# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.928 0.008 0.012 0.024 0.004 0.004 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 2 M 0.956 0.005 0.005 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 I 0.967 0.011 0.008 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 N 0.974 0.003 0.004 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 L 0.940 0.005 0.004 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.907 0.015 0.017 0.047 0.003 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 7 E 0.881 0.020 0.022 0.056 0.004 0.007 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 8 E 0.762 0.041 0.055 0.106 0.017 0.006 0.006 0.002 0.003 0.002 0.001 9 S 0.555 0.022 0.069 0.299 0.005 0.020 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 10 L 0.260 0.191 0.303 0.013 0.025 0.035 0.020 0.002 0.148 0.004 0.001 11 P 0.561 0.003 0.310 0.066 0.001 0.036 0.003 0.001 0.002 0.001 0.019 12 E 0.442 0.104 0.174 0.139 0.045 0.022 0.033 0.026 0.011 0.004 0.001 13 Y 0.267 0.118 0.160 0.275 0.036 0.032 0.061 0.015 0.022 0.012 0.002 14 F 0.042 0.288 0.356 0.122 0.096 0.051 0.026 0.005 0.012 0.002 0.001 15 D 0.007 0.171 0.619 0.003 0.087 0.071 0.001 0.001 0.033 0.007 0.001 16 T 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Y 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 C 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 Q 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.953 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 F 0.804 0.011 0.016 0.148 0.002 0.005 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 28 K 0.776 0.008 0.061 0.109 0.004 0.007 0.023 0.005 0.001 0.006 0.001 29 N 0.276 0.009 0.030 0.375 0.008 0.045 0.199 0.042 0.014 0.002 0.001 30 T 0.416 0.097 0.136 0.254 0.012 0.044 0.014 0.003 0.022 0.001 0.001 31 F 0.333 0.140 0.251 0.099 0.030 0.074 0.025 0.006 0.036 0.005 0.001 32 E 0.616 0.060 0.126 0.132 0.017 0.018 0.014 0.005 0.008 0.004 0.001 33 W 0.391 0.166 0.176 0.106 0.052 0.027 0.023 0.003 0.053 0.003 0.001 34 A 0.355 0.047 0.338 0.183 0.016 0.019 0.017 0.006 0.008 0.008 0.003 35 G 0.117 0.017 0.051 0.037 0.095 0.003 0.052 0.409 0.002 0.219 0.001 36 Y 0.206 0.287 0.310 0.083 0.055 0.027 0.008 0.002 0.018 0.003 0.001 37 L 0.143 0.334 0.365 0.064 0.014 0.044 0.007 0.001 0.026 0.001 0.001 38 R 0.130 0.427 0.256 0.058 0.050 0.039 0.012 0.001 0.024 0.003 0.001 39 H 0.104 0.281 0.332 0.090 0.044 0.069 0.028 0.004 0.044 0.002 0.002 40 I 0.019 0.476 0.274 0.002 0.048 0.014 0.010 0.001 0.156 0.001 0.001 41 P 0.079 0.009 0.826 0.007 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 42 F 0.109 0.412 0.204 0.085 0.092 0.052 0.009 0.004 0.031 0.001 0.001 43 T 0.086 0.491 0.178 0.051 0.109 0.042 0.007 0.002 0.030 0.004 0.001 44 F 0.125 0.423 0.220 0.124 0.039 0.034 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 45 A 0.278 0.194 0.167 0.106 0.117 0.025 0.031 0.024 0.021 0.037 0.001 46 D 0.108 0.070 0.114 0.263 0.053 0.046 0.250 0.029 0.056 0.009 0.001 47 G 0.073 0.046 0.212 0.036 0.138 0.009 0.055 0.284 0.006 0.139 0.001 48 T 0.173 0.282 0.318 0.089 0.071 0.031 0.009 0.003 0.018 0.005 0.002 49 T 0.205 0.244 0.324 0.097 0.047 0.039 0.014 0.005 0.019 0.006 0.002 50 A 0.219 0.365 0.187 0.067 0.093 0.024 0.009 0.003 0.029 0.004 0.001 51 A 0.129 0.166 0.540 0.050 0.018 0.066 0.008 0.002 0.018 0.001 0.003 52 M 0.105 0.297 0.419 0.012 0.024 0.037 0.009 0.001 0.092 0.002 0.001 53 P 0.534 0.018 0.394 0.021 0.003 0.014 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 54 E 0.396 0.093 0.159 0.182 0.052 0.028 0.042 0.019 0.019 0.008 0.002 55 M 0.437 0.098 0.168 0.165 0.040 0.021 0.026 0.018 0.017 0.010 0.001 56 K 0.408 0.143 0.256 0.056 0.048 0.023 0.020 0.006 0.018 0.020 0.001 57 R 0.399 0.101 0.263 0.122 0.015 0.051 0.017 0.004 0.020 0.005 0.005 58 T 0.166 0.094 0.200 0.391 0.053 0.018 0.047 0.013 0.013 0.004 0.002 59 G 0.055 0.029 0.060 0.041 0.117 0.005 0.140 0.371 0.007 0.174 0.001 60 W 0.047 0.322 0.487 0.023 0.063 0.038 0.003 0.001 0.011 0.003 0.001 61 K 0.241 0.393 0.086 0.174 0.041 0.029 0.006 0.002 0.026 0.002 0.001 62 N 0.046 0.376 0.217 0.053 0.148 0.061 0.035 0.003 0.059 0.002 0.001 63 A 0.112 0.527 0.170 0.058 0.052 0.037 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 64 F 0.113 0.344 0.293 0.041 0.061 0.060 0.021 0.003 0.058 0.004 0.002 65 A 0.164 0.158 0.513 0.042 0.041 0.045 0.010 0.005 0.014 0.006 0.002 66 I 0.069 0.176 0.551 0.036 0.023 0.078 0.008 0.003 0.046 0.009 0.001 67 G 0.751 0.011 0.067 0.032 0.017 0.006 0.017 0.021 0.003 0.073 0.001 68 D 0.926 0.004 0.006 0.048 0.002 0.004 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 69 E 0.710 0.010 0.025 0.187 0.006 0.034 0.005 0.002 0.019 0.001 0.001 70 I 0.930 0.002 0.005 0.051 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 71 Q 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 E 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.944 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 Q 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 R 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Q 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 T 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.956 0.001 0.003 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.895 0.003 0.008 0.078 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 83 E 0.775 0.037 0.047 0.102 0.010 0.013 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 84 K 0.759 0.026 0.054 0.124 0.007 0.010 0.010 0.002 0.004 0.004 0.001 85 N 0.259 0.055 0.066 0.348 0.022 0.060 0.128 0.010 0.050 0.002 0.001 86 N 0.463 0.048 0.096 0.138 0.016 0.092 0.094 0.004 0.046 0.003 0.001 87 L 0.683 0.033 0.053 0.195 0.004 0.017 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 88 Q 0.551 0.032 0.228 0.155 0.006 0.011 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 89 G 0.235 0.007 0.036 0.177 0.021 0.005 0.127 0.360 0.009 0.023 0.001 90 L 0.172 0.093 0.585 0.072 0.007 0.044 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 91 T 0.169 0.208 0.326 0.121 0.052 0.059 0.023 0.007 0.028 0.007 0.001 92 R 0.433 0.140 0.189 0.107 0.040 0.026 0.024 0.005 0.028 0.006 0.001 93 E 0.452 0.090 0.332 0.054 0.012 0.032 0.008 0.003 0.011 0.004 0.002 94 E 0.549 0.070 0.217 0.067 0.017 0.044 0.010 0.003 0.018 0.003 0.001 95 F 0.863 0.012 0.039 0.047 0.006 0.009 0.006 0.006 0.004 0.008 0.001 96 N 0.979 0.001 0.006 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 S 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 F 0.987 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.964 0.002 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 S 0.818 0.011 0.007 0.148 0.003 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 106 L 0.662 0.078 0.149 0.056 0.012 0.030 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 107 N 0.940 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Q 0.242 0.508 0.020 0.076 0.142 0.003 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 109 L 0.360 0.317 0.163 0.066 0.006 0.036 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 110 H 0.014 0.241 0.067 0.001 0.016 0.026 0.010 0.001 0.626 0.001 0.001 111 P 0.296 0.003 0.491 0.042 0.001 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 112 F 0.146 0.089 0.463 0.104 0.050 0.072 0.011 0.016 0.033 0.015 0.001 113 R 0.667 0.049 0.092 0.078 0.014 0.021 0.050 0.008 0.009 0.012 0.001 114 E 0.380 0.043 0.137 0.360 0.012 0.019 0.029 0.002 0.015 0.002 0.001 115 G 0.121 0.008 0.058 0.098 0.045 0.002 0.043 0.262 0.002 0.362 0.001 116 N 0.179 0.019 0.254 0.214 0.018 0.047 0.204 0.036 0.011 0.016 0.002 117 G 0.467 0.009 0.078 0.038 0.020 0.006 0.045 0.239 0.002 0.096 0.001 118 R 0.956 0.005 0.012 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 T 0.986 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 N 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 A 0.944 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 A 0.189 0.001 0.006 0.797 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 132 G 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.418 0.551 0.001 0.017 0.001 133 H 0.035 0.288 0.473 0.053 0.039 0.069 0.017 0.001 0.023 0.002 0.001 134 Q 0.039 0.296 0.451 0.042 0.040 0.070 0.022 0.002 0.036 0.001 0.001 135 L 0.047 0.468 0.366 0.018 0.043 0.035 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 136 N 0.040 0.308 0.323 0.018 0.015 0.214 0.010 0.001 0.070 0.001 0.001 137 F 0.170 0.380 0.200 0.078 0.065 0.044 0.009 0.002 0.051 0.002 0.001 138 S 0.244 0.180 0.419 0.026 0.058 0.038 0.007 0.005 0.013 0.009 0.001 139 L 0.476 0.141 0.161 0.131 0.014 0.041 0.013 0.004 0.015 0.002 0.002 140 I 0.332 0.243 0.224 0.090 0.041 0.036 0.016 0.003 0.012 0.003 0.001 141 T 0.080 0.165 0.432 0.025 0.051 0.126 0.008 0.001 0.105 0.006 0.001 142 K 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 S 0.980 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 V 0.966 0.004 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.927 0.007 0.014 0.044 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 V 0.825 0.024 0.032 0.102 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 153 A 0.737 0.051 0.055 0.106 0.009 0.022 0.007 0.002 0.009 0.002 0.001 154 E 0.598 0.110 0.059 0.177 0.015 0.014 0.008 0.001 0.014 0.003 0.001 155 N 0.186 0.027 0.077 0.475 0.009 0.023 0.140 0.005 0.053 0.004 0.001 156 G 0.017 0.002 0.018 0.012 0.022 0.002 0.117 0.675 0.001 0.136 0.001 157 D 0.087 0.073 0.321 0.176 0.032 0.230 0.019 0.002 0.053 0.006 0.002 158 L 0.607 0.057 0.162 0.135 0.005 0.019 0.006 0.004 0.004 0.001 0.001 159 E 0.851 0.026 0.083 0.004 0.011 0.003 0.005 0.003 0.005 0.010 0.001 160 P 0.982 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 H 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 F 0.977 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 E 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 D 0.877 0.001 0.002 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 I 0.735 0.005 0.017 0.227 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 169 S 0.545 0.023 0.066 0.332 0.004 0.014 0.008 0.004 0.005 0.002 0.001 170 N 0.295 0.099 0.398 0.014 0.034 0.053 0.023 0.002 0.072 0.011 0.001 171 P 0.983 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 172 E 0.984 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 173 K 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 174 I 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 175 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 176 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 177 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 178 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 179 E 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 180 F 0.957 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 181 M 0.985 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 182 H 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 183 T 0.953 0.004 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 184 M 0.913 0.014 0.014 0.047 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 185 K 0.903 0.016 0.024 0.034 0.003 0.004 0.009 0.001 0.002 0.003 0.001 186 N 0.692 0.011 0.022 0.186 0.005 0.020 0.049 0.004 0.011 0.001 0.001 187 T 0.466 0.034 0.067 0.416 0.005 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 188 G 0.126 0.010 0.047 0.031 0.034 0.006 0.195 0.428 0.005 0.116 0.001 189 R 0.401 0.175 0.242 0.110 0.029 0.020 0.007 0.003 0.008 0.005 0.001 190 N 0.220 0.225 0.348 0.073 0.025 0.065 0.012 0.004 0.027 0.002 0.001 191 V 0.543 0.188 0.126 0.077 0.018 0.023 0.005 0.001 0.017 0.002 0.001 192 N 0.570 0.052 0.066 0.233 0.016 0.024 0.023 0.003 0.011 0.002 0.001 193 D 0.263 0.153 0.148 0.277 0.021 0.044 0.045 0.003 0.043 0.001 0.001 194 R 0.081 0.328 0.391 0.002 0.010 0.031 0.009 0.001 0.147 0.001 0.001 195 P 0.187 0.008 0.731 0.006 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 196 V 0.358 0.342 0.163 0.030 0.060 0.022 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 197 M 0.408 0.226 0.220 0.049 0.025 0.045 0.007 0.002 0.016 0.002 0.001 198 V 0.301 0.365 0.148 0.059 0.053 0.025 0.006 0.001 0.041 0.002 0.001 199 A 0.387 0.117 0.331 0.061 0.023 0.048 0.012 0.004 0.012 0.003 0.002 200 K 0.299 0.233 0.217 0.115 0.044 0.034 0.020 0.005 0.030 0.003 0.001 201 E 0.354 0.168 0.240 0.069 0.052 0.026 0.039 0.011 0.021 0.019 0.001