004 0.008 0.013 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.002 0.691 14 F 0.090 0.018 0.010 0.086 0.009 0.016 0.182 0.002 0.001 0.005 0.582 15 D 0.061 0.008 0.002 0.029 0.005 0.008 0.400 0.001 0.001 0.003 0.483 16 T 0.010 0.011 0.001 0.012 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.930 17 A 0.007 0.027 0.001 0.003 0.001 0.002 0.523 0.001 0.001 0.006 0.431 18 Y 0.036 0.055 0.001 0.003 0.002 0.004 0.769 0.002 0.001 0.016 0.114 19 L 0.035 0.918 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.033 20 C 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 21 H 0.010 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 22 I 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 23 H 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 24 Q 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 25 Q 0.022 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 26 L 0.044 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.011 27 F 0.050 0.860 0.023 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 0.001 0.001 0.041 28 K 0.052 0.696 0.023 0.004 0.002 0.006 0.004 0.037 0.001 0.001 0.175 29 N 0.208 0.346 0.005 0.010 0.007 0.005 0.006 0.070 0.001 0.001 0.344 30 T 0.358 0.163 0.053 0.009 0.006 0.005 0.027 0.016 0.001 0.002 0.362 31 F 0.034 0.063 0.039 0.030 0.019 0.027 0.068 0.007 0.001 0.002 0.711 32 E 0.062 0.039 0.008 0.044 0.023 0.048 0.163 0.003 0.001 0.006 0.602 33 W 0.223 0.060 0.005 0.022 0.022 0.030 0.149 0.002 0.001 0.008 0.479 34 A 0.058 0.037 0.005 0.021 0.012 0.018 0.047 0.002 0.001 0.004 0.797 35 G 0.076 0.018 0.004 0.031 0.045 0.050 0.192 0.003 0.001 0.014 0.566 36 Y 0.291 0.026 0.012 0.031 0.030 0.044 0.108 0.002 0.001 0.014 0.442 37 L 0.052 0.043 0.005 0.049 0.087 0.118 0.079 0.003 0.001 0.003 0.561 38 R 0.047 0.029 0.003 0.088 0.114 0.244 0.082 0.003 0.001 0.006 0.384 39 H 0.078 0.021 0.004 0.033 0.058 0.112 0.053 0.004 0.001 0.005 0.633 40 I 0.081 0.013 0.011 0.085 0.136 0.185 0.059 0.003 0.001 0.005 0.422 41 P 0.005 0.001 0.002 0.013 0.017 0.027 0.018 0.001 0.001 0.001 0.916 42 F 0.019 0.001 0.003 0.092 0.117 0.198 0.080 0.001 0.001 0.005 0.485 43 T 0.058 0.004 0.002 0.103 0.109 0.159 0.093 0.001 0.001 0.006 0.466 44 F 0.035 0.008 0.002 0.104 0.120 0.154 0.066 0.001 0.001 0.004 0.508 45 A 0.017 0.005 0.001 0.100 0.118 0.204 0.128 0.001 0.001 0.004 0.422 46 D 0.035 0.005 0.001 0.054 0.043 0.081 0.126 0.001 0.001 0.009 0.644 47 G 0.089 0.008 0.005 0.048 0.061 0.084 0.157 0.001 0.001 0.025 0.523 48 T 0.087 0.009 0.005 0.039 0.062 0.065 0.277 0.001 0.001 0.019 0.437 49 T 0.052 0.009 0.005 0.031 0.042 0.067 0.144 0.001 0.001 0.012 0.637 50 A 0.043 0.015 0.004 0.077 0.143 0.223 0.148 0.001 0.001 0.009 0.337 51 A 0.039 0.021 0.003 0.046 0.094 0.178 0.157 0.001 0.001 0.010 0.450 52 M 0.041 0.034 0.006 0.070 0.195 0.341 0.053 0.001 0.001 0.004 0.256 53 P 0.005 0.013 0.001 0.026 0.070 0.116 0.025 0.001 0.001 0.001 0.742 54 E 0.024 0.017 0.001 0.030 0.101 0.212 0.083 0.002 0.001 0.005 0.525 55 M 0.125 0.041 0.004 0.029 0.056 0.107 0.092 0.004 0.001 0.008 0.534 56 K 0.101 0.108 0.003 0.032 0.065 0.072 0.104 0.005 0.001 0.006 0.504 57 R 0.119 0.075 0.005 0.015 0.031 0.065 0.090 0.003 0.001 0.012 0.584 58 T 0.116 0.062 0.005 0.015 0.040 0.052 0.102 0.005 0.001 0.007 0.597 59 G 0.226 0.031 0.008 0.018 0.039 0.038 0.095 0.008 0.001 0.013 0.525 60 W 0.175 0.033 0.078 0.034 0.067 0.101 0.104 0.002 0.001 0.011 0.396 61 K 0.013 0.014 0.006 0.080 0.161 0.224 0.093 0.001 0.001 0.002 0.406 62 N 0.018 0.009 0.003 0.075 0.119 0.212 0.048 0.001 0.001 0.002 0.513 63 A 0.031 0.012 0.002 0.087 0.099 0.163 0.061 0.001 0.001 0.003 0.540 64 F 0.032 0.009 0.003 0.055 0.035 0.083 0.074 0.001 0.001 0.005 0.703 65 A 0.032 0.007 0.004 0.074 0.038 0.097 0.077 0.001 0.001 0.004 0.665 66 I 0.038 0.007 0.002 0.032 0.020 0.040 0.088 0.001 0.001 0.003 0.769 67 G 0.026 0.008 0.001 0.014 0.004 0.011 0.041 0.001 0.001 0.002 0.892 68 D 0.021 0.017 0.001 0.006 0.003 0.005 0.113 0.001 0.001 0.001 0.833 69 E 0.130 0.054 0.001 0.004 0.003 0.004 0.200 0.001 0.001 0.004 0.600 70 I 0.203 0.436 0.004 0.004 0.002 0.006 0.087 0.001 0.001 0.003 0.254 71 Q 0.027 0.676 0.001 0.003 0.002 0.003 0.033 0.001 0.001 0.001 0.252 72 E 0.023 0.663 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.286 73 G 0.023 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.086 74 L 0.023 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 75 Q 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 76 R 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 77 L 0.012 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 78 D 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 79 Q 0.013 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.026 80 T 0.025 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 81 L 0.032 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 82 A 0.024 0.887 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.054 83 E 0.058 0.769 0.011 0.001 0.001 0.002 0.011 0.025 0.001 0.001 0.120 84 K 0.123 0.723 0.016 0.002 0.001 0.002 0.012 0.013 0.001 0.001 0.106 85 N 0.062 0.585 0.013 0.006 0.008 0.007 0.043 0.034 0.001 0.002 0.240 86 N 0.107 0.549 0.017 0.008 0.008 0.006 0.047 0.029 0.001 0.004 0.225 87 L 0.190 0.502 0.026 0.006 0.005 0.008 0.051 0.015 0.001 0.009 0.189 88 Q 0.115 0.357 0.019 0.010 0.010 0.015 0.128 0.033 0.001 0.007 0.307 89 G 0.319 0.126 0.013 0.012 0.007 0.007 0.067 0.064 0.001 0.013 0.371 90 L 0.344 0.137 0.138 0.010 0.003 0.005 0.058 0.007 0.001 0.010 0.288 91 T 0.026 0.039 0.009 0.014 0.009 0.009 0.137 0.008 0.001 0.002 0.747 92 R 0.052 0.017 0.009 0.011 0.003 0.005 0.038 0.001 0.001 0.003 0.860 93 E 0.100 0.054 0.004 0.016 0.007 0.017 0.209 0.002 0.001 0.007 0.582 94 E 0.210 0.092 0.005 0.020 0.008 0.016 0.147 0.004 0.001 0.010 0.488 95 F 0.081 0.182 0.003 0.008 0.003 0.004 0.038 0.002 0.001 0.001 0.678 96 N 0.060 0.422 0.002 0.016 0.007 0.013 0.065 0.006 0.001 0.004 0.405 97 S 0.070 0.539 0.003 0.009 0.004 0.012 0.057 0.007 0.001 0.005 0.294 98 E 0.039 0.752 0.002 0.005 0.006 0.007 0.040 0.011 0.001 0.001 0.136 99 A 0.021 0.932 0.002 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.030 100 I 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 101 E 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.023 102 L 0.012 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 103 F 0.007 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 104 N 0.014 0.927 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.016 0.001 0.001 0.034 105 S 0.051 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.044 106 L 0.035 0.876 0.011 0.001 0.003 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.057 107 N 0.037 0.828 0.008 0.008 0.010 0.011 0.006 0.021 0.001 0.001 0.071 108 Q 0.091 0.588 0.021 0.014 0.018 0.035 0.027 0.054 0.001 0.003 0.149 109 L 0.188 0.473 0.061 0.028 0.019 0.040 0.013 0.044 0.001 0.002 0.133 110 H 0.107 0.169 0.066 0.107 0.095 0.099 0.026 0.028 0.001 0.001 0.302 111 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 112 F 0.028 0.005 0.006 0.097 0.075 0.178 0.108 0.002 0.001 0.003 0.497 113 R 0.112 0.009 0.003 0.042 0.012 0.025 0.044 0.002 0.001 0.004 0.747 114 E 0.107 0.036 0.001 0.076 0.034 0.048 0.137 0.003 0.001 0.007 0.552 115 G 0.127 0.013 0.005 0.027 0.015 0.022 0.173 0.001 0.001 0.012 0.604 116 N 0.069 0.018 0.002 0.018 0.005 0.009 0.291 0.001 0.001 0.006 0.580 117 G 0.112 0.022 0.005 0.010 0.005 0.006 0.218 0.001 0.001 0.018 0.603 118 R 0.085 0.064 0.010 0.005 0.003 0.004 0.456 0.001 0.001 0.009 0.364 119 T 0.010 0.134 0.003 0.007 0.006 0.015 0.230 0.001 0.001 0.002 0.591 120 Q 0.031 0.516 0.001 0.014 0.015 0.032 0.106 0.002 0.001 0.004 0.280 121 R 0.014 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.251 122 L 0.006 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.073 123 F 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 124 F 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 125 E 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 126 N 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 127 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 128 A 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 130 A 0.050 0.925 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.015 131 A 0.069 0.649 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.001 0.001 0.020 132 G 0.383 0.035 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.475 0.001 0.003 0.072 133 H 0.006 0.001 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 134 Q 0.002 0.001 0.016 0.042 0.005 0.006 0.029 0.001 0.001 0.001 0.899 135 L 0.010 0.001 0.011 0.194 0.008 0.015 0.039 0.001 0.001 0.002 0.721 136 N 0.020 0.001 0.001 0.342 0.030 0.046 0.165 0.001 0.001 0.004 0.392 137 F 0.017 0.001 0.001 0.247 0.017 0.025 0.040 0.001 0.001 0.004 0.649 138 S 0.013 0.002 0.001 0.434 0.026 0.055 0.189 0.001 0.001 0.004 0.277 139 L 0.075 0.004 0.001 0.113 0.009 0.020 0.157 0.001 0.001 0.015 0.606 140 I 0.116 0.023 0.002 0.167 0.028 0.048 0.308 0.002 0.001 0.027 0.278 141 T 0.064 0.013 0.003 0.011 0.006 0.010 0.502 0.002 0.001 0.012 0.378 142 K 0.016 0.023 0.003 0.005 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.002 0.876 143 E 0.011 0.046 0.001 0.002 0.002 0.003 0.337 0.001 0.001 0.010 0.587 144 R 0.048 0.115 0.001 0.001 0.003 0.005 0.648 0.003 0.001 0.018 0.158 145 M 0.042 0.863 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.073 146 M 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 147 V 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.034 148 A 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 149 S 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 150 V 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 151 A 0.039 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.033 152 V 0.093 0.840 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.028 153 A 0.067 0.736 0.026 0.007 0.012 0.013 0.009 0.054 0.001 0.001 0.074 154 E 0.074 0.449 0.038 0.008 0.012 0.013 0.038 0.039 0.001 0.002 0.325 155 N 0.208 0.247 0.015 0.015 0.009 0.010 0.078 0.035 0.001 0.005 0.378 156 G 0.332 0.073 0.041 0.011 0.003 0.003 0.125 0.017 0.001 0.017 0.378 157 D 0.172 0.035 0.110 0.014 0.004 0.004 0.282 0.004 0.001 0.014 0.360 158 L 0.109 0.039 0.037 0.028 0.005 0.012 0.202 0.002 0.001 0.012 0.555 159 E 0.045 0.072 0.005 0.074 0.013 0.032 0.246 0.001 0.001 0.004 0.510 160 P 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.982 161 M 0.036 0.255 0.001 0.015 0.016 0.075 0.265 0.001 0.001 0.011 0.325 162 Q 0.045 0.664 0.001 0.010 0.009 0.026 0.069 0.003 0.001 0.002 0.174 163 H 0.019 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 164 L 0.019 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 165 F 0.015 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 166 E 0.008 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 167 D 0.036 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.043 168 I 0.175 0.772 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.022 169 S 0.153 0.697 0.046 0.003 0.001 0.003 0.012 0.028 0.001 0.001 0.056 170 N 0.033 0.603 0.074 0.008 0.001 0.004 0.035 0.011 0.001 0.001 0.231 171 P 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.938 172 E 0.026 0.211 0.001 0.003 0.001 0.004 0.448 0.006 0.001 0.008 0.292 173 K 0.101 0.687 0.003 0.002 0.001 0.003 0.106 0.006 0.001 0.002 0.090 174 I 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 175 R 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 176 L 0.018 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 177 L 0.015 0.970 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 178 K 0.008 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.030 179 E 0.019 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.041 180 F 0.015 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 181 M 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 182 H 0.016 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.035 183 T 0.036 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.027 184 M 0.034 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.022 185 K 0.023 0.892 0.013 0.002 0.002 0.003 0.007 0.015 0.001 0.001 0.043 186 N 0.085 0.786 0.008 0.002 0.002 0.004 0.009 0.029 0.001 0.001 0.075 187 T 0.158 0.638 0.014 0.003 0.002 0.003 0.014 0.037 0.001 0.001 0.129 188 G 0.219 0.248 0.040 0.006 0.006 0.005 0.069 0.059 0.001 0.011 0.337 189 R 0.152 0.142 0.223 0.009 0.007 0.010 0.091 0.012 0.001 0.007 0.347 190 N 0.076 0.099 0.008 0.028 0.023 0.017 0.103 0.016 0.001 0.003 0.627 191 V 0.106 0.093 0.014 0.019 0.008 0.014 0.065 0.003 0.001 0.007 0.671 192 N 0.062 0.097 0.004 0.023 0.016 0.032 0.171 0.007 0.001 0.006 0.582 193 D 0.326 0.070 0.007 0.023 0.012 0.016 0.107 0.012 0.001 0.017 0.411 194 R 0.315 0.114 0.019 0.030 0.012 0.019 0.134 0.005 0.001 0.010 0.342 195 P 0.009 0.031 0.006 0.011 0.005 0.008 0.034 0.001 0.001 0.001 0.894 196 V 0.048 0.082 0.002 0.050 0.040 0.073 0.198 0.003 0.001 0.007 0.498 197 M 0.214 0.237 0.003 0.029 0.022 0.050 0.097 0.006 0.001 0.007 0.335 198 V 0.113 0.524 0.003 0.027 0.033 0.041 0.030 0.007 0.001 0.002 0.219 199 A 0.090 0.343 0.006 0.014 0.019 0.045 0.031 0.005 0.001 0.003 0.444 200 K 0.112 0.210 0.006 0.019 0.026 0.044 0.047 0.019 0.001 0.004 0.513 201 E 0.205 0.201 0.022 0.015 0.014 0.021 0.064 0.014 0.001 0.005 0.438