# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.011 0.002 0.017 0.851 0.008 0.028 0.083 2 M 0.006 0.002 0.010 0.946 0.002 0.017 0.017 3 I 0.008 0.001 0.011 0.947 0.004 0.015 0.014 4 N 0.012 0.001 0.014 0.930 0.006 0.026 0.011 5 L 0.006 0.001 0.023 0.916 0.005 0.034 0.014 6 R 0.006 0.002 0.021 0.897 0.008 0.049 0.018 7 E 0.006 0.001 0.040 0.865 0.010 0.061 0.016 8 E 0.006 0.002 0.059 0.724 0.022 0.153 0.034 9 S 0.005 0.002 0.074 0.531 0.046 0.273 0.069 10 L 0.009 0.011 0.036 0.187 0.323 0.107 0.328 11 P 0.010 0.007 0.147 0.081 0.116 0.155 0.484 12 E 0.018 0.005 0.120 0.064 0.252 0.209 0.333 13 Y 0.022 0.015 0.054 0.042 0.133 0.168 0.566 14 F 0.016 0.029 0.002 0.009 0.152 0.006 0.787 15 D 0.004 0.011 0.001 0.009 0.021 0.002 0.954 16 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 17 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 18 Y 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 20 C 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 21 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 23 H 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 24 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 25 Q 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.027 0.001 26 L 0.001 0.001 0.004 0.935 0.001 0.056 0.004 27 F 0.001 0.001 0.013 0.877 0.010 0.079 0.020 28 K 0.001 0.001 0.040 0.687 0.018 0.238 0.015 29 N 0.003 0.002 0.052 0.491 0.053 0.347 0.053 30 T 0.018 0.014 0.072 0.386 0.119 0.166 0.225 31 F 0.054 0.032 0.101 0.232 0.178 0.158 0.246 32 E 0.058 0.010 0.158 0.169 0.142 0.239 0.224 33 W 0.103 0.015 0.141 0.143 0.173 0.226 0.200 34 A 0.152 0.022 0.121 0.100 0.093 0.274 0.237 35 G 0.261 0.015 0.065 0.033 0.164 0.291 0.171 36 Y 0.598 0.034 0.031 0.024 0.082 0.057 0.174 37 L 0.686 0.035 0.012 0.009 0.050 0.033 0.175 38 R 0.588 0.023 0.009 0.005 0.082 0.068 0.225 39 H 0.388 0.010 0.008 0.006 0.270 0.049 0.268 40 I 0.365 0.008 0.009 0.009 0.311 0.033 0.266 41 P 0.479 0.012 0.009 0.017 0.084 0.058 0.341 42 F 0.591 0.033 0.010 0.015 0.062 0.025 0.264 43 T 0.674 0.022 0.010 0.018 0.038 0.032 0.205 44 F 0.514 0.017 0.031 0.020 0.086 0.105 0.226 45 A 0.360 0.022 0.036 0.021 0.119 0.278 0.164 46 D 0.166 0.010 0.026 0.012 0.270 0.299 0.218 47 G 0.174 0.015 0.026 0.013 0.298 0.141 0.333 48 T 0.254 0.026 0.037 0.029 0.150 0.091 0.413 49 T 0.398 0.039 0.081 0.042 0.094 0.115 0.231 50 A 0.520 0.039 0.061 0.033 0.091 0.067 0.190 51 A 0.523 0.053 0.049 0.030 0.076 0.055 0.215 52 M 0.252 0.015 0.049 0.037 0.070 0.025 0.551 53 P 0.178 0.013 0.106 0.047 0.063 0.130 0.463 54 E 0.212 0.030 0.124 0.062 0.093 0.228 0.250 55 M 0.227 0.031 0.098 0.060 0.141 0.136 0.307 56 K 0.161 0.022 0.085 0.053 0.102 0.144 0.431 57 R 0.135 0.018 0.131 0.085 0.140 0.219 0.272 58 T 0.086 0.005 0.066 0.037 0.235 0.415 0.157 59 G 0.213 0.009 0.037 0.020 0.231 0.322 0.168 60 W 0.600 0.024 0.011 0.019 0.052 0.028 0.267 61 K 0.777 0.017 0.007 0.016 0.036 0.012 0.135 62 N 0.809 0.011 0.009 0.016 0.034 0.014 0.107 63 A 0.712 0.010 0.009 0.015 0.046 0.026 0.182 64 F 0.388 0.019 0.010 0.012 0.107 0.032 0.431 65 A 0.142 0.043 0.011 0.012 0.130 0.036 0.625 66 I 0.041 0.017 0.017 0.019 0.091 0.037 0.779 67 G 0.003 0.001 0.374 0.377 0.019 0.114 0.112 68 D 0.001 0.001 0.328 0.489 0.020 0.140 0.022 69 E 0.001 0.001 0.346 0.537 0.014 0.086 0.016 70 I 0.002 0.003 0.028 0.848 0.047 0.024 0.049 71 Q 0.001 0.001 0.024 0.923 0.004 0.027 0.021 72 E 0.001 0.001 0.025 0.914 0.005 0.050 0.006 73 G 0.001 0.001 0.041 0.884 0.005 0.053 0.015 74 L 0.001 0.001 0.018 0.946 0.007 0.015 0.013 75 Q 0.001 0.001 0.008 0.969 0.001 0.020 0.001 76 R 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.030 0.001 77 L 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.016 0.007 78 D 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.007 0.002 79 Q 0.001 0.001 0.007 0.968 0.002 0.019 0.003 80 T 0.001 0.001 0.012 0.941 0.002 0.038 0.006 81 L 0.002 0.003 0.014 0.879 0.010 0.078 0.015 82 A 0.002 0.003 0.018 0.698 0.016 0.222 0.041 83 E 0.003 0.001 0.030 0.507 0.092 0.171 0.196 84 K 0.003 0.002 0.055 0.514 0.062 0.208 0.155 85 N 0.005 0.005 0.085 0.291 0.114 0.310 0.190 86 N 0.012 0.014 0.115 0.224 0.152 0.222 0.262 87 L 0.015 0.015 0.204 0.228 0.100 0.153 0.285 88 Q 0.011 0.009 0.182 0.195 0.084 0.354 0.167 89 G 0.009 0.007 0.147 0.113 0.138 0.396 0.190 90 L 0.016 0.023 0.047 0.094 0.275 0.113 0.432 91 T 0.019 0.027 0.027 0.076 0.165 0.096 0.590 92 R 0.005 0.005 0.088 0.539 0.065 0.093 0.205 93 E 0.002 0.001 0.055 0.802 0.038 0.050 0.053 94 E 0.001 0.001 0.032 0.861 0.026 0.026 0.052 95 F 0.001 0.001 0.010 0.950 0.003 0.011 0.024 96 N 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.003 0.007 97 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 99 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 100 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.009 0.001 103 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 104 N 0.002 0.001 0.002 0.975 0.002 0.017 0.003 105 S 0.002 0.001 0.003 0.954 0.002 0.034 0.004 106 L 0.005 0.001 0.009 0.929 0.004 0.043 0.009 107 N 0.010 0.001 0.017 0.922 0.011 0.032 0.007 108 Q 0.028 0.001 0.020 0.856 0.009 0.067 0.018 109 L 0.028 0.005 0.016 0.826 0.026 0.052 0.047 110 H 0.055 0.014 0.007 0.219 0.185 0.040 0.479 111 P 0.036 0.016 0.021 0.057 0.162 0.222 0.485 112 F 0.046 0.018 0.035 0.044 0.272 0.225 0.360 113 R 0.047 0.028 0.052 0.050 0.276 0.345 0.202 114 E 0.019 0.013 0.041 0.035 0.185 0.387 0.320 115 G 0.011 0.007 0.018 0.038 0.288 0.454 0.184 116 N 0.008 0.010 0.006 0.080 0.380 0.210 0.306 117 G 0.007 0.006 0.003 0.412 0.376 0.106 0.090 118 R 0.003 0.002 0.001 0.949 0.020 0.008 0.017 119 T 0.003 0.002 0.001 0.986 0.002 0.002 0.005 120 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.004 121 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 122 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 123 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 124 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 125 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 126 N 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 128 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 129 K 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 130 A 0.001 0.001 0.003 0.927 0.004 0.062 0.002 131 A 0.001 0.001 0.003 0.265 0.007 0.719 0.004 132 G 0.001 0.001 0.002 0.007 0.040 0.892 0.059 133 H 0.008 0.002 0.002 0.001 0.159 0.007 0.820 134 Q 0.151 0.033 0.006 0.002 0.049 0.010 0.748 135 L 0.350 0.025 0.004 0.003 0.053 0.005 0.560 136 N 0.447 0.029 0.005 0.003 0.020 0.006 0.490 137 F 0.329 0.018 0.027 0.015 0.051 0.014 0.546 138 S 0.294 0.013 0.048 0.027 0.077 0.050 0.491 139 L 0.248 0.017 0.147 0.100 0.136 0.119 0.231 140 I 0.174 0.025 0.033 0.104 0.192 0.052 0.419 141 T 0.072 0.029 0.010 0.077 0.062 0.017 0.732 142 K 0.001 0.001 0.014 0.965 0.002 0.012 0.006 143 E 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.005 0.001 144 R 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.003 0.002 145 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 146 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.009 0.002 149 S 0.001 0.001 0.002 0.974 0.002 0.015 0.006 150 V 0.001 0.001 0.004 0.953 0.004 0.032 0.006 151 A 0.003 0.001 0.006 0.934 0.005 0.038 0.014 152 V 0.007 0.004 0.009 0.892 0.011 0.044 0.033 153 A 0.008 0.005 0.019 0.696 0.047 0.092 0.133 154 E 0.008 0.005 0.028 0.451 0.111 0.317 0.080 155 N 0.003 0.002 0.019 0.130 0.120 0.630 0.097 156 G 0.004 0.002 0.012 0.041 0.335 0.328 0.277 157 D 0.010 0.022 0.007 0.040 0.184 0.047 0.689 158 L 0.010 0.019 0.020 0.619 0.065 0.042 0.225 159 E 0.002 0.001 0.014 0.943 0.011 0.010 0.020 160 P 0.002 0.001 0.013 0.964 0.003 0.007 0.010 161 M 0.001 0.001 0.008 0.980 0.001 0.005 0.004 162 Q 0.002 0.001 0.006 0.982 0.002 0.005 0.003 163 H 0.001 0.001 0.003 0.979 0.002 0.012 0.002 164 L 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.015 0.004 165 F 0.001 0.001 0.007 0.972 0.002 0.013 0.004 166 E 0.001 0.001 0.018 0.938 0.004 0.035 0.004 167 D 0.001 0.001 0.023 0.858 0.004 0.108 0.006 168 I 0.001 0.002 0.020 0.723 0.014 0.215 0.026 169 S 0.001 0.002 0.008 0.577 0.082 0.180 0.150 170 N 0.001 0.001 0.009 0.410 0.163 0.065 0.352 171 P 0.001 0.001 0.018 0.884 0.019 0.051 0.026 172 E 0.001 0.001 0.020 0.923 0.008 0.028 0.019 173 K 0.001 0.001 0.006 0.975 0.002 0.007 0.008 174 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.002 175 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.002 176 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.013 0.004 177 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.003 178 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 179 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 180 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 181 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 182 H 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.020 0.001 183 T 0.001 0.001 0.003 0.965 0.001 0.025 0.005 184 M 0.002 0.002 0.008 0.947 0.005 0.027 0.009 185 K 0.004 0.001 0.021 0.813 0.013 0.131 0.018 186 N 0.005 0.001 0.034 0.707 0.022 0.206 0.025 187 T 0.010 0.003 0.040 0.461 0.053 0.368 0.065 188 G 0.013 0.003 0.043 0.121 0.104 0.590 0.127 189 R 0.044 0.009 0.074 0.084 0.196 0.206 0.387 190 N 0.132 0.032 0.080 0.125 0.103 0.144 0.384 191 V 0.152 0.026 0.092 0.156 0.114 0.195 0.266 192 N 0.115 0.008 0.058 0.137 0.142 0.256 0.283 193 D 0.114 0.007 0.038 0.192 0.228 0.169 0.251 194 R 0.151 0.008 0.014 0.308 0.164 0.033 0.323 195 P 0.186 0.007 0.020 0.293 0.034 0.041 0.419 196 V 0.332 0.011 0.034 0.319 0.041 0.035 0.228 197 M 0.410 0.009 0.034 0.320 0.042 0.032 0.152 198 V 0.423 0.015 0.050 0.252 0.070 0.050 0.141 199 A 0.268 0.009 0.031 0.216 0.091 0.144 0.240 200 K 0.100 0.011 0.017 0.093 0.027 0.111 0.642 201 E 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.986