# TARGET T0386 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0386.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 543 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.503 0.300 0.133 0.047 0.014 0.003 0.001 2 M 0.237 0.137 0.151 0.200 0.181 0.087 0.007 3 I 0.234 0.194 0.207 0.196 0.120 0.045 0.004 4 N 0.387 0.363 0.161 0.065 0.019 0.005 0.001 5 L 0.189 0.190 0.215 0.213 0.132 0.055 0.006 6 R 0.187 0.159 0.182 0.214 0.170 0.082 0.007 7 E 0.346 0.289 0.203 0.111 0.040 0.010 0.001 8 E 0.696 0.225 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 9 S 0.421 0.280 0.164 0.096 0.031 0.008 0.001 10 L 0.229 0.211 0.213 0.218 0.106 0.023 0.001 11 P 0.565 0.275 0.104 0.042 0.011 0.002 0.001 12 E 0.512 0.284 0.119 0.059 0.020 0.005 0.001 13 Y 0.178 0.269 0.266 0.187 0.079 0.021 0.001 14 F 0.041 0.060 0.131 0.286 0.322 0.149 0.010 15 D 0.140 0.363 0.273 0.143 0.057 0.022 0.002 16 T 0.051 0.178 0.272 0.304 0.160 0.033 0.002 17 A 0.153 0.425 0.252 0.117 0.042 0.010 0.001 18 Y 0.007 0.056 0.181 0.366 0.292 0.092 0.006 19 L 0.001 0.001 0.005 0.039 0.247 0.598 0.111 20 C 0.003 0.052 0.258 0.422 0.216 0.047 0.002 21 H 0.007 0.099 0.287 0.332 0.191 0.077 0.007 22 I 0.001 0.002 0.004 0.020 0.148 0.615 0.211 23 H 0.001 0.002 0.010 0.071 0.284 0.537 0.096 24 Q 0.009 0.142 0.309 0.301 0.163 0.072 0.005 25 Q 0.006 0.045 0.199 0.412 0.262 0.074 0.004 26 L 0.001 0.003 0.010 0.068 0.302 0.531 0.084 27 F 0.011 0.082 0.216 0.322 0.266 0.098 0.005 28 K 0.197 0.426 0.237 0.108 0.027 0.004 0.001 29 N 0.084 0.262 0.328 0.239 0.070 0.014 0.002 30 T 0.098 0.179 0.224 0.253 0.168 0.073 0.005 31 F 0.171 0.206 0.200 0.202 0.149 0.063 0.009 32 E 0.393 0.320 0.150 0.081 0.037 0.016 0.004 33 W 0.130 0.195 0.241 0.224 0.134 0.066 0.011 34 A 0.074 0.121 0.153 0.218 0.236 0.169 0.030 35 G 0.115 0.170 0.187 0.198 0.173 0.124 0.034 36 Y 0.080 0.162 0.221 0.249 0.172 0.096 0.021 37 L 0.018 0.025 0.043 0.121 0.274 0.392 0.127 38 R 0.045 0.107 0.179 0.256 0.229 0.152 0.032 39 H 0.128 0.242 0.229 0.190 0.120 0.071 0.020 40 I 0.102 0.134 0.170 0.227 0.198 0.133 0.037 41 P 0.120 0.172 0.183 0.196 0.165 0.131 0.033 42 F 0.090 0.101 0.139 0.211 0.229 0.183 0.046 43 T 0.151 0.178 0.168 0.190 0.167 0.121 0.026 44 F 0.116 0.111 0.144 0.204 0.210 0.168 0.047 45 A 0.228 0.219 0.188 0.164 0.111 0.071 0.017 46 D 0.318 0.266 0.178 0.126 0.070 0.034 0.009 47 G 0.188 0.206 0.184 0.182 0.135 0.083 0.022 48 T 0.165 0.229 0.195 0.173 0.130 0.085 0.023 49 T 0.083 0.127 0.172 0.230 0.213 0.144 0.031 50 A 0.064 0.123 0.171 0.221 0.223 0.163 0.035 51 A 0.066 0.144 0.231 0.246 0.184 0.107 0.022 52 M 0.051 0.072 0.111 0.213 0.291 0.226 0.038 53 P 0.165 0.209 0.218 0.204 0.131 0.062 0.011 54 E 0.472 0.262 0.120 0.077 0.041 0.022 0.005 55 M 0.244 0.190 0.186 0.195 0.124 0.053 0.007 56 K 0.470 0.258 0.141 0.085 0.033 0.010 0.002 57 R 0.482 0.244 0.135 0.084 0.039 0.014 0.002 58 T 0.554 0.238 0.114 0.060 0.024 0.008 0.002 59 G 0.329 0.242 0.179 0.136 0.077 0.032 0.005 60 W 0.113 0.105 0.137 0.204 0.217 0.184 0.039 61 K 0.097 0.152 0.172 0.206 0.186 0.147 0.041 62 N 0.056 0.068 0.097 0.169 0.222 0.263 0.124 63 A 0.045 0.084 0.119 0.194 0.231 0.245 0.081 64 F 0.032 0.048 0.080 0.146 0.212 0.310 0.172 65 A 0.023 0.043 0.085 0.165 0.241 0.315 0.129 66 I 0.078 0.181 0.184 0.187 0.179 0.155 0.035 67 G 0.053 0.165 0.248 0.279 0.177 0.070 0.009 68 D 0.488 0.350 0.098 0.038 0.017 0.007 0.002 69 E 0.051 0.238 0.332 0.267 0.090 0.021 0.002 70 I 0.004 0.009 0.030 0.177 0.460 0.309 0.012 71 Q 0.041 0.300 0.421 0.202 0.033 0.003 0.001 72 E 0.292 0.570 0.116 0.018 0.003 0.001 0.001 73 G 0.008 0.057 0.181 0.386 0.292 0.074 0.002 74 L 0.001 0.005 0.033 0.212 0.474 0.266 0.009 75 Q 0.070 0.451 0.364 0.099 0.015 0.002 0.001 76 R 0.065 0.319 0.359 0.201 0.048 0.008 0.001 77 L 0.006 0.014 0.031 0.127 0.381 0.419 0.023 78 D 0.015 0.066 0.208 0.366 0.266 0.076 0.003 79 Q 0.228 0.488 0.201 0.064 0.015 0.004 0.001 80 T 0.052 0.151 0.279 0.323 0.151 0.042 0.002 81 L 0.034 0.062 0.139 0.303 0.327 0.129 0.008 82 A 0.246 0.353 0.236 0.111 0.042 0.011 0.002 83 E 0.476 0.306 0.133 0.061 0.019 0.005 0.001 84 K 0.286 0.273 0.207 0.147 0.066 0.020 0.002 85 N 0.556 0.250 0.114 0.055 0.019 0.005 0.001 86 N 0.380 0.286 0.182 0.105 0.038 0.009 0.001 87 L 0.210 0.167 0.204 0.232 0.144 0.040 0.002 88 Q 0.568 0.272 0.107 0.040 0.011 0.002 0.001 89 G 0.499 0.298 0.128 0.056 0.015 0.003 0.001 90 L 0.262 0.211 0.198 0.190 0.104 0.032 0.002 91 T 0.452 0.273 0.137 0.084 0.038 0.013 0.002 92 R 0.203 0.245 0.245 0.191 0.083 0.029 0.004 93 E 0.167 0.251 0.232 0.198 0.106 0.041 0.005 94 E 0.078 0.204 0.228 0.219 0.170 0.088 0.013 95 F 0.009 0.030 0.077 0.197 0.319 0.305 0.063 96 N 0.005 0.017 0.035 0.100 0.252 0.435 0.156 97 S 0.008 0.042 0.130 0.278 0.308 0.197 0.037 98 E 0.004 0.018 0.079 0.244 0.348 0.259 0.049 99 A 0.002 0.003 0.003 0.008 0.052 0.389 0.542 100 I 0.008 0.011 0.021 0.065 0.169 0.468 0.259 101 E 0.008 0.044 0.146 0.259 0.251 0.207 0.085 102 L 0.003 0.005 0.012 0.057 0.213 0.486 0.222 103 F 0.001 0.004 0.009 0.030 0.125 0.493 0.338 104 N 0.011 0.044 0.103 0.184 0.247 0.279 0.132 105 S 0.010 0.045 0.149 0.290 0.295 0.156 0.056 106 L 0.012 0.019 0.030 0.080 0.198 0.444 0.218 107 N 0.043 0.094 0.160 0.234 0.215 0.190 0.065 108 Q 0.042 0.118 0.173 0.204 0.196 0.196 0.070 109 L 0.051 0.051 0.068 0.153 0.238 0.281 0.158 110 H 0.053 0.094 0.128 0.206 0.224 0.210 0.085 111 P 0.068 0.093 0.111 0.151 0.183 0.241 0.152 112 F 0.032 0.046 0.062 0.130 0.218 0.320 0.193 113 R 0.064 0.129 0.189 0.226 0.185 0.142 0.065 114 E 0.116 0.186 0.172 0.165 0.144 0.135 0.082 115 G 0.048 0.072 0.094 0.146 0.195 0.267 0.177 116 N 0.041 0.068 0.094 0.142 0.194 0.281 0.179 117 G 0.030 0.060 0.084 0.144 0.217 0.290 0.175 118 R 0.010 0.024 0.049 0.115 0.212 0.331 0.260 119 T 0.003 0.007 0.014 0.038 0.104 0.336 0.497 120 Q 0.001 0.002 0.005 0.015 0.055 0.255 0.666 121 R 0.001 0.002 0.006 0.024 0.085 0.271 0.613 122 L 0.001 0.001 0.006 0.022 0.080 0.308 0.583 123 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.226 0.737 124 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.186 0.790 125 E 0.001 0.002 0.012 0.067 0.225 0.457 0.237 126 N 0.001 0.011 0.064 0.202 0.321 0.329 0.071 127 L 0.001 0.002 0.007 0.041 0.186 0.579 0.184 128 A 0.002 0.007 0.014 0.059 0.237 0.558 0.124 129 K 0.025 0.156 0.289 0.335 0.163 0.030 0.002 130 A 0.084 0.345 0.316 0.194 0.053 0.006 0.001 131 A 0.090 0.280 0.316 0.234 0.070 0.010 0.001 132 G 0.611 0.305 0.066 0.014 0.003 0.001 0.001 133 H 0.046 0.142 0.286 0.357 0.150 0.019 0.001 134 Q 0.139 0.305 0.289 0.173 0.075 0.018 0.001 135 L 0.011 0.020 0.041 0.119 0.321 0.447 0.042 136 N 0.022 0.100 0.227 0.295 0.221 0.121 0.014 137 F 0.010 0.024 0.056 0.170 0.359 0.333 0.048 138 S 0.066 0.200 0.270 0.260 0.140 0.058 0.006 139 L 0.039 0.152 0.226 0.279 0.199 0.095 0.010 140 I 0.049 0.119 0.192 0.259 0.223 0.132 0.026 141 T 0.135 0.328 0.250 0.180 0.080 0.026 0.003 142 K 0.093 0.188 0.259 0.258 0.140 0.054 0.008 143 E 0.365 0.344 0.167 0.078 0.032 0.013 0.002 144 R 0.082 0.291 0.315 0.206 0.083 0.021 0.002 145 M 0.009 0.018 0.043 0.167 0.409 0.321 0.034 146 M 0.015 0.073 0.183 0.327 0.282 0.111 0.009 147 V 0.052 0.268 0.349 0.212 0.083 0.032 0.003 148 A 0.008 0.016 0.063 0.225 0.388 0.271 0.029 149 S 0.008 0.011 0.016 0.048 0.206 0.548 0.163 150 V 0.042 0.137 0.257 0.297 0.187 0.072 0.007 151 A 0.062 0.224 0.312 0.261 0.108 0.031 0.003 152 V 0.035 0.063 0.110 0.262 0.315 0.191 0.023 153 A 0.078 0.164 0.246 0.280 0.171 0.056 0.005 154 E 0.499 0.322 0.120 0.045 0.012 0.002 0.001 155 N 0.474 0.340 0.125 0.048 0.011 0.002 0.001 156 G 0.248 0.330 0.243 0.130 0.039 0.009 0.001 157 D 0.206 0.338 0.242 0.141 0.057 0.014 0.001 158 L 0.025 0.071 0.178 0.322 0.289 0.108 0.006 159 E 0.161 0.356 0.256 0.141 0.064 0.020 0.002 160 P 0.032 0.160 0.288 0.306 0.163 0.047 0.004 161 M 0.003 0.007 0.016 0.079 0.304 0.514 0.077 162 Q 0.008 0.060 0.184 0.356 0.284 0.100 0.008 163 H 0.044 0.268 0.360 0.219 0.079 0.028 0.002 164 L 0.007 0.019 0.065 0.217 0.379 0.286 0.028 165 F 0.007 0.013 0.023 0.067 0.226 0.518 0.145 166 E 0.060 0.164 0.254 0.282 0.166 0.067 0.007 167 D 0.104 0.289 0.289 0.202 0.085 0.028 0.003 168 I 0.034 0.047 0.091 0.219 0.311 0.257 0.040 169 S 0.058 0.082 0.146 0.232 0.263 0.199 0.020 170 N 0.263 0.362 0.230 0.106 0.031 0.007 0.001 171 P 0.399 0.333 0.152 0.075 0.030 0.009 0.002 172 E 0.209 0.278 0.214 0.170 0.089 0.036 0.004 173 K 0.072 0.103 0.188 0.302 0.230 0.095 0.011 174 I 0.240 0.346 0.239 0.125 0.038 0.010 0.001 175 R 0.188 0.388 0.251 0.121 0.040 0.011 0.001 176 L 0.029 0.055 0.105 0.241 0.342 0.214 0.013 177 L 0.023 0.055 0.130 0.283 0.329 0.171 0.010 178 K 0.283 0.426 0.206 0.068 0.014 0.003 0.001 179 E 0.088 0.254 0.337 0.229 0.075 0.016 0.001 180 F 0.022 0.034 0.066 0.186 0.362 0.305 0.026 181 M 0.094 0.240 0.298 0.227 0.102 0.035 0.003 182 H 0.308 0.318 0.196 0.118 0.046 0.013 0.001 183 T 0.134 0.234 0.244 0.222 0.122 0.041 0.003 184 M 0.101 0.136 0.210 0.279 0.201 0.069 0.004 185 K 0.416 0.331 0.161 0.067 0.020 0.004 0.001 186 N 0.424 0.288 0.165 0.089 0.029 0.006 0.001 187 T 0.336 0.240 0.196 0.145 0.065 0.017 0.001 188 G 0.531 0.271 0.118 0.056 0.019 0.005 0.001 189 R 0.576 0.229 0.112 0.059 0.019 0.004 0.001 190 N 0.473 0.257 0.142 0.086 0.033 0.008 0.001 191 V 0.469 0.241 0.149 0.094 0.037 0.009 0.001 192 N 0.568 0.232 0.114 0.060 0.021 0.005 0.001 193 D 0.433 0.265 0.164 0.095 0.034 0.008 0.001 194 R 0.329 0.227 0.190 0.151 0.076 0.025 0.002 195 P 0.442 0.253 0.151 0.097 0.043 0.013 0.001 196 V 0.384 0.247 0.172 0.119 0.055 0.020 0.002 197 M 0.316 0.207 0.176 0.167 0.094 0.037 0.003 198 V 0.342 0.237 0.193 0.144 0.062 0.020 0.002 199 A 0.543 0.252 0.122 0.061 0.018 0.004 0.001 200 K 0.683 0.199 0.073 0.033 0.010 0.002 0.001 201 E 0.778 0.144 0.048 0.021 0.007 0.002 0.001